木戸 孝允（きど たかよし／きど こういん、1833年8月11日〈天保4年6月26日〉- 1877年〈明治10年〉5月26日）は、日本の幕末の長州藩士、勤王志士、明治時代初期の政治家ブリタニカ国際大百科事典 小項目事典 木戸孝允（コトバンク）。幕末期には桂 小五郎（かつら こごろう）の名で活躍し、明治維新の元勲として、大久保利通、西郷隆盛とともに維新の三傑の一人に数えられる。
通称は小五郎の他、貫治、準一郎。雅号は松菊、木圭、広寒、猫堂、老梅書屋、竿鈴（干令）。
概略 長州藩藩医和田家の生まれだが、1840年に数え8歳で同藩藩士桂家の養子となる。1852年には江戸に留学して斎藤弥九郎の道場で剣術を学び、また洋式の砲術や兵術、造船術、蘭学などを学んだ。
1858年の安政の大獄以降、薩摩藩、水戸藩、越前藩、会津藩など諸藩の尊王攘夷の志士たちと広く交わるようになり、周布政之助・久坂玄瑞・高杉晋作らと結び、藩の尊王攘夷派における指導者的立場となった。1862年以降には藩政の要職に就く。1864年の池田屋事件及びその直後の禁門の変により、但馬出石で8か月の潜伏生活を余儀なくされた。高杉晋作らが藩政を掌握すると帰藩し、1865年に藩主より「木戸」の苗字を賜った。1866年には藩を代表して薩長同盟を締結している。
新政府成立後には徴士として太政官に出仕し、参与、総裁局顧問、参議に就任。1868年（慶応4年/明治元年）に五箇条の御誓文の起草・監修にあたり明治維新の基本方針を定めた他、版籍奉還や廃藩置県など、封建的諸制度を解体して近代社会（市民社会・資本主義社会）と中央集権国家確立をめざす基礎作業に主導的役割を果たした。1871年には岩倉使節団に参加し、諸国の憲法を研究した。1873年の帰国後は、政府内でかねてから建言していた憲法や三権分立国家の早急な実施の必要性について理解を求め、他方では資本主義の弊害に対する修正・反対や、国民教育や天皇教育の充実に務め、一層の士族授産を推進した。また内政優先の立場から岩倉具視や大久保利通らとともに西郷隆盛らの征韓論に反対した。
憲法制定を建言していたが、大久保利通に容れられず、富国強兵政策に邁進する大久保主導政権に批判的になり、政府内において啓蒙官僚として行動。1874年には台湾出兵に反対して参議を辞した。翌年の大阪会議においては将来の立憲制採用を協議して政府に復帰したが、大久保批判をすることが多かった。地方官会議議長や内閣顧問などを務めたが、復職後は健康が優れず、西南戦争中の1877年（明治10年）5月26日に出張中の京都において病死した。
その遺族は、華族令当初から侯爵に叙されたが、これは旧大名家、公家以外では、大久保利通の遺族とともにただ二家のみであった。
生涯 少年時代 thumb|木戸孝允生家 天保4年6月26日（1833年8月11日）、長門国萩城下呉服町（今の山口県萩市）に長州藩の藩医である和田昌景の長男として生まれる。和田家は毛利元就の七男・天野元政の血を引くという。母はその後妻であった。前妻が生んだ異母姉が2人いる。実子としては長男であるが、長姉に婿養子・文讓が入り、また長姉が死んだ後は次姉がその婿養子の後添えとなっていたため、小五郎は次男として扱われた。
天保11年（1840年）、数え8歳で向かいに住む藩士桂孝古の末期養子となり、藩の大組士に列して禄（90石）を得た。翌年、桂家の養母も亡くなったため、生家の和田家に戻って、実父母・次姉と共に育つ。
