ゴジラは、東宝映画『ゴジラ』シリーズに登場する架空の怪獣。本項目では、このうち『ゴジラ2000 ミレニアム』（1999年）から『ゴジラ FINAL WARS』（2004年）までのミレニアムシリーズに登場する個体を扱う。
概要 1999年公開の第23作『ゴジラ2000 ミレニアム』から2004年公開の第28作『ゴジラ FINAL WARS』までのミレニアムシリーズでは初代ゴジラが登場する1954年公開の第1作を踏襲しつつも、3式機龍（メカゴジラ）が登場する2002年公開の第26作『ゴジラ×メカゴジラ』と2003年公開の第27作『ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS』が二部作（以下、「機龍二部作」）となっていること以外、各作品が独立した設定となっている。ただし、第1作でゴジラが日本に上陸した設定は踏襲され、作中世界での日本国民にゴジラの存在が認知されていたという事実は共通している。
『ミレニアム』、2001年公開の第25作『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』（以下、『GMK』）、機龍二部作では初代ゴジラが倒された後年に現れた別個体であるが、2000年公開の第24作『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』では初代ゴジラが倒されずに生き延びたという設定である。また、『FINAL WARS』では第1作の出来事に多少触れてはいるが、時系列は近未来と設定されており、具体的な関連性は明確になっていない。
外見は、『G消滅作戦』および機龍二部作では『ミレニアム』のデザインを踏襲しているが、『GMK』および『FINAL WARS』はそれぞれ独自のデザインとなっている。資料によっては、『ミレニアム』『G消滅作戦』および機龍二部作の個体をミレニアムゴジラと総称しているものもある。
身長は平成VSシリーズよりも縮小されており、『ミレニアム』、『G消滅作戦』、機龍二部作では55メートル、『GMK』では60メートルとなっているが、『FINAL WARS』ではvsシリーズに並ぶ100メートルとなっている。
スーツアクターは、『GMK』以外の全作品において喜多川務が担当した。
『ゴジラ2000 ミレニアム』
映画『ゴジラ2000 ミレニアム』（1999年）に登場。
1954年に出現した初代ゴジラに続き、日本にたびたび上陸しているゴジラ。口からオレンジ色の放射熱線を吐く。このときにエネルギーが喉元に現れて背びれにもまとい、熱線と同色に発光して熱線を一気に吐き、絡みついたケーブルを焼き切るほどの熱量を放つ。細胞内に強力な超再生を促進する治癒能力を持つオルガナイザーG1という個体形成能力と復元力を併せ持った特殊な形成体が潜んでおり、約5時間もあれば細胞の損傷は完治する。
頭部が小さくなったことで口のサイズが強調されており、口は非常に大きく、歯は大きなものがところどころに混じっている。首の両サイドにはトゲのあるヒダが広がっている。手足のツメはこれまでよりも鋭く湾曲している。体表のモールドも大粒で荒々しくなり、トゲ状のものがところどころに混じる。ナイフのように鋭い背ビレが特徴。尻尾は丸みがない尖った先端になっている。
劇中では根室沖の海洋異状を調査していたゴジラ予知ネットワークによって濃霧に覆われた納沙布岬で確認された後、根室市街に上陸して暴れ回り、発電所やオフィス街など都市部を壊滅させて太平洋へ消える。次は本州に沿うように太平洋を南下して茨城県東海村に上陸し、核エネルギーを狙って東海発電所を襲おうとするが、岩塊に隠れたUFOの光線に倒れて海へ消える。その後は東京に上陸し、自らのオルガナイザーG1を吸収して暴走した宇宙人=オルガと交戦する。放射熱線を何度撃ち込まれてもそのたびに再生しては噛みついてエネルギーを奪うかたちで徐々にゴジラ化を進めるオルガに苦戦するが、貪欲なまでのゴジラ化への渇望を逆手に取り、わざと飲み込まれての体内放射で爆殺して完勝する。最後は権力と武力を濫用してゴジラの抹殺に執念を燃やす片桐光男をビルごと撃破して殺害し、悠々と新宿を火の海にしていく場面で本編は終了する。
