thumb|250px|現在の門司区 門司の歴史（もじのれきし）では、現在の福岡県北九州市門司区に当たる地域の歴史について述べる。
概要 260px|center|宇宙から撮影された門司区
三角山 194m
矢筈山 266m 戸ノ上山 517.8m 門司は、本州から九州への玄関口であり、また、日本海と瀬戸内海を結ぶ場所でもあり、古くから交通の要衝であった。豊国（後に豊前国）企救郡に属し、大化の改新の頃に関所（門司関）が設けられたと推測される。「門司」の名の初出は、天平年間の木簡であり、「門を司る」すなわち関所の意味と考えられる（→飛鳥・奈良・平安時代）。
平安末期には、九州北部との結び付きの強かった平氏が門司を支配したと考えられ、屋島の戦いに敗れた平氏は、門司関に拠り、この地に安徳天皇の「柳の御所」を構えたが、関門海峡の壇ノ浦の戦いで敗れ、滅亡した。その後は平家没官領として鎌倉幕府に与えられた。13世紀半ば、下総親房が得宗によって地頭職に任命されて門司関に下向し、その後土着化して門司氏を称するようになった。鎌倉時代後期に豊前国守護として企救郡を支配したのは北条氏の一族金沢氏であった（→源平合戦・鎌倉時代）。
南北朝時代、九州北部では、北朝九州探題方に対し南朝宮方（懐良親王派）が次第に優勢となったが、門司氏一族は探題方と宮方に分裂し、門司城や猿喰城をめぐって攻防戦が続いた（→南北朝時代）。戦国時代には、中国地方の大守護大内氏が門司氏を国人として家臣団に組み込みながら、北九州に勢力を及ぼした。門司は、日明貿易の拠点としても重要な役割を果たした（→大内氏）。陶晴賢の謀反によって大内氏が滅ぶと、戦略上の要地であった門司城は毛利元就と大友義鎮（宗麟）との間で度重なる奪取合戦の的となった（→門司城の戦い）。豊臣秀吉の九州国分で、門司を含む企救郡は毛利勝信に与えられた（→安土桃山時代）。
関ヶ原の戦い後、豊前国は細川忠興に与えられ、門司は小倉藩の統治下に置かれた。一国一城令によって門司城は破壊された（→細川氏）。1632年に移封した細川氏のあとに小笠原忠真が入国し、小倉藩を引き継いだ。大里地区は関門海峡を渡る際の宿駅・港町として各藩の本陣が設けられたが、北前船航路の寄港地として繁栄した下関に比べると、田野浦港が風待ち、汐待ちの補助的な港として利用されたにとどまった。今の門司港地区は、塩田が広がるひなびた土地であった（→小笠原氏）。開国後、小倉藩は佐幕派に立ち、第二次長州征討に際しては、幕府から尊攘倒幕派の長州藩への討ち入りを命じられたが、逆に長州軍が田野浦や大里に上陸して侵攻してきて小倉藩は撤退を余儀なくされ、門司を含む企救郡は、明治3年まで長州藩の占領支配下に置かれた（→幕末・明治維新）。
寒村であった門司の転機が、1889年（明治22年）以降の築港と鉄道敷設であり、門司港は筑豊の石炭の輸出港として急速に発展を始めた。商社や金融機関が次々門司港に支店を構え、大里地区には鈴木商店系の製糖・製粉などの工場が建設された。1899年（明治32年）にはいち早く市制施行し門司市が成立した（→明治時代）。大正時代にかけて、門司港は石炭輸出からセメント会社、製糖会社、紡績会社などの製品輸出・原料輸入にシフトしていき、日本有数の貿易港として栄えた。「バナナの叩き売り」も名物となった。門司港地区には銀行や商社が集まり、「一丁倫敦」と呼ばれた。一方、港湾労働者の生活水準は低く、米騒動も大規模化した（→大正時代）。昭和期に入ると大連航路などの国際航路も開けた。貨物量の激増を受けて関門鉄道トンネルが開通したのは1942年（昭和17年）である。太平洋戦争末期には、門司は度々空襲を受けたほか、関門海峡への機雷投下を受け、海峡が封鎖される事態となった（→戦前から太平洋戦争）。
