腸内細菌（ちょうないさいきん）とは、ヒトや動物の腸の内部に生息している細菌のこと。ヒトでは、種類は500～1000腸内細菌と健康 厚生労働省e-ヘルスネット（2022年5月8日閲覧）とも約3万とも言われる。概数についても大腸40兆・小腸1兆、100兆と諸説ある。総重量は1.5kg-2kgと推計される藤田紘一郎：寿命まで左右する！驚異の｢腸内フローラ｣東洋経済オンライン。
これらの細菌を全体として腸内細菌叢（腸内フローラ、symbiosis）と総称する。各細菌は相互および宿主であるヒトとの間の代謝物のやり取りなどを通じて複雑な生態系をなし、ヒトの生理や病気の発生に深く関わっている。このため、腸内にいる各細菌がヒトの健康に有害かどうかを基準に「善玉菌」「悪玉菌」とそれ以外（いわゆる「日和見菌」）で呼び分けることもある。腸内細菌叢は個人差があるほか、国際的な比較研究により食生活や居住国による違いも大きいことが明らかになっている健康な日本人の腸内細菌叢の特徴解明、約500万の遺伝子を発見 日本人は生体に有益な機能が外国よりも多く平均寿命の高さや低肥満率等との関連も示唆 早稲田大学（2016年3月18日）2022年5月8日閲覧。
概要 ヒトをはじめ哺乳動物は、母親の胎内にいる間は、基本的に他の微生物が存在しない無菌の状態にあるが、出産後は外部環境にいる微生物と接触して、一部は常在菌として定着する。生後3-4時間後には、あるものは食餌を介して、あるものは母親などの近親者との接触で、あるものは出産時に産道で感染することによって、様々な経路で微生物が感染し、その微生物の一部は体表面、口腔内、腸を含む消化管内、鼻腔内、泌尿生殖器系などで、それぞれの部位における常在性の微生物になる。一部の原生動物や古細菌を除き、その多くは真正細菌であり、一般には常在細菌と総称されることが多い。このうち消化管の下部にあたる、腸管内の常在細菌が腸内細菌である。1960年頃までは腸内には大腸菌しか認識されていなかったが、今日ではこうした考えが一般化した。
腸内環境は嫌気性であり、腸内細菌の99%以上が嫌気性生物である偏性嫌気性菌に属している。これらの腸内細菌の代謝反応は還元反応が主体であり、また種々の分解反応が特徴的となっている服部征雄「」フォーラム富山「創薬」第23回研究会（2007年）。嫌気呼吸の種類には、嫌気的解糖、硝酸塩呼吸、硫酸塩呼吸、炭酸塩呼吸などがあり、基質を還元することによって代謝に必要な電子を得ており、例えば、硝酸塩から亜硝酸塩を、硫酸塩から硫化水素を、炭酸からメタンを生成するような例がある。
腸内の細菌叢を構成している腸内細菌は、互いに共生しているだけでなく、宿主であるヒトや動物とも共生関係にある。宿主が摂取した食餌に含まれる栄養分を主な栄養源として発酵することで増殖し、同時に様々な代謝物を産生する。腸内細菌が発酵によって作り出したガスや悪臭成分がおならの一部になる。腸内細菌は、草食動物やヒトのような雑食動物において食物繊維を構成する難分解性多糖類を短鎖脂肪酸に転換して宿主にエネルギー源を供給したり、外部から侵入した病原細菌が腸内で増殖するのを防止する感染防御の役割を果たりするなど、宿主の恒常性維持に役立っている。しかし、腸管以外の場所に感染した場合や、抗生物質の使用によって腸内細菌叢のバランスが崩れた場合には病気の原因にもなる。また、後述に示すような生理作用があるため、腸内細菌間のバランスを崩すとヒトの脳をはじめ、心臓、関節など一見腸とは関わりがなさそうに見えるあらゆる部位の病気に発展する可能性を持っており、寿命にも大きな影響を及ぼす。
