靖国神社（やすくにじんじゃ、靖國神社〈法人登記上の表記〉、）は、東京都千代田区九段北三丁目にある神社。招魂社に起源を発し、1853年（嘉永6年）以降の国事に殉難した人の霊246万6千余柱を祀る。靖国神社では、祭神を「みたま」と称するときは、「神霊」の字を用いている。
1869年（明治2年）に勅命平凡社世界大百科事典 第２版「招魂社」により東京招魂社（とうきょうしょうこんしゃ、）として創建され、1879年（明治12年）に当項目名に改称された。旧別格官幣社。1887年（明治20年）から陸海軍が管轄。第二次世界大戦後、国家の管理を離れて宗教法人となった。
概要 thumb|200px|法政大学、ボアソナード・タワー26階から鳥瞰する。
九段坂の坂上に東面して鎮座しており、日本の軍人、軍属等を主な祭神として祀っている。勅祭社で旧別格官幣社。主に「対外戦争の戦没者」と「明治維新前後の国事殉難者」が祀られている秦郁彦『靖国神社の祭神たち』書評 Ａ級戦犯合祀もするどく追及松本健一、新潮社。境内は桜の名所として知られ、標本木がある。
創建当初は軍務官（直後に兵部省に改組）が[ 『法令全書（明治2年）』「魂場祭典順序（明治2年6月24日、軍務官）」]、近代デジタルライブラリー、国立国会図書館。、後に内務省が人事を所管し、大日本帝国陸軍（陸軍省）と同海軍（海軍省）が祭事を統括していた東京都『東京百年史』ぎょうせい。（陸海両軍を以下「旧陸海軍」等と略記する）が、1946年（昭和21年）に、日本国政府の管理を離れて東京都知事の認証により、宗教法人法の単立宗教法人となった。
アメリカ合衆国軍のウィリアム・P・ウッダードによれば、靖国神社は戦没者の霊を祀る全国的な唯一の神社であり、昭和20年（1945年）当時には明治神宮と並び伊勢神宮以外には次ぐものがないと言われるほどの尊崇を受けていたという。かつて日本軍の将兵が戦場で死に直面した時の合言葉は「靖国神社で会おう」であった。終戦当時、靖国神社はアメリカ合衆国より超国家主義と軍国主義の象徴とみなされ、解体の危機にあったが、アメリカ合衆国による厳格な調査と検討、神社側の努力や遺族の請願の結果、戦没者が払った犠牲の適正な公的記念を求める日本人の希望の高まりを考察して、連合国はこれら戦没者のための神社にいかなる抑圧的行動もとらないとの結論に達し、一宗教法人としての存続が決まったという。戦前から戦争直後まで宮司を務めた鈴木孝雄は「遺族の方々は神ということばの厳粛さに感じいっております。・・これは遺族の皆様に与えられる最大の名誉であります。神に列せられ、広く国民から敬われ、恐れ多くも天皇陛下おんみずから参拝いただくことは、臣下として無上の光栄とするところであります」と当時の靖国神社の性格に付いて語っている。
祭神 幕末から明治維新にかけて功のあった志士に始まり、嘉永6年（1853年）のペリー来航（いわゆる「黒船来航」）以降の日本の国内外の事変・戦争等、天皇を頂点とした国家体制のために殉じた軍人、軍属等の戦没者を「英霊」として祀り、その柱数（柱（はしら）は神を数える単位）は2004年（平成16年）10月17日現在で計246万6532柱にも及ぶ（詳細は「祭神の内訳」を参照）。当初は祭神は「忠霊」・「忠魂」と称されていたが、1904年（明治37年）から翌年にかけての日露戦争を機に新たに「英霊」と称されるようになった。この語は直接的には幕末の藤田東湖の漢詩「文天祥の正気の歌に和す」の「英霊いまだかつて泯（ほろ）びず、とこしえに天地の間にあり」の句が志士に愛唱されていたことに由来する村上重良『慰霊と招魂』岩波新書、1974年、152頁参照。。
本殿での祭神の神座は当初は1座であったが、1959年（昭和34年）に創建90年を記念して台湾神宮および台南神社に祀られていた北白川宮能久親王と、蒙疆神社（張家口）に祀られていた北白川宮永久王とを遷座合祀して1座を新たに設けた。従って神座は、英霊を祀る1座と能久親王、永久王を祀る1座の2座である。
