ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylorihelicobacter pylori (Cambridge Dictionaries Online)）とは、ヒトなどの胃に生息するらせん型のグラム陰性微好気性細菌である。単にピロリ菌（ピロリきん）と呼ばれることもある。ヘリコバクテル・ピロリと表記されることもある。1983年にオーストラリアのロビン・ウォレンとバリー・マーシャルにより発見された。胃の内部は、胃液に含まれる塩酸によって、pH1の強酸性であるため、従来は細菌が生息できない環境だと考えられていた。しかし、ヘリコバクター・ピロリはウレアーゼと呼ばれる酵素を産生しており、この酵素で胃粘液中の尿素をアンモニアと二酸化炭素に分解し、生じたアンモニアで、局所的に胃酸を中和することによって、胃へしている。この菌の発見により、動物の胃に適応して生息する細菌が存在することが明らかにされた。
ヘリコバクター・ピロリの感染は、慢性胃炎、胃潰瘍や十二指腸潰瘍のみならず、胃癌や MALTリンパ腫やびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫などの発生に繋がることが報告されているほか、特発性血小板減少性紫斑病寺田秀夫、「私の経験例からヘリコバクター ピロリ除菌療法が著効を示した重症特発性血小板減少性紫斑病の1例」 血液フロンティア 12, 114-118, 2001, 、小児の鉄欠乏性貧血、慢性蕁麻疹などの、胃外性疾患の原因となることが明らかとなっている佐藤竜吾、藤岡利生、村上和成、兒玉雅明、上部消化管疾患以外の領域におけるヘリコバクター・ピロリ除菌療法 ヘリコバクター・ピロリ除菌療法の新たな展開 日本消化器病学会雑誌 2003年 100巻 11号 p.1295-1301, 。細菌の中でヒト悪性腫瘍の原因となり得ることが明らかになっている病原体のひとつである。ピロリ菌検査で陰性でも胃疾患が続く場合は、ヘリコバクター・ハイルマニの感染が疑われることがある中村正彦 ほか、「ピロリ菌陰性でも要注意!?—広義のハイルマニイ菌」, 検査と技術 44巻 4号, 2016/4/1, 。ヘリコバクター・ハイルマニ (Helicobacter heilmannii) は、ヒト、ネコ、イヌなどの胃粘膜組織中に存在するヘリコバクター属の1種で、ヒトに感染するとピロリ菌同様に慢性胃炎、胃潰瘍、胃癌を引き起こす。
世界人口の50%以上は、消化器にピロリ菌が感染している。とりわけ先進国よりも開発途上国のほうが感染率が高い。
細菌学的特徴 形態・培養 thumb|right|200px|H. pyloriの構造 グラム陰性で、直径約0.5 µm、長さ2.5 - 5 µm。2 - 3回ねじれたらせん菌の形状を持ち、顕微鏡下ではS字状、あるいはカモメ状と呼ばれる曲がりくねった形態として観察される藤本秀士『戸田新細菌学』（吉田眞一、柳雄介編）改訂33版 pp525-530、南山堂、2007年、ISBN 978-4-525-16013-5。長軸の両端（極）に、それぞれ4 - 8本の鞭毛（極鞭毛とよばれる）を持ち、この鞭毛の回転運動によって、溶液内や粘液中を遊泳して移動することが可能である。微好気性で栄養要求性も厳しいため、分離や培養が難しい部類の細菌であり、酸素濃度5 %、二酸化炭素濃度5 - 10 %の雰囲気で専用の培地を用いることで培養可能となる。
ヘリコバクター・ピロリは自然環境においては動物の胃内だけで増殖可能であり、それ以外の場所では、生きたらせん菌の形では長時間生残することはできない。しかし、患者の胃生検組織、唾液桑原徹, 柴崎浩一, 山口晃、「唾液ならびに胃粘膜内におけるヘリコバクター・ピロリのサブタイプに関する研究」 『日本口腔外科学会雑誌』 2000年 46巻 9号 p.497-502, あるいは糞便中からcoccoid form と呼ばれる球菌様の形態に変化したものが分離されることがある。Coccoid formは一種の VNC状態だと考えられており、この形態では増殖はできないものの、一部のcoccoid formが再びヒトの体内に入って蘇生する可能性が示唆されているため、この性状も本菌の感染に関与しているのではないかという説も提唱されている。
