2020年代のJRダイヤ改正（2020ねんだいのジェイアールダイヤかいせい）では、2020年代にJRグループ各社で行われる各ダイヤ改正について記す。
なお、JR東日本のBRT路線については気仙沼線・大船渡線BRTを参照のこと。
2020年（令和2年） 3月14日 各社でダイヤ改正が実施された。
新幹線 東海道・山陽・九州新幹線 - 北海道旅客鉄道株式会社・東日本旅客鉄道株式会社・東海旅客鉄道株式会社・西日本旅客鉄道株式会社・四国旅客鉄道株式会社・九州旅客鉄道株式会社・日本貨物鉄道株式会社プレスリリース 2019年12月13日 - 西日本旅客鉄道株式会社岡山支社プレスリリース 2019年12月13日 号数付番の整理が行われた。 東海道新幹線で従来の「のぞみ10本ダイヤ」に代わり「のぞみ12本ダイヤ」が開始された両ダイヤ共に臨時列車を含んだ本数で、実際にこの本数で運転するのは繁忙期や一部時間帯のみに限られる。 。 東海道・山陽新幹線を直通運転する「のぞみ」がN700Aタイプに統一されたため、直通運転する一部の「のぞみ」上下計112本の所要時間が短縮された。これにより、東京駅 - 博多駅間の定期「のぞみ」が4時間台の運転、東京駅 - 広島駅間は定期「のぞみ」の約9割が3時間台での運転となった。 「みずほ」は、臨時列車1往復が定期化された。また、新たに3往復が福山駅・新山口駅に停車するようになった。 さくら552号が福山駅にも停車するようになった。これにより、「さくら」全列車が福山駅停車となった。 東北・北海道新幹線 - 東日本旅客鉄道株式会社盛岡支社プレスリリース 2019年12月13日 - 東日本旅客鉄道株式会社仙台支社プレスリリース 2019年12月13日 - 東日本旅客鉄道株式会社秋田支社プレスリリース 2019年12月13日 東京駅 - 新青森駅間で「はやぶさ」が3往復増発された。 東京発仙台行き下り列車1本が盛岡・新青森行きに延長された。 上越・北陸新幹線 上野駅 - 高崎駅間に「たにがわ」が1往復増発上野行きは土曜・休日は運休。された - 東日本旅客鉄道株式会社高崎支社プレスリリース 2019年12月13日 。上野駅発着の定期列車が設定されるのは、1997年（平成9年）10月1日のダイヤ改正で東北新幹線方面と共に消滅して以来約22年半ぶり。
北海道 - 北海道旅客鉄道株式会社プレスリリース 2019年12月13日 駅 根室本線の古瀬駅、釧網本線の南弟子屈駅が廃止された。 特急列車 特急「北斗」の24本中19本が白老駅に停車するようになった。 特急「スーパー北斗」「スーパーおおぞら」「スーパーとかち」について、列車名から“スーパー”が外された。 普通・快速列車 快速「エアポート」の札幌駅 - 新千歳空港駅間での1時間の本数が4本から5本になり、1日116往復から148往復に増発された。なお、増発された快速「エアポート」のうち、朝通勤時間帯と夜間帯の4本は、空港利用客と通勤・通学客の分離を図るため新札幌駅と南千歳駅のみに停車する速達タイプの特別快速「エアポート」となった 「特別快速」札幌―新千歳３３分 ＪＲ北海道がダイヤ改正. 北海道新聞（どうしん電子版）. 2020年3月16日配信, 2020年4月12日閲覧.。 従来運転していた区間快速「いしかりライナー」が廃止され、手稲駅～札幌駅～江別駅間の本数が整理された。 新形式H100形が導入された。
