サムネイル|大手町合同庁舎に設営された自衛隊東京大規模接種センター 日本におけるCOVID-19ワクチンの接種（にほんにおけるコビッド19ワクチンのせっしゅ）では、日本国内におけるCOVID-19ワクチン（新型コロナウイルスワクチン、新型コロナワクチン）の接種状況、および接種を取り巻く社会的な状況や事情その他について記述する。
COVID-19ワクチンは、新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の原因ウイルスであるSARSコロナウイルス2（SARS-CoV-2）に対して、ヒトに獲得免疫（感染や発症を予防する液性免疫、重症化を抑制する細胞性免疫）を誘導するワクチンである。
2021年2月から、予防接種法附則第7条第2項の規定による同法第6条第1項の「臨時接種」の形態で行われた。接種にかかる費用は国の負担で無料であり、国の責任により万が一の副反応に対する健康被害救済制度（医療費・年金・死亡時見舞金など）が設けられていた。集団接種の仕組みには、2018年8月からの風疹流行を踏まえ2018年度末から行われていた一部年代の男性に対する風疹ワクチンの追加接種で用いられたクーポン券（接種券）の仕組みがほぼ踏襲された。国や自治体は接種券や予診票を送り、できるだけ接種を促す「接種勧奨」の姿勢をとった。2024年3月末に全額公費負担が終了した。4月からは高齢者を対象とした原則有料の定期接種（B類）に移行し、高齢者以外は、予防接種法に基づかない接種（任意接種）として自己負担で接種可能となった。またそれに伴い、救済制度の取扱いが変わった。
COVID-19ワクチンの接種は、2021年2月17日に初回接種、12月1日に3回目接種、2022年5月25日に4回目接種、10月21日に5回目接種が開始され、2023年11月までにファイザー、モデルナ、アストラゼネカ（2022年9月30日接種終了）、ノババックス、ヤンセンファーマ、第一三共、Meiji Seika ファルマの7社累計9種のワクチンが薬事承認されている。
2022年12月時点で、ワクチンは乳幼児（生後6カ月以後）を含む全ての年代に推奨され、努力義務が適用されていた。当初、5 - 11歳を除く全対象者に接種を受けるよう努めなければならない「努力義務」としていたが、小児用ワクチンのオミクロン株への効果と安全性が示されため、2022年9月上旬頃から5 - 11歳を含む全世代に「努力義務」とすることになった。2022年10月下旬から、生後6か月 - 4歳の接種も始まり、「努力義務」が適用された。
2024年4月1日時点で、合計4億36,19万3,341回（1回目：1億04,75万3,261回、2回目：1億03,46万4,961回、3回目：86,69万7,731回、4回目接種以上：1億41,27万7,388回）の接種が行われた。接種状況は、未接種18.8%（接種対象年齢に満たない者も含む）、1回目接種済み：80.4%、2回目接種済み：79.5%、3回目接種済み：67.1%。65歳以上の3回目接種済み：91.9%、小児(5 - 11歳)の2回目接種済み：23.8%、乳幼児(生後6か月 - 4歳)の2回目接種済み：4.2%。オミクロン株対応ワクチンの接種率（2023年5月8日時点）は、未接種55%、接種45%。製薬会社別（2022年11月29日時点）では、ファイザー：2億67,57万6,474回（76.62%、2021年2月17日-）、モデルナ：81,28万4,653回 (23.28%、2021年5月23日-）、ノババックス：25万5,352回（0.07%、2022年5月-）、アストラゼネカ：11万7,843回（0.03%、2021年8月21日-）となっていた。
概要 日本でのCOVID-19ワクチン接種は、他の主要経済国よりも2 - 5カ月遅れて開始された。COVID-19ワクチンは「特例承認制度」により、通常より短期間で承認されたが、通常の承認と同様に有効性を確認することが必要なため、日本人を対象とした臨床試験を追加で行った。
