『ゾイドジェネシス』（ZOIDS GENESIS）は、2005年4月10日から2006年3月26日までテレビ東京系列で毎週日曜8:30 - 9:00に放送されたテレビアニメ作品。全50話。
一部媒体においては『機獣創世記ゾイドジェネシス』と呼称されるTOMYのゾイドジェネシス関連のプラキット全てに記載。他メーカーではねんどろいどレ・ミィおよびコトナにも記載あり。壽屋はシリーズで取り扱っているため『ZOIDS』で統一。。
概要 トミー（現タカラトミー）の玩具シリーズ「ゾイド」のアニメ第4作。海外で先行放送された第3作『ゾイドフューザーズ』とは異なり、完全に日本向けに制作された。
圧政を敷く軍事国家ディガルドに挑む有志たちの戦いを描いている。トミー、小学館から展開されていた『ゾイドバトルストーリー』や過去のアニメ作品との世界観の関連性は明言されていない。
また、メインとなるアニメ制作会社は無く、すべてグロス請けで制作されており、メインスタッフが随時、国内外の様々な下請け先で制作するという方法が採られた。
第29話以降では作中ヒロインのレ・ミィ（声：こやまきみこ）とコトナ・エレガンス（声：伊藤静）の二人のユニット「レ・ミィ×コトナ」をED主題歌のボーカルに起用し、以降ヒロインを主とした商品展開がされ、本作終了後もゾイド関連の家庭用携帯ゲームのイメージソングを歌うなどの活動をしていた。キットでも特別仕様パッケージの物が販売された。
あらすじ 惑星Ziに神々の怒りと言われる大規模な地軸変動が起こり、それによってかつて栄えていた高度な文明は壊滅した。それから数千年後、大変動を生き延びた人々は独自の文明を築いていた。相変わらずゾイドは人々にとって無くてはならない存在だったが、その供給は地中や海中からの発掘に依存していた。そうした中、ゾイド発掘を専門として生計を立てる人々が現れるのは当然の流れだった。
ミロード村に住むルージ・ファミロンもそういった人々の一員であり、家族の仕事を手伝って穏やかに暮らしていた。ある日、近海に沈んでいた青いライガータイプのゾイドの発掘を手伝っていたルージは、見たことの無い銀色のゾイド「バイオゾイド」が村を襲撃するのを目撃する。ルージはとっさに青いライガー「ムラサメライガー」に乗り込みバイオゾイドを撃退するが、戦闘の中で村の環境を改善するジェネレーターが破壊されたため、ルージはジェネレーターを修理できる職人を探す旅に出ることになる。
職人を探す旅路の中、ルージはバイオゾイドによる侵略を行う「ディガルド武国」に苦しめられている人々の姿を見たことで、やがてディガルド自体を倒さなければいつまで経っても平和にならず、ジェネレーターの修理もできないと考えるようになる。そして旅で出会った仲間たちとともに「ディガルド討伐軍」を結成し、ディガルドと戦っていく。
戦いの中、バイオゾイドを操縦する機械兵がディガルドに侵略された人々の魂を使用したものだったことが判明する。このことを知ってディガルドから離反した者も加え、ディガルドの国王ジーンを倒すべく「ジーン討伐軍」と名を変えた討伐軍は、自由の丘でジーンとの決戦に臨む。ジーンの駆るバイオティラノの圧倒的な力の前に次々と仲間が倒れていく中、ムラサメライガーも戦闘不能となるが、ルージの強い願いに応えてムラサメライガーの真の力である驚異的な再生能力が発動して復活し、バイオティラノを倒して戦いを終結させる。
戦いの後、ムラサメライガーがミロード村のジェネレーターに接続され、再起動しているシーンで物語は幕を閉じる。
登場人物 ルージ一行 ルージ・ファミロン 声 - 平田宏美 本作品の主人公。ミロード村出身。好奇心旺盛で正義感が強く、理不尽なことも許さず、また聡明で機転が利く。特技は潜水で、視力も非常に良い。将来は教師になろうと志し、ゾイド発掘の助手をしながら勉強していた。村がディガルド武国の攻撃を受けた際に乗り込んだムラサメライガーでこれを迎撃するが、ザイリンによる再度の襲撃により村のジェネレーターが破壊され、ジェネレーターを修理できる職人を探すため旅に出る。村に攻めて来たザイリンとはその後も幾度となく刃を交え、一進一退の攻防を繰り広げた。セイジュウロウに弟子入りしてからのゾイド乗りとしての腕前の上達は著しく、討伐軍を立ち上げて以降の数々の激戦を戦い抜く大きな力となり、討伐軍参加者からはセイジュウロウに変わって、ゾイド操縦の教授を求められるまでになる。 愛機は、村の沖で発見されたムラサメライガー。代々ゾイド乗りという家系に育ったが、ルージだけがゾイド乗りの適性が無くゾイドを動かすことが出来なかった。だが村がバイオラプターに襲われ、混乱の中で偶々乗り込んだ発掘したばかりのゾイド「ムラサメライガー」が起動する。始めは武器が無くバイオラプターに翻弄されるが、彼の願いに「御先祖様」の大刀（おおがたな）が反応、ムラサメライガーと合体し本来の姿となる。その後ラ・カンらの協力でバイオラプターを撃退するが、このゾイドはルージ以外誰にも動かすことができず、必然的にルージ専用の機体となる。その後はルージの意思に応えるかのように機体をエヴォルトさせ、ラ・カン窮地の際にハヤテライガー形態を、対バイオケントロ戦でムゲンライガー形態を得る。 『アニメージュ』の企画「第28回アニメグランプリ」では「男性キャラクター部門」で77位にランクインした。 ラ・カン 声 - 松山鷹志 反ディガルド活動の中心的な人物で、仲間のリーダー格。レ・ミィと共に各地を放浪している。