少年時代は病弱でありながら、他方で悪戯好きの悪童でもあり、萩城下の松本川を行き来する船を船頭ごと転覆させて快哉を叫ぶという悪戯に熱中していた。ある時、水面から顔を出し船縁に手をかけたところを、業を煮やしていた船頭に櫂で頭を叩かれてしまう。小五郎は、想定の範囲内だったのか、岸に上がり額から血を流しながらもニコニコ笑っていたという。このときの額の三日月形の傷跡が古傷として残っている。
10代に入ってからは、藩主・毛利敬親による親試で2度ほど褒賞を受け（即興の漢詩と『孟子』の解説）、長州藩の若き俊英として注目され始める。
嘉永元年（1848年）、次姉・実母を相次いで病気で失い、悲しみの余り病床に臥し続け、周囲に出家すると言ってはばからなかった。
嘉永2年（1849年）、明倫館で兵学師範となっていた吉田松陰に山鹿流兵学を学び、「事をなすの才あり」と評された。三歳年上の松陰は後に「桂は、我の重んずるところなり」と述べ、師弟関係であると同時に親友関係ともなる。
嘉永4年（1851年）正月、19歳の時、実父の和田昌景が死去（享年72）。銀10貫（当時のレートで金170両に相当）と、継続的な不労収入が見込める貸家などの不動産を相続した。和田家（20石）と残りの動産（銀63貫余り）・不動産は義兄の文譲が継いだ。
剣豪桂小五郎 弘化3年（1846年）、長州藩の剣術師範家のひとつの内藤作兵衛（柳生新陰流）の道場に入門している。嘉永元年（1848年）、元服して和田小五郎から大組士・桂小五郎となり、実父に「もとが武士でない以上、人一倍武士になるよう粉骨精進せねばならぬ」ことを言い含められ、それ以降は剣術修行に人一倍精を出して腕を上げ、実力を認められる。嘉永5年（1852年）、剣術修行を名目とする江戸留学を決意し、藩に許可され、藩に招かれていた神道無念流の剣客・斎藤新太郎の江戸への帰途に随行し、財満新三郎・佐久間卯吉ら5名の藩費留学生たちと他1名の私費留学生とともに私費で江戸に上る。
江戸では三大道場の一つ、練兵館（神道無念流）に入門し、新太郎の指南を受ける。免許皆伝を得て、入門1年で塾頭となった。大柄な小五郎が、得意の上段に竹刀を構えるや否や「その静謐な気魄に周囲が圧倒された」と伝えられる。小五郎と同時期に免許皆伝を得た大村藩の渡辺昇とともに、練兵館の双璧と称えられた。
幕府講武所の総裁・男谷信友（直心影流）の直弟子を破るなど、藩命で帰国するまでの5年間練兵館の塾頭を務め、剣豪としての名を天下に轟かせる。大村藩などの江戸藩邸に招かれ、請われて剣術指導も行った。また、近藤勇をして「恐ろしい以上、手も足も出なかったのが桂小五郎だ」と言わしめたといわれる『君に成功を贈る』中村天風 述。
安政4年（1857年）3月、江戸鍛冶橋の土佐藩上屋敷で開催された剣術大会で坂本龍馬と対戦（2対3で小五郎が勝利した史料が、2017年10月30日に発見）。
留学希望・開国・破約攘夷の志士 thumb|長州藩士時代の木戸（明治2年〈1869年〉4月） ペリーが最初に来航した嘉永6年（1853年）、海防の必要性を実感した幕府は大船建造禁止令を撤回し、雄藩に軍船の建造を要請した。さらに江戸湾防衛のための砲台（お台場）建設を伊豆代官江川英龍に命じた。ペリーが浦賀に入港する時には、長州藩は大森海岸の警備を命じられており、その際に小五郎は藩主毛利慶親の警固隊の一員に任じられ、実際に警備にあたった。海外の脅威を目の当たりにした小五郎は、その後直ちに練兵館道場主の斎藤弥九郎を通して江川英龍に弟子入りし、海岸線の測量やお台場建設を見学し、兵学・砲術を学ぶことにした。それとほぼ同時期に、藩に軍艦建造の意見書（『相州海岸警衛に関する建言書』『木戸孝允文書』八 1-7頁）を提出恵美須ヶ鼻造船所跡。この提言を受け、嘉永7年（1854年）に藩主毛利慶親は洋式軍艦建造を決定し、長州藩は安政3年（1856年）に恵美須ヶ鼻造船所を開設、君沢形（スクーナー）軍艦丙辰丸と、バーク型軍艦庚申丸を製造した。