戦後は、機雷による港湾閉鎖が長期化したこと、主要な貿易先であった中国との国交が断たれたことなどから、門司港の地位は低下していった。1963年（昭和38年）、門司市は小倉市、若松市、八幡市、戸畑市と五市対等合併し、北九州市の門司区となった。1958年（昭和33年）の関門トンネル開通に続き、1973年（昭和48年）の関門橋開通、1975年（昭和50年）の新幹線開通により、門司の通過点化が進み、企業は小倉や福岡市に流出し、経済はますます沈滞した。末吉興一市長が打ち出した「門司港レトロ」構想によって、門司港地区に残る歴史的建造物の保存・活用が行われ、1995年（平成7年）にグランドオープンした。その後も観光開発が進み、賑わいが生まれた。一方、観光以外の地域の活性化には課題もある（→戦後）。
縄文・弥生時代 周防灘側の猿喰や平山では、縄文時代のものと見られる土坑墓が発見され、櫛毛川や中畑では、土器、鏃が発見されている。これらは、九州自動車道建設の際の調査で発見された。中畑遺跡（縄文後期後葉）では、竪穴建物跡が確認され、式土器を出土した。櫛毛川遺跡（縄文後期末葉-晩期初頭）で発見された土器は、小さな破片ばかりである北九州市史編さん委員会 (1985: 271-73, 275-78)、田郷 (1987上: 22-30)。。
弥生時代の遺跡としては、大里地区の大里桃山遺跡、周防灘側の大積浜方遺跡で、土器等が出土している。弥生時代、稲作の先進地域だった北部九州の中でも、遠賀川以東の北豊前は、遠賀川以西（福岡平野、筑後平野、唐津平野）とは文化が異なり、重弧紋、綾杉紋、羽状紋、山形紋などを施した多彩な壺は北豊前独特の文化であるとされる米津監修 (1992: 34-35)。。
古墳時代 古墳時代の遺跡としては、周防灘側の猿喰に船泊古墳、大里地区に黄金塚古墳、小森江地区の門司港寄りに丸山古墳と呼ばれる古墳があったとされるが、現存しない。丸山古墳は、1916年（大正5年）に工事で破壊され、五獣鏡1（東京国立博物館蔵）、鉄刀3が発見された北九州市史編さん委員会 (1985: 751-52)。。企救半島は、当時、豊国企救郡に属していたが、豊国の中では京都郡（現代の行橋市、勝山町、苅田町）にひときわ大きい前方後円墳が多数作られており、京都郡の首長が大和政権との結び付きを築いていたと考えられる米津監修 (1992: 41-43)。。企救郡の中では、小倉南区の曽根、貫に前方後円墳が集中している米津監修 (1992: 44)、北九州市史編さん委員会 (1985: 881)。。
大和時代には、新羅、百済、高句麗の船が関門海峡に発着したと考えられる。門司には、関門海峡沿いに町、町、小森江、周防灘沿いにという地名が残っており（一部は町名改正により消滅）、3国と縁のある地名であるとされる田郷 (1987上: 49-54)（下巻はしがきに「高麗町」の読みにつき正誤表あり）。。
527年、筑紫国の豪族磐井による磐井の乱が起き、磐井は火国・豊国まで勢力を張ったが、ヤマト王権によって鎮圧された川添ほか (1997: 36-37)。。その戦後処理として、ヤマト王権は征服地に屯倉を設置したが、その一つであるは、山陽道が関門海峡を渡る地点である門司の田野浦に当たると見られる。有力な豪族の支配地域ではなく、軍事・交通上の理由から屯倉が置かれたと考えられる米津監修 (1992: 45-47)。。
飛鳥・奈良・平安時代 thumb|left|200px|和布刈地区にある「門司関址」石碑。 646年（大化2年）、改新の詔が出され、その中に「関塞」を置くとの文言がある。この時、門司に関所（関、後に門司関）が設けられたと推測されている北九州史跡同好会 (1986: 10)、田郷 (1987上: 78)。。和布刈神社の近くに、門司関址の碑が建てられている。
701年（大宝元年）に制定された大宝令により、大宰府の官制が確立し、大宰府が西海道（九州の筑前、筑後、豊前、豊後、肥前、肥後、日向、薩摩、大隅の9国と3島）を管轄することとなった川添ほか (1997: 42)。。この頃（7世紀末）、豊国は豊前国と豊後国に分割されており米津監修 (1992: 49)。、門司は小倉とともに豊前国企救郡に属する。西海道の調庸は、その他の地域と異なり、京ではなく大宰府に納められ、大宰府から京進分が京に送られる仕組みであった川添ほか (1997: 43-46)。。
