『劇場版ポケットモンスター ミュウツーの逆襲』（げきじょうばんポケットモンスター ミュウツーのぎゃくしゅう）（英題：Pokémon: Mewtwo Strikes Back!）は、1998年7月18日から公開されたテレビアニメ『ポケットモンスター』の劇場版第1作である。同時上映作品は『ピカチュウのなつやすみ』。
本項では2019年7月12日に公開の『ミュウツーの逆襲 EVOLUTION』についても記述する。
以下、『EVOLUTION』と区別をつけるため、必要に応じて1998年公開のオリジナル作品を「旧作」と表記する。
概要 自分と言うものの存在意義・自分を生み出した人間への復讐という重い主題を抱えた作品である。
キャッチコピーは「最強のポケモンは誰だ!?」。
制作費は3億5000万円ポケットモンスター . ZAKZAK、1997年11月。（インターネットアーカイブのキャッシュ）。日本国内の観客動員数は650万人を記録し、国内興収は72.4億円、配給収入は41.5億円を記録した。
東宝の発表によると、前売り券の売上は1998年7月5日までに主要都市9館で2万9389枚に達し、これは『GODZILLA』の主要都市9館1万6112枚を大きく上回る前売り絶好調 映画「ポケモン」 . 中日スポーツ、1998年7月9日。（インターネットアーカイブのキャッシュ）。
当初の予定では物語をテレビ放映とリンクさせ、映画公開に先立ってミュウツーのことを事前にテレビアニメで紹介することとなっていたシナリオえーだば創作術 第167回 - 首藤剛志。しかしポケモンショックにより放映日程が大幅に狂ってしまったため本編とのリンクやミュウツーの紹介を行うことは出来なかったWEBアニメスタイルCOLUMN 首藤剛志『シナリオえーだば創作術 第181回 『ミュウツーの逆襲』前夜』）。
舞台となったミュウツー城は、アントニ・ガウディのサグラダ・ファミリアがモデルになっている。時系列は第67話以降である第67話でミュウツーがサカキの下から離れる場面があるため。。
映画公開の翌年にあたる1999年11月10日には、ミュウツーが誕生して間もない頃の物語を描いたラジオドラマを基にした書下ろしストーリー『ミュウツーの誕生』を追加し、劇場公開版の所々をCGへ差し替えたものが製作され、アメリカで『Pokémon: The First Movie』として全米約3000の映画館で公開、興行収入8000万ドルを記録し、「日本映画初の週間興行ランキング初登場第1位」【ポケモン映画全米制覇】 . Fuji News.com（夕刊フジ）、1999年11月18日。（インターネットアーカイブのキャッシュ） を成し遂げている。また、アメリカでの初日の興行収入は1010万ドルで、アメリカにおける日本映画の興行収入記録であった『Shall we ダンス?』の950万ドルを初日のみで更新している＜映画＞ポケモン全米初日興収10億円突破！ . スポニチメール 1999年11月14日（インターネットアーカイブのキャッシュ）。フランスでも2000年に公開され22万人の観客動員数を記録した。
このバージョンは次作の『劇場版ポケットモンスター 幻のポケモン ルギア爆誕』公開直前の特番として『ミュウツーの逆襲 完全版』の題で1999年7月に日本国内でテレビ放映され、その翌年には新たにサトシとピカチュウの出会いから旅立ちに至るまでの経緯を再構成した書下ろしストーリーを追加し、正規完全版として改めてテレビ放映された。したがって本作では劇場公開版を含めると3パターンが存在する主な相違点は以下の通り。 初期版：エンディングテロップにおいて、アニメーション製作：OLMの下に「TEAM OTA」の表記あり。 完全版（初期DVD版）：「ミュウツーの誕生」の追加とCG処理を施した全米公開用バージョン。 正規完全版（再放送でも使用中、HDリマスター版を含む）：エンディングテロップのフォントが、影つきの太いゴシック体。。
