水上氏（みずかみし、みずかみうじ）は、日本の氏族。清和源氏の河内源氏の流れをくみ、武家の有職故実を伝える一族としても知られる。家紋は三階菱または、桐紋。
概要 本姓は源氏。清和源氏の名門小笠原氏（信濃源氏）の庶流とされる。皆神（水上）神社を起源とする書物も現存しており、公家のうち、文官となった武家であり、高家を維持した。甲斐武田氏の旧臣であり、6代・水上興正のとき、上級旗本の家格にして、のちの礎を築いた。
一族 織田信貞（織田信長の九男） 織田信任（水上家に分家する直近の旗本、子は水上嘉平次） 織田信節（旗本・水上興正の六男） 水上勉 - 作家、松平康親の曾孫である旗本・水上正勝の子孫
参考文献
原本は明治5年水上氏系譜 丸山文庫（参考: レファレンス協同データベース）
古文書 水上、岩間 記録御用所本 天正一〇年九月五日(1582) 徳川家康、水上利光等をして、本領筑摩郡小松の地等を安堵せしむ、 家康、津金胤久等に知行を宛行ふ、 国立公文書館蔵公文書 国立公文書館蔵内閣文庫蔵多門櫓文書 東京都公文書館蔵公文書
水上利光が、徳川家康より領土を安堵、古文書記載。（83頁） 豊前国のお城一覧（福岡県北九州市） 水上城址
関連項目 高家 (江戸時代) 旗本寄合席 霞会館 出早雄命（皆神神社）