東日本 - 東日本旅客鉄道株式会社プレスリリース 2019年12月13日 - 東日本旅客鉄道株式会社新潟支社プレスリリース 2019年12月13日 駅（常磐線以外） 山手線・京浜東北線の田町駅 - 品川駅間に高輪ゲートウェイ駅が開業した 。 常磐線 - 東日本旅客鉄道株式会社プレスリリース 2020年1月17日 本改正にて、東日本大震災とその後の福島第一原子力発電所事故の影響により運転を見合わせていた常磐線の富岡 - 浪江間が9年ぶりに運転再開された。これをもって常磐線は全線復旧となった。普通列車は原ノ町駅で系統分離された。特急「ひたち」の3往復が仙台駅発着に延長設定された。 臨時駅だった常磐線のJヴィレッジ駅が常設化された 。 佐貫駅が「龍ケ崎市駅」に改称された - 東日本旅客鉄道株式会社水戸支社プレスリリース 2019年12月13日 。 これまでいわき発着だった「ときわ」83号・64号が高萩駅発着に短縮され、いわき駅発着の「ときわ」が廃止となった。 特急列車（常磐線以外） 「スーパービュー踊り子」に代わり、新たに新形式E261系による「サフィール踊り子」が設定された 。 「踊り子」の一部にE257系が投入された。今後185系を順次置き換える。また、号数付番の方法が変更された。 「富士回遊」が1往復増発されＪＲ東日本ダイヤ改正 一部の「あずさ」峡東３駅に停車. UTYテレビ山梨. 2020年3月15日配信, 2020年4月12日閲覧.、新たに千葉始発の列車が設定された -東日本旅客鉄道株式会社千葉支社プレスリリース 2019年12月13日 - 東日本旅客鉄道株式会社八王子支社プレスリリース 2019年12月13日 - 東日本旅客鉄道株式会社八王子支社プレスリリース 2019年12月13日 。また、「富士回遊」全列車が富士急行線下吉田駅に停車するようになった 。 「あずさ」のうち南小谷駅発着となる列車が変更された。また、甲州市・山梨市・笛吹市からの反発を受けた形で、2019年（平成31年）3月16日のダイヤ改正で全列車が通過するようになっていた塩山駅・山梨市駅・石和温泉駅の特急停車が復活したほか、大月駅・韮崎駅・富士見駅・下諏訪駅・岡谷駅・塩尻駅の停車本数が増加した - 東日本旅客鉄道株式会社長野支社プレスリリース 2019年12月13日 岡谷、下諏訪、富士見駅 あずさ停車増を歓迎. 長野日報. 2020年3月15日配信, 2020年4月12日閲覧.。 「あずさ」「かいじ」の号数が、これまでの列車別から、新宿駅発着基準の上下両系統を合わせた運転順に変更された。これに伴い「あずさ2号」が廃止された全列車が下りは奇数、上りは偶数に指定され、下り始発あずさ1号（新宿～松本）に対し、上り始発はかいじ2号（竜王～新宿）・※はちおうじ2号（八王子～東京）・※おうめ2号（青梅～東京）となる。※土曜・休日運休 。 東京18:30発の「はちおうじ」が「おうめ」に変更された。 インバウンド需要の増大を受け、東京駅 - 成田空港駅間を6両編成で運転していた「成田エクスプレス」2往復が12両編成に変更された。これにより、同区間では全列車が12両編成で運転されるようになった。 普通・快速列車（常磐線以外） 中央・総武線各駅停車の各駅でホームドアが設置されることに伴い、従来早朝・深夜に運行していた東京駅発着の中央線各駅停車と御茶ノ水駅折り返しの総武線各駅停車の運転を終了した 。これに伴い、東京・新宿方面から八王子駅・西八王子駅・高尾駅に至る終電の時刻が繰り上がった。 ホームドアの設置準備のため、中央・総武線各駅停車における6ドア車の運用が終了し、1990年（平成2年）から続いていた6ドア車の歴史に幕を下ろした。 これまでダイヤ乱れ時を除き全列車E233系で運転されてきた中央特快のうち、平日の下り1本が209系1000番台で運転されるようになった。 深夜時間帯に中央特快が1.5往復設定された。 毎日運転の臨時列車だった成田線成田空港駅23時45分発（空港第2ビル駅23時47分発）の快速千葉行きが定期列車に昇格した。 両毛線のあしかがフラワーパーク駅・南武線（南武支線）の小田栄駅発着の運賃を新たに設定し、運賃特例が廃止された -東日本旅客鉄道株式会社高崎支社プレスリリース 2020年1月31日 - 東日本旅客鉄道株式会社横浜支社プレスリリース 2020年1月28日。 南武線では、平日夕方の川崎発登戸行き1本および稲城長沼発川崎行き1本が川崎駅 - 立川駅間の運転に変更された。 従来全車自由席だった磐越西線の郡山駅 - 会津若松駅間の快速列車のうち、3往復に指定席を導入して快速「あいづ」という名称が設定された 。 仙台 - 仙台空港間で設定されている2両編成の列車のうち、7往復が4両編成に変更された。 山田線の快速「リアス」が千徳駅に停車するようになった。 Suica関連 鹿島線でSuicaの利用が開始された。