胃内への定着 ヘリコバクター・ピロリはヒトおよびサル、ネコ、ブタ、イヌの胃内に感染することが明らかになっている。また、さまざまな動物の胃にもそれぞれ、他のヘリコバクター属細菌が定着している。ヘリコバクター・ピロリは、中性と酸性領域の2つの至適pHを持つウレアーゼを産生し、この酵素が本菌の胃内への定着と病原性に大きく関与している（下記に詳述）。ヘリコバクター属は2007年の時点で30種に分類されているが、ピロリに類似したウレアーゼを持つH. mustelaeやH. felisなどは動物の胃内に定着可能であり、一方、ウレアーゼを持たないものや酸性条件下では働かないウレアーゼを産生するものは、胃内には定着せずに腸内に寄生している。
疫学 感染率 戦前は世界中ほとんど全ての人が保菌していたが、先進工業国では衛生管理の徹底によって、この菌を持たない人が増えてきている。2026年現在、世界人口の50 %以上がヘリコバクター・ピロリの保菌者だと考えられている。日本は1992年の時点で20歳代の感染率は25 %程度と低率であるが、40歳以上では7割を超えており発展途上国並に高い。日本のこの極端な二相性には、戦後急速に進んだ生活環境の改善が背景にあるものと考えられている。ABO式血液型と潰瘍発症率には差があり、O型はA型B型よりも1.5倍から2倍高いと報告されているが、これはヘリコバクター・ピロリが粘膜に取り付く際に作用するレセプターが血液型O抗原であるためと説明されている山本達男、消化管病原菌とヒト粘膜の相互作用 食品衛生学雑誌 1995年 36巻 1号 p.1-8, Borén, T., Falk P., Roth, K. A., Larson. G., Normark, S.: "Attachment of Helicobacter pylori to human gastric epithelium mediated by blood group antigens." Science 262, 1,892-1,895 (1993)., 。
感染経路 本菌の感染経路は不明であるが、胃内に定着することから経口感染すると考えられており、口 - 口および糞 - 口感染が想定されている。保菌している親との小児期の濃密な接触（離乳食の口移し奥田真珠美 日本医事新報 2014;4729:53-54.など）、あるいは糞便に汚染された水・食品を介した感染経路が有力視されている。飼いネコやハエによる媒介感染、上部消化管内視鏡を通じた医原性感染の可能性も考えられるが、どの程度強く関与しているかの統一見解は得られていない。
病原因子
thumb|right|300px|H. pyloriの病原因子群。 thumb|right|120px|ウレアーゼの立体構造模式図。 ヘリコバクター・ピロリには多くの病原因子が存在する平山壽哉『ウイルス・細菌と感染症がわかる』（吉開泰信編）pp114-118、羊土社、2004年、ISBN 4-89706-960-2。特にウレアーゼは本菌の胃内定着に必須であるとともに、走化性や粘膜傷害にも大きく関与する。これ以外にも、本菌に特異的な外毒素（菌体外に分泌される毒素）である細胞空胞化毒素 (VacA; Vacuolating toxin A) や、ムチナーゼやプロテアーゼなどの分泌酵素群が、粘膜および胃上皮細胞の傷害に直接関与すると考えられている。またグラム陰性菌の最外殻に存在するリポ多糖などによって起きる、好中球などの遊走によっても炎症が引き起こされる。また本菌は線毛に類似したIV型分泌装置と呼ばれる構造を有しており、これによって宿主細胞に直接注入されるエフェクター分子（CagAなど）は宿主細胞のIL-8産生を誘導して炎症反応を惹起するほか、アクチン再構築や細胞増殖の亢進、アポトーシスの阻害など多様な反応を引き起こし、これが癌の発生に繋がるとも考えられている。このほか、鞭毛は本菌が感染部位となる胃粘膜に遊泳して到達するために、また外膜タンパク質の一種は本菌が上皮細胞に接着するために必要であることが知られている。