糞便のうち、約半分が腸内細菌またはその死骸であると言われている。宿主であるヒトや動物が摂取した栄養分の一部を利用して活動し、他の種類の腸内細菌との間で数のバランスを保ちながら、一種の生態系（腸内細菌叢、腸内常在微生物叢、腸内フローラ）を形成している。腸内細菌類が「縄張り」を主張し、侵入してきた新しい菌に対しては腸内フローラを形成している細菌類が攻撃を加える。このため病原菌などは通常駆逐され、病気や老化から守る役割を果たしている。腸内細菌の種類と数は、動物種や個体差、消化管の部位、年齢、食事の内容や体調によって違いが見られるが、その大部分は偏性嫌気性菌であり腸球菌など培養可能な種類は全体の一部であり、VNCの種類も多数存在する。なお、その名称から腸内細菌の代表のように考えられている大腸菌は全体の0.1%にも満たない。
ヒトの腸内細菌の数 メタゲノム解析など分析技術の進歩に伴い腸内での生息が判明した菌の種類は増加する傾向があるが、腸内細菌は多数の雑多な菌種によって構成され、一人のヒトの腸内には100種から3000種類の細菌が100兆個から1000兆個の腸内細菌が長さ約10mの腸内に生息しており、重量にすると約1.5-2kgに相当する。一般にヒトの細胞数は60-70兆個程度と言われており、細胞の数ではその16倍に匹敵するだけの腸内細菌が存在することになる。ただし細菌の細胞は、ヒトの細胞に比べてはるかに小さいため、個体全体に占める重量比が宿主を上回ることはない。腸管内容物を見ると、内容物1gに100億個から1,000億個（10-10個）の腸内細菌が存在しており、糞便の約半分は腸内細菌か、またはその死骸によって構成されている。
ヒトの腸内細菌叢の構成 ヒトの大腸でよく見られる細菌菌発見率 (%)バクテロイデス門Bacteroides fragilis 100バクテロイデス門Bacteroides melaninogenicus 100バクテロイデス門Bacteroides oralis 100バシラス門Enterococcus faecalis 100プロテオバクテリア門大腸菌 100プロテオバクテリア門エンテロバクター属 sp. 40-80プロテオバクテリア門クレブシエラ属 sp. 40-80放線菌門Bifidobacterium bifidum （ビフィズス菌） 30-70バシラス門黄色ブドウ球菌 30-50バシラス門ラクトバシラス属 （乳酸菌） 20-60バシラス門ウェルシュ菌 25-35プロテオバクテリア門Proteus mirabilis 5-55バシラス門Clostridium tetani 1-35バシラス門Clostridium septicum 5-25プロテオバクテリア門緑膿菌 3-11プロテオバクテリア門Salmonella enteritidis 3-7バシラス門Faecalibacterium prausnitzii ?common（一般的）バシラス門Peptostreptococcus sp. ?common（一般的）バシラス門Peptococcus sp. ?common（一般的） ヒトや動物の腸は、摂取した食餌を分解し吸収するための器官であるため、生物が生育するのに必要な栄養分が豊富な環境である。このため、体表面や泌尿生殖器などと比較して、腸内は種類と数の両方で、最も常在細菌が多い部位である。この多様な細菌群は、消化管内部で生存競争を繰り広げ、互いに排除したり共生関係を築きながら、一定のバランスが保たれた均衡状態にある生態系が作られる。このようにして作られた生態系を腸内細菌叢（ちょうないさいきんそう）と呼ぶ。なお、この系には細菌だけでなく表皮常在菌・環境常在菌として存在している広義酵母などの菌類や、細菌に感染するファージなども混在してバランスを形成しているため、腸内常在微生物叢、腸内フローラ、腸内ミクロフローラなどという用語がより厳密ではあるが、一般にはこれらの細菌以外の微生物も含めて腸内細菌叢と呼ばれることが多い。