2021年2月17日、最初に薬事承認されたファイザー製ワクチンの接種が、医療施設の医療従事者を対象に開始された（実施主体は都道府県）。次いで、市区町村が実施主体となり、4月12日より65歳以上の高齢者への接種が開始された。
2021年5月21日、モデルナとアストラゼネカ製ワクチンが薬事承認された。5月21日時点の接種率は4％であり、承認の遅さ、輸入時の混乱、接種担当者の不足などの批判があった。5月24日からは東京都心（大手町）と大阪市内に開設された国（自衛隊）による大規模接種センターが開設され、対象地域が全国に拡大されたのち、6月17日からは対象年齢が18歳以上に拡大された。6月13日以降、企業や大学での職域接種が開始された。
10月下旬には2回目接種率が70%を超え、他の多くの国より高い接種率を達成した。
その後、ワクチン接種が進み、COVID-19による致死率が低下すると、追加接種を受ける人は減少したが、2022年11月時点で人口の3分の2以上（67.2%）がワクチンを3回以上接種しており、これは国際的にみても高い接種率だった。2021年3月3日から11月30日にかけて、ワクチン接種は直接的にCOVID-19の患者数を33％（56万4596人）、死亡数を67％（1万8622人）抑制したと推算されている。さらに、ワクチンには「感染の連鎖や医療の逼迫が起こりにくくなるという間接的な効果」もあり、これらを含めると感染や死亡の抑制効果はさらに大きいと考えられている。東京大学の研究グループが2025年に発表した数理モデルによる分析では、2021年の日本におけるCOVID-19の死者数約1万4000人に対し、ワクチン接種によって約3万117人の死亡を回避できたと推計された。また、ワクチン導入時期の違いによる影響についても検討されており、仮に現実よりも3か月早くワクチンを導入できていれば7003人の死亡を防ぐことができ、逆に3か月遅れていれば2万2216人の追加死亡が生じた可能性があるとされた。
日本で使用された主なCOVID-19ワクチン 日本国内における新型コロナウイルスワクチンの特例臨時接種は2024年3月31日をもって終了した。同年10月1日からは予防接種法に基づく定期接種に移行し、ファイザー、モデルナ、第一三共、武田薬品工業、Meiji Seika ファルマの5社のワクチンが用いられている。 日本国内で薬事承認され使用されたワクチンは多岐にわたり、製法（プラットフォーム）の違いだけでなく、同一の製造販売会社であっても、接種時期の流行株に応じて起源株（武漢株）、オミクロン株対応2価（起源株／BA.1、または起源株／BA.4-5）、XBB.1.5対応1価、JN.1対応1価など、その成分（内包されるメッセンジャーRNAや抗原タンパク質等の設計図）は順次変更されている。
+ 日本で使用された主なCOVID-19ワクチン 製剤名 製造販売会社 プラットフォーム 国内承認 コミナティ ファイザー mRNA 2021年2月 スパイクバックス モデルナ mRNA 2021年5月 バキスゼブリア アストラゼネカ ウイルスベクター 2021年5月 ヌバキソビッド 武田／Novavax 組換えタンパク 2022年4月 ダイチロナ 第一三共 mRNA 2023年8月 コスタイベ Meiji Seikaファルマ レプリコンmRNA 2023年11月最初の製造販売承認は2023年11月28日（起源株対応）。実際の定期接種への導入にあたっては、2024年9月13日にオミクロン株JN.1系統対応ワクチンとしての製造販売承認事項一部変更承認（一変承認）を取得している。
接種状況
初期 2021年1月末時点では、既に先進各国でワクチン接種が本格化する中、日本の接種開始の遅れが際立っていた。主要先進国の中で、ワクチンの承認に至ってないのは日本だけだったNippon.com 「日本のコロナワクチン接種はなぜ遅いのか？」。