これらの病原因子はすべて本菌による感染や胃粘膜傷害に関与するが、このうち本菌に特異的なVacAやCagAについて研究が進んでいる。その結果、同じヘリコバクター・ピロリでも、VacAやCagAを持つ菌株と持たない菌株が存在することが明らかになった。これらを持つ菌株は毒性が強く、これらの強毒株こそが慢性胃炎や消化器潰瘍、胃がんの本当の病原体で、弱毒株の方はあまり害のない一種の常在菌なのでないか、という仮説も提唱されている。
ウレアーゼ ヘリコバクター・ピロリの持つウレアーゼは細胞の表層部に局在しており、中性および酸性領域の2種類の至適pHを持つため、胃内部の酸性条件下でも尿素からのアンモニア産生が可能である。ウレアーゼによって作られたアンモニアは局所的に胃液を中和するため、その部分にヘリコバクター・ピロリが定着可能となって感染が成立する。アンモニアはまた、ヘリコバクター・ピロリに対して走化性因子としても作用し、胃内にいる他のヘリコバクター・ピロリが鞭毛により遊泳して感染部位に集合しやすくなる。さらに細菌感染に対して動員された白血球が産生する過酸化水素と、その過酸化水素からさらに生成する活性酸素や次亜塩素酸がアンモニアと反応すると、モノクロラミンなどの組織障害性が強いフリーラジカルが生成されて、胃粘膜傷害がさらに進行する。
細胞毒関連遺伝子抗原 ヘリコバクター・ピロリのゲノム中には、「cag pathogenicity island」と呼ばれる領域があり、IV型分泌装置関連遺伝子など30種余りの遺伝子がこの領域に含まれている。 細胞毒関連遺伝子抗原はこの領域に含まれる遺伝子の一つ、細胞毒関連遺伝子抗原遺伝子から産生されるタンパク質である。細胞毒関連遺伝子抗原遺伝子を持つピロリ菌株に感染した場合、持たない菌株の感染よりも消化性潰瘍や胃癌になるリスクが高い。東アジア型の菌株の大半が細胞毒関連遺伝子抗原遺伝子を持つ一方で、西洋型菌の細胞毒関連遺伝子抗原保有率は50 %程度であり、胃癌発生率の地域差と相関している。
胃の粘膜に取り付いたヘリコバクター・ピロリは、IV型分泌装置を通して細胞毒関連遺伝子抗原蛋白を細胞内に注入する。注入された細胞毒関連遺伝子抗原は宿主細胞内でリン酸化を受け、これまでに少なくとも細胞分裂と細胞接着に影響を及ぼすことが分かっている。
病原性 ヘリコバクター・ピロリは、ヒトの萎縮性胃炎、胃潰瘍、十二指腸潰瘍などの炎症性の疾患、胃癌やMALTリンパ腫（粘膜関連リンパ組織に生じるBリンパ腫。MALT:Mucosa-Associated-Lymphoid-Tissue）、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫などのがんの発症と密接に関連した病原細菌である。ヘリコバクター・ピロリ感染により胃粘膜には急性胃炎が発症し、慢性活動性胃炎となり、次第に固有胃腺が減少・消失した萎縮性胃炎となり、さらに腸上皮化生へ進展することにより分化型胃癌が発生する鎌田 智有、胃がん検診と共に学んできた道、日本消化器がん検診学会雑誌、2020年 58巻 2号 p.62-72。国際がん研究機関が発表している IARC発がん性リスク一覧では、グループI（発がん性がある）に分類されている。ただし疾患が現れるのは、保菌者の約3割程度であり、残りの7割の人は持続感染しながらも症状が現れない健康保菌者（無症候キャリア）だと言われている。
また反対に、人体におけるヘリコバクター・ピロリの存在メリットについての研究もなされており、小児ぜんそく、アレルギー性鼻炎、皮膚アレルギーなどの疾患リスクがヘリコバクター・ピロリの感染者の方が低いと言う報告もある。