東海 - 東海旅客鉄道株式会社プレスリリース 2019年12月13日 駅 参宮線の臨時駅池の浦シーサイド駅が廃止された。 東海道本線の袋井 - 磐田間に御厨駅が開業した 。
西日本 - 西日本旅客鉄道株式会社プレスリリース 2019年12月13日 特急列車 特急「はるか」に新型車両271系が投入された。これにより、従来平日6本・土休日3本を除き6両で運行していた「はるか」は全列車9両に変更された -西日本旅客鉄道株式会社近畿統括本部プレスリリース 2019年12月13日 。 特急「くろしお」の和歌山方面行き2本・新大阪行き3本が日根野駅に新規停車し、「くろしお」の全列車が日根野駅停車となった。また、「パンダくろしお（Smileアドベンチャートレイン）」はこれまでランダムに運用されてきたが、特定の列車に毎日充当されるようになった - 西日本旅客鉄道株式会社和歌山支社プレスリリース 2019年12月13日。 普通・快速列車 JR宝塚線で、日中時間帯の丹波路快速・快速は、大阪駅～宝塚駅間で通過運転する区間快速に変更された。この時間帯の普通列車は新三田駅発着から宝塚駅発着に変更された。 大和路線のJR難波駅と和歌山線の高田駅を直通する快速の日中時間帯の運転が取り止められた。代替として、王寺駅 - 高田駅間で普通列車が運転される。 一部6両編成で運転されていた「大和路快速」が全列車8両編成となり、大阪環状線の列車は特急列車を除いて8両編成に統一された。 西九条駅構内の配線が一部変更されたため、JRゆめ咲線では平日朝方に2往復増発された。 奈良線では、土曜・休日の「みやこ路快速」が全列車6両編成で運転されるようになった。 きのくに線では、113系2両編成で運転されていた御坊駅 - 紀伊田辺駅間の普通列車（ワンマン）が227系に置き換えられ、車庫への出入庫を兼ねて運転されていた日根野駅 - 紀伊田辺駅間直通の普通1往復は和歌山駅で系統分割された。これにより、阪和線は特急以外の全列車が223系・225系に統一された。 日中の伯備線岡山駅 - 備中高梁駅間を結ぶ普通列車3往復は総社駅折り返しに見直された。3往復のうち岡山駅を発車する、倉敷方面、総社行きの列車は、10時40分発、11時41分発、12時17分発である。 2018年（平成30年）10月の豪雨災害復旧暫定ダイヤより曜日を問わず同じダイヤで運行していた山陽本線の糸崎駅 - 岩国駅間・呉線・可部線・芸備線の三次 - 広島間において、平日ダイヤと土休日ダイヤを分離した。 山陽本線の西条 - 広島間・広島 - 岩国間で快速「シティライナー」の運転を再開した - 西日本旅客鉄道株式会社広島支社プレスリリース 2019年12月13日。 宇部線において従来休日運休となっていた列車が毎日運行となり、時刻が毎日同じとなった。 終電時間の繰り上げにより、一部列車が運行を取り止めた。
四国 - 四国旅客鉄道株式会社プレスリリース 2019年12月13日 駅 予讃線の北伊予 - 伊予横田間に南伊予駅が開業した 。 特急列車 特急「南風」の3往復が宇多津駅に停車するようになった。これにより、「南風」の全列車が宇多津駅停車となった。また、南風6号が中村始発から高知始発に変更（中村発高知行きのあしずりを設定）され、「南風」の全列車の運転区間が岡山 - 高知間に統一された。 普通・快速列車 高松駅を10時台〜15時台に発車する快速「マリンライナー」・快速「サンポート」・予讃線普通列車の発車時刻がパターン化された。 各路線で、朝晩を中心に、列車の運行時刻・区間が見直された。