本作の特報映像では、『ポケットにファンタジー』がBGMで流れ、少し大人になったカスミ（と思われる少女）と、本作に登場しているボイジャーと小さな少女（劇中未登場）が登場する。他にも映画本編には出てこないシーンもある。特報映像の最後には「劇場版ポケットモンスターは過激な映像表現はおさえて製作いたします」と、テロップが表示された。
ひとつの特徴として、テレビ東京のアニメ版とオマージュリンクする演出が存在する（シーンのひとつから、コジロウが不思議そうに「だーれだ?」ムサシが「ニャース」という、テレビアニメ版でCM明けに当時演出として使用されていた「だーれだ?」→「○○○（ポケモンの名前）」に似せたもの）。
あらすじ ロケット団が南米の山脈地帯にある盗掘現場にて発見した、幻のポケモン・ミュウの体の一部の化石を基に、フジ博士が構成した研究チームにより遺伝子操作によって戦闘能力などを強化され人工的に作られたポケモン・ミュウツーは、その不純な生立ちから自身の存在意義を見出せずに答えなき自問自答に苦しみ、反出生主義的な考えに至っていた。
やがてミュウツーは自分を造ったロケット団を裏切ったことをきっかけに、ポケモンを統制するシステムへの反発や自分を利用するためだけに作り出した人間たちへの失望からある計画を企てる。それは、自分のように通常のポケモンより優れた「コピーポケモン」の軍団を作り出し、人間や通常のポケモンを淘汰するというものだった。
一方、旅を続けるサトシたちの前に一通の招待状を携えたカイリューが現れた。招待状は謎の女性の姿を映し出し、優秀なトレーナーたちをポケモン城へ招待したいと説明する。サトシはすぐさまポケモン城へ向かうことを決め、招待状のYESの欄にチェックを入れる。嵐で荒れた海を渡りポケモン城へたどり着いたサトシたちは、そこで同じく招待状によって招かれた3人のトレーナーと出会った。
だが、サトシたちが受け取った招待状はミュウツーの仕組んだ罠だった。サトシを初めとするトレーナーたちは強大な力を持つミュウツーや彼が作り出したコピーポケモンの前に歯が立たず、より強いコピーポケモンを作ろうとするミュウツーに手持ちのポケモンを奪われてしまう。
一方その頃、サトシを追ってポケモン城にやってきたロケット団のムサシ・コジロウ・ニャースは、城の地下に広がるコピーポケモンの製造所に迷い込む。彼らはそこでコピーポケモンたちが作られる過程を目の当たりにし、さらにはミュウの存在を知った。
奪われたポケモンたちからコピーポケモンが生成されるが、ピカチュウを追いかけてきたサトシがコピー装置を破壊し、ポケモンたちを解放する。人間への復讐のために関係の無い者を巻き込むミュウツーに憤ったサトシたちは彼のもとに向かう。
そんな中、ミュウツーの前に彼のオリジナルであるミュウが現れる。自分の「本物」であるミュウに敵意を露にし「本物」であるミュウと「コピー」の自分のどちらが強いかを決めようと戦いを挑むミュウツーに、ミュウはある提案を持ちかける。それは、自分たちだけでなくコピーポケモンたちとそのオリジナルのポケモンたちを戦わせることで「本物」と「コピー」のどちらが強いかを決めるというものだった。ミュウの言葉をニャースが翻訳して曰く、技など使わず体と体でぶつかれば、本物はコピーに負けない、と。
こうして始まった肉弾戦は長引き、ポケモンたちが次々と倒れる中ミュウツーとミュウだけは激戦を続ける。2匹を止めない限りポケモンたちの闘いも止まらないと考えサトシは自ら身を投じるが、ミュウツーとミュウの挟み撃ちに遭い石像と化してしまう。静寂に包まれるバトルフィールド。自らの力ではどうにもならず、パートナーとしての存在を失ったピカチュウは悲しみに暮れる。戦いをやめたポケモンたちも、それに呼応するかのように涙する。すると、ポケモンたちが流した涙はサトシのもとに集まり、サトシは息を吹き返した。
コピーとオリジナルが一緒になって涙する様子を見たミュウとミュウツーは、自分たちは皆同じ生き物であると悟る。ポケモンたちの、それも半分はコピーポケモンたちのために自らを犠牲にしたサトシの姿を見たミュウツーは、人間たちに希望を見出し戦いをやめる。そして、自分たちコピーポケモンの生が認められるその日までこの世界で生き続けることを誓ったミュウツーは、ミュウやコピーポケモンたちとともにどこかへと去っていった。コピーを巡る悲劇が繰り返されないよう、ミュウツーはその場にいた者たちからこの日の記憶を消す。