日本の旧植民地出身の軍人・軍属も祭祀対象となっている。これに対し、日本に植民地として支配された台湾や韓国の遺族の一部が自らの先祖を対象から外すよう求める動きがある（靖国神社問題#旧日本外地出身の軍人軍属の合祀）小島毅「靖国神社についての語り」、『宗教と社会の戦後史』収録。
昭和6年（1931年）9月18日、満洲事変が勃発した当時の霊は14万柱だったが、連合国の占領終了までには推定140万柱が合祀されたという。
祭神の内訳 祭神の主な内訳は、以下の通り（2004年（平成16年）10月17日現在）。戦争・事変名は靖国神社自身の表記に拠る年代順ソート。 戦争・事変名柱数備考戊辰戦争・明治維新7751柱 新政府軍側のみ。遊就館の靖国の神々の一覧表では「明治維新」のみ。（彰義隊や新撰組を含む）旧幕府軍や奥羽越列藩同盟軍の戦死者は対象外となる。 ただし、官軍に転じた米沢藩の松本誠蔵、堀尾啓助（勘定頭・役所役筆頭）や、新選組にいたが終始勤王派を貫いた御陵衛士は合祀されている明治12年（1879年）6月24日合祀（第11回合祀祭）。西南戦争6971柱 政府軍側のみ、西郷隆盛ら薩摩軍は対象外。台湾出兵（別名：征台の役）1130柱 遊就館の靖国の神々の一覧表では、「台湾討伐」とある。江華島事件2柱 『一等水夫故松村千代松招魂社ヘ合祀』 〔国立公文書館>内閣>公文録>朝鮮講信録>公文録・明治八年・第三百七巻・朝鮮講信録（三）〕 アジア歴史資料センター レファレンスコード A01100130400 - 「故松村千代松招魂社合祀ノ儀上請 山口県士族 一等水夫 故松村千代松 右之者本年九月中雲揚艦朝鮮江華島ニ於テ暴撃ヲ受ケ候節奮激突戦台場ニ乗入逐ニ深手ヲ負ヒ帰艦之後之力為メ同月二十二日致死去実ニ愍然之儀ニ付来ル明治九年一月招魂社例祭之節合祀被仰付候様仕度此段」。壬午事変14柱 『故工兵中尉堀本礼造外二名并朝鮮国ニテ戦死巡査及公使館雇ノ者等靖国神社ヘ合祀ノ件』 （国立公文書館>内閣>公文録>陸軍省>公文録・明治十五年・第百八巻・明治十五年九月〜十一月・陸軍省） アジア歴史資料センター レファレンスコード A01100233700 - 「同省朝鮮国日本公使館護衛隊ハ鎮守ニ等シキ勤労アルヲ以テ鎮戍ノ軍隊ニ准シ従軍年ニ加算セント請フ之ヲ允ス」。京城事変（甲申政変）6柱 『陸軍省稟告故磯林歩兵大尉外五名靖国神社ヘ合祀ノ件』 （国立公文書館>内閣>公文別録>公文別録>公文別録・朝鮮事変始末・明治十七年・第二巻・明治十七年） アジア歴史資料センター レファレンスコード A03023658800。遊就館の「靖国の神々の一覧表」には、壬午事変、江華島事件、京城事変の記載はない。日清戦争1万3619柱 義和団事件1256柱 遊就館の「靖国の神々」の一覧表では、「北清事変」とある。日露戦争8万8429柱 常陸丸事件英国人船員は対象外。ただし、6月15日斎行の常陸丸殉難記念碑前での慰霊祭では、等しく慰霊されている。第一次世界大戦4850柱 青山里戦闘11柱 済南事件185柱 霧社事件 中村大尉事件外19柱 『第1511号 7.4.23 靖国神社臨時大祭祭式次第書並に先着諸員の件（2）』（1932年（昭和7年）4月23日） （防衛省防衛研究所>海軍>海軍省公文備考類>昭和7年>公文備考 昭和7年 C 儀制 巻7） アジア歴史資料センター レファレンスコード C05021974300。満洲事変1万7176柱 支那事変（日中戦争）19万1250柱 大東亜戦争 (太平洋戦争) 213万3915柱 第一次インドシナ戦争ベトナム独立戦争参加日本人の事跡に基づく日越のありかたに関する研究 井川一久 東京財団研究報告書 2005年10月。などの「太平洋戦争後のアジア独立戦争」で戦没した者も含む。また、3万人余りの台湾人日本兵戦死者のうち26,000人、朝鮮人日本兵戦死者の約2万1000人も祀られている。計246万6584柱 注