thumb|right|200px|和布刈神社拝殿。 大宰府を中心に道路網が整備され、大宰府から京に向かう大宰府道は、門司の杜埼の駅家に至って関門海峡を渡り、山陽道に通じていた米津監修 (1992: 51)。。延喜式には、「豊前国 社碕 到津各十五匹」との記載がある。杜埼（社碕）の場所については、田野浦ないし和布刈とする見方米津監修 (1992: 51)、佐々木 (2013: 174-75)。、小森江あるいは小倉北区合馬との見方羽原 (2016: 98)。がある門司市編 (1933: 12-15) は、諸説を挙げた上、いずれとも定め難いとする。。710年（和銅3年）には、和布刈神社の和布刈神事でとれたわかめを朝廷に献上したとの記録がある。
『万葉集』には、門司を詠んだ可能性のある歌がいくつか収載されている。
これは、柿本人麻呂が京から大宰府へ向かう途中に赤間関から門司関へ渡る際に詠んだ歌であるとの見方がある。
これは、720年（養老4年）に隼人の反乱鎮圧のため征隼人持節大将軍に任じられた大伴旅人が同様に門司関に渡った際に吉野を懐かしんで詠んだと言われる（異説もある）。
740年（天平12年）には、大宰少弐（大宰府長官）である藤原広嗣が反乱を起こし、筑前・豊前・隼人の兵を率いたが、鎮圧された米津監修 (1992: 53-54)。。
山口県美東町の長登銅山跡で出土した天平年間の木簡に「豊前門司」とあるのが、門司の名の初出である。文献上の初出としては、796年（延暦15年）11月21日の太政官符に「豊前門司」という地名が見える（『類聚三代格』所収）門司市編 (1933: 10)、「角川日本地名大辞典」編纂委員会 (1988: 1345)、佐々木 (2013: 154)。。これによると、大宰府管内から瀬戸内経由で摂津国難波に至る海上通行に際し、門司で大宰府発行の過所の勘検が行われていたという「角川日本地名大辞典」編纂委員会 (1988: 1345)。。「門を司る」すなわち関所の意味と考えられる北九州史跡同好会 (1986: 5)。。それと同時に、旧名の「もり」が「もじ」になまったという考え方もある田郷 (1987上: 79)、八木田 (2010: 1)。。『日本三代実録』によれば、門司は、豊前国司の監督のもと、大宰府の管轄下にあった平凡社地方資料センター編 (2004: 1255)。。1001年（長保3年）に大宰帥に赴任した平惟仲は、佐伯良方を門司関別当に任じ、宇佐神宮に対する圧迫政策をとったが、激化する対立の中、1004年（長保6年）、佐伯が宇佐大宮司邦利の従類に殺害される事件が起きた。その後も大宰府と門司関との密接な関係は続いた北九州市史編さん委員会 (1992: 312-13)、米津ほか (1979: 65)。。
門司関は、音が通ずることから「文字関」とも呼ばれ、12世紀には歌枕として『梁塵秘抄』、『散木奇歌集』、『金葉和歌集』等の歌集に登場する「角川日本地名大辞典」編纂委員会 (1988: 1346)。。
源平合戦・鎌倉時代 thumb|right|200px|大里地区にある御所神社。安徳天皇の行在所（柳の御所）とされた北九州史跡同好会 (1986: 30)。。 保元の乱・平治の乱後の1167年に大宰大弐に任じられた平頼盛は、大宰府に現地赴任し、九州北部の有力武士との結び付きを強めた。平氏は対外交易を重視しており、その一環として、大宰府直轄下にあった門司関も支配下に収めたと考えられる米津監修 (1992: 66-67)、米津ほか (1979: 71)。。しかし、平氏は、1185年（寿永4年）に屋島の戦いに敗れて追い詰められ、門司関に拠り、西下する源氏と対決することとした川添ほか (1997: 65)。。平氏は、大里に安徳天皇の「柳の御所」を構えた米津監修 (1992: 67)。。なお、「」の地名は、内裏から来ている田郷 (1987上: 108-09)。。この時、平知盛が家臣紀伊通資に命じ、古城山に山城を築かせたのが、門司城の始めであるとされる北九州史跡同好会 (1986: 8)。。源義経が平氏の彦島の陣地を攻め、源範頼が九州に上陸して門司の城を破ると、追い詰められた平氏は、壇ノ浦の戦いで敗れた米津監修 (1992: 68)、八木田 (2010: 1-2)。。門司区内には、平氏の死者をとむらった数か所の平家供養塚や殿墓が残っている田郷 (1987上: 122-26)。。