サトシたちは、気がつけば近くのポケモンセンターに戻っていた。嵐が収まり、雲の間からミュウが飛び去るところを見たサトシたちは、いつか幻のポケモンに巡り会える日が来ることを願い、旅を続けるのだった。
登場人物 レギュラーキャラクター 詳細は個別記事かアニメ版ポケットモンスターの登場人物を参照。担当声優は『ミュウツーの逆襲』 / 『EVOLUTION』の順に表記。1人しか記載がない場合は共通のキャスト。
サトシ 声 - 松本梨香 本作の主人公。ポケモンマスターを目指し修行の旅を続ける10歳のポケモントレーナー。海賊風トレーナーに勝利したことで前途有望なポケモントレーナーと見込まれ、最強のポケモントレーナーと名乗る謎の人物から招待を受け、ポケモン城へと向かう。物語終盤でポケモン同士の戦いを止めるべくミュウツーとミュウの攻撃を受け石化してしまうも、戦いをやめたポケモンたちの涙を注がれて復活した。 カスミ 声 - 飯塚雅弓 世界一の水ポケモン使いを目指してサトシと一緒に旅をしている少女。 予告編では彼女に似た容姿の少女が出ている。 『EVOLUTION』では金銀編で追加されたギャラドスが苦手な描写が追加され、タケシと共に石化したサトシを悔んだ。 タケシ 声 - うえだゆうじ（旧・上田祐司）EVOLUTIONでは「うえだゆうじ」名義。 世界一のポケモンブリーダーを目指してサトシたちと共に旅をする元ニビジムリーダー。年上の美人女性好きだが、女運は皆無。本作でもミュウツーの召使いの女性に惚れ込むも、そのおかげですぐに彼女が行方不明になったジョーイだと見抜いた。 『EVOLUTION』では新たにスイートをナンパする途中にカスミに止められたり、本でミュウのことを知っていたことが新たに追加された。 ムサシ 声 - 林原めぐみ ロケット団の一員。持っていたフライパン元々料理用に持っていたものだったが、肝心の食材がなかった。 で飛び去ろうとしたカイリューを受け止めてサトシ宛ての招待状を見つけ、ピカチュウを狙ってコジロウやニャースと共に船乗り旧作ではヴァイキング風だったが、『EVOLUTION』ではセーラー服にサングラスといった水兵風に船はラプラス型のスワンボートになっている。を装うも嵐だったために失敗。その後もサトシたちの後を追ってポケモン城に潜入する。 コジロウ 声 - 三木眞一郎 ロケット団の一員で、元は財閥の御曹司。サトシたちと共に海に投げ出された際、相棒のマタドガスの浮遊力を浮き輪代わりにして生き延びる。 『EVOLUTION』ではラプラスの船でムサシとニャースと共に現れた。 ニャース 声 - 犬山イヌコ（旧・犬山犬子）EVOLUTIONでは「犬山イヌコ」名義。 ロケット団の一員。2足歩行をし、人間の言葉を喋るポケモン。本作でもポケモンの翻訳をしており、彼の通訳がある場面で活かされる。元々戦闘が苦手なため、戦いには参加しなかった。 ムサシたちがコピーポケモンたちが作られる過程を見ている最中にコピー装置に引っかかり、救出するも尻尾の毛を抜き取られ、自分のコピーが生成されてしまう。その後、コピーと対面したものの、「爪が痛そう」という理由で戦いを放棄し、コピーに対して「みんなは戦っているのに自分だけずるい」と言い、コピーから「自分と戦わない方がずるい」と言い返される。そして、2匹でぼんやりと月を眺めた。 なお、旧作では船の前方に飾られている女神風の船首像となっていたが、『EVOLUTION』ではムサシたち同様船員となっている。 サトシのポケモン ピカチュウ 声 - 大谷育江 技：10まんボルト サトシの最初のポケモン。オープニングで海賊風トレーナーが出したポケモン3匹をまとめて「10まんボルト」で一掃させた。モンスターボールに入ることが嫌い。ミュウツーのモンスターボールから逃げ回るも、最終的に捕まってしまう。追いかけてきたサトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。コピーとの戦いでは最後まで拒み、さらにサトシが石化した時は他のポケモンたち共々悲しみ、涙を注がせて復活させた。