なぜゴジラが日本を襲うのかという問いについて、本作品の主人公である篠田雄二は、「人間の作り出すエネルギーを憎んでいるのか」と推測する。また、劇中で陸自の第1師団長である高田が「これまでの経験からG（=ゴジラ）は攻撃されると必ずその相手に向かってくる」と発言し、実際にゴジラが劇中後半で東京に襲来するのは、東海村にて攻撃してきたUFO（および自衛隊を指揮した片桐）への報復を果たすためである。
本作品でのゴジラの出自については明らかになっておらず、書籍『ゴジラ2000ミレニアム超全集』では初代ゴジラの出現時に山根博士が危惧した別個体の1頭と推測している。
制作（ミレニアム） 通称ミレニアムゴジラ、ミレゴジ。書籍によっては、本作品のゴジラを2代目や4代目とカウントしている。
製作の富山省吾は、本作品のテーマとして「怖いゴジラ」「ゴジラの謎」という2点を掲げており、後者の要素としてオルガナイザーG1の設定が創作された。また、本作品ではゴジラの行動目的を言及しているが、脚本を手掛けた柏原寛司と三村渉はこれについてあくまで本作品の登場人物らの解釈であるとしており、本作品で断定してしまうのではなく謎を残すことで作品ごとに異なるアプローチを行っていくことを想定していた。
特殊技術の鈴木健二は、『ゴジラ』（1984年版）以降では高層ビルが林立する現代の都会におけるゴジラの巨大感を出すために身長は80メートルや100メートルと大きく設定されていたが、本作品では大きさを描き方で出せると考えて方向を転換しており、リアルな恐怖感を求めてあえて初代ゴジラの50メートルに近い55メートルと設定された。
造形（ミレニアム） 基本デザインは西川伸司によるもの。初代ゴジラから事実上造形でデザインが検討されていたが、本作品で初めてデザイン画で決定されたものとなっている。全身の決定稿はなく、上半身のシルエットと頭部の決定デザインのみが描かれた。西川は、初代ゴジラをベースとしていた平成VSシリーズのゴジラとの差別化として、キンゴジやモスゴジを基にしている。初期案では、初代ゴジラをベースにしたもの、耳たぶがなく穴のみのもの、尻尾以外にも節の横線が首や足に加わったもの、背びれを立体的に表現したもの、銃身の首と撃鉄の背びれなどを歩くビーム砲台とイメージした銃型のものなどが存在した。本作品の企画以前には、酉澤安施による背びれが2列あるゴジラのデザイン案が存在していた。原画はアナログ彩色によるものであるが、部位や色調の変更はデジタルによるものであるため、容易となっている。咆哮時には首が動いた際に息遣いを感じさせ、首筋が広がるイメージとなっており、実際のスーツも最終的に首を5センチメートル延長している。平成VSシリーズのゴジラは口の終端が首より前にあったが、それとの差別化として、顎の長さを変えずに顔全体を短くし、頭部の印象を変えている。首筋はキングコブラのようにふくらみ、口は大きく裂け、背びれも従来の倍以上もある鋭いものとなっており、アングルによっては、初代ゴジラなど過去のゴジラも想起させる微妙な造型となっている。恐竜を基にした顔に肉付けしていく方向性や、横方向にもトゲを出すものも背びれも検討された。
本作品では「怖いゴジラ」が一つのテーマであったものの、特殊技術の鈴木健二は怖いだけのゴジラでは成立しないと思ったため、身近に感じる時もあれば怖い時もあるなど、いろいろな面を持ち合わせたさまざまなキャラクターを入れたゴジラとしているが、インパクトのある凶暴なイメージの方向性のデザインで作ったという。大きく口を開け、首は肩と一体になるように太く膨らませ、眼はどの方向から見てもゴジラに見つめられているような作り方となっている。