九州 - 九州旅客鉄道株式会社プレスリリース 2019年12月13日 普通・快速列車 新形式YC1系が導入された 。 朝ラッシュ時に香椎線の列車が鹿児島本線へ直通するようになった。 松浦鉄道西九州線からJRの佐世保線（早岐駅 - 佐世保駅間）への片乗り入れ運転が廃止された 。
貨物 - 日本貨物鉄道株式会社プレスリリース 2019年12月13日 星川功一. 2020年の春どう変わったのか？ダイヤ改正を経た「鉄道貨物輸送」を追う. Get Navi. 2020年3月22日配信. 2020年4月12日閲覧. 駅 JR松山駅付近連続立体交差事業に伴い、現在の松山駅（貨物）が予讃線の北伊予駅 - 伊予横田駅間へ移転し、あわせて松山貨物駅に改称された 。 貨物列車 73列車から76列車の牽引機がEF66形に変更されたEF66形が常磐線へ乗り入れ railf.jp 2020年3月16日。 EF210形300番台の増備に伴い、運用範囲を吹田貨物ターミナル以東へと拡大したEF210形300番台の運用範囲が拡大 railf.jp 2020年3月15日。 最後の石炭輸送列車が廃止された。
5月7日 札沼線の北海道医療大学 - 新十津川間が廃止され、石狩当別 - 北海道医療大学間の列車の本数が削減された。
6月6日 東武鬼怒川線の東武ワールドスクウェア駅が終日営業となったため、「きぬがわ」「スペーシアきぬがわ」の全列車が東武ワールドスクウェア駅に停車するようになった。
8月8日 九州 熊本地震の影響により長らく不通となっていた豊肥本線が全線で運転を再開した。 九州横断特急の運転区間が震災前の熊本 - 別府間に戻った。このうち、71号と74号は土休日だと「あそぼーい！」として運行される。 熊本 - 宮地間の特急「あそ」が設定された。
11月1日 牟岐線の阿波海南 - 海部間がDMV工事に伴い、阿佐海岸鉄道に移管されたため、全ての列車が阿波海南発着に改められた。
2021年（令和3年） 3月13日 各社でダイヤ改正を実施。
前年からの新型コロナウイルス感染症の世界的流行により多くの鉄道会社で輸送人員が減少した影響を受け、優等列車・普通列車とも減便が目立つ改正となったほか、夜間時間帯の利用者が特に減少している点および終電後の保守作業時間確保の観点から、JR東海を除く各社で終電の繰り上げを実施した。また、これに追随する形で多くの私鉄各社が同日にダイヤ改正を実施し、終電の繰り上げや減便が実施された。
新幹線 東海道・山陽・九州新幹線2021年3月ダイヤの見直し - 九州旅客鉄道、2020年12月18日 東海道・山陽区間では、前年夏より営業運転を開始した「N700S」の増備に伴い運用が一部固定化された。また、日中に東海道・山陽新幹線を直通する臨時「のぞみ」が増発され、定期列車と合わせ毎時6本となった。 山陽区間の一部「こだま」の運行を取りやめ。 九州区間では「つばめ」と「さくら」を合わせ、全体の約1割にあたる15本が削減され、筑後船小屋駅始発・終着の「つばめ」が消滅。 東北・北海道・上越・北陸新幹線 共通事項 上野 - 大宮間の最高速度を130 km/hに引き上げたことにより、所要時間が1分程度短縮された。 東北・山形・秋田・北海道新幹線 - 東日本旅客鉄道株式会社仙台支社プレスリリース 2020年12月18日 - 東日本旅客鉄道株式会社盛岡支社プレスリリース 2020年12月18日 - 北海道旅客鉄道株式会社プレスリリース 2020年12月18日 「はやぶさ」が1往復（20号・37号）が削減された。 「はやぶさ・こまち45号（新青森・秋田行）」が上野駅に新規停車。 上越・北陸新幹線 - 東日本旅客鉄道株式会社新潟支社プレスリリース 2020年12月18日 - 東日本旅客鉄道株式会社長野支社プレスリリース 2020年12月18日 越後湯沢駅以北におけるE4系16両編成の運行が終了した。 一部の「つるぎ」の運行日を限定した。