小五郎は練兵館塾頭を務める傍ら、ペリーの再来航（嘉永7年1854年）に大いに刺激され、すぐさま師匠の斎藤弥九郎を介して伊豆・相模・甲斐など幕府領5か国の代官である江川英龍に実地見学を申し入れ、その付き人として実際にペリー艦隊を見聞する。
吉田松陰の「下田踏海」に際しては自ら積極的に協力を申し出るが、松陰から堅く制止され、結果的に幕府からの処罰を免れる。しかし、来原良蔵とともに藩政府に海外への留学願を共同提出し、松陰の下田踏海への対応に弱っていた藩政府をさらに驚愕させる。倒幕方針を持つ以前の長州藩政府が、幕府の鎖国の禁制を犯す海外留学を秘密裏にですら認める可能性は乏しく、小五郎はそれまで通り練兵館塾頭をこなした。
この後様々な分野で学び、最先端の学問に触れることとなった。浦賀奉行支配組与力の中島三郎助から造船術を学んだ。短い修学期間であったが、互いの人格を認めあい、中島の家族からも厚遇された。 さらに幕府海防掛本多越中守の家来・高崎伝蔵からスクーナー洋式帆船造船術を学び、また、長州藩士・手塚律蔵から英語を学んでいる（）。 安政2年（1855年）に獄中の吉田松陰に宛てた手紙で「当今の急務、得民心、国力をため、兵を練る是也」「兵に至ては一日も早く西洋銃陣に変革致度存候。一日々々と送る時は遂失家、失国、巨大の大損に相成申候」と述べ、人心掌握・富国強兵の必要性を訴えている『幕末政局と木戸孝允』 落合弘樹。
安政5年（1858年）3月、長州藩上屋敷において開催された蘭書会読会で兵学書の講義を行った大村益次郎（この時点では村田蔵六）と知り合う。その後交流を深め、大村を長州藩士に迎えるよう尽力した。大村が実際に長州藩士となったのは、万延元年（1860年）。文久元年（1861年）正月に大村は国入りしている。
安政5年（1858年）8月、長州藩江戸藩邸の大検使役に任命される。吉田松陰が人材登用のために小五郎を藩上層部に熱心に推薦したことによるもの。同年10月、藩士宍戸平五郎の娘富子との結婚の話が持ち上がり、親戚の赤澤半兵衛が帰国を促したことで、11月16日に帰国の途につく。同年12月24日に松陰の自宅を訪ね、老中間部詮勝の暗殺計画を諫めた。松陰はこれを断念するも、別の計画（伏見要駕策）を進めようとしたため野山獄に投獄される。松陰は松下村塾生たちの諫言は聞き入れなかったが、小五郎の言葉には「桂は厚情の人なり。この節同士と絶交せよと。桂の言なるをもって勉強してこれを守るなり」として聞き入れている。
安政6年（1859年）、長州藩江戸藩邸の藩校である有備館の御用掛に任じられ『木戸孝允』大江志乃夫著、後輩藩士の育成にも大きく関わった。同年10月27日、松陰が処刑される。小五郎は、伊藤俊輔らと共に遺体をひきとり、埋葬した。
万延元年（1860年）7月2日、大村益次郎と連名で「竹島開拓建言書草案」を幕府に提出。ただしこの時の竹島は、現代で言う「鬱陵島」であると考えられている島根県令境二郎（斎藤栄蔵）について。また同月、水戸藩士の西丸帯刀らと丙辰丸の盟約を結ぶ。小五郎・西丸はそれぞれ藩内に働きかけるが、藩の中枢部を動かすには至らず、長州藩内では公武合体を推奨する航海遠略策が藩論として採用されたため、小五郎は「破」の計画の延期を提案したものの、機を逸することを恐れた水戸側は長州の後援なしに「破」を実行することとした。