thumb|3月16日にCOVID-19ワクチン（ファイザー製）の接種を受ける菅義偉首相（当時）。4月16日に行われる日米首脳会談の渡米のためと言う。
同年2月14日には日本でもファイザー製mRNAワクチンについて厚生労働省の特例承認があり、国内で2月17日に接種開始された。公的な1人目の接種者は、東京都目黒区の国立病院機構東京医療センターの院長であった。医療従事者への接種から優先的に開始された。「今後、順次、各都道府県の病院で、医療従事者向けの接種が進められる」などと説明された。
2021年3月下旬時点で、日本の100人あたりのワクチン接種回数は0.4回であり、OECDの37ヶ国中で最下位であった。同年4月27日時点で、1回以上接種したのは人口の1%あまりであり、アジア全体の4%と比べても低い値であった。その後、期間を経て急速に接種率が上昇し、9月13日、ワクチンの2回目接種済人数は全人口の50.9%となり、うち65歳以上の高齢者では88%であった。同年10月4日時点では、ワクチンの2回目接種済人数は全人口の60.9%、1回目完了だと71.3%であった。
日本では当初、16歳（モデルナ製は18歳）→12歳以上（アストラゼネカ製は原則40歳以上、特に必要がある場合18歳以上）を対象に、ワクチン接種の優先順位ガイドラインを以下の順序で定めた。（ただし、16歳未満の接種には保護者の同意が必要とされる）
医療従事者等（病院や診療所の職員、薬剤師、救急隊員、保健所の職員など） 昭和32年(1957年)4月1日以前に生まれた人（65歳以上の高齢者） 高齢者以外で基礎疾患（心臓病、糖尿病、BMI30以上など）を有する人や高齢者施設等の従事者 上記 1. - 3. 以外の人
サムネイル|東京都渋谷区が住民あてにワクチン接種券を送付した封筒
同年3月、まず医療従事者などへのワクチンの優先接種が本格的に開始。同年4月15日時点で、優先接種対象の医療従事者等480万人のうち2回目の接種を完了したのは約68万人（14％）、1回目完了が117万人（24%）であった。優先接種対象の医療従事者等にはには新型コロナウイルスの感染者に接する機会が多い検疫所や保健所などの職員も含まれていたが、この時点ではワクチン供給量が不足しており、NHK取材では検疫所の職員が接種を受けられていない状況であった。
4月27日時点では、医療従事者等のうち1回目の接種が完了したのは3分の1程度であった。
第2順位の65歳以上の高齢者に対しては4月12日に一部の自治体で接種が開始され、4月26日以降本格的に接種が開始された。第1順位の接種を受ける医療従事者の数が当初の想定より100万人多い470万人に増えたことや接種対象となる高齢者が約3600万人に上ること、日本で広く使われる注射器では1瓶から6回分を採取できないこと、ファイザーのワクチン増産が5月以降となることなどから、スケジュールの遅延が予想された。前述のように医療従事者等へのワクチン接種が遅延したことから、自治体によっては配布された高齢者向けワクチンを地域の医療従事者用に転用するところもあった。
また、キャンセルなどでワクチンの余りが出ることに対しての有効利用について、一部自治体首長や職員が接種するケースが相次いで出ており、特に高齢者へのワクチンの接種予約が取りにくく混乱を生じている中で、公平性の観点から問題視する意見が一部で出ている「首長優先」許される？ ワクチン接種、識者の見解は―新型コロナ 時事ドットコム（2021年5月15日）が、ワクチン接種推進を担当する河野太郎行政改革担当大臣は「貴重なワクチンが廃棄されているのは極めて許しがたい状況だ。町長が先に打ったとか、いろんなことで批判され、批判を恐れて廃棄するようなことがないように、自治体の裁量で有効活用してほしい。批判があれば、私が責任をとる」と、ワクチンの有効利用の観点から接種を容認する見解を述べた「キャンセル出たワクチン 廃棄せず有効活用を 河野規制改革相」NHK NEWS WEB（2021年5月21日）。