平氏が九州に持っていた所領は平家没官領として召し上げられ、その多くが鎌倉幕府に与えられた。門司関もその一つである米津監修 (1992: 68)。。
thumb|left|200px|旧門司にある甲宗八幡神社。860年（貞観2年）、清和天皇の命による創建と伝えられ、神功皇后着用のを神体とする佐々木 (2013: 157)。。 1244年（寛元2年）、北条時頼の時代、門司氏の祖となる下総（藤原）が門司関に下向してきたと伝えられている。『門司氏系図』によれば、70余艘の兵船を率いてきたとされ、この水軍力によって関門海峡を守ったと考えられる米津監修 (1992: 68-70)。。北条氏が地頭職を有する門司関領田の代官（地頭代）に補任されたものと考えられる北九州市史編さん委員会 (1992: 386)、八木田 (2010: 5)。。もっとも、親房は、菊池氏の妨害により、赤間関から門司に上陸することができず、任命されてから11年後の1255年（建長7年）にようやく上陸することができたとされる。当時、門司関は、（門司港地区）、柳（大里地区）、大積、伊川、、片野（小倉北区三萩野付近）の門司関6か郷に分かれていた米津監修 (1992: 70)、川添ほか (1997: 111)、門司 (1975: 56)。。甲宗八幡神社は、もと門司関八幡宮といい、門司関6か郷の産土神として、門司氏の崇敬を受けた米津監修 (1992: 70)、門司 (1975: 263-64)。。門司6か郷には、下総氏が支配する門司関領田と、八幡宮領が混在していた北九州市史編さん委員会 (1992: 390)。。下総氏は、当初、本城である門司城のほかに、三角山城（楠原郷）、足立城（片野郷）、若王子城（柳郷）、寒竹城（吉志郷）、金山城（大積郷）の5支城を構えた門司 (1975: 59-62)。。
下総氏は、鎌倉末期から南北朝時代にかけて土着化して氏を称するようになり、それぞれの所領ごとに片野系門司氏、吉志系門司氏などと呼ばれる米津監修 (1992: 70)、川添ほか (1997: 111)。。門司氏は、得宗被官として、得宗領となった門司関を支配した北九州市史編さん委員会 (1992: 557)、川添ほか (1997: 111)。。また、鎌倉後期の1279年（弘安2年）頃、北条氏の一族北条実政（金沢実政）が豊前国守護であった時期に、企救郡が金沢氏の所領となったと考えられる北九州市史編さん委員会 (1992: 557)、米津監修 (1992: 72)。。これは元寇という外圧を背景に北条氏が鎮西探題を設置するとともに九州の守護職を奪っていった一環であり、九州で北条氏以外の有力守護に残されたのは少弐氏の筑前国、大友氏の豊後国、島津氏の薩摩国だけとなった川添ほか (1997: 129)。。
南北朝時代 260px|center|門司区の地図 周防灘 関門海峡 門司城 猿喰城 和布刈神社 甲宗八幡神社 楠原郷 柳郷 大積郷 伊川郷 吉志郷 片野郷 （黄色は現在の埋立地であり、その内側が当時の海岸線に近い） 長門国 1333年（元弘3年）、足利高氏（尊氏）が鎌倉幕府の六波羅探題を滅ぼすと、鎮西探題の支配を受けていた少弐氏・大友氏・島津氏が寝返って鎮西探題を滅ぼした川添ほか (1997: 138)。。後醍醐天皇による建武の新政が行われたが、金沢氏を継いで企救郡を領有していた北条高政（規矩高政）が建武政権に対する反乱を起こした。門司城では、柚板広貞、門司種俊（下総氏系の門司氏とは別系統と思われる。）が高政に与して立てこもった米津監修 (1992: 72-73)、門司 (1975: 116)。。