文久2年（1862年）正月15日の坂下門外の変に際し、遅刻して事件に参加できなかった水戸浪士川辺左治右衛門が小五郎のもとを訪ね、切腹する。小五郎も事件との関わりを幕府から追及されたが、航海遠略策で幕府や朝廷に注目されていた長井雅楽の尽力によって釈放される。
同年、藩政府中枢で頭角を現し始めていた小五郎は、周布政之助・久坂玄瑞（義助）らと共に、松陰の航海雄略論を主張し、長州藩大目付・長井雅楽が唱える幕府にのみ都合のよい航海遠略策を退ける運動を開始する。長井の策は勅許なしでの条約締結による開国を是認するものであり、天皇をおろそかにする政策だと考えたからである。同年6月、江戸から上洛する藩主毛利敬親を中山道中津川宿にて待ち受け、京都の情勢を報告し、藩論を転換するよう説得する（中津川会議）｟中津川宿5｠桂小五郎の隠れ家。このため、長州藩要路の藩論は破約攘夷・開国攘夷（勅許なしでの通商条約は一旦破棄し、その後正式に勅許を得て開国し、国の力をつけてから攘夷を実行する）に決定付けられる。同時に、異勅屈服開港しながらの鎖港鎖国攘夷という幕府の路線は論外として退けられる。これにより長井雅楽と、小五郎の義弟（妹治子の夫）である来原良蔵が切腹する（来原は同年8月、長井は翌年2月）。来原良蔵自決の報せを聞いたとき、小五郎は顔を覆って泣き、周囲の者ももらい泣きしたという。
文久2年（1862年）6月、勅使大原重徳が江戸へ赴き、勅書として 将軍徳川家茂に上洛させること 攘夷を実行させること 徳川慶喜を将軍後見職に、松平春嶽を大老相当職（結果として新設の政事総裁職になった）に就任させること を幕府に要請した（文久の改革）。このうち1.が小五郎の、2.が岩倉具視の、3.が島津久光の進言が基になったとされる。この勅書に応じ翌文久3年に家茂は上洛したが、このことにより天皇＞将軍という格付けがさらに印象づけられた。
これらの働きを評価され同年7月、藩の右筆役政務座副役となる。さらに京都で学習院御用掛に任命され、朝廷や諸藩を相手に外交活動を行う。
文久2年（1862年）8月、江戸に向かう道中で金谷に滞在中の薩摩藩士五代友厚を訪ね、文久の改革で江戸に滞在中の島津久光の動向を聞く。長州藩主毛利敬親は、久光が江戸に到着する前に江戸を離れ、すれ違いになったため、代わりに世子毛利元徳を久光に会わせるためである。18日に品川に到着した毛利元徳は、20日に勅使大原重徳と久光に対面したが、それ以上の進展は無く、21日に久光は江戸を発っている五代友厚 生麦事件（２）。
文久2年（1862年）閏8月、会津藩士秋月悌次郎に面会し、京都の事情等について情報を伝える『桂小五郎に私淑した松平容保「禁門の変」最大の謎を読む』（ページ削除）。悌次郎からの書簡七通『木戸孝允関係文書』第一巻によると、度々会う約束を交わしたほか、複数の会津藩士を交えて小五郎の意見を聴いたこと、小五郎の意見を書面にしてほしいなどの要望が読み取れる『持続する志 六―会津藩公用方秋月悌次郎』中西達治 金城学院大学論集 人文科学編 第11巻第2号(2015年)。 悌次郎との問答が、牧野謙次郎の『維新伝疑史話』(1938年）にて紹介されている。「悌次郎は木戸と交友があり、江戸で攘夷の不可を論じた。木戸は『攘夷が不可能であることは分かっている。しかし藩論が攘夷と決まった今ではこれを止めることはできない』と言った。悌次郎は『旅の途中で忘れ物をしたらどうするか』と聞くと、木戸は『取りに戻る』と答えた。『ならば、攘夷も今から改めては』と悌次郎が言うと、木戸は『走っている虎に乗っている者が、そこから降りるのは危ない』と笑って答えた」