ゴジラのスーツ製作は、『ゴジラvsデストロイア』までは東宝内部で行われていたが、ミレニアムシリーズでは外部に発注されており、『GMK』以外の作品では若狭新一が代表を務める有限会社モンスターズが造形を担当した。若狭によれば、東宝プロデューサーの富山省吾は初代ゴジラを、特殊技術を担当した鈴木健二は『キングコング対ゴジラ』のゴジラをそれぞれイメージしていたといい、両者の希望に沿うよう心がけたと述べている。一方、若狭は自身が愛好するキンゴジやモスゴジの雰囲気が入っていると述べているほか、「平成ゴジラを感じさせない新しいゴジラ像」を要望されたことが一番難しかったと述懐している。検討用マケットは若狭と寒河江弘が手掛けた。
着ぐるみは海用とアップ用が製作された。着ぐるみには背びれを外して中に入るものとなっている。また、頭部もスーツアクターの喜多川務の要望でゴジラの頭が自分の頭に連動するようにしている。そのほか、スーツと同寸の爆破用モデルや上半身のマペット、右腕・右足・尾の部分モデルが用いられた。いずれも、ラジコン操作で頭部の可動や口の開閉が可能となっている。頭部メカは喜多川の要望により、動物の動作を再現できるようパーツごとに可動する仕様となった。頭部は、内部フレームによってスーツアクターの首の動きに合わせて可動する構造となっていたが、アクションシーンでの安全性を考慮してフレームを外し、スーツアクターの頭にゴジラの頭部が直接乗るかたちとなった。当初は、前傾姿勢とするために足に高下駄を入れることが検討されていたが、喜多川はスーツを改修することなく前傾姿勢を維持することができ、若狭は喜多川がスーツを着たことでゴジラが完成したと述べている。手の指は平成VSシリーズ時と異なり、中指と薬指を1本の指に入れているが、喜多川は小指に力が入らずNGを出してしまうことが多かったと述懐している。海用は撮影時に足を外している。
海用は表皮が弾着で痛んだ後、足や尾をカットして他の撮影などに使用された。
最大の特徴である背びれは、西川のシルエットデザインを元に巨大かつ鋭利なものとなり、配色も従来とは異なり鈴木の意向でメタリックレッドとなっている。今までよりも色を感じさせるために尖端をパールピンクにしており、白い下地に塗布している。若狭は背びれが大きいと重くなり動きの邪魔にもなることを懸念したが、鈴木は迫力があるので良いとして大きいままとなった。しかし、背びれを発光させるために半透明のFRPを用い、強度を保つために軽量化が難しいことから、発光用と通常用の背びれを差し替える仕様となった。また、背びれや肩などに従来のゴジラにはないトゲが存在している。
体色はグリーン。若狭は、従来の黒やグレーとの差別化から、アメリカでのゴジラのイメージであるグリーンとしたが、ナイター撮影や現場のホコリなどにより、当時のカメラの性能ではほとんどグレーにしか見えなかったと述懐している。
本作品以前の直立姿勢から若干前傾姿勢になり、口も大きめに造形されているなど、より爬虫類に近い印象をもつ。足の指の付き方は初代ゴジラのものと同様になり、歯並びもビオゴジの2列から1列に戻され、以降も継承される。目はネコ科動物のものを参考にしており、どこからでも目線が合うことを意識したという。尾については当初は29節であったが、撮影初期に改修されて35節となったほか、従来との差別化から先端が細くなっている。
西川によって描かれた宣伝用のシルエット画を元に酒井ゆうじによって雛型バージョンとも呼ばれるイメージモデルが制作され、スーツに先行して宣伝に多用されている。だが、その後に描かれた線画の情報も加えて造形されたスーツとの比較が発生し、一部ファンの支持を分けてしまっている。
公開当時のアトラクション用スーツは、撮影用のものと異なり体色が明るいグリーンである。