ヒトや動物が摂取した食餌は、口、食道、胃を経て、十二指腸などの小腸上部に到達し、その後、宿主に栄養分を吸収されながら、大腸、直腸へと送り出される。このため、消化管の場所によって、その内容物に含まれる栄養分には違いが生じる。また消化管に送り込まれる酸素濃度が元々高くないのに加えて、腸管上部に生息する腸内細菌が呼吸することで酸素を消費するため、下部に進むほど腸管内の酸素濃度は低下し、大腸に至るころにはほとんど完全に嫌気性の環境になる。このように同じ宿主の腸管内でも、その部位によって栄養や酸素環境が異なるため、腸内細菌叢を構成する細菌の種類と比率は、その部位によって異なる。一般に小腸の上部では腸内細菌の数は少なく、呼吸と発酵の両方を行う通性嫌気性菌の占める割合が高いが、下部に向かうにつれて細菌数が増加し、また同時に酸素のない環境に特化した偏性嫌気性菌が主流になる。
一方、胆汁酸は脂質や脂溶性ビタミンを乳化し消化吸収を補助するが細菌の細胞膜を溶解する作用も有するため横田篤「乳酸菌・ビフィズス菌における胆汁酸ストレス応答」『日本乳酸菌学会誌』Vol.21 (2010) No.2 pp.87-94, 小腸内や胆管での腸内細菌叢の形成を妨げている。毎日、合計で20-30gの胆汁酸が腸内に分泌され、分泌される胆汁酸の約95%は回腸で能動輸送され再吸収され再利用され、腸管から肝臓や胆嚢に抱合胆汁酸が移動することを、腸肝循環と呼んでいる。殺菌作用のある胆汁酸が回腸でほとんど吸収されるため、腸内細菌は回腸以降の大腸を主な活動場所としている。
消化管の部位の違いによるヒト腸内細菌の数（内容物1gあたり）はおよそ以下の通りである。また、菌数は、栄養分、酸素濃度、胃酸に対する耐性、胆汁酸に対する耐性、腸の免疫システムにより排除されないこと、腸壁への付着力、の要素が考えられる上野川修一『からだの中の外界 腸のふしぎ』（2013年4月20日、講談社ブルーバックス、ISBN 978-4-06-257812-7）p.159。糞便に排出される菌の組成は、大腸のものに類似している。 小腸上部: 内容物1gあたり約1万(10)個。乳酸菌（Lactobacillus属）、レンサ球菌（Streptococcus属）、Veionella属、酵母河合康雄「腸内細菌叢の生体における意義 (1)」『化学と生物』1977年 15巻 7号 pp.472-4788, など。好気性、通性嫌気性のものも多い。 小腸下部: 1gあたり10万-1,000万(10-10)個。小腸上部の細菌に大腸由来の偏性嫌気性菌が混在。 大腸: 1gあたり100億-1,000億(10-10)個。ほとんどがバクテロイデス属(Bacteroides)、ユーバクテリウム（Eubacterium）、ビフィズス菌（Bifidobacterium）、クロストリジウム属（Clostridium）などの偏性嫌気性菌。小腸上部由来の菌は10-10個程度。
+一般成人の腸内細菌構成の例辨野義己『見た目の若さは、腸年齢で決まる』（PHP Science World、2009年12月4日、ISBN 978-4-569-77379-7）p.31バクテロイデス50%ビフィズス菌15%嫌気性球菌15%ユウバクテリウム10%クロストリジウム10% これらの腸内細菌の組成には個人差が大きく、ヒトはそれぞれ自分だけの細菌叢を持っていると言われる。ただしその組成は不変ではなく、食餌内容や加齢など、宿主であるヒトの様々な変化によって細菌叢の組成もまた変化する。
例えば、母乳で育てられている乳児と人工のミルクで育てられている乳児では、前者では、ビフィズス菌などの属の細菌が最優勢で他の菌が極めて少なくなっているのに対して、後者ではビフィズス菌以外の菌も多く見られるようになる。このことが人工栄養児が母乳栄養児に比べて、細菌感染症や消化不良を起こしやすい理由の一つだと考えられている。
新生児ではラクトバシラス属が最も多くなる。乳児の腸内細菌の優占種は、ラクトバシラス属とバシラス門の近縁種となる。生後1か月経つと胎便という黒い粘質便が出て、生後3か月間はバシラス門が優勢となるニコラス・マネー著、小川真訳『生物界をつくった微生物』（2015年11月20日発行、築地書館、ISBN 978-4-8067-1503-0）p.143。