フシギダネ
技：ソーラービーム、つるのムチ 草ポケモン。オープニングでのバトルではドンファンのパワーに圧倒されるも「ソーラービーム」で勝利。ゼニガメに次ぐ活躍をする。モンスターボールに戻されたときにミュウツーに捕まるが、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。コピーとの戦いではコピーに突き飛ばされた。その後、サトシが石化した時は悲しみ、復活した時は喜んだ。 リザードン
技：かえんほうしゃ 炎ポケモン。ヒトカゲがリザードンに最終進化した形で直接登場する。 戦闘力はサトシのポケモンの中でも群を抜いて高い一方、サトシがまだ器量不足だったため指示を聞かない場面が見受けられる（ボールから出て来て早々にミュウツーに「かえんほうしゃ」を撃ち「しつけの悪い」と返されている）が、ミュウツーやコピーリザードンを格上と察した際にはサトシの「パワーじゃなくスピードで勝負だ」という命令を珍しく聞いた。スピードとその高い戦闘力をもってしてもコピーリザードンには勝てず逆にコピーのスピードに翻弄され、「ちきゅうなげ」に敗北。ミュウツーに捕まるが、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。この頃はサトシにはまだ心を開いていなかったが、石化した時は悲しみ復活を喜んでいた。 『EVOLUTION』では食事シーンにも登場しており、飛んできたカイリューにいきなり攻撃したり、リザードンツーとのバトルではサトシと顔を見合わせながら笑ったり、争いが収束した際にリザードンツーとの和解をするなど出番が大幅に増えた。なお、旧作と違いサトシの指示を普通に聞いている。 ゼニガメ 声 - 愛河里花子 技：みずでっぽう、バブルこうせん 水ポケモン。オープニングでのバトルではカイリキーに押されながらも「バブルこうせん」で勝利。ポケモン城へ向かう時、ポケモン城内部とモンスターボールに入っているポケモンの中では1番活躍し、出番があった。モンスターボールに戻されたときにミュウツーに捕まるが、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。コピーとの戦いではコピーに背中に乗っかられた。サトシが石化した時は悲しみに復活した時は喜んだ。
ピジョン 予告編やパンフレットなどの画像のみの登場。ピカチュウを乗せて空を飛ぶシーンがあった。OPではピカチュウ、フシギダネ、リザ－ドン、ゼニガメと共に鳴き声のみ登場している。
カスミのポケモン
トゲピー 声 - こおろぎさとみ カスミが所持するポケモン。カスミのリュックに隠れていたおかげでコピーされずに済んだ。その後、石化したサトシが復活した時は喜んでいた。 1998年時点ではまだ発売前の『ポケットモンスター 金・銀』に出る新ポケモンの1体。 ヒトデマン
ポケモン城に向かうときにサトシのゼニガメと共に活躍した。また、モンスターボールから出なかったおかげでコピーされなかった。 コダック
鈍足のため、捕まってしまう『EVOLUTION』ではカスミと共に隠れていたが見つかってしまい、捕まるに変更された。。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。コピー（本物より若干目つきが悪い）と対決するが、オリジナルとコピー共々おとぼけなことをしていた。その後、石化したサトシを悔んだ。トサキントは未登場。
タケシのポケモン
ロコン
本来はユキのポケモンで、タケシに授けられた。タケシのお気に入りのポケモンとして出したものの、タケシが油断している隙に捕まってしまう『EVOLUTION』ではタケシがジョーイと共に入り口から逃げようとした際、隙を突いて捕まるに変更された。。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出し、コピーと対決。その後、石化したサトシを悔んだ。イワークやイシツブテ、ズバットは未登場。