同じく閏8月、周布政之助とともに、政事総裁職になった松平春嶽に面会。幕府に攘夷実行を迫るよう伝えた。その後、横浜の英国商会で軍艦購入の交渉を行った。後に井上聞多らが担当して購入し、壬戌丸と名付けられた。 長州藩の軍艦は、外国から購入した壬戌丸・癸亥丸と、恵美須ヶ鼻造船所で建造された丙辰丸・庚申丸が下関戦争に用いられた長州藩が下関戦争で使った軍艦。壬戌丸は四境戦争（第二次長州征伐）前に売却されたが、薩長同盟を経て購入された乙丑丸が龍馬の指揮の下で四境戦争に加わったほか、晋作が長崎で購入した丙寅丸も四境戦争に用いられた。
文久2年（1862年）9月、対馬藩士大島友之允と面談、対馬藩主宗義和に関わるお家騒動の解決の斡旋を行う。先代対馬藩主宗義章の正室慈芳院が、長州藩10代藩主毛利斉熙の娘であった縁もあり、以降幕末史において対馬藩は長州藩と深い関係を保つ。
同じく9月、横井小楠と会談。横井の開国論が戦略論であり、小五郎らの攘夷論が戦術論であることを確認しあい、基本的には一致すること（開国を目的とする攘夷論）を了解しあった。
文久3年（1863年）3月、水戸藩士吉成勇太郎らを上京させた。
同じく3月の末頃、宍戸璣（当時は山県半蔵）とともに勝海舟を訪問し、海外に関する意見を聞く。勝は「海軍興隆は、護国の大急務、後世の基本成るべし。今後れたりとて、手を下さざる時は、後また今の如く。終に興起の基立つべからず。今用に応ぜざるとも、後世の国益を思はざるは、丈夫の事にあらず」と伝えた『勝海舟日記』。
同年4月下旬、対馬藩士大島友之允とともに再び勝海舟を訪問し、朝鮮問題を論じる。対馬藩は、地理的に最も朝鮮に近い位置にあり、また2年前の文久元年にロシア軍艦対馬占領事件が起きたばかりということもあり、海外情勢は切実な問題であった。勝は「当今亜細亜州中、欧羅巴人に抵抗する者なし、これ皆規模狭小、彼が遠大の策に及ばざるが故なり。今我が邦より船艦を出だし、弘く亜細亜各国の主に説き、横縦連合、共に海軍を盛大し、有無を通じ、学術を研究せずんば、彼が蹂躙を遁がるべからず。先最初、隣国朝鮮よりこれを説き、後支那に及ばんとす」と述べた『海舟ブログ 第116話 理想－挙国一致の海軍建設 その１３』。翌年の元治元年（1864年）には、大島は朝鮮進出の建白書を提出している。明治の最初期に木戸が征韓論を主張したのは、この時の論が基になっていると考えられる。
欧米への留学視察、欧米文化の吸収、その上での攘夷の実行という基本方針が長州藩開明派上層部において定着し、5月8日、長州藩から英国への密航留学生が横浜から出帆する（日付は、山尾庸三の日記による）。この長州五傑と呼ばれる密航留学生5名（井上聞多、伊藤俊輔、山尾庸三、野村弥吉〈井上勝〉、遠藤謹助）の留学が藩の公費で可能となったのは、周布政之助が留学希望の小五郎を藩中枢に引き上げ、オランダ語や英語に通じている村田蔵六（大村益次郎）を小五郎が藩中枢に引き上げ、開明派で藩中枢が形成されていたことによる。