撮影・演出（ミレニアム） スーツアクターの喜多川務は、前年に『モスラ3 キングギドラ来襲』でキングギドラを演じており、同作品で特殊技術を担当していた鈴木健二がその演技を気に入って本作品でのゴジラ役に指名し、『モスラ3』と同様に鈴木と若狭新一から電話を直接もらったという。スーツを試着した喜多川は、重さや息苦しさで10メートル歩くだけでもかなり消耗したといい、体力をつけて撮影に挑んだ。それでも慣れるまでに10日はかかり、初期には閉所恐怖症になりかけたという。動き方についても、当初は前任であった薩摩剣八郎の動きを真似るなどしたものの、鈴木から新しいゴジラを求められ、その歩き方のコツを掴んだのは撮影終了3日前であったという。喜多川は、スタントマンとして20年培った技術が一切通用しなかったといい、苦しみながらも楽しくやらせてもらったと述懐している。
喜多川は首の動きが一番難しかったといい、慣れるまでは力が無意識に入り、首を回して振り向くと力が手に入って指が曲がっていたという。
鈴木は、当初は熱線の色をブルー系で試したが馴染まず、最終的にオレンジ系とした。また、熱線の回数を減らして発射の際も溜めの描写を盛り込むことにより、1回1回の効果を高めている。
本作品ではゴジラのキャラクターを立たせることを第一としており、オルガとの戦闘はそれに付随するものと位置づけている。最後にゴジラが勝つことは観客もわかっていることであるため、巨大UFOとの戦闘ではゴジラが圧倒される展開とした。
根室にて道路を削るシーンでは、ゴジラの腕のみを使ってアップで撮影している。トンネルを崩すシーンは、縦のレールに沿って足の模型を落としている。
新宿でのUFOとの戦闘でも、ゴジラが圧倒される光景を見せる必要があったが、流血表現などができなかったため、転倒描写が多くなった。絵コンテを担当した西川伸司は、転倒が多いことを鈴木に指摘されて気づいたといい、オルガ戦では転倒描写を削った。転倒描写では、スーツの形が崩れてしまうのを防ごうと撮影は中に喜多川が入ったままで行っており、通常時は固定している首部分のヘルメットを緩めることで彼が直接ダメージを受けないよう配慮している。
ゴジラの腕にオルガが噛みつくシーンでは、噛んだ牙が外れないよう、スーツに縫いつけている場合もある。オルガが口を開くシーンでは驚いたような仕草を見せており、従来のような超然としたイメージではなく、生物感を強調している。
海中から現れるシーンはプールで撮影されたが、背びれが大きいことから平成VSシリーズよりも深く掘られ、ゴジラが乗った金網製の台をクレーンで吊り上げるという手法がとられた。喜多川は、中でレギュレータを咥えて撮影に挑んだが、吊り上げられる際にレギュレータが外れてしまい、足も固定されているうえに水を吸って重くなっているため、バランスを崩すと足が折れそうであったといい、本作品の撮影で最も恐怖を感じたとの旨を語っている。
海中を泳ぐシーンでは、ゴジラを初めてフルCGで描いている。上陸シーンでも、ヘリコプターで空撮した実景映像にスーツのゴジラを合成するなど、デジタル合成が多用されるようになった。冒頭の尾で薙ぎ払われる居酒屋は、実物大セットの映像にCGの尾を合成している。実物大セットは、黒幕を巻いたユンボのアームを尾に見立てて壊している。
CGの制作にモーションキャプチャを用いることも検討されたが、活用できるシーンが少ないため、モデリングやアニメーションは手作業での制作となった。泳ぐシーンの動きは、他作品との差別化からイグアナのような横振りの動きに映画『エイリアン4』でのエイリアンのような縦の動きを加えたものとなった。
砂浜の足跡は、重機を用いて実物大のものが掘られた。足跡がCGだと思われたくないという大河原の要望により、波打ち際に作ることが検討されたが、掘ると海水が出てきてしまうことや中で俳優が芝居を行う都合などから、実際には波打ち際から離れた場所に掘られた。
『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』