社名 thumb|200px|参道 正字による表記は「」。神社名にある「靖国」は『春秋左氏伝』第6巻僖公23年秋条の「吾以靖國也（吾以つて国を靖んずるなり）」を典拠として明治天皇が命名したもので、1879年（明治12年）に改称された。当初の東京招魂社の「招魂社」は「在天の神霊を一時招祭するのみなるや聞こえて万世不易神霊厳在の社号としては妥当を失する」可能性があるために廃されたというが[ 賀茂百樹編『靖国神社誌』、靖国神社、明治44年、17頁]。、名称変更後も「招魂祭」は続けられている。因みに同年6月16日の「社号改称・社格制定ノ祭文」には「赤き直き真心を以て家を忘れ身を擲（なげう）ちて各（おの）も各も死亡（みまかり）にし其（その）高き勲功に依りて大皇国をば安国と知食（しろしめ）すが故に靖国神社と改称（あらためとなえ）」とある。
英語圏では「Yasukuni shrine」と表記されるが、それと並んで一時期は「war shrine」（戦争神社）と表記されたこともあるJapan rejects war shrine lawsuit /BBC News（2005年4月）。Will leader visit Tokyo war shrine? /IHT News。Japan war shrine film stirs free speech debate /USATODAY by Mari Yamaguchi（2008年5月）。Japan protestor sends PM severed finger /Telegraph.co.uk by Martina Smit and agencies（2007年8月）。。
祭祀 恒例祭典 +祭事暦 1月 1日 若水奉奠、新年祭 2日 二日祭 7日 昭和天皇武蔵野陵遥拝式 30日 孝明天皇後月輪東山陵遥拝式 2月 11日 建国記念祭 17日 祈年祭 23日 天皇御誕辰奉祝祭 4月 21 - 23日 春季例大祭 21日 清祓22日 当日祭23日 第二日祭・直会 29日 昭和祭 6月 29日 御創立記念日祭・献詠披講式 30日 大祓式 7月 13 - 16日 みたままつり 13日 前夜祭14日 第1夜祭15日 第2夜祭16日 第3夜祭 30日 明治天皇 伏見桃山陵 遙拝式 10月 17日 神宮神嘗祭遥拝式 17 - 20日 秋季例大祭 17日 清祓17日 臨時大祭18日 当日祭19日 第二日祭20日 第三日祭・直会 11月 3日 明治祭 23日 新嘗祭 12月 25日 大正天皇多摩陵遥拝式、煤拂祭 31日 除夜祭・大祓式 thumb|200px|left|7月のみたままつり thumb|left|みたままつりで掲げられた献灯 thumb|200px|left|「紫色」の幕が掛かる拝殿（新嘗祭） 最重要の祭儀である例祭には4月21日から23日にかけての春季例大祭と10月17日から20日にかけての秋季例大祭があり、秋季例大祭には合祀祭が併せて斎行される（合祀祭と招魂祭（しょうこんさい）は別の祭儀である『国史大辞典』1993年、吉川弘文館。「靖国神社」の項参照。）。創祀時当初は1月3日、5月15日から18日、9月22日の年3度であったが、1879年（明治12年）の別格官幣社列格時に5月6日と11月6日に変更し、1912年（大正元年）12月には三度改められ、以後終戦迄は4月30日と10月23日が例祭日とされていた。
毎年4月に行われる大相撲春巡業の一環として靖国神社奉納相撲が行われる田中亮『全部わかる大相撲』(2019年11月20日発行、成美堂出版)p.8。
7月13日から16日にかけて斎行されるみたままつりは日本古来の祖先祭祀である盆行事に因んで1947年（昭和22年）から始められたもので、期間中は毎夜本殿において祭神を慰霊する祭儀を行ない、境内では大小3万を超える提灯や雪洞が掲げられる。