注射器に起因する1瓶あたりの接種回数の問題に関し、京都府の宇治徳洲会病院は、条件が合えばインスリン用注射器でファイザー製ワクチンを1瓶から7回接種可能であるとした。また、テルモは1瓶から7回接種可能な注射器を開発し同年3月末から生産を開始。
同年4月26日、政府が東京都と大阪府に1日1万人規模の接種会場の設置を明らかにし、27日に菅義偉首相が自衛隊による接種会場（自衛隊大規模接種センター）を東京都に設置するよう指示した。期間は5月24日から3カ月の方針。場所は東京都は大手町合同庁舎、大阪府は大阪府立国際会議場（大阪市中之島）に決まり、東京・大阪とも5月24日から開設された。ワクチンは管理の混乱防止のため、既に自治体に配布されているファイザー製ではなく、承認審査中のモデルナ製が（承認を前提に）使用されると報道された。また、東京都町田市ではサッカーJリーグ・FC町田ゼルビアのホームスタジアムである町田市立陸上競技場（施設命名権名称・町田GIONスタジアム）を集団接種会場として使用するなど、各自治体が、国技館、競技場、競馬場など大規模施設を利用した接種会場の設置を実施あるいは検討している大井競馬場施設における新型コロナウイルスワクチン集団接種の開始について - TOKYO CITY KEIBA 2021年5月11日新型コロナ: ワクチン接種、瑞穂競技場で7～9月に約10万回 名古屋市 - 日本経済新聞 2021年5月10日ワクチンをPR 国技館で力士や親方と一緒に接種へ 東京 墨田区 - NHK NEWS WEB 2021年3月25日。
5月21日、モデルナ製ワクチンおよびアストラゼネカ製ワクチンが、厚生労働大臣により特例承認された。これにより、日本で3種類の新型コロナウイルスワクチンが承認されたが、このうちアストラゼネカ製のウイルスベクターワクチンに関しては、まれに血栓症を発症する副反応例が海外で報告されていることから、当面の間は日本国内での公的な接種を見送ることとなったモデルナとアストラゼネカのワクチン 正式承認 厚労省 - NHK NEWS WEB 2021年5月21日（後述のように、以後に公的接種は再開されている）。同月23日、自衛隊が運営する大規模接種会場となる大阪府立国際会議場でモデルナ製ワクチンの接種が自衛隊員や民間看護師らに行われた。翌24日から東京・大阪の大規模接種会場で65歳以上の高齢者を対象にモデルナ製ワクチンの接種を開始している。
全国の自治体に総務省・厚生労働省が調査を実施した結果、5月21日発表では92.8%の自治体が「7月末までに高齢者の接種を完了予定」と回答した。
6月1日、政府が地域の負担軽減と接種の加速化を図る目的で、企業や大学などでの職域接種を同月21日から始めると発表した。東京・大阪の自衛隊による大規模会場と同じモデルナ製ワクチンを使用する。実際には同月13日から全日本空輸（ANAホールディングス）、14日から日本航空や読売新聞社といった一部の企業が前倒しで職域接種を開始。その後、職域接種の申請が想定を上回るペースで行われたことで、使用するモデルナ製ワクチンの供給が不足する可能性が出てきたことから、6月25日17時をもって申請の一時休止を政府が発表「職域接種の申請、一時休止 モデルナのワクチン不足―政府」時事ドットコム（2021年6月23日）。職域接種用のモデルナ製ワクチンの1日の配送可能量が上限に達し、それがボトルネックとなりワクチンが不足する可能性が出てきた事が主な原因である。また、企業などが従業員らの数より過大な量を申請したケースもあるとみて精査したが、結論として同月30日に菅首相はワクチン接種などの進捗に関する関係閣僚会議で職域接種申請の新規申し込みを事実上一時休止すると表明。この時期には、自治体が実施する大規模接種についてモデルナ製のほかファイザー製でも対応することを検討しているが、ワクチン供給の見通しが立たず、予約の受け付けを中止する自治体も出始めていた職域接種「新規」中止 モデルナ製ワクチン 申請、供給上回る『毎日新聞』2021年6月30日。