乳児が成長して離乳食をとるようになると、バクテロイデス属 （） やユーバクテリウム属 （） など、成人にも見られる嫌気性の腸内細菌群が増加し、ビフィズス菌などは減少する。
野菜を含む食事をとるようになるとバクテロイデス属が全体の30%程度を占めるようになる。
さらに加齢が進み、老人になるとビフィドバクテリウム属 （）の数はますます減少し、かわりにラクトバシラス属 （） や腸内細菌科の細菌、ウェルシュ菌()などが増加する。
日本人を含めた12カ国のヒトの腸内細菌26種の構成を調べたところ、日本人には他の国民に比べて放線菌門ビフィズス菌（Bifidobacterium）、バシラス門クロストリジウム綱ブラウチア（Blautia）、放線菌門Collinsella、バシラス門バシラス綱レンサ球菌（Streptococcus）、未分類のクロストリジウム綱の菌（Unclassified Clostridiales）が最も多く存在していた。また、日本人の腸内細菌は、炭水化物や海藻類の食物繊維の代謝能力が高く、産生される水素をメタン産生よりも酢酸産生に利用する傾向が強かったSuguru Nishijima, et al., "The gut microbiome of healthy Japanese and its microbial and functional uniqueness" DNA Res (2016) 23 (2): 125-133. 06 March 2016。
人体における腸内細菌の働き ヒトの場合、腸内細菌には主に5つの働きがある。 病原体の侵入を防ぎ排除する。 食物繊維を消化し短鎖脂肪酸を産生する。 ビタミンB2、ビタミンB6、ビタミンB12、ビタミンK、葉酸、パントテン酸、ビオチンなどのビタミン類の生成をする。 ドーパミンやセロトニンを合成する。 腸内細菌と腸粘膜細胞とで免疫力の約70%を作りだしている。
善玉菌と悪玉菌と日和見菌 腸内細菌をわかりやすく説明する例として、光岡知足が命名した「善玉菌」、「悪玉菌」、「日和見菌」の呼称がある。「善玉菌」は人体に有用な働きをする菌の総称、「悪玉菌」は有害に働く菌の総称、これらのどちらにも当てはまらない菌を「日和見菌」と総称している。
この考えは19世紀終わりにイリヤ・メチニコフが発表した「自家中毒説」に端を発している。小腸内で毒性を発揮する化合物が産生されたことが発見され、それが腸から体内に吸収されることが様々な疾患や老化の原因だと考えた。腸内の腐敗は寿命を短くするという仮説を立て、腸内腐敗を予防すれば老化を防止できると考えた。ヨーロッパ各地を遊説中に、長寿国であったブルガリアでヨーグルトが摂食されていることを見出し、そこから分離した「善玉菌」である乳酸菌（ブルガリア菌）を摂取することによって、腸内の腐敗物質が減少することを確認した。
その後の研究によって、腸内細菌と宿主であるヒトの共生関係が徐々に明らかになり、また腸内細菌叢のバランスの変化が感染症や下痢症などの原因になりうることが明らかになったことから、腸内細菌叢のバランスを変化させることによってヒトの健康改善につながるという考えが改めて支持されるようになった。そして、がん、心臓病、アレルギー、認知症のような病気との関連性も高いと指摘されている辨野義己 腸内細菌の全体像をつかみ、予防医学に役立てる （理研ニュース、February 2004）（独立行政法人 理化学研究所）。これら腸内細菌の中には、悪玉菌の働きを抑える、必要な栄養素を作るというだけでなく、腸内に多い免疫細胞に対するメッセージ物質を生み出す働きを果たしていることも分りつつある。
腸内細菌の全体の2割を占めている善玉菌と呼ばれるものには腸の働きを保つビフィズス菌に代表されるビフィドバクテリウム属 () や、乳酸桿菌と呼ばれるラクトバシラス属 () の細菌など乳酸や酪酸など有機酸を作るものが多い。