戦後70年の2015年（平成27年）から、9月中下旬の週末に「秋の夜長参拝 みらいとてらす－秋を彩る九段の光－」を実施している。境内を午後9時まで開放してライトアップし、参道にぼんぼりを灯すとともに遊就館にプロジェクションマッピングを行うほか、各種伝統芸能を奉献する秋の夜長参拝「みらいとてらす」開催のご案内（9月22日～24日） 靖国神社ホームページ（2017年7月18日）。
その他、毎月1日、11日、21日には月次祭が斎行され、祭神各柱の命日毎に永代神楽祭を行なう。因みに、常日の拝殿には「白色」の幕が掛かるが、恒例祭の日には「紫色」の幕に掛け替えられる。その他、朝御饌祭、夕御饌祭が毎日行われている。
終戦の日の8月15日午前には放鳩式が行われる。また、戦没者の遺族らが参拝するほか、歴代内閣総理大臣では三木武夫、福田赳夫、鈴木善幸、中曽根康弘、小泉純一郎がこの日に参拝している。また閣僚、超党派議員連盟のみんなで靖国神社に参拝する国会議員の会等による参拝もなされ朝日新聞2014/8/15、境内では毎年戦没者追悼中央集会が開かれている産経新聞2014.8.15。近年、神社周辺では右翼団体や左翼団体によるデモがなされることがあり、2013年（平成25年）には衝突が発生した朝日新聞2013/8/16水島宏明「終戦記念日の靖国神社周辺 「テレビが映さない光景」」ヤフーニュース2013年8月16日 13時21分。2026年からコスプレ・軍装の着用は禁止された。
靖国神社の1日 thumb|菊花紋章が付いた神門 6時「開門」：拝殿にある大太鼓が21回打たれて、菊花紋章が付いた神門が開けられる。 8時「朝御饌祭」：神職が神饌（祭神の食事）を供える。 9時「朝拝」：大太鼓が打たれ、全ての職員が拝殿に集合し行われる。全員で「大祓詞」を唱え、御製（天皇が詠んだ和歌）を朗詠し、祭神に拝礼する。 14時「永代神楽祭」：当日が命日である英霊のための祭典。巫女による神楽の奉奏がある。 15時「夕御饌祭」：神職が神饌を供える。 19時「閉門」：神社の全ての門が閉じられる。
参拝 参拝は神道の作法で行われる。通常の社頭参拝は、鳥居をくぐり、手水舎の手水で清め、拝殿前で二拝二拍手一拝をする。正式参拝は参集所から参入し、手水で清め修祓（しゅばつ）を受けた後に本殿前に昇り（昇殿）、玉串を奉奠して二拝二拍手一拝し、退出時に神酒を戴く。
合祀祭
祭神は靖国神社の定める以下の内規に従って合祀される。
軍人・軍属 戦地、事変地、および終戦後の各外地において、戦死、戦傷死、戦病死した者。 戦地、事変地、および終戦後の各外地において、公務中に受傷罹病し、内地に帰還後、療養中にその受傷罹病が原因で死亡した者。 満洲事変以降、内地勤務において、公務中の受傷罹病が原因で死亡した者。 サンフランシスコ講和条約の第11条にある裁判・判決によって死亡した者等（極東国際軍事裁判等の軍事裁判によりA級戦犯・BC級戦犯であるかないかに関わらず死刑になった者等。なお、日本政府は「法務死者」と呼び、靖国神社では「昭和殉難者」と呼称している）。 「未帰還者に関する特別措置法」による戦時死亡宣告により、公務中の受傷罹病が原因で死亡した、とみなされた者。
準軍属その他 軍の要請に基づいて戦闘に参加し、当該戦闘に基づく負傷または疾病により死亡した者（満洲開拓団員・満洲開拓青年義勇隊員・沖縄県一般邦人・南方および満洲開発要員・洋上魚漁監視員）。 特別未帰還者の死没者（ソビエト連邦・樺太・満洲・中国に抑留中、死亡した者・戦時死亡宣告により死亡とみなされた者）。 国家総動員法に基づく徴用または協力者中の死没者（学徒・徴用工・女子挺身隊員・報国隊員・日本赤十字社救護看護婦）。 船舶運営会の運航する船舶の乗務員で死亡した者。 国民義勇隊員で、その業務に従事中に死亡した者（学域組織隊・地域組織隊・職域組織隊）。 旧防空法により防空従事中の警防団員。 交換船沈没により死亡した乗員（「阿波丸事件」を指す）。 沖縄県の疎開学童死没者（輸送船対馬丸で沖縄県から鹿児島県への学童疎開中に敵潜水艦により撃沈された小学校児童達を指す）。 外務省等職員（関東局職員・朝鮮総督府職員・台湾総督府職員・樺太庁職員・南洋庁職員）。