胃、十二指腸 thumb|right|180px|ヘリコバクター・ピロリが感染した胃粘膜上皮の組織像（Warthin-Starry染色） ヘリコバクター・ピロリが、宿主であるヒトの胃に感染した場合、それが初感染のときには急性胃炎や下痢を起こす。ほとんどの場合はそのまま菌が排除されることなく胃内に定着し、宿主の終生にわたって持続感染を起こす。持続感染したヒトでは、萎縮性胃炎・胃潰瘍・十二指腸潰瘍のリスクが上昇する。
胃の表面では、粘膜上皮細胞を1 mm程度の厚さで粘液層が覆っており、これが胃液に含まれる胃酸や、ペプシンなどのタンパク質分解酵素から上皮細胞を守る役割を担っている。胃内に侵入したヘリコバクター・ピロリは、鞭毛を使ってこの粘液層内部に泳いで移動し、菌体の表層にあるリポ多糖や外膜タンパク質などの分子の働きによって上皮細胞の表面に付着する。この粘液層の内部もまた酸性度の高い環境であるため、通常の細菌はそこに定着することはできないが、ヘリコバクター・ピロリの持つウレアーゼは粘液中の尿素を二酸化炭素とアンモニアに分解し、生じたアンモニアが粘液中の胃酸を中和することで酸による殺菌を免れる。殺菌を逃れた菌は粘液層で増殖する。また尿素から生じたアンモニアなどは尿素やヘミンなどの生体分子とともに、走化性因子として周囲の菌を呼び寄せ、粘液下層にヘリコバクター・ピロリの感染巣が形成される。この感染巣の部分で、ヘリコバクター・ピロリが作るさまざまな分解酵素の働きによって粘液層が破壊され、粘膜による保護を失った上皮細胞が傷害されて炎症が起きる。また菌が分泌する VacA などの毒素や IV型分泌装置で上皮細胞に注入するCagAなどのエフェクター分子による上皮細胞の直接的な傷害や、細菌の感染に対して動員された好中球などの白血球による組織傷害なども加わって、炎症を増悪させる。
またこれらの炎症性疾患が慢性化すると、胃癌や、MALTリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫が発生するリスクも上昇する。炎症に続いて起こる組織修復が繰り返されることによって、細胞がん化のリスクが上昇することが、癌の発生原因の一つであると考えられている。また、ヘリコバクター・ピロリが産生するCagAなどの病原因子が、宿主細胞増殖を促進したり、アポトーシスを抑制することで、宿主細胞のがん化に関与している可能性も指摘されている丸山康弘、当院におけるヘリコバクターピロリの除菌治療 信州医学雑誌 Vol.63 (2015) No.1 p.33-34, 。
ヘリコバクター・ピロリ菌の陽性者では、陰性者と比較して胃癌の発生のリスクは5倍となる。さらに、胃の萎縮の程度が進むと胃癌リスクも上昇し、ヘリコバクター・ピロリ菌感染陽性でかつ、萎縮性胃炎ありのグループでは、陰性で萎縮なしのグループと比較して胃癌の発生リスクは10倍となっているヘリコバクター・ピロリ菌感染と胃がん罹患との関係：CagA およびペプシノーゲンとの組み合わせによるリスク独立行政法人 国立がん研究センター がん予防・検診研究センター 予防研究部：2012年7月6日閲覧。
ヘリコバクター・ピロリ感染症とビタミンB12欠乏症の直接的な関連があり、除菌により血清ビタミンB12値が正常化することが知られているKaptan K, et al. Arch Intern Med. 2000;160 (9):1349-53.。
thumb|right|450px|ヘリコバクター・ピロリによる胃粘膜傷害(1) 胃内に侵入した菌は鞭毛を使って胃の粘液層内部を移動し、上皮細胞の表面に付着する。(2) ウレアーゼが粘液中の尿素からアンモニアを生じ、胃酸を中和する。(3) 殺菌を逃れたピロリ菌が粘液層で増殖。また走化性因子が周囲のピロリ菌を呼び寄せる。(4) ピロリ菌が作るさまざまな分解酵素は粘液層を破壊し粘膜による保護を失った上皮細胞が炎症を起こす（図中央）。また菌が分泌する VacA などの毒素（右）、IV型分泌装置で上皮細胞に注入するエフェクター分子（左）が上皮細胞を傷害して、炎症を増悪させる。