5月12日、小五郎や高杉晋作らのかねてからの慎重論（無謀論）にもかかわらず、朝廷からの攘夷要求を受けた幕府による攘夷決行の宣言通りに、久坂玄瑞率いる長州軍が下関で関門海峡を通過中の外国艦船に対し攘夷戦争を始める。この戦争は約2年間続くも破約攘夷にはつながらず、攘夷決行を命令した幕府が英米仏蘭4カ国に賠償金を支払うということで決着する。
5月、藩命により江戸から京都に上る。京都で久坂玄瑞・真木和泉たちとともに破約攘夷活動を行い、正藩合一による大政奉還および新国家建設を目指す。
文久3年（1863年）8月18日、八月十八日の政変が起こる。三条実美ら急進的な尊攘派公家と長州藩士が京都から追放された（七卿落ち）。長州藩士は京都留守居役3名を除いて在京を禁じられたが、小五郎は変名を使い京都内を潜伏しながら情報収集と長州藩復権工作を続けたものの、奏功せず一旦帰藩する。
元治元年（1864年）正月、藩命を受けて上京、対馬藩邸などに潜伏し関係諸藩（因幡、備前、筑前、水戸、津和野など14藩に及ぶ）との外交活動を続ける。同年5月、正式に京都留守居役に命じられ、藩を代表して外交活動を行う。
元治元年（1864年）6月、池田屋事件が起こる。小五郎は会合への到着が早すぎたため、一旦池田屋を出て対馬藩邸に向かったため難を逃れたという説と、池田屋より屋根を伝い逃げたという説がある。この事件により、追い詰められた過激派尊攘志士たちは慎重派の小五郎や周布・高杉らの意見を聞かず、暴発が避けられなくなってしまう。
禁門の変 thumb|180px|桂小五郎・幾松寓居跡（京都市） 禁門の変の際、小五郎は因州藩を説得し長州陣営に引き込もうと目論み、因州藩が警護に当たっていた猿が辻の有栖川宮邸に赴いて、同藩の尊攘派有力者である河田景与と談判する。しかし河田は時期尚早として応じず、説得を断念した小五郎は一人で孝明天皇が御所から避難するところを直訴に及ぼうと待った。しかしこれもかなわず、燃える鷹司邸を背に一人獅子奮迅の戦いで切り抜け、幾松や対馬藩士・大島友之允の助けを借りながら、潜伏生活に入る。その後会津藩などによる長州藩士の残党狩りが盛んになり、但馬の出石に潜伏する。
京都潜伏中に作ったとされる都々逸が残されている。
右の写真は「桂小五郎・幾松寓居跡」とされる閉店した料亭「幾松」だが、桂小五郎と名乗っていた時期に小五郎や幾松がここに住んでいた記録は確認されていない。また、明治時代になって木戸が住んでいた場所とも異なる。建物自体は、2004年9月に国の有形登録文化財へ登録されているが、小五郎や幾松との関わりが認められたわけではなく、「本館東棟 年代：江戸末期〜明治初期」「本館南棟 年代：明治中期」とあるように、建てられた年代が認められただけである。「桂小五郎・幾松寓居跡」の事実を疑う記事がニュースブログに掲載されたこともあり、その真偽が問われている。解体工事により、建物は無くなっている。
但馬出石潜伏 thumb|150px|禁門の変後潜伏した、但馬出石の邸宅跡 但馬出石出身で対馬藩出入りの商人広戸甚助の協力で、小五郎は出石に逃げのびた。出石では広戸家の親戚宅や檀那寺である昌念寺昌念寺や養父市の西念寺まちの文化財（165） 桂小五郎と西念寺などを転々とし、さらには当時松本屋という屋号だった城崎の湯宿に年をまたいで2度潜伏している。