その他 幕末の志士である吉田松陰、坂本龍馬、高杉晋作、中岡慎太郎、武市半平太、橋本左内、大村益次郎等も維新殉難者として合祀されている。これは戊辰戦争における新政府軍側の戦没者を契機として創祀された事情から戊辰以降の戦没者を対象とする合祀基準を、嘉永6年に遡らせたためである。それに対して、戊辰戦争での旧幕府軍の兵士や、奥羽越列藩同盟の兵士、新選組や彰義隊などの旧幕臣の戦死者は祀られていない。ただし、禁門の変で長州藩勢との戦いで戦死した会津藩兵らは、朝廷（天皇）を守護したとして祀られている大正4年（1915年）4月27日合祀（『靖国神社忠魂史・一』より「禁門の変に際し、禁闕の守護に任じ奮死した諸藩の士」）。また長州藩はこの禁門の変では賊軍とされているが、戦死（実際は自害）した久坂玄瑞などは合祀されている明治21年（1888年4月26日合祀）。この他に、当時の段階でも国際法違反である外国領事館・外国人襲撃者も祀られている。 明治維新の功労者であっても、その後に叛乱を起こし、あるいは叛乱に加担した西郷隆盛や江藤新平、前原一誠らは祀られていない。 慶応4年2月15日（1868年3月8日）に起きた堺事件（土佐藩の隊旗を奪ったフランス人水兵を土佐藩兵が殺害した事件）の責めを受けて、堺（後の大阪府堺市）の妙国寺で切腹した11人の土佐藩兵は祀られている。 西南戦争で戦死した警視隊の警察官も祀られている。 乃木希典、東郷平八郎といった著名な軍人や八甲田雪中行軍遭難事件の遭難者等は、戦時の死歿者でないため祀られていない(もっとも、前述の高杉晋作のような例外もある)。 女性。女性は5万7千余柱が祀られている。西南戦争、日清戦争、日露戦争、大東亜戦争における軍病院、病院船の従軍・救護看護婦などである。最初の女性合祀者は、戊辰戦争の南部・秋田戦線で死亡した、女軍夫の山城ミヨである。沖縄戦でのひめゆり学徒隊、白梅学徒隊等の7女学校の生徒、南樺太での真岡郵便電信局事件で自決した女性電話交換手等を含む。 学徒。学徒動員中に軍需工場で爆死した学徒。 戦後に殉職した自衛官、海上保安官、政府職員等に関しては祀られていない（ただし、護国神社では相殿に祀っている所もある）。
合祀手順 戦前は旧陸海両軍の審査によって合祀が内定され、天皇の勅許を経て決定された。合祀祭には天皇が祭主として出席し、合祀されることは死者・遺族にとって最大の名誉であると考えられることが多かった。敗戦により、靖国神社は一宗教法人化、また陸海軍は廃止されたため、この合祀制度は変容したA級戦犯合祀 終戦時多くの選択肢 全戦災死亡者合祀も検討（産経新聞 2007年3月29日）。。
戦後の1952年（昭和27年）未合祀の戦没者が約200万人に上り、遺族や元軍人を中心に「合祀促進運動」が起こり、これに対応するため1956年（昭和31年）に厚生省（当時）が新しい合祀手順を定めた。
厚生省引揚援護局が各都道府県に対し「靖国神社合祀事務協力」という通知を出す。 各都道府県は、1953年（昭和28年）8月に成立した恩給法と戦傷病者戦没者遺族等援護法で「公務死」と認められた者を「合祀予定者」と選び、厚生省引揚援護局に提出する。 その名簿を厚生省から靖国神社に送付する。 靖国神社にて、名簿により合祀する。
なお、合祀に関して、靖国神社広報課では戦前戦後を通して祭神合祀にあたっての遺族への連絡はするが事前の合意は取らない、としており、本人・遺族の意向は考慮されずに軍や厚生省と神社の判断で行われている。このため、遺族が不満を抱き裁判に至っているものもあるが、靖国神社による遺族に対する同意なき合祀によって、原告遺族らの法的利益が侵害されたと認められる判決は下されていない。