また、厚生労働省は血栓症発症の副反応リスクがあることから公的接種での使用を見送っていたアストラゼネカ製ワクチンについて、60歳以上を対象に公費接種を認める方向で調整を進めていたが「アストラゼネカ製ワクチン、公費接種へ 60歳以上対象」 朝日新聞デジタル（2021年6月23日）、同年7月30日に原則40歳以上を対象に公費接種の対象に追加することを決め、8月3日より正式に追加された。
中後期 前述のように諸々の混乱がありつつも日本国内のワクチン接種率は順調に推移し2021年10月4日時点で、ワクチンの2回目接種済人数は全人口の60.9%、1回目完了だと71.3%であった。NHK報道によるイギリスの統計任意団体「」の調べによれば、各国の保健当局が予定した接種回数（通常2回、国により3回）までの接種率（接種済人数の人口比統計）では、日本は同年10月17時点統計で66.47%と、イギリスの65.7%、ドイツの65.15%、米国の56.17%を抜いており世界的にも遜色のないレベルとなっている。
また、接種の優先順位の問題も、あくまでも対応は自治体の裁量に委ねられているため自治体によって対応に差異があるが、概ね夏季後半頃までに概ね解決し、多くの自治体で希望者は比較的速やかにワクチン接種ができるような予約状況になっている。
その一方で、自治体によりワクチン供給確保の状況に大きな差が出始めている。10月13日報道によれば、人口二百数十万人（同年）を抱える名古屋市で、大規模会場などで予約枠が100%埋まらず、一部時間帯では予約なし接種対応が可能になっている一方で、三重県桑名市では、三重県から供給されるファイザー製ワクチンの供給が先細り、10月17日以降、接種の対応ができず予約不能の状況に陥っているとのことで、自治体間の接種対応の格差が表面化しつつある。また、福島県郡山市や広島県広島市でも、同年10月にかけてファイザー製ワクチンの供給枠確保が国・県から示されないため、同社製ワクチンの予約受付を一時停止し、モデルナ製を推奨する状況になっている。
接種率の上昇の一方で、若年層の接種率の低迷が問題となっている。大阪府では10月15日報道時点で、20代と30代の若年層の1回目接種率がようやく50%台に到達した状況となっている。
接種率の上昇とニーズの低下を背景に、自衛隊による東京と大阪の大規模接種センターについて、11月一杯での終了が報道された。5月24日の開設以降、約196万回（国内の全接種回数の約1%）の実績を残した。
追加接種 国は、2回目接種を完了した日から、原則8か月以上経過した18歳以上の人を対象に、3回目の接種を行うことを発表した。ファイザー（1・2回目と同量を接種）あるいはモデルナ（1・2回目の半量を接種）を使用。 11月中より、最初に接種を受けた医療従事者を対象にした接種券の発送が一部の自治体で行われ、12月1日から3回目の接種が実施されている。
ただ、オミクロン株の流行が進み、当初の8か月から7か月、6か月と2度にわたる変更やワクチン供給の問題があり、2022年1月25日時点での全人口に対する接種率は2.1%で、経済協力開発機構（OECD）加盟国の中で最下位である。加えて、1・2回目の接種者の多いファイザー製ワクチンに人気が偏り、モデルナ製ワクチンが不人気のため、接種が進まない問題もある。
2022年2月、東京と大阪に自衛隊による大規模接種会場が再開設された。東京は2021年同様、大手町合同庁舎3号館で、大阪は中央区の堺筋八木ビルで実施される。初回の東京会場の予約は9分で満員になった。大阪会場は2月7日から開始、2月4日から予約の受付を開始している。