北海道 特急列車の大幅な見直しが行われ、特急「北斗」や特急「カムイ」などが減便（一部は臨時列車化）されたほか、特急「大雪」の全列車と特急「サロベツ」1往復は閑散期の火 - 木曜日に運休となる臨時列車に格下げされた。 苫小牧地区と旭川地区の普通列車にH100形が投入され、室蘭本線や宗谷本線（旭川 - 名寄間）などで営業運転を開始した。 本改正でも利用客の少ない駅の見直しが行われ、函館本線・宗谷本線・石北本線・釧網本線で合わせて18駅が廃止された。
東日本2021年3月ダイヤ改正について - 東日本旅客鉄道株式会社プレスリリース 2020年12月18日 在来線特急列車 「踊り子」の使用形式をE257系に統一。後述のライナー列車廃止と合わせて185系は定期運用から離脱、JR東日本管内における国鉄型特急車両の定期運用が終了した。 これに伴い、臨時列車として設定されていた我孫子駅発着の列車が廃止された。 「湘南ライナー」「おはようライナー新宿」「ホームライナー小田原」をすべて廃止し特急「湘南」に格上げされた。これにより、215系電車は定期運用から離脱した。 その「踊り子」「湘南」では本改正にて、普通車のすべての座席が指定可能となるなどの新たな着席サービスが導入された。これに伴い、これまで特急料金が設定されていなかった伊豆箱根鉄道駿豆線内（三島駅 - 修善寺駅間）においても、本改正にて特急料金が設定された。 「成田エクスプレス」では高尾駅発着の列車（2往復）が、八王子駅発着に見直されたほか8号の行き先が新宿行きから池袋行きに延長された。 上野発22時台終わりの「スワローあかぎ」10号が廃止となった。 休日の「あかぎ」の指定席をグリーン車含めて5両に拡大した。 前橋駅発着は高崎駅発着に見直され、両毛線への直通運転を終了。 首都圏在来線 東海道線の快速「アクティー」の日中および上りの運行と通勤快速を廃止し、「アクティー」は夜の東京発下り2本のみに。これにより、特急を除く日中の速達列車は湘南新宿ライン特別快速だけになった。 平日ダイヤの東海道線藤沢始発の列車1本を辻堂始発に変更した。 宇都宮線・高崎線の通勤快速を廃止し、それぞれ「ラビット」と「アーバン」に統一。 宇都宮線快速の停車駅に東大宮駅を追加。 常磐線各駅停車では、土曜・休日における我孫子駅 - 取手駅間の運転が取り止められた。自動列車運転装置（ATO）を使用した運行が開始された。 千葉地区では新型車両E131系電車0番台が投入され、ワンマン運転が開始された。また内房線・外房線でも日中を中心に木更津駅 - 安房鴨川駅 - 上総一ノ宮駅間直通の列車が設定されワンマン運転が開始された。 水戸線では、常磐線直通列車を含む全列車でE531系5両編成によるワンマン運転が開始された。 215系電車の定期運行終了に伴い、臨時快速「ホリデー快速ビューやまなし」が廃止された。 機関車と長物車を用いたレール輸送が終了し、キヤE195系気動車に置き換えられた。 その他の在来線 東日本台風で被災した水郡線は3月27日に全線で復旧した。 奥羽本線では、秋田市内に泉外旭川駅が開業した一方、福島市内の赤岩駅が廃止された。 東北本線（仙台地区）では、輸送障害発生時の影響範囲縮小の観点から、日中時間帯は福島駅 - 白石駅間と白石駅 - 仙台駅間に系統分割され（白石駅では同一ホームで相互連絡）、快速「仙台シティラビット」が普通列車に変更される形で廃止された。 「らくらくトレイン村上」が廃止され、「おはよう信越」と「らくらくトレイン信越」が「信越」に統合された。 秋田・青森地区では、40系気動車の一般車が運行を終了し、男鹿線の全列車が蓄電池電車EV-E801系電車（ACCUM）に置き換えられたほか、五能線の「リゾートしらかみ」を除く全列車と奥羽本線・津軽線の一部列車がGV-E400系気動車に置き換えられた。 青森発着の快速「しもきた」が廃止され、代わりに大湊線内で完結する快速「しもきた」が設定された。 その他の事項 交通系ICカード入場サービス「タッチでエキナカ」のサービスを開始し、Suica、PASMOなどといった交通系ICカードを入場券代わりに使うことができるようになった（東日本旅客鉄道株式会社ICカード乗車券取扱規則 第54条と第54条の2）。ただし、定期券の区間内で「タッチでエキナカ」を試みると、システム上運賃は引かれないが、規定により悪用を禁じている。