食道 胃炎治療のために除菌治療を行った人の一部で逆流性食道炎の発生や、それに伴う食道がんのリスクが増加する可能性が報告されている。しかし、多施設二重盲検無作為コントロール試験による最近の調査ではリスク増加が否定されるなど、この現象についてはまだ一致した見解が得られていない。
胃内にヘリコバクター・ピロリを持たない人や除菌治療を行った人では、胃酸の分泌が過剰となって胃内の酸性度が増し、逆流した胃液が食道組織を傷害して、一過性の逆流性食道炎やバレット食道を生じることがある。バレット食道は食道腺癌の前段階の病変として現れることも知られている。ただし、この逆流性食道炎は一過性のもので、生涯にわたって増悪するかどうかについては否定的な専門家が多い。また除菌時にみられるバレット食道の多くは病変が短いタイプのもの (SSBE; Short Segment Barrett Esophagus) であり、このタイプの発生と食道腺癌発生のリスクについても統一した見解は得られていない。
食道に対する知見から、ヘリコバクター・ピロリの持続感染は、胃がんとは逆に、食道がんのリスクを低下させているのではないかという考えも提唱された。本菌はもともと宿主と共生関係にある常在細菌の一種であり、胃酸分泌のコントロールによって食道の疾患予防に貢献していると考えている研究者も存在する。人間の胃内のpH調整機構そのものが、本来常在細菌であったヘリコバクター・ピロリによる胃酸中和の存在を前提とした形で進化を遂げているのだと主張している。
検査 ヘリコバクター・ピロリ感染の有無の診断には下記の検査法のいずれかを用いる（複数であればさらに精度が高くなる）。他の一般的な細菌感染症の場合と同様な、 病原体そのものの存在を検出する。 その病原体の感染によって患者の血液中に産生された抗体の量を測定する。 本菌に独特な検査方法として、本菌が有するウレアーゼの酵素活性を測定する。
が利用されている。日本ヘリコバクター学会のガイドラインでも、これらの診断法が採用されている。
一般検査 胃内容液PCR 胃内容液を採取し、ヘリコバクター・ピロリ菌の遺伝子のリアルタイムPCR検査を行う。ミズホメディー社の検査キットではクラリスロマイシン耐性遺伝子についてもPCR検査を行う。 尿素呼気テスト (urea breath test, UBT)
C-尿素を含んだ検査薬を内服し、服用前後で呼気に含まれる C-二酸化炭素の量を比較する。本菌に感染していると、そのウレアーゼによって胃内で尿素がアンモニアと二酸化炭素に分解されて、呼気中の二酸化炭素における Cの含有量が、非感染時より大きく増加するため、間接的な診断ができる。検査薬服用の20分後の C-二酸化炭素の上昇が2.4パーミル以上の場合に、本菌による感染があるものとするなどの基準値が設けられている。除菌治療の効果判定の目的に施行されている場合が多い。 血中・尿中抗H. pylori IgG抗体検査 ヘリコバクター・ピロリが感染すると、本菌に対する抗体が患者の血液中に産生される。血液や尿を用いてこの抗体の量を測定し、ヘリコバクター・ピロリ抗体（血清Hp抗体）が高値であれば本菌に感染していることが認められ、ヘリコバクター・ピロリ感染の有無を検索するスクリーニング検査として簡便であるため、広く行われている方法。尿を検体とする場合は、20分の迅速検査で判定が可能である。しかし、除菌後の抗体価低下には時間が掛かるため除菌後の検査や、一過性の感染既往による偽陽性が出やすい。 閾値である10 U/mLに近い陰性例（抗体価が3 U/mL≦かつ＜10 U/mL）には、2割弱の偽陰性感染者が含まれることが明らかになってきており、日本ヘリコバクター学会が注意喚起を行っている。 便中H. pylori抗原検査 診断や研究用途に作られたヘリコバクター・ピロリに対する抗体を用いた抗原抗体反応による検査。この抗体が、生きた菌だけでなく死菌なども抗原（H. pylori抗原）として認識し、特異的に反応することを利用し、糞便中H. pylori抗原の有無を判定する。非侵襲的に本菌の存在を判定できるという長所がある。