ロケット団のポケモン
マタドガス
コジロウが所持するポケモン。ロケット団がポケモン城へ潜入する際、水中戦は苦手だが浮力を利用して浮き輪代わりとしてモンスターボールから出されていた。また、モンスターボールから出なかったおかげでコピーされなかった。『EVOLUTION』では台詞がある。ムサシのアーボックとベロリンガ、コジロウのウツボットは未登場。
ナレーター 声 - 石塚運昇
ゲストキャラクター ウミオ 声 - 高木渉 / 吉野裕行 ポケモン城に招待されたポケモントレーナーの少年。水ポケモンや体色が水色のポケモンを使う。ソラオ、スイートに比べると性格は熱血的。ミュウツーが最強のトレーナーであることを真っ先に疑い警戒もしたため、ミュウツーによって浮かび上がられ、そのまま水の中へ落とされた。一度はミュウツーに手持ちのポケモンを奪われてしまったが、サトシのおかげで手持ちのポケモンを救われた。招待されたトレーナーの中では出番が少ない。一人称は「オレ」。 手持ちポケモン ギャラドス
技：はかいこうせん ウミオのパートナー。水中移動用に使用したポケモン。ミュウツーに「はかいこうせん」を仕掛けるが、「バリアー」で弾き返されてしまう。その直後、巨体が原因でミュウツーにすぐ捕まったが、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。陸上でも行動可能。コピーとの戦いでコピーに噛み付かれるが振り払った。『EVOLUTION』ではギャラドスにトラウマを持つカスミに苦手られていた。 ニドクイン ウミオの手持ちの中で唯一水タイプではない。ミュウツーにすぐ捕まるが、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。コピーとの戦いではコピー相手に苦戦した。『EVOLUTION』では捕まるシーンが追加された。 ドククラゲ 水面にいたためすぐ捕まってしまう。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した時は、ロケット団に絡みついた。陸上でも行動可能。『EVOLUTION』では捕まるシーンが追加された。 シャワーズ ウミオの手持ちの中で一番足が速いが、その場にいたためミュウツーに捕まる。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。『EVOLUTION』では捕まるシーンが追加された。 ゴルダック 油断していたため、すぐ捕まってしまう。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。コピーとの戦いではパンチの殴り合いによる乱闘をしていた。 シードラ 水面にいたため、ミュウツーにすぐ捕まる。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。ギャラドスやドククラゲとは違い、陸上でのバトルや行動の描写がない（ただし、陸上に立っている描写や空を飛んでいる描写はある）。『EVOLUTION』では陸上での行動やバトルシーンは追加されている。
ソラオ 声 - 古谷徹 / 神谷浩史 ポケモン城に招待されたポケモントレーナーの少年。自然系のポケモンを使う。一度はミュウツーに手持ちのポケモンを奪われてしまったが、サトシのおかげで手持ちのポケモンを救出された。一人称は「ボク」。 手持ちポケモン フシギバナ 声 - 大友龍三郎 / 最上嗣生 技：はっぱカッター、エナジーボール（『EVOLUTION』のみ） ソラオのパートナーでニックネームは「バーナード」。コピーフシギバナに立ち向かうが、「はっぱカッター」を「つるのムチ」ですべて弾かれた上、そのまま投げ飛ばされ敗北（『EVOLUTION』では「つるのムチ」で叩きつけられても何とか耐え「エナジーボール」で反撃するも通用せず、「リーフストーム」を受け敗北）。ミュウツーに捕まるも、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。 