映画『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』（2000年）に登場。
1954年に大戸島に出現して東京を襲撃した個体が倒されることなく生存しており、日本付近で暴れ続けていた。その後、1966年に茨城県の東海村原子力発電所、1996年に大阪のクリーンエネルギーファクトリーの発電所を襲撃した。脚部の指は4本で、内側を極端に向いている指がある。放射熱線は前作同様、オレンジ色の効果で表現されており、複数のメガニューラを背びれがまとうエネルギーで焼却している。巨大な建造物を一撃で突き破るパワフルさや高速で空中を飛行するメガギラスのスピードに肉薄する跳躍力と瞬発力を見せる。メガギラスの左腕を最大の特徴である背びれを使って切り落としている。
2001年、小笠原海溝で活動を再開して奇岩島に上陸したところを、ブラックホール砲「ディメンション・タイド」に狙われるが、メガニューラの大群に襲撃されて八丈島沖に退避したのち、東京へ上陸してお台場でメガギラスと対決する。当初は素早い動きに苦戦するもののメガギラスの尾を噛みちぎり、逃げ出そうとしたところに熱線を浴びせかけて勝利する。最後は、グリフォンが突撃した後にディメンション・タイドの人工ブラックホールの直撃で（熱線で迎え撃つ場面がある）生死不明となり、完全に消滅したと思われていたが、エンディング後にはゴジラの出現を示唆する演出がなされた。
造形（×メガギラス） 通称ギラゴジ
造型は前作に引き続きモンスターズが担当。スーツは前作の型を流用して製作したものが2体と前作の着ぐるみを改修したものが使われた。形状そのものは変わらないが体色が全体的に明るくなり、歯にスジが入っているなどの点が異なる。ゴジラのカラーは一番難しい色にしているため、カットやシークエンスによっては、微妙にその色の出具合が異なるという。背びれのパープルも強調されている。
新規スーツは、内装材をウレタンからフォームラテックスに変えるなど、素材の変更によって50キログラム以下に軽量化された。爪や背びれはウレタン製に変わった。基本姿勢も前作ほど前傾姿勢にはなっていない。劇中では瞼の動きはCGによって表現されている。発光用の背ビレも作成されたが、使用はワンカットのみであった。
スーツには背中の開いている部分からスーツアクターが中に入る。ゴジラがメガギラスに飛びかかるシーンでは、喜多川から型をとったダミー人形の通称「キタガワ君」を中に入れて撮影している。
下半身のみのスーツも制作され、冒頭の脚部のアップシーンやジャンプする際の足元の撮影などに用いられた。下半身のみのスーツを用いての地面を踏み抜くシーンでは、レールでその進行を固定している。
尻尾はスタッフの手によるもののほか、操演によって演出された。
洋上を前進するシーンでは、水上撮影用の上半身のみのスーツを大プール内に設置されたレールに乗せて動かしている。このモデルは、スタッフから「カチコチ君」と呼ばれていた。鈴木は、こういったシーンはいつも同じになってしまうため、意識的に変えたことを印象づけるために制作したと述べている。
水中シーンは、フルCGで表現している。モデリングは前作のものを活かしつつ、表面は全体的に作り直している。
桐子が背ビレに乗るシーンでは、実物大の背ビレの造形物が製作され、東宝スタジオの大プールで撮影が行われた。制作は本編美術の瀬下幸治が担当。高さは4メートルほどで、鉄骨を組んでFRPで作成され、浮き沈みさせるためカメラの死角に穴を開けて水抜きとしている。搬入時には2つに分割し、4トントラック2台で運搬した。背ビレの付け根部分についてこれまで詳細な描写はなかったため、造型はケロイド状であるゴジラの皮膚のイメージにとらわれず、甲羅などの要素を取り入れている。
全国各地で宣伝を行う「どこでもゴジラキャンペーン」のため、21体のアトラクション用スーツが製作された。