東海 プレスリリース上の主要トピックスには、在来線は記述されなかった。 これまでTOICAが使用できなかった会社境界線の駅である国府津駅、熱海駅、米原駅でTOICAが使用できるようになった。ただし、エリアをまたいでの利用はできない。 列車面では、一部列車の時刻修正および鳥羽駅の0番線使用停止など一部の設備使用見直しのみに留まった。 減便、終電繰り上げは実施されなかった。
西日本 在来線特急列車 「はるか」は米原駅 - 野洲駅間での運転を取りやめ、野洲駅・草津駅発着の全列車が南草津駅・山科駅停車となった。また、一部の「はるか」が9両編成となり、これにより休車となっていた271系電車の運行が再開された。 「はしだて」1号・6号の時刻を変更し、天橋立の滞在時間が増加した。 「はまかぜ」「びわこエクスプレス」が全車指定席となった。 「びわこエクスプレス」については、新たに南草津駅にも停車するようになった。 「らくラクはりま」の運行区間を新大阪駅まで延長した。また、大久保駅を停車駅に追加した。 夕方の下り「こうのとり」が新たに西宮名塩駅に停車するようになった。 「サンダーバード」「くろしお」「こうのとり」「きのさき」の一部列車が週末および土曜・休日を中心とした運転に見直されたほか、「はるか」は改正前30往復のうち19往復（日中は全列車）が臨時列車に格下げ。また「ダイナスター」1往復の運転も取り止められた（臨時列車に格下げ）。 京阪神地区 関西本線の亀山駅 - 加茂駅間でICOCAの使用が開始された。 主要線区で最終列車の繰り上げが行われた。 大阪環状線では、土曜・休日の10時台から12時台における京橋駅 - 桜島駅間の一部列車が廃止または大阪駅発着に短縮された。また桜島線で平日朝方の一部列車の運転が取り止められた。 嵯峨野線では、朝方の園部方面行きの快速列車が普通列車に変更されたほか、日中に京都駅 - 嵯峨嵐山駅間を運転する普通列車が取り止められた。 湖西線では、日中の近江舞子駅発着の普通列車の一部が堅田駅発着に見直された。また、土曜・休日の日中における京都駅 - 堅田駅間を運転する普通列車が取り止められた。 北陸地区 七尾線では普通列車が521系に統一され、同線でICOCA（車載型改札機）の使用が開始された。これに伴い、415系800番台と413系の運行が終了した。413系には最後の急行型電車として知られていたクハ455形700番台も含まれていたため、急行型電車のJRにおける定期運用が完全に終了となった。また、北陸本線の敦賀駅 - 金沢駅間でも普通列車が521系に統一された。 北陸本線、越美北線、城端線、氷見線、高山本線で始発列車の繰り下げ、北陸本線、小浜線で最終列車の繰り上げが行われた。 和歌山地区 紀勢本線（きのくに線）の紀伊田辺駅 - 新宮駅間の全列車を227系に置き換えると同時に、同区間におけるICOCAの使用が開始された。これにより関西エリアから105系の定期運用が消滅した。 紀勢本線の和歌山駅 - 御坊駅間で始発列車の繰り下げ、最終列車の繰り上げを、和歌山駅 - 和歌山市駅間で始発列車の繰り下げを行った。 日中の和歌山駅 - 御坊駅間の普通列車4往復を和歌山駅 - 湯浅駅間に短縮した。 北近畿地区 山陰本線の園部駅以北、舞鶴線、福知山線の篠山口駅以北でICOCAの使用が開始された。 福知山線・播但線・山陰本線で最終列車の繰り上げが行われた。 