村上水軍（むらかみすいぐん）は、日本中世の芸予諸島付近の海域しばしば瀬戸内海という表現がされるが、実際に瀬戸内海全域を支配していたわけではない。で活動した水軍（海賊衆）。芸予諸島の島に本拠を持った因島村上氏、来島村上氏、能島村上氏の三家で構成され、これらは「三島村上氏」と呼ばれる。三島村上氏は同族意識を持ちながらも、それぞれ独自に活動を行った。代表的な表紋は「丸に上文字」や「折敷に縮み三文字」など。
彼らの多くは真言宗徒であり、京都などに数多く菩提寺が残されている。また、今も瀬戸内周辺地域には村上水軍の末裔が多く住む。主な活動は輸送、航行船の破壊・略奪や信書の開封・破棄等を通じた同盟関係の分断、それらを行わずに安全を保障する代わりに、芸予諸島の海峡を関所（札浦）に見立てた通航料の徴収である。海上交通の要所で目を光らせ、徴収に応じず強いて通ろうとすれば容赦なく襲撃、掠奪・殺害した。平時は漁業にも従事した村上海賊いんのしま観光なび（2018年3月9日閲覧）。20世紀まで瀬戸内海で見られた漂海民も、村上水軍の末裔ではないかといわれている羽原又吉『漂海民』（岩波新書、1963年） ISBN 4-00-415074-4。
焙烙玉を用い、それらや火矢で相手の船を焼き、武者船で斬り込む戦法で知られた。能島城跡で酒を飲む素焼きの器（かわらけ）の破片が大量に発掘され、木津川の戦いの前には何度も連歌の会が催される等、彼らどうしの交流と結束の一端が窺える。
なお、2016年（平成28年）4月25日、日本遺産 第二期の19箇所の一つとして「“日本最大の海賊”の本拠地：芸予諸島－よみがえる村上海賊“Murakami KAIZOKU”の記憶－」として認定された。村上水軍が活躍した今治市本土と尾道市本土と芸予諸島に42項目の遺産対象がある尾道市HP参照 http://www.city.onomichi.hiroshima.jp/www/info/detail.jsp?id=8160。
起源 これら三つの村上家の起源ははっきりしないが、もともとは一つの家であったという。その起源として最も有力とされるのが、『尊卑分脈』に記された、河内源氏の庶流信濃村上氏を起源とする説である。平安時代末期に活躍した村上為国の弟・村上定国が保元の乱後に淡路島を経由して塩飽諸島に居を構え、平治の乱後の永暦元年（1160年）に越智大島伊予大島の別名で、現愛媛県今治市 に居を移し、伊予村上氏の祖となったとされる。
越智大島を始め伊予国（現在の愛媛県）各地には、源頼義が伊予守をしていた時期に甥の村上仲宗（信濃村上氏の祖）に命じて多くの神社・仏閣を建立させたという伝承が残っており、もともと伊予は信濃村上氏と縁のある土地であったとされる。
また能島村上氏の系図では、自らの出自を村上天皇の皇子具平親王の子源師房を祖とする村上源氏としている。因島村上氏にも同様の起源を主張する系図が残されている。また信濃村上氏に残る系図には、源頼信の次男源頼清が村上天皇の皇子為平親王の子源憲定（村上憲定）の娘婿として村上姓を名乗ったとする、よく似た説が伝わっている。その他に、伊予越智氏の庶流との説もある。
この他、村上義弘は、愛媛県新居浜市沖の新居大島の生まれであると同島では伝えられており、水軍活動初期のものと思われる城跡や舟隠し跡などが残されている。
村上水軍の三家 因島村上氏 因島村上氏は向島や因島を本拠とした一族である。史料上の初出は応永34年（1427年）であり、将軍・足利義持が赤松氏討伐への出兵に対して、村上備中入道吉資に宛てた感状である。
15世紀中頃には伊予国守護の河野氏に協力して佐礼城（現今治市玉川町）を攻撃している。また、備後国守護の山名時熙からは遣明船の警固を命じられている。その後は山名氏や大内氏、ついで毛利氏との関係を強めた。
来島村上氏 来島村上氏は来島を本拠とした一族である（来島城も参照）。史料上の初見は応永11年（1404年）で弓削島荘（現愛媛県上島町）の経営を請け負っている。
戦国時代になると村上通康が河野氏の配下となったが、その子の来島通総は羽柴秀吉（のちの豊臣秀吉）の勧誘を受けて河野氏から離反した。その後、通総は一大名として小田原合戦や文禄・慶長の役などにおいて海上で活動したが、慶長の役の鳴梁海戦で戦死した。
能島村上氏 能島村上氏は能島とその周辺を本拠とした一族である。史料上の初見は貞和5年（1349年）で伊予国弓削島の荘園領主である京都東寺の使節の警固を務めている。
能島村上氏は他の二家とは異なり、特定の大名家の支配下で水軍となることはせず、駄別料（通行料兼警固料）を徴収する代わりに通航の安全を保障するという海上支配権を維持しながら独自の姿勢を貫いた。
能島村上氏が陸の諸大名側の船舶に対して、通行料免除と安全通航を保障する代わりに、その領国内の港に「札浦」を置いて海上通航の商船から通行料を徴収する関係が成り立っていた。そのため特定の大名に積極的に加担して、敵方の大名の領国内にある札浦を失う事態を避けていた。陶晴賢と毛利元就の厳島合戦では、村上三家とも毛利に加担したというのが従来の通説であったが、近年はこれを否定する説も現れている。