腸内細菌の全体の1割を占めている悪玉菌にはウェルシュ菌に代表されるクロストリジウム属 () や大腸菌（病原性）など、悪臭のもととなるいわゆる腐敗物質を産生するものを指すことが多い。悪玉菌は二次胆汁酸やニトロソアミンといった発がん性のある物質を作る。偽膜性大腸炎の原因となるクロストリジウム属ディフィシルや病原性を示すバクテロイデス属フラギリスなどもあげられる。悪玉菌は有機酸の多い環境では生育しにくいものも多い。
善玉菌や悪玉菌に必ずしも分類されず、他の菌の影響を受けて作用が変化するものを日和見菌と呼び残りの7割を占める。しかし、その大半は未知なる部分が多い。日和見菌は全体の7割を占め、プロテオバクテリア門腸内細菌科大腸菌（非病原性）、全体の4割を占めるバクテロイデス門バクテロイデス属（非病原性）、バシラス門のユーバクテリウム属、ルミノコッカス属、免疫細胞が暴走した場合にその活動を沈静化すると近年みられるようになったクロストリジウム属（非病原性）などがあげられる辨野義己 『見た目の若さは、腸年齢で決まる』（PHP Science World、2009年12月4日、ISBN 978-4-569-77379-7）p.108。バクテロイデス菌の中には脂肪の吸収を抑え肥満をふせぐものもいるとされる。
トクホに認可された食品には、研究によって血圧や血清コレステロールの低下が確認された製品がある。花粉症などのアレルギー症状が軽減されるという研究報告もある主な学会発表（カルピス研究所）。がんの予防効果を謳った健康食品まで見受けられる（薬機法違反）。整腸と関連したがんやアレルギーなど、様々な疾患を抑制する作用の研究が行われている。ほかに生きたまま腸内に到達可能な乳酸菌（プロバイオティクス）や、腸内の善玉菌が栄養源に利用できるが悪玉菌は利用できない物質（オリゴ糖など、プレバイオティクス）を、製剤や機能性食品として用いることが考案され、多くの製品が開発・実用化されている。
善玉菌は、認知能力の向上などの健康効果が期待できるとして、現在、医学界では発酵食品をなるべく食べることが推奨されている。
善玉菌 ビフィズス菌 乳酸菌 酪酸菌
悪玉菌 ウェルシュ菌 ブドウ球菌 黄色ブドウ球菌 大腸菌 (有毒株)
日和見菌 バクテロイデス属 大腸菌 (無毒株) レンサ球菌 腸球菌
プロバイオティクとプレバイオティクス 望ましい腸内細菌叢（善玉菌優位な腸内環境）を誘導する手段として、善玉菌を直接摂取する方法（プロバイオティクス）と、善玉菌の増殖を促進する食材を摂取する方法（プレバイオティクス）がある。
宿主との関わり
宿主との共生 母乳栄養による乳児の死亡率の低下 死亡した乳児（新生児を除く）を対象とした東京都における調査結果（1957年）によれば、母乳栄養、混合栄養、人工栄養の各栄養法による死亡率比は、成熟児については、ほぼ1:2:3、未熟児については、ほぼ1:2:4の値を示していた。特にビフィズス菌は母乳栄養の糞便に多く存在する。正常な母乳栄養児のフローラはビフィズス菌が極めて優勢である。腸内のビフィズス菌を旺盛にするために母乳に多く含まれる乳糖やオリゴ糖などが有効である相川清「ビフィズス菌の応用研究」『腸内細菌学雑誌』1999年 12巻 2号 pp.73-79, 。ビフィズス菌は乳糖やオリゴ糖などを分解して乳酸や酢酸を産生して腸内のpHを顕著に低下させ森下芳行「腸内細菌を健康に活かすプロバイオティクスとプレバイオティクス」『日本食物繊維研究会誌』2000年 4巻 2号 p.47-58, 、善玉菌として腸内の環境を整えるほか、花粉症などアレルギー症状の緩和にも貢献していることがわかってきた辨野義己『ビフィズス菌パワーで改善する花粉症』（講談社、2007年1月）。乳幼児に多いロタウイルスによる感染性腸炎の抑制をする可能性が報告されている。ラクトフェリンは、母乳・涙・汗・唾液などの外分泌液中に含まれる鉄結合性の糖タンパク質である。ラクトフェリンは、強力な抗菌活性を持つことが知られている。