サムネイル|300x300ピクセル| PDB ID 1NA6に基づいたEco RII二量体 EcoRII （えこあーるつー）とは、Escherichia coliで見られる制限修飾系（RM）の制限酵素（REase）である。その分子量は45.2 kDaであり、402残基のアミノ酸で構成されている。
活性型 EcoRIIは真正細菌のタイプIIE PDF REaseである。疑似回文構造のDNA 認識配列 5' - CC W GG - 3' （W = AまたはT ）の2個PDFまたは3個 （このうち1個は実際に標的を切断し、残りはアロステリックアクチベーターとして機能する）と相互作用する。 EcoRIIは、粘着末端を生成する標的DNA配列CCWGGを切断する。
切断様式の図式 認識部位切断結果 5 'NN CCWGG NN 3 'NN GGWCC NN 5 'NN CCWGG NN 3 'NN GGWCC NN
構造
EcoRIIの構造変異体 R88A（ ）のアポ状態の結晶構造 は、2.1Åの分解能で解明されている。EcoRIIの単量体は、ヒンジループを介して結合されたN末端及びC末端ドメインで構成されている。
エフェクター結合ドメイン N末端のエフェクター結合ドメインは、顕著な裂溝を有する典型的なDNA結合性偽バレルフォールド(SCOP 101936)を持つ。構造から、進化的に以下に関連していることが明らかになっている。
B3 DNA結合ドメイン （SCOP 117343）：高等植物における転写因子（ ）の構成ドメイン PDF 制限酵素BfiIのC末端ドメイン （ ） PDF
触媒ドメイン C末端触媒ドメインは、典型的な制限酵素様フォールド（ SCOP 52979 ）を持ち、30を超える巨大な制限酵素スーパーファミリー（ SCOP 52980 ）の構成タンパク質の一つである。
外部リンク
制限酵素データベースREBASE
脚注