内視鏡生検検査
迅速ウレアーゼ試験 (rapid urease test, RUT) 尿素とpH指示薬が混入された検査試薬内に、内視鏡的に採取した胃粘膜生検組織を入れる。胃生検組織中にヘリコバクター・ピロリが存在する場合には、本菌が有するウレアーゼにより尿素が分解されてアンモニアが生じる。これに伴う検査薬のpHの上昇の有無を、pH指示薬の色調変化で確認する。この検査によって本菌の存在が間接的に診断できる。 組織鏡検法 組織切片をHE（ヘマトキシリン・エオジン）染色あるいはギムザ染色により染色し、顕微鏡で観察する。直接観察することによりヘリコバクター・ピロリの存在を診断できる。また、培養不能でウレアーゼ活性ももたないcoccoid form（球状菌）の状態でも診断できるという長所がある。 培養法 胃生検切片からの菌の分離培養によって、ヘリコバクター・ピロリの存在を確認する。この検査法の長所は、菌株を純培養し入手できる点であり、この菌株を最小発育阻止濃度 (MIC) 測定や薬剤耐性や遺伝子診断など他の検査に利用することができる。欠点は、本菌は増殖速度が遅いために培養には3日から7日を要するため、この検査法をとると時間が掛かる点である。
胃がんリスク診断 ABC 分類とは血清ヘリコバクター・ピロリ(Hp)抗体と血清ペプシノゲン法の併用による胃がんリスク評価法で、2種類の検査結果を組合せにより4種類の分類が行われることから、ABCD分類あるいは ABC分類と呼ばれる中島滋美、胃がん検診におけるペプシノゲン法，ABC分類，および胃X線検査の位置づけ 日本消化器病学会雑誌 Vol.110 (2013) No.2 p.225-233, 。なお、胃癌の存在を調べる検診ではないので ABC検診とは呼ばない。 +ABCD分類 血清ペプシノゲン(PG)法 陰性（PG II ≦ 30ng/mL 未満） 陽性（PG II > 30ng/mL 以上） 血清Hp抗体 陰性 A D 陽性 B C 注記： C と D を同一に扱い C とすれば ABC 分類となる。 A < B < C < D （高リスク）望月直美、小林正夫、西大路賢一 ほか、【原著】人間ドックにおける胃がんリスク評価(ABC分類)の有用性と課題 日本消化器がん検診学会雑誌 Vol.52 (2014) No.5 p.545-555,
治療 日本において、1995年に日本消化器病学会治験検討委員会より「除菌ガイドライン」が発表され、2000年に日本ヘリコバクター学会より「ヘリコバクター・ピロリ感染の診断と治療のガイドライン」が発表された。
日本におけるヘリコバクター・ピロリの除菌療法の保険適用は、2000年11月に「胃潰瘍」と「十二指腸潰瘍」が対象となり「ヘリコバクター・ピロリ感染胃炎」 の効能追加について 厚労省、2010年6月に「胃MALTリンパ腫」「特発性血小板減少性紫斑病」「早期胃癌ESD」に拡大された。2011年2月11日に秋野公造参議院議員が参議院に提出した｢胃がんとヘリコバクターピロリとの関連を踏まえたがん対策に関する質問主意書｣ 参議院に対して、日本国政府は同2月18日の答弁書において国際がん研究機関の見解を受け入れる形で、胃癌の原因をピロリ菌と認め、その後、慢性胃炎の段階まで適応拡大の機運が高まる。