昌念寺に潜伏していたときに知り合った出石藩士の堀田反爾について、木戸は明治3年7月の日記に「八日朝、大久保参議来談、堀田反爾来る。但州出石藩の人、余七年前、京都戦争後、しばらく出石に潜伏す。この時最善寺に相会す。しかるといへどもその時余の長州人たるを知らざるなり」と述べている。出石での滞在中は、甚助の妹にあたる広戸すみ子が身辺の世話をし、のちに「何時も揚げ豆腐の焼いたのが、御好みであつた」と食物の嗜好について述懐している。
小五郎は、甚助を長州藩への使いに出し、大村益次郎に居場所を知らせた。小五郎の居場所は、大村のほか伊藤俊輔と野村靖のみが知る極秘事項とされた。高杉晋作は大村宛に「桂小の居所は、丹波にてござ候や、但馬にてござ候や、また但馬なれば何村何兵衛の所にまかりあり候や」 と手紙を書いて小五郎の居場所を尋ねている。大村や野村は、小五郎に手紙を出し、藩の内外の状況を知らせるとともに、すぐに帰藩するよう伝えている。高杉は、大村宛の手紙を認めた翌月に、下関の豪商入江和作に宛てて「そのうちちょっと但馬城崎湯に罷り越したく存じおり候」と具体的な地名を交えて伝えており、小五郎の居場所を知る人物より情報を得ていた可能性がある。
京都から下関に逃げのびていた幾松と甚助が小五郎を迎えに行ったが、道中甚助が路銀50両を博打で使い切った上、逃亡。残された幾松は一人、持っているものを売って旅費とし、旅を続けた。幾松が慶応元年（1865年）3月2日に出石に到着すると、小五郎は幾松と広戸すみ子をともなって城崎の松本屋へ移り、同21日には出石へ戻ったという。
小五郎は、慶応元年（1865年）4月8日に幾松と広戸甚助をともない、長州へ向けて出石を発ったが、同16日に甚助が大坂で捕縛されたため、弟の広戸直蔵が引き継ぐかたちで帯同した。
第一次長州征討 朝敵となって敗走した長州藩に対し、さらに第一次長州征討が行われようとした時点で、長州正義派は藩政権の座を降りた。不戦敗および三家老の自裁、その他の幹部の自決・処刑という対応で藩首脳部は責任を取った。国泰寺の会談において長州藩を代表した吉川経幹を前にして永井尚志は質疑をしていたが、途中で手帳を出すと名前を確認しながら「桂小五郎と高杉晋作はどこにいるのか」と尋ねた。吉川は死にましたと返答をしてこの件は処理された。
その後、長州俗論派政権が正義派の面々を徹底的に粛清し始めた。しかし、高杉晋作率いる正義派軍部が反旗を翻し、軍事クーデター（功山寺挙兵）が成功したため（元治元年12月 - 慶応元年3月：1865年1–4月）、俗論派政権による政治が終わった。その後、高杉晋作・大村益次郎らによって、出石より帰国した小五郎は長州藩の統率者として迎えられる。 俗論派政権が敗れ小五郎が帰国するまでの間、藩政府を支えていたのは宍戸璣や山田宇右衛門ら中立派の重役である。 小五郎が出石から下関に到着したのは慶応元年（1865年）4月末。その頃、俗論派は政権を退いていたものの、高杉晋作・井上聞多・伊藤俊輔は攘夷論者に命を狙われており、高杉は四国へ、井上は豊後別府へ、伊藤は下関に逃げ隠れていた。伊藤から事情を聞いた小五郎は、すぐに攘夷論者（報国隊）のリーダー野々村勘九郎（当時は泉十郎と改名）に話をつけ、刀を納めさせた。そのことにより5月に井上が、6月に高杉が長州に帰藩することができた。 後に伊藤俊輔は小五郎が長州に迎えられた時の様子を「山口をはじめ長州では大旱（ひどいひでり）に雲霓（雨の前触れである雲や虹）を望むごときありさまだった」と語っている。
慶応元年（1865年）5月27日に政事堂内用掛国政方用談役心得となり、長州政務座に入ってからは、武備恭順の方針を実現すべく軍制改革と藩政改革に邁進する。同時期に、藩主より「木戸」の苗字を賜った。以降、この項目では木戸と称する。