一方、下総氏系の門司氏としては、門司（吉志系）、門司親章（大積系）が足利尊氏に従っている米津監修 (1992: 73)、門司 (1975: 113)、八木田 (2010: 10)。。尊氏が門司6か郷の地頭となり、門司氏はその地頭代となったと見られる八木田 (2010: 10-13)。。尊氏は1336年（建武3年）に建武政権に反旗を翻して敗走し、大宰府に入ったが、この時、門司親胤も尊氏に従い、その軍功に対し尊氏からの感状を受け取っている米津監修 (1992: 74)、門司 (1975: 127-28)、八木田 (2010: 12)。一方、後に南朝宮方に付く門司親頼（伊川系）は、1336年（建武3年）の頃から、後醍醐天皇側に付いていたと見られる。当時、所領の相続等をめぐって惣領と庶子との間で一門が分裂することは珍しくなかった。門司 (1975: 128-29)。。
観応の擾乱で尊氏と足利直義が対立する中、直義の養子足利直冬が九州に入ると、九州は、北朝九州探題方（尊氏派・一色氏）、佐殿方（直冬派・少弐氏）、南朝宮方（懐良親王方・菊池氏）の三つ巴の複雑な情勢となった米津監修 (1992: 74-75)、門司 (1975: 134)、八木田 (2010: 21-22)。。1351年（北朝観応2年・南朝正平6年）から翌1352年（北朝文和元年・観応3年・南朝正平7年）にかけて、長門国守護の武村が、兵船で門司関を度々攻撃したが、直冬方に付いた門司親胤はその撃退に成功した北九州市史編さん委員会 (1992: 638)、米津監修 (1992: 74-75)、門司 (1975: 136-37)、八木田 (2010: 16-17)。北九州市史編さん委員会 (1992: 638)、米津監修 (1992: 75)、八木田 (2010: 16) は、親胤が直冬から関門海峡合戦の軍功を賞されていることから、直冬方に付いたとする。門司 (1975: 137-38) は、門司親胤が管領細川清氏の感状や軍忠状を受け取っており、年号に観応を用いていることから、親胤を北朝探題方とするが、この時期、観応の年号は直冬方のみ用いたとの指摘がある（北九州市史編さん委員会 (1992: 638)）。。
1352年、直冬が大宰府を去って中国地方に向かい、1355年（北朝文和4年・南朝正平10年）に懐良親王（征西将軍宮）が博多に入ると、九州は宮方の勢力下に入っていった川添ほか (1997: 141-42)。。門司氏の中では、門司親胤やその子を中心とする惣領家（吉志系、片野系、楠原系）は門司城を拠点とし、北朝探題方に従ったが、門司親頼を中心とする庶家（伊川系、柳系、大積系）は門司城を築き、征西将軍宮の令旨を奉受して南朝宮方に従った川添ほか (1997: 144)、門司 (1975: 155-56)。。宮方は1359年（北朝延文4年・南朝正平14年）の筑後川の戦いに大勝し、1361年（北朝康安元年・南朝正平16年）に探題方の拠点大宰府を制圧し、宮方菊池武光の軍勢が門司にも迫った川添ほか (1997: 141-42)、門司 (1975: 148-51)。。
1363年（北朝貞治2年・南朝正平18年）、探題方の門司親尚は門司城に立てこもり、企救郡に攻め寄せた宮方の菊池武光らに対し防戦した中村 (2016: 29)、門司 (1975: 161)。。その年の冬には、大内弘世・大内満弘の援軍を得た門司氏の探題方が、宮方だった柳城主門司を引き入れた上、宮方の門司親頼らが立てこもる猿喰城を攻撃した。2か月の激しい攻防戦の末、宮方の親頼らは討死した。親通は自害した中村 (2016: 27, 29)、門司 (1975: 164-66)。1364年（北朝貞治3年・南朝正平19年）、将軍足利義詮は、宮方が立てこもる門司の柳城を攻めた小野弾正左衛門尉に感謝状を出している。門司区寺内町の山中に柳城跡碑が建てられているが、そうではなく、柳城は猿喰城の別称ではないかとの指摘がある。中村 (2016: 28)。。猿喰城が落城したことにより、豊前の宮方勢力はいったん後退したが、1364年（北朝貞治3年・南朝正平19年）、探題方の大内氏と宮方の厚東氏との争いが発生する中、菊池武光が門司城を奪取したため、門司親尚は少弐冬資とともに赤間関に亡命し、宮方への反撃のため転戦を続けた門司 (1975: 173-77)、中村 (2016: 29)、八木田 (2010: 26)。。