撮影・演出（×メガギラス） ダークなイメージであった前作との差別化から、ゴジラの登場シーンは冒頭の回想以外すべて昼間となっている。
演じる喜多川務は、前作では従来のゴジラ像を意識して演じていたが、本作品では自身の好きにやろうと考え、初代の再現である冒頭の東京襲撃シーン以外ではスピーディな演技とした。本来は四つん這いに近い状態でやりたかったが、鈴木からやりすぎだと指摘され改めたものの、従来よりも低い体勢が多くなっている。奇岩島でのシーンでは、戦いではなく体にまとわりつくメガニューラが鬱陶しくて払っていると想定しており、実際にメガニューラの造型物を踏み潰している。お台場での走るシーンは、足が引っ掛かるため撮影では足首だけで跳びはねており、ハイスピード撮影によって迫力を出している。
初代ゴジラと同一という設定だが外観は異なるため、1954年の東京の襲撃シーンは本スーツを用いて『ゴジラ』での場面をリメイクしている。脚本では第1作のフィルムに新しいゴジラを合成すると書かれていたが、最終的にはフィルムの流用ではなく、第1作のシークエンスから劇中の実景のみを用いた完全な新撮となった。
冒頭の大阪のシーンは、人間とゴジラとの初めての戦闘であるため、もったいつけて登場させることで人間側の恐怖心をあおり、ゴジラには歯が立たないことがわかるという演出にしている。
ゴジラがクリーンエネルギーを襲う理由は明確になっていない。脚本を担当した三村渉は、ゴジラの不思議な能力におんぶにだっこであったと述べており、明確にしないことでゴジラを不気味で偉大に見せる意図があったと語っている。
人間がゴジラの背に乗るというシークエンスは、『白鯨』や『ガメラ』のようになってしまうため、Gグラスパーの服装は放射能防護機能を兼ね備えたものという設定となった。
特殊技術の鈴木健二は、大阪では、徹底的にゴジラと人間の戦いをやっており、奇岩島では、ゴジラがメガニューラにたかられて本当に嫌がっているということであり、戦いとは異なったものを表現しているという。
背ビレの発光は、前作で色をつけすぎたという鈴木の反省から、黄色いものとなった。鈴木の意向により、単に光るだけでなく背ビレの形状を活かしたものとなったため、合成はマスクを手書きで抜いている。
『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』
映画『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』（2001年）に登場。
1954年（昭和29年）に東京に出現し、「未知の毒化合物」によって倒された個体以来、50年ぶりに出現したゴジラ。民俗学者の伊佐山嘉利には、太平洋戦争による犠牲者たちの残留思念（怨念）の集合体だと主張される。また、日本を襲う理由は、戦争犠牲者の叫びと無念を現代人が忘れ去ってしまったからだという。その行動については、意識的に人間を狙って殺戮し、他の怪獣に対してもいたぶるように強烈な悪意を向けて徹底的に攻撃するなど、単に凶暴なだけでなく、残虐さや悪意を感じさせるものとなっている。
見開いた両目は無感情で瞳がない白いものになっており、耳は耳殻がない穴のみとなっている。首は前傾した角度でついており、奥の歯は枝分かれして小さな歯が脇に生えている。部位によって体表のモールドのパターンが異なるうえ、特に親指の爪が大きく、外側の指ほど小さくなっている。一方、踵や足底は極端に厚く、親指にあたる第1指は短く、接地していない。
武器は放射熱線（放射能熱線）、引力放射能熱線（対キングギドラ最終攻撃時）。伊佐山によれば、「ゴジラは怨念の集合体であるため、武器では殺せん」とのことである。
グアム島沖にてアメリカの原子力潜水艦を撃沈し、小笠原諸島の孫の手島（架空の島）を壊滅させると、静岡県焼津市焼津港に上陸し、付近一帯の人々を殺戮する。その後、箱根山大涌谷にてバラゴン（婆羅護吽）と遭遇し、これを一蹴して東京へ向かう。横浜での戦いでは、防衛軍の陸上部隊と水上部隊、モスラ（最珠羅）、キングギドラ（魏怒羅）を相手にする数的不利に遭うが、圧倒的な戦闘能力ですべてをねじ伏せた。