被祀者の遺骨・位牌などはない。まず真っ暗闇の夜に氏名、軍における所属・階級、位階、勲等などを筆書きし、「人霊」を「霊璽簿（れいじぼ）」（旧称「祭神簿」）と称される名簿に移す。次に靖国神社の神体とされる鏡に「霊璽簿」を写し、合祀祭を行うことで「人霊」を「神霊」へと化す。このようにして「御霊（みたま）」を招来し、身分、職業、年齢、性別にかかわりなく、手厚く祀っているという『靖国神社の概要』。。祭神は氏名の最後に「命（みこと）」または「媛命（ひめのみこと）」を付し、例えば山本五十六だと「山本五十六命（やまもといそろくのみこと）」の様に呼称する。
祠官・神職 招魂社と称された時期には神官・神職の定めは無かった。例大祭・臨時大祭には卿または将官、招魂式には将官または佐官、その他の祭祀には佐官、尉官が奉仕した。1875年（明治8年）以降は例大祭・臨時合祀祭・招魂祭の祭主は旧陸軍と海軍が隔番で務めた。明治12年の改称列格によって官員の祭主は廃され祭典は宮司が行うこととなった。同時に宮司1名、禰宜1名、主典4名が法令によって置かれ、1938年（昭和13年）からは権宮司も置かれることとなった。宮司以下神官の進退は内務省が、増員・増俸は内務省・旧陸海軍の3者協議で行い池田良久「靖国神社の創設」『神道史研究』昭和42年11月。、実際の管理は主として財政を負担した陸軍省総務局が行った 村上重良『慰霊と招魂』岩波新書、1974年、129-130頁参照。。また、社司・社掌は陸軍省第1局の所属であったが村上重良『慰霊と招魂』岩波新書、1974年、93頁参照。、1887年（明治20年）には閣令第4号により神官を廃して神職（職名）を置き、旧陸海軍が補任することとなった。1946年（昭和21年）の官国幣社制（近代社格制度）廃止以後は自主管理となった。
組織・運営 靖国神社は単立神社として神社本庁との包括関係に属していない。これは、「靖国神社は日本国の護持の神社であり、いつかは国に返すべきなので、特定の宗教法人の包括下に入るべきではない」という靖国神社・神社本庁双方の判断によるものである。このような経緯のため、靖国神社と神社本庁とは包括・被包括の関係にないながらも密接な協調関係を保っている。例えば神社本庁は靖国神社崇敬奉賛会の法人会員となっている。神社本庁に属さない神社であるため、宮司以下の神職は神社本庁の神職の資格を持った人物である必要はない。例えば第6代宮司の松平永芳はもともと神職ではなかった。この場合、祭式などの研修をまず受けることになる。
内部組織 靖国神社では2005年（平成17年）1月現在、総勢108人が奉職する。組織としては以下の部署があり、宮司がそれらを統括、権宮司が宮司を補佐する。
収入 戦前 明治2年（1869年）には明治天皇により1万石の社領を「永代祭粢料」として下賜されたが、国の財政難のために漸次減らされた。しかし、賽銭収入だけでも、1891年（明治24年）に136,753円であったものが1905年（明治38年）の日露戦争後には急増し、1910年（明治43年）には1,709,710円にもなっており、これも全国から戦死者の遺族が参詣した結果である。1875年（明治8年）、明治天皇は2回目の親拝に際し100円を下賜した。翌1876年（明治9年）、政府は減額して5千石にしていた社領を年7,550円の現金に改め、「寄付金」と称した。同10年、西南戦争の戦没者合祀に際して天皇は親拝して1,000円を下賜した。1887年（明治20年）、青銅製の鳥居の工事にあたり、皇室から15,000円が下賜された。1901年（明治34年）の大改増築に際し、政府は52,000円を「特別寄付金」として与えた（総工費は約16万円）。同年の招魂式では天皇・皇后から2,000円が下賜され、政府も15,000円を与えた村上重良『慰霊と招魂』岩波新書、1974年参照。。以後も皇室・政府からの定収入・臨時収入があった。