薩長同盟 長州藩は土佐藩の土方楠左右衛門・中岡慎太郎・坂本龍馬らに斡旋されて薩摩藩と秘密裏に薩長同盟を結ぶ。木戸が復帰する以前から、大宰府に移動した三条実美らの周辺にいた中岡慎太郎らにより、幕府からの割拠を目指す薩長二藩の提携を推進する動きがあり、慶応元年（1865年）閏5月に木戸と西郷の会見が用意された。しかし，西郷が上京を急いだため実現せず、木戸は「果たして薩摩の為めに一杯喰わされたのである。もうよろしい。僕はこれから帰る」と憤慨するが（土方久元『薩長同盟実歴談』）、薩摩藩名義で銃を購入することを提案し、井上聞多・伊藤俊輔を長崎に派遣した。井上・伊藤は小松帯刀の斡旋で、外国商人グラバーから銃器を購入、井上はそのために薩摩入りも果たしている。その返礼として9月8日、毛利敬親父子は島津久光父子に宛てて親書を送り、両藩は実質的に和解した。
西郷は12月に黒田清隆を山口に派遣し、代表者の入京を求める。木戸は薩摩に入ったことのある井上を送ろうとしたが、高杉晋作や井上・伊藤は木戸に上京を求めた。諸隊の間にも薩摩への警戒心が根強く残っていたため木戸は難色を示したが、井上らの強い説得により結局木戸が代表となり、御楯隊の品川弥二郎らを伴うかたちで27日に三田尻を出港、翌慶応2年（1866年）正月7日に京都に入った。
同年正月22日に京都で薩長同盟が結ばれて以来、木戸は長州の代表として薩摩の小松帯刀・大久保利通・西郷隆盛・黒田清隆らと薩摩・長州でたびたび会談し、薩長同盟を不動のものにして行く。薩長同盟の下、長州は薩摩名義でイギリスから武器・軍艦（ユニオン号・長州藩での名前は乙丑丸）を購入した。 黒田は、薩長同盟の直後の2月6日に木戸らとともに山口を訪れているし（2月19日に品川と共に三田尻港を出港）、村田新八・川村純義が2月19日に山口入りし、ユニオン号事件の完全解決に向けて議論した『慶応二年前半の政局と薩摩藩―「小松・木戸覚書」以降の動向を中心に』町田明広。
第二次長州征討 長州藩の武備恭順や大村益次郎らによる秘密貿易を口実として、幕府側（会津藩・新撰組）は第二次長州征討（四境戦争）に踏み切る。
開戦後、木戸は英仏の両公使と馬関で会談した。フランス公使ロッシュは「長州が降伏を望むなら斡旋する」と言い、英国公使パークスは木戸に和議を勧めた。これに対し木戸は、「さきに攻めてきたのは幕府ですから、幕府のほうが停戦を求めてきたら考慮します」と、和議の勧告をきっぱりと拒絶した。『幕府の大軍に包囲されているにもかかわらず、この長州の代表者はいささかの弱みも見せず、毅然とした態度を崩そうとしない』『どうやらこの木戸という男に脅しは通用しない』と、長州藩の本気をパークスは悟って、以後、和議に触れることはなかったという。
薩長同盟を介した秘密貿易で武器や艦船を購入し、近代的な軍制改革が施されていた長州軍の士気は、極めて高かった。長州訪問中の坂本龍馬が感激して薩摩に「長州軍は日本最強」と手紙をしたためたほどであった。 初戦は手薄だった大島口への幕軍による奇襲攻撃によって開始され、珍しく慌てた木戸は小倉口の指揮官だった高杉晋作を急遽大島口に回らせる。高杉晋作艦による幕軍への艦砲射撃によって形勢が逆転し、その後は第二奇兵隊の活躍によって長州側の勝利が確定した。 大村益次郎が指揮官だった石州口・芸州口は、隣接する津和野藩の手引きや、広島藩の長州征討への消極的態度にも助けられ、長州側があっさり勝利を収めた。