1371年（北朝応安4年・南朝建徳2年）、室町幕府によって今川了俊が九州探題に任じられ、北九州に上陸すると、次々と宮方の拠点を落とした米津監修 (1992: 82-83)。。門司親尚は今川了俊のもとに参陣して九州各地を転戦し、了俊からの感状・軍忠状を受け取っている門司 (1975: 180-83)、八木田 (2010: 27-28)。。
戦国時代 大内氏 今川了俊に従って宮方打倒に貢献した大内義弘が豊前国守護に補任され、中国地方の大守護であった大内氏の勢力が北九州に及んできた川添ほか (1997: 147)。。一部の史書によれば、1397年（応永4年）、菊池武朝と少弐貞頼が蜂起した時、少弐の一族木綿和泉守が300余騎で門司城に立てこもり、義弘がこれを攻め落とし、以後は門司親常に門司城を守らせたとされる八木田 (2010: 36-37)。。義弘は1399年（応永6年）の応永の乱で守護職を失い、弟大内盛見は末弟大内弘茂に長門国・周防国を追われて豊後国に逃げた。盛見は、1401年（応永7年）に関門海峡を渡って領国を取り戻したが、この時、門司氏は盛見を助けている門司 (1975: 195-98)。。将軍足利義教の時、大内盛見が筑前・豊前国守護職を回復し、以後、大内氏が守護職を世襲した門司 (1975: 209)、川添ほか (1997: 147)。。九州では、筑前の少弐満貞、肥後の菊池兼朝、薩摩の島津氏、豊後の大友持直が割拠しており、大内氏の九州進出は激しい抵抗に遭ったが、大内持世の時、豊前・筑前両国の平定に成功した川添ほか (1997: 148)、門司 (1975: 198, 209-11)。。15世紀前半には九州探題の権威が失墜し、大内氏のような大名権力が荘園領主を支配するようになった川添ほか (1997: 151)。。企救郡で勢力を張る門司氏のような土豪は国人と呼ばれ、大内氏は、門司氏や筑前の麻生氏のような国人を家臣団に組み込むことで地域支配を図った米津監修 (1992: 95)。。
thumb|right|200px|李氏朝鮮の申叔舟が著した『海東諸国紀』（1471年）の「日本国西海道九州之図」。 15世紀後半頃から、大内氏は日明貿易の実権を握るようになり、門司関は赤間関とともに日明貿易の重要な発着所となった川添ほか (1997: 154)。。門司には、日明貿易に用いる勘合船を造る大規模な造船所があったと見られる門司 (1975: 287-88)、八木田 (2010: 39)、門司市編 (1933: 42-45)。。この頃成立した『海東諸国紀』の「日本国西海道九州之図」には、主要な港の一つとして「文字関」との記載がある川添ほか (1997: 155)。。
1467年（応仁元年）、応仁の乱が始まると、豊前・筑前を支配する大内政弘が上京して西軍（山名宗全方）の主力として参戦した。すると、1469年（応仁3年）、東軍の細川勝元の策動に応じて豊後国の大友氏が豊前に攻め入り、少弐政資も筑前・豊前に攻め入った。大内政弘は、1477年（文明9年）、京都で応仁の乱の和議締結に成功すると帰国し、少弐政資を討って豊前・筑前を回復した川添ほか (1997: 156)、門司 (1975: 212-14)。。大内政弘の招きにより、連歌師宗祇が1480年（文明12年）に北九州を訪れ、その旅行記を『筑紫道記』として残している川添ほか (1997: 157)。。この時、大内氏の家臣となっていた門司氏の門司宗親（宗近）や門司が宗祇を接待している米津監修 (1992: 90)、門司 (1975: 214-15)。。