ピジョット ソラオが飛行用に使ったポケモン。空を飛ぶスピードは速いが、ミュウツーのモンスターボールに捕まってしまう。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。コピーとの戦いでは壮絶な空中戦を繰り広げた。 ストライク カマを使った戦法が得意。ミュウツーに捕まってしまうが、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。コピーとの戦いではカマで互角に渡り合った。 サワムラー キックが得意でミュウツーのモンスターボールを跳ね返そうとしたが、逆に捕まってしまう。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。 サンドパン ソラオの手持ちでは動きが一番鈍いため、すぐ捕まってしまう。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。 サイホーン 技：とっしん ミュウツーの仕打ちに腹を立てたソラオの指示でミュウツーに突進するが、「サイコキネシス」ですぐ弾き飛ばされる。ミュウツーにすぐ捕まるが、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。『EVOLUTION』では捕まるシーンが追加された。
スイート 声 - 佐藤藍子（特別出演） / 佐倉綾音 ポケモン城に招待されたポケモントレーナーの少女。可愛らしいポケモンを多く使う。一度はミュウツーに手持ちのポケモンを奪われたが、サトシのおかげで手持ちのポケモンを救出された。招待されたトレーナーの中では台詞は多い。『EVOLUTION』ではタケシからナンパされるほどの美少女として扱われ、気の強い面も強調された。スイートの名前の由来は、旧作で声を担当した佐藤藍子から、さとう→砂糖→甘いの連想によるものでシュガーという候補もあった。一人称は「わたし」。 手持ちポケモン カメックス 声 - 玄田哲章（無印） 技：ハイドロポンプ、ロケットずつき（『EVOLUTION』のみ） スイートのパートナーでニックネームは「クスクス」。コピーカメックスに立ち向かうが、「ハイドロポンプ」を弾かれそのまま「こうそくスピン」を受け、敗北。ミュウツーに捕まるも、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。『EVOLUTION』では「ロケットずつき」も使用した。 ジュゴン 水中移動用に使用したポケモン。水面にいたためすぐミュウツーに捕まるが、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。陸上でも行動可能。サトシが石化された時はピカチュウの次に泣いた。『EVOLUTION』ではバトルシーンがあり、コピーに投げ飛ばされた。 プクリン 油断している時にミュウツーに捕まってしまう『EVOLUTION』ではスイートがプクリンを庇っている隙を突いて捕まるに変更された。。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。『EVOLUTION』では気の強い面も見せた。 ギャロップ 足は速いがミュウツーに捕まる。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。 キュウコン
警戒心が強いが、ミュウツーに捕まる。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。コピーとの戦いではお互い睨み合うも、コピーに頭を押さえつけられた。『EVOLUTION』では捕まるシーンが追加された。 ラフレシア ミュウツーのモンスターボールが来た際は困り顔をしていて、捕まる。しかし、サトシのおかげでミュウツーのモンスターボールから脱出した。