2022年4月19日、ノババックスが開発し武田薬品工業が製造・販売するNovavax COVID-19ワクチンが薬事承認され、順次接種を開始している。ノババックスについては1・2回目および3回目の追加接種について認められている武田社の新型コロナワクチン（ノババックス）について - 厚生労働省。
2022年5月25日から、60歳以上や18歳以上で基礎疾患を有し、3回目の接種から5か月以上を経過した人に対し、4回目の追加接種が実施されている（使用ワクチンはファイザーあるいはモデルナで、3回目と同量を接種）。同年7月14日の岸田首相の記者会見では、対象を医療従事者や高齢者施設のスタッフなどにも拡大することを表明した。
オミクロン株対応ワクチンの接種 厚生労働省が2022年9月にオミクロン株(BA.1)対応2価ワクチンが、10月にオミクロン株(BA.4-5)対応2価ワクチンをそれぞれ薬事承認したことで、これらのワクチンの接種が始まった。
65歳以上の高齢者については接種率が70%を超えたオミクロン株対応ワクチン 国内接種率44％ （政府 6日公表） - NHKニュース, 2023年3月6日. 2023年4月7日閲覧.一方で、特に30代以下を中心とした若い世代で伸び悩んでいるBQ.1.1にオミクロン株対応ワクチンの効果は？ 接種率と供給状況は - NHKニュース, 2022年12月20日. 2023年4月7日閲覧.。
この原因について、2022年9月から10月にかけては、BA.4-5対応ワクチンの開発が進められている中でBA.1対応ワクチンの接種開始が先行したことや、第7波の新規感染者数がピークを過ぎて減少傾向にあったことオミクロン株対応ワクチン、接種率4％ 流行小康状態で危機感薄く? - 毎日新聞, 2022年12月30日. 2023年4月7日閲覧.データからわかる－新型コロナウイルス感染症情報－. 厚生労働省. 2023年4月7日閲覧.から接種控えが発生したと指摘されている。しかし、BA.4-5対応ワクチンが承認され、11月からの第8波の感染拡大の中でも伸び悩みが続き、伸び悩みの原因として繰り返しの接種に対する疲労感、副反応への懸念、当初は有効性を示すデータが少なかったことが指摘されているワクチン接種率伸び悩み オミクロン対応３２％ - 北國新聞DIGITAL, 2022年12月24日. 2023年4月7日閲覧。
2023年8月6日、厚生労働省は流行の主流となっているオミクロン株派生型「XBB」に対応した1価ワクチンを使い9月20日から秋接種を始めると、都道府県などに周知した。高齢者や基礎疾患がある人、医療従事者らを対象に5月から始まった春接種は9月19日で終了した。秋接種は2023年9月20日から2024年3月31日まで実施され、1人1回限り受けることが可能で費用は無料である。
2023年11月22日、厚生労働省は翌2024年度のCOVID-19ワクチンの接種について「65歳以上の高齢者」と「基礎疾患のある60歳以上の対象者」について、季節性インフルエンザと同様の「定期接種」とし、年1回行うことを了承した。原則費用の一部は自己負担が生じる見込みとなる。他の接種希望者に対しては「任意接種」として、全額自己負担とする新型コロナワクチン 65歳以上の高齢者は一部自己負担の「定期接種」へ - TBS NEWS DIG 2023年11月22日コロナワクチン、定期接種化へ ６５歳以上対象、一部自己負担も―来年度以降方針・厚労省 - 時事ドットコム 2023年11月22日。
妊婦への接種 妊娠中に新型コロナウイルスに感染すると、特に妊娠後期は、重症化しやすいため、妊娠中、授乳中、妊娠を計画中の人に対し、ワクチンの接種が推奨されている。妊婦はワクチンの臨床試験（治験）の対象から除外されていたため、当初は予防接種法に基づく「努力義務」は適用されなかった。その後、妊婦へのワクチン接種に関する有効性や安全性に関するエビデンス（科学的根拠）が集まったため、2022年1月26日の分科会で、強く接種を呼びかける「努力義務（接種を受けるよう努めなければならない）」を課す方針が了承された。