グラム陽性・グラム陰性に関係なく多くの細菌は、生育に鉄が必要である。トランスフェリンと同様、ラクトフェリンは鉄を奪い去ることで、細菌の増殖を抑制する。母乳の中でも、とりわけ出産後数日間に分泌される初乳にはラクトフェリンが多く含まれている。授乳により免疫グロブリンやなどと共に、母体からラクトフェリンが新生児に取り込まれる。ラクトフェリンはこれらの因子と共同で、免疫系が未熟な新生児を外敵から防御していると考えられる。乳酸菌やビフィズス菌などの腸内細菌は、生育の鉄要求性が低く、ラクトフェリンは抗菌活性を示さないあるいは、むしろ増殖を促進する。
短鎖脂肪酸の合成 ヒトの消化管は自力ではデンプンやグリコーゲン以外の食物繊維である多くの多糖類を消化できないが、大腸内の腸内細菌が嫌気発酵することによって、一部が酢酸、酪酸やプロピオン酸のような短鎖脂肪酸に変換されてエネルギー源として吸収される。健常者ではこれらの3種類が短鎖脂肪酸の97%を占め、潰瘍性大腸炎罹患者では罹患部位が広がるごとに短鎖脂肪酸のうち乳酸が占める割合が大きくなってくる。健常者の場合、大腸内で乳酸が生成されると腸内細菌により速やかに酢酸、酪酸、プロピオン酸、炭酸ガス、水素、メタンなどに代謝される。食物繊維の多くがセルロースであり、人間のセルロース利用能力は意外に高く、粉末にしたセルロースであれば腸内細菌を介してほぼ100%分解利用されるとも言われている。デンプンは約4kcal/g のエネルギーを産生するが、食物繊維は腸内細菌による醗酵分解によってエネルギーを産生し、その値は一定でないが、有効エネルギーは0 - 2kcal/gであると考えられている。また、食物繊維の望ましい摂取量は、成人男性で19g/日以上、成人女性で17g/日以上である厚生労働省。食物繊維は、大腸内で腸内細菌によりヒトが吸収できる分解物に転換されることから、食後長時間を経てから体内にエネルギーとして吸収される特徴を持ち、エネルギー吸収の平準化に寄与している。
小腸では栄養素を吸収しても、小腸組織の代謝には流用されずに即座に門脈によって運び去られ、小腸自体の組織は動脈血によって供給される栄養素によって養われる。しかし、大腸の組織の代謝にはこの発酵で生成されて吸収された短鎖脂肪酸が主要なエネルギー源として直接利用され、さらに余剰部分が全身の組織のエネルギー源として利用される。
ウマなどの草食動物ではこの大腸で生成された短鎖脂肪酸が主要なエネルギー源になっているが、ヒトでも低カロリーで食物繊維の豊富な食生活を送っている場合にはこの大腸での発酵で生成された短鎖脂肪酸が重要なエネルギー源となっている。
ヒトの結腸、特に結腸後半の粘膜は、酪酸を産生する腸内細菌が作る酪酸を主たるエネルギー源として利用している。大腸内で産生された酪酸は結腸細胞に優先的にエネルギー源として利用されるKeith A. GARLEB, Maureen K. SNOWDEN, Bryan W. WOLF, JoMay CHOW, 田代 靖人訳、発酵性食物繊維としてのフラクトオリゴ糖の医療用食品への適用」『腸内細菌学雑誌』2002年 16巻 1号 pp.43-54, 。酪酸は、大腸の栄養エネルギーの70-90%を占めているD・モントゴメリー、A・ビクレー著、片岡夏実訳『土と内臓』（2016年11月18日、築地書館、ISBN 978-4-8067-1524-5）p.260。
酪酸を生成する代表的な酪酸菌であるクロストリジウム・ブチリカムは、偏性嫌気性芽胞形成グラム陽性桿菌である。クロストリジウム属のタイプ種でもある。芽胞の形で環境中に広く存在しているが、特に動物の消化管内常在菌として知られている。日本では宮入菌と呼ばれる株が酪酸菌の有用菌株として著名であり、芽胞を製剤化して整腸剤として用いられている。クロストリジウム属の一部の菌は酪酸菌として知られ、漬物の酪酸臭の原因となる伊藤寛「味噌のふくれと酪酸菌-クロストリジウム」『日本釀造協會雜誌』1968年 63巻 4号 pp.405-409, 。