ボイジャー 声 - 小林幸子（特別出演） 港育ちのため海のことはよく知っており、波止場を仕切っている。 映画の特報映像では、成長したと思われる彼女が小さな少女（本編には未登場）と一緒に手をつないで歩いている。 『EVOLUTION』ではキャモメのことを話していた。 海賊風トレーナー 声 - レイモンド・ジョンソン（『EVOLUTION』のみ特別出演） 序盤にサトシとポケモンバトルをする海賊の恰好をした英語を交えて話すのが特徴なトレーナー。時系列ではセキエイリーグ後のためサトシがセキエイ大会ベスト16だと知っている。トレーナーとして未熟であり、最初は一体ずつで戦っていたがドンファンとカイリキーが倒された後、やけを起こして手持ち全てのポケモンを出す反則を行い、ジムリーダーのカスミやタケシに器量不足を呆れられた。『EVOLUTION』では外見がカリブ風のデザインに変更されている。 手持ちポケモン ドンファン 技：ころがる、はかいこうせん、こおりのつぶて（『EVOLUTION』のみ） フシギダネとバトル。「ころがる」で応戦するが、「ソーラービーム」で敗北する。トゲピー同様、1998年時点ではまだ発売前の『ポケットモンスター 金・銀』に出る新ポケモンの1体。 カイリキー 技：からてチョップ ゼニガメとバトル。「バブルこうせん」で敗北する。 ゴローニャ 効かないはずのピカチュウの「10まんボルト」で敗北する。『EVOLUTION』では登場しない。 カイロス ピカチュウの「10まんボルト」で敗北する。 モルフォン ピカチュウの「10まんボルト」で敗北する。 スリープ 『EVOLUTION』のみゴローニャの代わりに登場。ピカチュウの「10まんボルト」で敗北する。
ゲストポケモン ミュウツー 声 - 市村正親（成体・特別出演）、瀧本富士子（ドラマCD・幼いミュウツー）、森久保祥太郎（完全版・幼体） 技：サイコキネシス、シャドーボール、バリアー、かなしばり、対象を石化させるエネルギー弾 本作のゲストポケモン。ミュウの遺伝子を基に、ミュウよりさらに強くなるよう作られた最強のポケモン。 サカキに力の使い方を諭されてロケット団に仕え使役されていた頃は、多くのポケモンや二ビジムのポケモンを敗北させていた。サカキにモンスターボールでゲットされたわけではないので野生扱いになる。 「人間でも、ポケモンでもない」自らの存在意義に悩み、自問自答を繰り返し続けた果て、サカキや科学者たちのエゴに触れたことで人間に失望する。 その生い立ちから人間のことを徹底的に見下しており、特に人間に指図されることを極めて嫌う。「強さ」に対して並々ならぬこだわりを持ち、トレーナーの手持ちポケモンに対しても「弱いから人間にへつらっている」と冷たい目を向ける。 自らのオリジナルであるミュウが現れた際には強い対抗心を抱き、自分のほうが優れていることを証明しようと一方的に戦闘を仕掛けた。ミュウと壮絶な戦いを繰り広げるも、サトシに阻止され、さらに石化したサトシに戦いをやめたポケモンたちが涙を注がせて復活した際には、ミュウと共にコピーもオリジナルも同じ生き物同士であることを認め、自らが作ったコピーと共にどこかへ去って行った。 強大な超能力を持ち、天候や人の心を操りテレパシーで会話する。ギャラドスの「はかいこうせん」を片手で受け止め跳ね返し、リザードンの「かえんほうしゃ」を「バリアー」で難なく防ぐなど、作中で並ぶ者のない力を持つ。さらに知能も非常に高く、相手のポケモンをモンスターボールごと捕獲する「ミュウツーボール」やポケモンの細胞からコピーを生み出す装置などを開発し、自らトレーナーとしてコピーポケモンを使役する。 生まれた経緯などはゲーム中のものと近いが、性格はゲームのように凶暴一辺倒なわけではなく、哀しい過去と高度な悩みを抱えるためかどこか虚無的な雰囲気を併せ持つ。 アーマードミュウツー サカキによって防護用のメカ・アーマーを着せられた時の姿。本来のパワーを制御させるために作られた。 無印63話ではサカキのもとにいた時期のためこのアーマーを付けてシゲルとのジム戦で登場しており、ニドキングとウインディを敗北させている。なお、シゲルがポケモン図鑑で調べても「データなし」と表示されなかった。 コミカライズ版の『我ハココに在リ』ではサカキがミュウツーを言いなりにするために再び着せた。