妊娠中にmRNAワクチン接種をした約3万5千人の女性の追跡研究の報告では、発熱や倦怠感などの副反応の頻度は非妊娠女性と同程度であり、胎児や出産への影響は認められなかった。2021年6月17日、日本産科婦人科学会、日本産婦人科医会、日本産婦人科感染症学会は、妊婦向けの声明を発表し、希望する妊婦はワクチンを接種することができること、ワクチンを接することのメリットがデメリットを上回ると考えられていること、あらかじめ健診先の医師に接種の相談をしておくこと、などについて言及した。また、同年8月14日に第2報を発信し、妊婦が時期を問わずワクチンを接種することを勧めるとともに、妊婦への感染源となりがちな妊婦の夫またはパートナーに対しても、ワクチン接種をお願いした。
2021年8月23日、厚生労働省は、「妊娠中の者及び配偶者等（中略）が希望する場合には、できるだけ早期に、円滑に新型コロナワクチンの接種を受けることができるよう、（中略）特段の配慮をお願いいたします。」との事務連絡を各都道府県および市区町村に対して行った。
子どもへの接種 2022年1 - 8月に、日本でCOVID-19感染後に死亡した子ども（20歳未満）のうち、基礎疾患無しが52%であり、年齢別では5 - 11歳は41%（全員ワクチン未接種）、5歳未満は48%であった。死亡に至る原因は中枢神経系の異常38%、循環器系18%、呼吸器系8%であり、発症から死亡までの日数は3日と急激に症状が悪化していることが分かった
オミクロン出現以降、10歳未満の感染者は10万人当たり3人（第1波）から13,033人（第6波）へと大幅に上昇し、基礎疾患のない健康な子どもの重症化や死亡が増えた。しかし、「子どもは子どもは感染しにくく、感染しても軽症で済む」「副反応が心配」という情報が先行したため、接種をためらうワクチン忌避が起きている。2022年1月21日 - 4月8日（オミクロン流行期）の5-11歳の25万5,936名を対象にした研究では、ファイザー製ワクチン2回接種はCOVID-19による入院を約80%防ぐとしている。
また子どもは軽症であっても感染から数週間後に、小児多系統炎症性症候群（MIS-C）という全身の炎症による臓器障害を起こすことがあるため、MIS-CやLong COVIDといった後遺症を防ぐためにも 、子どものワクチン接種には大いに意義がある。2022年11月時点で、日本では新型コロナウイルスに感染した子どものうち、少なくとも64人が小児多系統炎症性症候群（MIS-C）と診断され、死亡例も報告されている。アメリカでは9073人がMIS-Cと診断され、このうち74人が死亡した。ワクチンは、MIS-C発症を大きく下げることが研究で示されている。また、感染後に1型糖尿病を発症する子どもも増えている。
COVID-19による重症化、死亡、後遺症を防ぐにはワクチンが最善の策であるため、厚生労働省は「努力義務」を適用し、日本小児科学会は接種を「推奨」している。
5 - 11歳への接種 2022年3月、小児（5 - 11歳）へのファイザー製ワクチンの接種が始まった。有効成分量は12歳以上の3分の1であり、3週間空けて2回接種する。小児（5 - 11歳）用ワクチンのオミクロン株への効果と安全性のデータが不足していたため、当初は予防接種法に基づく「努力義務」は適用されなかった。しかし「第7波」でワクチン未接種の子どもの感染が急増し、臨床試験によりオミクロン株への有効性と安全性に関するデータが確認されため、2022年9月上旬頃から5 - 11歳を含む全世代に「努力義務」とすることになった。2023年秋冬の接種では、重症化リスクの高い者にのみ努力義務が適用された。