酪酸は、腸管増殖因子として作用し、抗炎症作用を有し、傷害腸管の修復にも関与している。腸内細菌が産生した酪酸が、ヒストンのアセチル化を促進し、p21遺伝子を刺激し、細胞サイクルをG1期で留めるタンパク質であるp21が大腸がんをG1期に留め置き大腸がんを抑制することが指摘されている生田哲『バクテリアのはなし』 （日本実業出版、1999年2月25日、ISBN 4-534-02902-0）p.188S.Y. Archer, et al., "p21WAF1 is required for butyrate-mediated growth inhibition of human colon cancer cells". Proc.Natl.Acad. Sci. USA vol.95 6791-6796 (1998), 。酪酸生成能が高いButyrivibrio fibrisolvensをマウスに投与したところ、酪酸生成量が増加し、発癌物質で誘発した大腸前癌病変の形成が抑制され、大腸がんを予防、抑制する可能性が指摘されている。大腸癌患者の糞便を健常者のものと比較すると有機酸濃度が低く、特にn-酪酸の濃度がとりわけ低値であったことが報告されている。
ビタミンの合成 ビタミンKは食物からの摂取と並んで、幾つかの種類に属する複数腸内細菌によっても供給される。ビタミンKは血液凝固作用（止血）にも関係し、これが不足すると各種内出血といった欠乏症が発生する。ヒト成人に於いては通常、腸内細菌による供給だけでも充分必要量を賄えるが、生まれたばかりのヒト新生児では、まだ充分に腸内細菌叢が形成されて居ないため、これを充分に生産出来ない事から、腸内出血（血便）などの異常が発生しやすい。これに加え、胎児や新生児では出産に際して骨を柔らかくするためP450により骨のカルシウム定着にも関係しているビタミンKを体内で分解しているとの説もある「2章ニューヨークのレストランから排除されたトランス脂肪酸」『脂質栄養学の新方向とトピックス』。また成人でも抗生物質の投与により腸内細菌叢が損なわれた際には、同様に欠乏症が発生し得る。
ビオチン（ビタミンB7）の一日の目安量は、成人で45μg。腸内細菌叢により供給されるため、通常の食生活において欠乏症は発生しない齋東由紀、牛尾房雄「トータルダイエット調査による東京都民のビオチン,ビタミンB6,ナイアシンの一日摂取量の推定」『栄養学雑誌』2004年 62巻 3号 pp.165-169, 。ピリドキシン（ビタミンB6）も腸内細菌により供給されている前川昭男「四訂日本食品標準成分表のフォローアップ「日本食品ビタミンK・B6・B12成分表」について」『日本食生活学会誌』1996年 7巻 1号 pp.8-15, 。
食物繊維を多く摂ると腸内細菌によるビタミンB1の合成が盛んになる永瀬治彦、「セルロース攝取の人体腸内細菌ビタミンB_1合成に及ぼす影響」『ビタミン』1953年 6巻 pp.863-867, 。
生体内においては、ナイアシン（ビタミンB3）はトリプトファンから生合成される。ヒトの場合は、さらに腸内細菌がトリプトファンからナイアシン合成を行っている。
プロピオン酸生産菌はビタミンB12を生産する主要な菌である福井三郎, 清水祥一, 加藤忠克 「微生物によるビタミンと補酵素型ビタミンの生産『工業化学雑誌』1964年 67巻 5号 p.668-674, , 日本化学会。ビタミンB12は、特定の真正細菌及び古細菌による原核生物によってのみ天然に産生され、多細胞または単細胞の真核生物によって産生されたものではない。ヒトや他の動物のいくつかの腸内細菌によって合成されるが、ビタミンB12が吸収される小腸からさらに遠位の大腸でビタミンB12が産生されているので、ヒトは大腸で作られたビタミンB12を吸収することができないが、牛や羊のような反芻動物は共生細菌が胃で増殖し産生されたビタミンB12を腸内で吸収する。