ここに現れる門司能秀は大積系の門司氏であり、1485年（文明17年）の大内氏の壁書（法令）には、大内氏の奉行人として名が挙がっており、大内氏の領国支配の中枢にいたことが分かる米津監修 (1992: 96)、門司 (1975: 214-15)。。1492年に大内政弘・義興が六角氏討伐のため上洛する際には、門司氏頼（楠原系門司氏）が治部丞氏通（小倉の国人）とともに段銭催促奉行に任じられている米津監修 (1992: 96-97)、八木田 (2010: 47)。。大友氏が筑前・豊前に侵入してくることも度々あったが、門司氏は所領安堵を受けている大内氏に付いて戦っている門司 (1975: 218-25)、八木田 (2010: 48-50)。。しかし、天文年間、大内氏は仁保常陸介を門司城主にしたとされており、門司氏は門司城主の地位を去ったようである八木田 (2010: 51)。。
門司城の戦い thumb|right|200px|古城山にある門司城址。
1551年（天文20年）、大内義隆が重臣陶晴賢の謀反（大寧寺の変）によって自害した。陶晴賢は、豊後国の大友義鎮（宗麟）の弟大友晴英（大内義長）を大内氏の当主に迎えた川添ほか (1997: 157-58)。。しかし、陶晴賢は、1555年（弘治元年）、大内義隆の遺臣毛利元就に攻められて敗死し、大内義長も1557年（弘治3年）、元就によって自害させられた。この時、大友義鎮が弟義長の救援に行かなかったのは、毛利との密約に基づき、北九州の大内領を大友氏が継承することを期待していたからのようである吉永 (1994: 67-70)、八木田 (1999: 27-28)。。
しかし、大友氏と毛利氏との間では、間もなく門司城をめぐる奪取合戦が繰り返された。1558年（永禄元年）6月、大友軍が守る門司城を、毛利方の小早川隆景が攻め取り、1559年（永禄2年）9月、大友軍がこれを奪還して城番を置いたが、毛利方の仁保隆慰がその年あるいは翌1560年（永禄3年）、門司城を再度奪還した中村 (2016: 46)、門司 (1975: 244)、吉永 (1994: 71-72)。門司城の戦いの経過については、文献によって異同がある。門司 (1975: 244-45) によれば、門司城の争奪戦は1554年（天文23年）から始まっていた。。その後も毛利と大友との門司城攻防戦は続くが、有名なのは1561年（永禄4年）の合戦である。その内容については大友方の史書と毛利方の史書で異なるが、毛利方が守る門司城を大友方が攻めたことが分かる。大友軍は苦戦し、最終的に門司から撤退を余儀なくされた吉永 (1994: 74-82)、八木田 (1999: 66-68)。。門司城は、戦略上の要地であり、関門海峡・瀬戸内海の制海権を握ることにもなったため、毛利氏・大友氏とも、この城の確保にこだわった門司 (1975: 245-46)。。
大友義鎮は将軍足利義輝に働きかけて外交戦に訴えた。幕府の仲介により、1564年（永禄7年）、和平が成立し、毛利が門司城を確保しつつ、その他の九州から手を引くこととなった米津監修 (1992: 105)、川添ほか (1997: 158)、小野 (2019: 24)、中村 (2016: 47)。吉永 (1994: 82) は、毛利が門司を大友に返還したとするが、同書 (99) は、毛利が門司を確保したとする。。毛利家の門司城城督は、仁保隆慰とその子仁保元豊が務めたと見られる中村 (2016: 48)。仁保のほか、内藤隆春や冷泉元満らも城番を命じられたようである。八木田 (1999: 101)、八木田 (2010: 90-91)。。その後、毛利氏から大友氏に帰順した高橋鑑種が小倉城に配され、門司城を度々攻撃した。1571年（元亀2年）、門司城は鑑種勢に攻略され、翌1572年（元亀3年）、毛利氏がこれを回復したようである八木田 (2010: 100-05)。。
安土桃山時代