しかし、キングギドラを撃破した際に護国三聖獣の霊的エネルギー（ゆらぎ）を浴びせられ、金縛りに遭って海底へ沈められる。さらには、主人公・立花由里の父である防衛軍の立花泰三准将が搭乗する特殊潜航艇「さつま」に口内へ飛び込まれ、キングギドラとの戦闘時に負っていた肩の傷を体内から特殊削岩弾D-03を搭載した魚雷で攻撃され、大きな傷口を穿たれてしまう。それでもなお浮上して由里たちに熱線を吐きかけようとするが、肩の傷口から熱線のエネルギーが放出され、絶叫して大出血しながら再び海底に沈み、その直後に肩の傷口から脱出した「さつま」に向けて再び熱線を吐こうとしたところ、そのエネルギーに身体が耐えられずに爆発し、自滅した。しかし、ラストシーンでは海底において鼓動を続ける心臓が映し出された。
泰三の回想によると、彼の幼少期にゴジラが東京を襲撃しており、当時はとある科学者が作り出したとされる「未知の毒化合物」によって消滅している。また、当時は防衛軍が迎撃に当たったもののまったく通用せず、その事実が国民に露見すれば防衛軍そのものの不要論に繋がるとの理由から、先述の事実は上層部の一部関係者以外には隠蔽され、表向きは「防衛軍の火力をもってゴジラを撃滅した」と発表された。
制作（GMK） 監督の金子修介は、史上最も凶暴・凶悪なゴジラをコンセプトとしている。監督を依頼された際には、製作の富山省吾に初代ゴジラのような凶暴凶悪なゴジラをやりたいと告げていた。一方、ゴジラが第五福竜丸の母港であった焼津港に上陸する、熱線によってキノコ雲が発生するなどの描写で「核の象徴」としての要素を強調しつつ、ゴジラそのものを核兵器と同一視することは避けている。なお、（進撃に際しての）放射能の描写については甘すぎると述べており、実際に放射線を発していると周囲の人間が皆死んでしまうため、ファンタジーとして割り切っている。
脚本を手掛けた長谷川圭一は、近年でのゴジラのアイデンティティが曖昧になっていると感じていたことから戦争のメタファーとしての要素を強調することを主張していたが、共同脚本の横谷昌宏は話が暗くなってしまうとしてこれに反対し、金子はゴジラを戦争の怨念と位置づけ、現代のスタンスでこれに相対する現代の若者を描くことにより、日本が過去の戦争から脱却して新しい時代を拓いていく象徴としている。また、金子は戦争を追求すると日本のタブーに行き着いてしまうとし、テーマの追求よりも娯楽映画としての爽快感を選んだと述べている。
金子は、平成ガメラシリーズを手掛けたことでゴジラとガメラのキャラクター性の違いをはっきり感じたといい、同シリーズでのガメラが古代文明の生物兵器であるというSF的な説明を行っていたのに対し、ゴジラは科学を越えた存在であると語っている。また、ガメラはヒーロー怪獣であったのに対し、ゴジラは人類の脅威であったものが徐々にヒーロー化されていったと感じていたことも本作品の設定の理由に挙げている。戦争犠牲者の残留思念の集合体であるという設定は、金子が中学生のころに第1作を観て感じていたものだという。
ゴジラを悪役として描くため、他の怪獣との戦いで観客がゴジラを応援してしまうことは避けようとの方針により、怖さや残忍さが強調されている。バラゴンとの戦いでは、金子は体格差のある怪獣同士の戦いをやりたかったといい、小さい方を勝たせずに勝負にならない戦いとすることにより、容赦のないゴジラの残酷さを出している。当初はゴジラの巨大さの表現に1/50スケールのミニチュアを用いることも検討されたが、1/50スケールで作られていた平成VSシリーズなどのミニチュアが残っていなかったため、前作・前々作と同じ1/25スケールとなった。
造形（GMK） 通称GMKゴジラ、GMKゴジ。スーツアクターは吉田瑞穂。