ただ、毛利水軍の一翼を担ったこともあり、1576年（天正4年）の第一次木津川口の戦いでは織田勢を撃破している。
しかし、豊臣秀吉が天下を取ると、長崎の直轄化による外国貿易の独占を図るべく、天正16年（1588年）に海賊停止令を出すなど厳しく取り締まったため、その基盤は失われた。
村上水軍の解体 来島村上氏では通総の戦死後、長親（のちに康親）が跡を継いだが、関ヶ原の戦いで西軍についたため、豊後国の内陸部の森（森藩）に転封となった（2代目藩主の通春は「久留島」に改姓している）。久留島家の所領だった大分県別府市や日出町の一部を通じて、かろうじて海とのつながりは保ったという。
因島村上氏と能島村上氏も関ヶ原の戦いでは西軍につき、その後は毛利氏の家臣団に組み込まれた。二家は萩藩の船手組に編成され、藩主の御座船の警護、朝鮮通信使の曳航、漂流船への対処などに当たり、特に能島村上氏は船手組の頭を江戸時代の約250年にわたり務めた。
村上水軍の一族 村上師清 能島村上氏 村上雅房 村上隆勝 村上義忠 村上武吉 村上元吉 村上景親 村上元武 村上元信 村上隆重 村上景広 因島村上氏 村上吉充 村上亮康 村上尚末 来島村上氏（久留島氏） 村上通康 来島通総 得居通幸 来島長親
系図 能島村上氏 （村上師清？義胤？） ┃ 義顕 ┃ 雅房 ┃ 隆勝 ┣━━┳━━┓ 義雅 義忠 隆重 ┃ ┃ ┃ 義益 武吉 景広 ┏━━┫ 元吉 景親 ┃ ┃ 元武 元信 ┃ ＜長州藩士家＞ 就親 ┃ （略） ┃ 就庸 ∥ 某（佐佐木就清の子） ∥? 惟庸（兼助）（右田毛利房顕の次男） ┃ 毛利親信（右田毛利家を継ぐ） ┃ 藤枝
因島村上氏 （村上義胤？義顕？） ┃ 顕長（吉豊） ┃ 吉資 ┃ 吉充 ┃ 吉直 ┃ 尚吉 ┣━━━━━┳━━┳━━━━━┳━━━┓ 吉充 吉忠 亮康 隆吉 尚末 ┣━━┓ ┃ ┣━━┓ ┃ ∥ ∥ ┃ ┃ ┃ ┃ 景隆 吉亮 吉国 景隆 吉亮 尚久 ┃ ┃ 元充 尚次 ┃ 尚昌
備考 2015年3月13日、村上水軍の村上武吉が1581年（天正9年）に雑賀衆の向井弾右衛門尉に発行した海上通行証「過所船旗（かしょせんき）天正九年三月廿八日」が重要文化財に指定された重文に「鳥羽天皇像」掛け軸根来寺の「絹本著色鳥羽天皇像」などが重文指定へ根来寺の鳥羽天皇肖像画が重文に根来寺「鳥羽天皇像」など重要文化財に。なお通行証に書かれた「上」という文字は「村上」の上ではなく、「上（たてまつる）」と読む動詞であり、神への捧げ物という語義が含意されている清水克行『室町は今日もハードボイルド 日本中世のアナーキーな世界』新潮社、2021年6月発行、P33・34。
かつて本拠地であった能島を見渡せる大島海岸部には今治市村上海賊ミュージアム（旧称 村上水軍博物館）村上水軍博物館（2018年3月9日閲覧） が開設されている。
広島県と愛媛県には村上水軍の末裔が多く存在し、一部地域では村上姓が多く居住している。愛媛を選挙区とする政治家の村上誠一郎（18代目国難を救った水軍魂（村上誠一郎公式サイト））、サッカー選手の村上佑介、心理学者の村上宣寛、芸能人の村上信五、村上ショージ、村上文香などが村上水軍の末裔だという。しかし、村上水軍は3つの軍に分かれており、さらに陸上で活躍する軍に比べると戦い以外の理由（水害、事故など）で死亡することが多く、武家には珍しく姓が途絶える事を危惧し島の住民にも「村上」を名乗らせた。また、戦いに負けた船に乗っていた女・子供は殺害せず、妻や養子に迎えていた。実際、村上武吉は小説『村上海賊の娘』で有名な実の娘と言われている主人公・景以外にも養女がいた。そのため、実際には村上水軍のトップや参謀などの血の繋がりがあるかは資料も少ないため不明である。
船の進行方向を決める号令（面舵、取舵）は村上水軍の航海術の伝承を受け継いでいる - 海上保安庁伏木海上保安部。
脚注
参考文献 北川建次ほか 編『瀬戸内海事典』（南々社、2007年） ISBN 978-4-931524-63-7 藤田達生『秀吉と海賊大名―海から見た戦国終焉―』（中公新書、2012年） ISBN 9784121021465
村上水軍に関する作品 南国水狼伝 - 鳥海永行の小説 村上海賊の娘-和田竜の小説。上下巻75万部売り上げのベストセラー。2014年第11回本屋大賞1位。 瀬戸内海賊物語 - 大森研一監督の映画 星籠の海 - 島田荘司の小説 海と女と鎧 瀬戸内のジャンヌ・ダルク - 三島安精の小説 鶴姫伝奇 -興亡瀬戸内水軍- - 上を原案としたテレビドラマ つる姫 - 阿久根治子の小説 秀吉と武吉 目を上げれば海 - 城山三郎の小説 碧のミレニアム - 杜野亜希の漫画 瀬戸内少年海ぞく団 - 長谷川京平による児童文学 虹と落日 「原田八束」の小説（伯方町教育委員会） 飛べ！ぼくらの海賊船「鷹見一幸」による児童向け小説
関連項目 今治市村上海賊ミュージアム 因島水軍城 水軍料理
外部リンク 今治市村上海賊ミュージアム（大島、能島村上氏）