La stagione dei San Francisco 49ers è stata la 58ª della franchigia nella National Football League. Si concluse con un deludente record di 5–11, un peggioramento rispetto al 7–9 del 2006. L'attacco dei 49ers faticò per tutta la stagione, col coordinatore offensivo Jim Hostler che subì aspre critiche rispetto agli schemi chiamati e il quarterback titolare Alex Smith che si infortunò alla spalla a inizio stagione.
Draft 2007
Nel draft 2007, la squadra scelse di coprire la propria necessità di un inside linebacker scegliendo Patrick Willis nel primo e cedendo la loro prima scelta dell'anno successivo ai New England Patriots e scegliendo come 28º assoluto l'offensive tackle Joe Staley. Nel secondo giro i 49ers scambiarono la loro scelta con quella del primo giro dell'anno successivo degli Indianapolis Colts. Il secondo giorno del draft, San Francisco scambiò la propria scelta del quarto giro per il ricevitore dei Seattle Seahawks, Darrell Jackson.
Partite Stagione regolare
Turno Data Ora (PT) Avversario Risultato Record Stadio 1 10/9 7:15 p.m. ESPN Arizona V 20–17 1–0 2 16/9 10:00 A.M Fox at St. Louis V 17–16 2–0 3 23/9 10:00 A.M Fox at Pittsburgh S 37–16 2–1 4 30/9 1:05 p.m. Fox Seattle S 23–3 2–2 5 7/10 1:05 p.m. CBS Baltimore S 9–7 2–3 6 Settimana di pausa 7 21/10 10:00 A.M Fox at New York (Giants) S 33–15 2–4 8 28/10 1:15 p.m. Fox New Orleans S 31–10 2–5 9 4/11 10:00 A.M Fox at Atlanta S 20–16 2–6 10 12/11 5:30 p.m. ESPN at Seattle S 24–0 2–7 11 18/11 1:15 p.m. Fox St. Louis S 13–9 2–8 12 25/11 1:05 p.m. Fox at Arizona V 37–31 3–8 13 2/12 10:00 A.M Fox at Carolina S 31–14 3–9 14 9/12 1:05 p.m. Fox Minnesota S 27–7 3–10 15 15/12 5:15 p.m. NFLN Cincinnati V 20–13 4–10 16 23/12 1:05 p.m. Fox Tampa Bay V 21–19 5–10 17 30/12 10:00 A.M Fox at Cleveland S 20–7 5–11
Premi Patrick Willis: rookie difensivo dell'anno
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2007