Cohen ha ricevuto un Ph.D. in Storia antica dalla Columbia University nel 1975. È stato inoltre ordinato rabbino e per molti anni Decano della Scuola Superiore e Professore Shenkman di Storia ebraica presso Jewish Theological Seminary in New York. Prima di assumere la sua cattedra a Harvard in luglio 2001, è stato per dieci anni "Professore Samuel Ungerleider" di Studi giudaici e professore di Studi religiosi all'Università Brown. La ricerca di Cohen si concentra sulle relazioni tra ebrei e gentili e tra l'Ebraismo e la cultura circostante. È inoltre un esperto sulle reazioni storiche dell'Ebraismo all'Ellenismo e al Cristianesimo.
Opere scelte Cohen, Shaye J. D., Josephus in Galilee and Rome: His Vita and Development As a Historian, Brill Academic Publishers, 2002. ISBN 978-0-391-04158-5 Cohen, Shaye J. D., From the Maccabees to the Mishnah, Westminster John Knox Press, 1988. ISBN 0-664-25017-3 Cohen, Shaye J. D. The Beginnings of Jewishness: Boundaries, Varieties, Uncertainties, University of California Press, 2001. ISBN 0-520-22693-3 Cohen, Shaye J. D. Why Aren't Jewish Women Circumcised?: Gender and Covenant in Judaism, University of California Press, 2005. ISBN 978-0-520-21250-3 Cohen, Shaye J. D. The Significance of Yavneh and Other Essays in Jewish Hellenism, Mohr Siebeck, 2010.