戦後 2008年（平成20年）現在の年間予算は20億円を越え、全て戦没者遺族、戦友などからの奉納金などで維持・運営されているが、遺族会に代表される戦中世代が亡くなり続けているのに伴って、主要な収入源である大口の寄付も減少の一途をたどり、さらに朝日新聞によれば2006年（平成18年）時点で崇敬奉賛会の会員も減り続けていることから財政難に陥り、職員のリストラも進められたという「靖国神社が財政難 戦争世代減り寄付激減」朝日新聞、2006年8月12日。。もっとも、記事中に「崇敬奉賛会の会員も減り続けている」とあるが、2009年（平成21年）3月31日の時点での会員数は設立時のそれと比べて約2万人増えているとの報告もある。なお、2006年（平成18年）8月15日の小泉純一郎内閣総理大臣参拝では、当該報道を行った朝日新聞社の記者やカメラマンが取材しようとしたところ、靖国神社側は同新聞社の「（8月）12日付の朝刊で神社所有の不動産・施設・職員寮の地図を掲載したことは、プライバシーを侵害するものであり、職員の身辺を保護するうえでも問題がある」として取材を拒否し、同新聞社の神社敷地への立ち入りを禁止した。
このほか付属施設である遊就館の入館料や、売店及び境内にある茶店の売り上げなども収入源となっている。
社殿 本殿は明治5年（1872年）旧暦5月に尾張の伊藤平左衛門設計の下に造られた。桁行3間梁間6間の大規模な神明造で、前面に1間の向拝（こうはい）が付く。屋根銅板葺で棟には千木・鰹木を有す。本殿の両側には廻廊が接続し、その廻廊が前方に屈曲して拝殿の両側面に連絡し、本殿前庭を囲繞する。本殿後方には1972年（昭和47年）に建てられた切妻造平入銅板葺の霊璽簿奉安殿が建ち、神霊を合祀する際に用いる和紙で作られた霊璽簿（神霊名簿）を保管する。なお、本殿は老朽化のために1986年（昭和61年）から1989年（平成元年）にかけて解体修理が施されている。
拝殿は1901年（明治34年）竣工の建物で桁行7間梁間5間の入母屋造平入屋根銅板葺。前面に3間の向入母屋造で軒に唐破風を構えた向拝が付く。
拝殿前方に中門鳥居、さらに前方に神門と続く。中門鳥居は2006年（平成18年）に建て替えられた素木鳥居。埼玉県産の檜が用いられ、以前は1975年（昭和50年）に奉納された台湾産の檜が用いられていた。さらに以前には扉が付いており、元々は門として機能していた。神門は三間三戸の切妻造銅板葺で高さ6メートル、檜造り。伊東忠太の設計により1934年（昭和9年）に完成した。中央間の扉には直径1.5メートルの16弁の菊花紋章が付けられる。この中央間を戦前は儀仗兵が列姿を乱すことなく潜れたという『神道大辞典』第3巻、平凡社、昭和15年。。
本殿南の廻廊外に元宮と鎮霊社が並び建つ。元宮は幕末期に京都で造られた小祠を1931年（昭和6年）に移祠したもの。靖国神社の前身との意味から「元宮」と称される。鎮霊社は1965年（昭和40年）7月に当時の筑波藤麿宮司の発案で「特報 『鎮霊社』からみた靖国神社 ひっそり鉄柵の中」、東京新聞、2006年8月12日。、嘉永6年以降の戦争や事変で国に殉じたとされながらも本殿においては合祀対象外となった御霊と、諸外国の戦没者の御霊の2座を祀るために創祀された。かつては両社は一般には公開されておらず、参拝もできない状態が長く続いていたが、2006年（平成18年）10月12日に拝殿脇から参道が設けられ、一般参拝が可能になった。しかし警備上の問題から、2014年（平成26年）ごろまでには一般参拝は不可能に戻っている。なお、鎮霊社に関して靖国神社では「鎮霊社の御祭神は奉慰の対象だが、御本殿の御祭神は奉慰顕彰の対象」「特報 鎮霊社『靖国』の回答検証」、東京新聞、2006年8月29日。としており、本殿祭神とは差をつけている。