SARSコロナウイルス2-シータ株（サーズコロナウイルスツー シータかぶ、、別名: 系統 P.3、系統 B.1.1.28.3、VUI-21MAR-02）は、新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) の原因ウイルスとして知られるSARSコロナウイルス2 (SARS-CoV-2) の変異株である。2021年2月18日、フィリピンの中部ビサヤ地方で2つの懸念される突然変異が検出されたときに同国で最初に特定されたことから、日本では通称「フィリピン型変異株」として知られている。
世界保健機関 (WHO) は注目すべき変異株 (VOI) に指定し、WHOラベルではシータ株 (Theta variant) に分類していたが、2021年7月にVOIから除外された。
日本では2021年3月12日、フィリピンからの旅行者が成田空港に到着したときに検出された。
この変異株は、アルファ株・ベータ株・ガンマ株とは異なるが、同様の脅威をもたらすと考えられている。またベータ株やガンマ株と同様、ワクチン接種によって得られたものも含め、中和抗体に対してより耐性がある可能性がある。
経緯 2021年2月18日、フィリピン保健省は、患者からのサンプルがゲノム配列決定を受けるために送られた後、中部ビサヤ地方でCOVID-19の2つの突然変異が検出されたことを確認した。突然変異は後に「E484K」と「N501Y」と名付けられ、50サンプル中37サンプルで検出され、両方の突然変異がこれらのうち29サンプルで同時発生した。亜種の正式な名前はなく、完全なシーケンスはまだ特定されていなかった。
3月12日、日本はフィリピンからの旅行者で見つかった新しいコロナウイルス変異株を検出した。
3月13日、保健省は、突然変異が「系統 P.3」として指定された変異株を構成することを確認した。同日、同国で最初の系統 P.1（ガンマ株）の症例も確認された。P.1とP.3の亜種は同じ系統であるB.1.1.28に由来するが、同省は、ワクチンの有効性と伝染性に対するP.3の亜種の影響はまだ確認されていないと述べた。
3月17日、イギリスは最初の2つの症例を確認し、 (PHE) はそれを「VUI-21MAR-02」と名付けた。
4月30日、マレーシアのサラワク州で8例の系統 P.3を検出した。
分類 命名 2021年1月、この系統がフィリピンで初めて記録され、後に系統 P.3 (lineage P.3) と命名された。同年5月末、WHOは懸念される変異株 (VOC) や注目すべき変異株 (VOI) にギリシャ文字を使用する新しい方針を導入した後、系統 P.3に対しシータ (θ:Theta) のラベルを割り当てた。
変異
7つのスパイクタンパク質変異を含む、すべてのサンプル（下表「シータ株の変異」にてでラベル付け）で合計14個のアミノ酸置換が確認された。スパイクタンパク質変異の中で、4つは以前に懸念の系統（E484K、N501Y、D614G、P681H）に関連付けられていたが、タンパク質のC末端領域に向かって3つの追加の置換が確認された（E1092K、H1101Y、V1176F）。ORF8（つまりK2Q）での単一のアミノ酸置換もすべてのサンプルで見つかった。33個のサンプル（同じくでラベル付け）のうち32個には、スパイクタンパク質の位置141〜143での3アミノ酸の欠失を含む3つの他の変異が見られた。5つの同義変異（同じくでラベル付け）もすべてのケースで検出された。
シータ株の変異 遺伝子 アミノ酸 ORF1ab S ORF8 N
シータ株の特徴的な変異 遺伝子 アミノ酸 ORF1aD1554GS2625FD2980NL3201PD3681EL3930F ORF1bP314LL1203FA1291V SLGV141_143delE484KN501YG593GD614GP681HS875SE1092KH1101YV1176F ORF8K2Q NR203KG204R
統計 国別の事例 国 事例 469 14 10 9 8 6 4 4 3 2 2 2 3 7 25 10 4 26 4 1 3 17 15 28 20 25 合計 702
脚注
関連項目 懸念される変異株 SARSコロナウイルス2の変異株 SARSコロナウイルス2-アルファ株 SARSコロナウイルス2-ベータ株 SARSコロナウイルス2-ガンマ株 SARSコロナウイルス2-デルタ株 SARSコロナウイルス2-ゼータ株 SARSコロナウイルス2-オミクロン株 アジアにおける2019年コロナウイルス感染症の流行状況 フィリピンにおける2019年コロナウイルス感染症の流行状況
外部リンク Tracking SARS-CoV-2 variants - 世界保健機関 (WHO) Variants of the Virus - アメリカ疾病予防管理センター (CDC) Lineage P.3 - Cov-Lineages Theta Variant Report - outbreak.info 新型コロナウイルス感染症について - 厚生労働省 新型コロナウイルス感染症に関する報道発表資料 変異株 - 厚生労働省 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）関連情報 - 国立感染症研究所