山陰本線（園部駅 - 鳥取駅間）・舞鶴線・播但線（寺前駅 - 和田山駅間）の快速列車が普通列車に変更された。 日中の時間帯の一部が園部駅 - 胡麻駅間の運行に見直された。 播但線では、日中の姫路駅 - 福崎駅間の普通列車を増発し、同区間は日中毎時2本となった。また、寺前駅 - 和田山駅間の普通列車1往復が豊岡駅直通になった。 岡山地区 津山線で始発列車の繰り下げ、最終列車の繰り上げを行った。 吉備線（桃太郎線）の夕方時間帯が30分間隔のパターンダイヤとなった。 山陽本線において、日中の和気駅 - 岡山駅間の普通列車を瀬戸駅 - 岡山駅間に短縮し、和気駅 - 瀬戸駅間は毎時1本の運転となった。 赤穂線において、日中の長船駅 - 岡山駅間の普通列車を西大寺駅 - 岡山駅間に短縮した。 山陽本線において、土曜・休日の快速「サンライナー」を上下16本から上下3本に減便した。 広島・山口地区 山陽本線、呉線、芸備線、福塩線、可部線、岩徳線、宇部線、美祢線、小野田線、山陰本線で最終列車の繰り上げを行った。 日中の糸崎駅 - 広島駅間の普通列車を白市駅 - 広島駅間に短縮し、糸崎駅 - 白市駅間は毎時1本の運転となった。 土休日に運行されていた快速「シティライナー」について日中の運行を取りやめるとともに、平日の普通列車を減便し、平日・土曜・休日とも広島駅 - 大野浦駅間は毎時4本、大野浦駅 - 岩国駅間は毎時2本の運転となった。 芸備線において、日中の志和口駅 - 下深川駅間を減便するとともに、快速「みよしライナー」を減便した。 可部線において、平日朝の梅林駅 - 緑井駅間を増便した一方、日中の緑井駅 - あき亀山駅間を毎時2本に減便した。 山陽本線において、日中の岩国駅 - 小月駅間を減便した。 山陰本線において、日中の小串駅 - 下関駅間を減便した。 山陰地区 山陰本線で最終列車の繰り上げを行った。 山陰本線において、一部の快速列車の停車駅を増やした。また木次線の南宍道駅が全列車停車駅となった。
四国 「南風」「しまんと」が全列車2700系での運転となった。 「ミッドナイトEXP高松」「ミッドナイトEXP松山」が廃止された。 予土線の列車が減便され、特に江川崎駅 - 窪川駅間は1日4往復に減らされた。
九州 大分駅発最終列車の時刻がこれまでの23時40分発から10分繰り上がり、23時30分発に変更。 長崎地区におけるキハ200系気動車の定期運用が終了した。 「有明」が廃止された。
夜行列車 前述の特急「湘南」の運行開始に伴い、寝台特急「サンライズ出雲・瀬戸」出雲市・高松行の東京駅発車時刻がこれまでの22時00分から21時50分に繰り上げられた（熱海駅から先は改正前のダイヤを踏襲）。 185系電車の老朽化と新型コロナウイルス感染症拡大に伴う生活様式の変化に伴い p.2「臨時の快速「ムーンライトながら」につきましては、お客さまの行動様式の変化により列車の使命が薄れてきたことに加え、使用している車両の老朽化に伴い、運転を終了いたします。」、臨時快速「ムーンライトながら」を廃止。「大垣夜行」から続く東京 - 大垣間での夜行快速の歴史に終止符が打たれた。
貨物 大手運送会社のブロックトレインが増発された。安治川口駅ー盛岡貨物ターミナル駅間では福山通運の専用列車「福山レールエクスプレス」が(運行開始は同年3月23日)、名古屋貨物ターミナル駅ー福岡貨物ターミナル駅では西濃運輸の混載列車「カンガルーライナー」が(運行開始は同年3月29日)、それぞれ1往復ずつ増発された。なお、この他に東京貨物ターミナル駅ー東福山駅で、西濃運輸の「カンガルーライナー」1往復が新たに設定されていたが、こちらの運行開始は同年10月5日となった。(鉄道貨物協会発行の「2021貨物時刻表 2021年3月ダイヤ改正」には掲載されていた。) 名古屋地区で運行していたDD51形ディーゼル機関車の運行が終了、1962年（昭和37年）の登場以来、59年間続いていた定期運用が消滅した。