2013年1月に厚生労働省の専門部会により、除菌によって胃炎が改善するとの研究結果が確認されたことを受け、翌月2013年2月には、胃潰瘍の前段階である「慢性胃炎」すなわち「ヘリコバクター・ピロリ感染胃炎」に適応を拡大した上で世界で初めて保険適用とされたピロリ除菌の保険拡大へ 厚労省、胃がん発症減も日本経済新聞 2020年2月13日閲覧胃がんは「ピロリ菌除菌」でなくせる 浅香 正博・秋野公造 (著)潮出版2013/10/5、潮新書2017/3/4。通常、保険適用には大規模な治験が行われないといけないが、本邦においては、治験がなされておらず、公知申請という制度により適用がされることとなった。しかし、胃癌予防での保険適用がされているわけではない。除菌療法が成功しても胃癌を発症する事例もあり伊藤公訓、小刀崇弘、保田智之 ほか、Helicobacter pylori除菌後の胃がん 日本消化器内視鏡学会雑誌 60巻 (2018) 1号 p.5-13, 、長期的には除菌により胃がんを抑制できないという報告も出てきている。近年ではヘリコバクター・ピロリ陽性胃がんと除菌後胃がんの割合が逆転し、すでに除菌後胃がんが大半を占めるようになっており、PPIや胃内常在細菌叢のディスバイオシスが原因かと言われている。胃癌を正常な細胞がおおってしまい発見しにくくなることも報告されている。2019年の時点で、日本で保険適用されてから5年が経ったが、期待されたほどの胃がん減少を達成できなかった。保険適用されているのは日本だけである。
除菌療法の変遷 ヘリコバクター・ピロリの除菌は、発見と同時に始まっており、分離培養に初めて成功したマーシャルは、ただちに除菌治療に有効な薬剤の検討を開始している。初期にはビスマス製剤による除菌が試みられたが、単剤では効果が低かったため、アモキシシリンやチニダゾールといった抗生物質を組み合わせた2剤併用、さらにはメトロニダゾールを加えた抗生物質3剤による方法が開発された。この方法は古典的3剤併用療法と呼ばれ、改良を加えながら高い除菌率を得ることに成功したが、一方で副作用の問題が残された。
初期のビスマス製剤を軸にした除菌療法は、抗菌薬の種類を増やし、効果の上昇を狙ったものだった。抗生物質の活性は一般的にpH中性環境で最も高いため、プロトンポンプ阻害薬 (PPI) などの酸分泌抑制薬を併用し、胃内環境を中性に近づける試みが行われた。この方法は一過性の胃酸過多による副作用を抑えられるという利点もあり、その後クラリスロマイシンの併用を加え、90%超という除菌率を達成した。これが新3剤併用療法であり、1週間という短期間の服用で高い効果を得られることから、除菌療法の標準になっている。
日本における除菌療法の実態 日本で認可されている医療保険の対象となっている除菌療法は、カリウムイオン競合型アシッドブロッカー(P-CAB)またはプロトンポンプ阻害薬 (PPI) と抗生物質2剤（アモキシシリン (AMPC) + クラリスロマイシン (CAM)）を組み合わせた「(P-CAB or PPI) + AMPC + CAM」の3剤併用療法で、3剤を7日間服用する。当初は、プロトンポンプ阻害薬としてランソプラゾールのみが指定。オメプラゾールとラベプラゾール、ボノプラザンも順次保険診療の対象となった。
この方法による除菌の成功率は80 %程度とされてきたが、近年クラリスロマイシン薬剤耐性菌株が増えH pylori antibiotic resistance: prevalence, importance, and advances in testing、除菌率が70 %程度まで低下との報告もある。ボノプラザン併用療法では、胃内pHをより高く維持できるため、一次除菌 92.6 %, 二次除菌 98.0 %と既存PPIに比べ高率に除菌できた。クラリスロマイシン耐性菌株に対しては、ヨーグルトを併用し除菌の成功率が向上したとの報告があるピロリ除菌にヨーグルト 日経メディカルオンライン記事：2009年11月3日 閲覧： 2009年11月5日。クラリスロマイシンは呼吸器感染症の治療に用いられることから、小児の薬剤耐性菌保有も見られるヘリコバクター・ピロリの小児への感染とクラリスロマイシン耐性化 新潟医学会雑誌 118(11) pp.643-644 20041110。
前述の一次除菌療法にて除菌が失敗した場合、クラリスロマイシンをメトロニダゾール (MNZ) に変更し「 (P-CAB or PPI) + AMPC + MNZ」の3剤併用療法による二次除菌療法まで保険適応となっている。