正体は元キダ藩藩主でかつ、レ・ミィの母レ・ミレの兄であり、人望も厚い名君で配下の者達から「殿」と呼ばれていた。ディガルド最初の侵攻の際にキダ藩は応戦し、当初はディガルド相手に善戦していたものの、民の被害を考えて降伏。だが、この決断は結果的にディガルドの侵略行為を加速させる原因になったと思って後悔していた。 その後は藩を去り、流浪の旅に出る。その旅の中ルージと出会い、「ディガルドを倒さなければ人々の平和は得られない」と説得され討伐軍の旗頭として指揮を執るようになる。早い段階からルージの資質に期待を抱いており、討伐軍結成以後は指揮官としての成長を促すようにルージに意見を求めることも多い。 48話において絶体絶命の窮地に陥るが生還。ジンゴにソードウルフを修理してもらい、最終局面に駆けつける。 愛機はソードウルフ。後にバイオクラッシャーを装備し、ソードウルフクラッシャーに強化。衝撃波を放つことにより、接近戦以外でもバイオゾイドの撃破が可能となった。 レ・ミィ 声 - こやまきみこ 本作品のヒロイン。ラ・カンの姪。キダ藩次期後継者の姫君でもある。まだまだお転婆ではあるが、徐々に王族としての器を現しつつある。特技は格闘技で、小柄な体つきでありながら大人とも渡り合えるほど。料理は不得手で丸焼きしかできず、よく周囲にからかわれていたが後に煮物にも挑戦しとりあえず成功する。ミカンのへたのような髪飾りをつけており、これは母の形見である。ルージに好意を持っているが素直になれず、不器用な愛情表現を示す。 野生児的な面をよく取りざたされる一方、記憶を失い精神的に不安定だったソウタに対しては母性的な優しさを見せる。名前の短いキダ藩出身者の中で唯一フルネームではなく愛称の「ミィ」で呼ばれる。 ミニアルバム『Revelations』に収録された後日談のボイスドラマでは、キダ藩に帰りズーリに眠っていた父の墓を母の隣りに移すという悲願を達成する。 愛機は父の形見でもあるランスタッグ。後にトゥインクルブレイカーを装備し、ランスタッグブレイクに強化された。 『愛と戦いのロボット 完全保存版』で発表されたアンケート「みんなで選ぶロボットアニメーションベスト100」では、「一番お気に入りのヒロインは？」で第87位にランクインした。 コトナ・エレガンス 声 - 伊藤静 本作品のヒロイン。ルージがハラヤードで出会った女性。特技は体術と暗器の扱い。滅多に使う事は無いが、服には多数の暗器が仕込まれている。当初はルージのムラサメライガーを囮にしたり、勝手に婚約者に仕立ててガラガの盾にしたりしていたが、旅を進めていくうちに徐々に彼に惹かれていく。ルージをからかう面と異性として意識している面がしばしば見られる。 出身はアイアンロックであり、そこに住むマキリ一族の長候補だった。かつて長に選ばれた際、必要の無くなった双子の妹リンナが殺されてしまう事実を知り逃亡、その後放浪の旅を続けていた。故郷に戻った際に長となっていた妹と対立するが、過去の逃亡に対する誤解が解けて和解。ギルドラゴン起動の際には共に封印を解く。名前は仮の名であり、真名はギルドラゴンの封印を解くキーワードであるために秘匿している。 セイジュウロウとは古くからの知人であり、彼の看病をしたり体調を気遣い心配する場面が見られる。 愛機はレインボージャーク。後にウインドダンサー（ターボブースター）を装備し、レインボージャークウインドに強化された。旧文明では量産されていたらしく、アイアンロック遺跡に多数埋没している描写が見られた。また、ソウタと共にギルドラゴンの操縦も担当する。 『アニメージュ』の企画「第28回アニメグランプリ」では「女性キャラクター部門」で69位にランクインした。 ガラガ 声 - 三宅健太 ハラヤード近郊の嘆きの山で、反ディガルドのゲリラ組織を率いていた男。「雷鳴のガラガ」の異名を持つ。大柄な体躯に、豪胆な性格をしている親分肌。故郷はガラガが外出していた隙にディガルドに侵略されている。コトナに好意を寄せているが、当の本人には避けられている。ルージのことは弟のように思っている。外見から分かるように頭が切れるタイプではないが、戦闘においては力押しだけでなく機転を効かせたり、搦め手で攻めたりと計算高い部分も持っている。 愛機はデッドリーコング。封印されている左腕や背負っているヘルズボックス内に多彩なリーオ製の武器を持ち（後に大鎌が追加されている）、その強大なパワーを活かした接近戦を得意とする。左腕解放時には暴走状態となる。また、ヘルズボックスには2つめのゾイドコアが存在しており、スケートボードのようにボックスを走行させて上に乗ることも出来る。本体のゾイドコアが潰れてもボックス内のコアで再起動できる。 ロン・マンガン 声 - 谷山紀章 元交易商人という肩書きで、ガラガ率いるゲリラで参謀役を務める。その正体はソラシティから送り込まれたエージェントで、反ディガルド武装組織を発展させる任に就いていた。ソラノヒトも地上で暮らすべきと考えているロンたちは、ソラノヒトの地上支配こそを是とするディガルド担当のプロメたちと対立関係にある。彼もまた、ルージに期待する一人であり、その見聞を広めるためにコネクションをルージに紹介している。ラ・カンとは立場の違いはあれ、ルージの成長を促すという点では通じ合う様子もあった。 なお、22話から開始された「ロン先生のゾイド講座」では、レ・ミィたちとショートコント形式で様々なゾイドを紹介していた。 愛機はバンブリアン。一行の内では唯一発掘されたゾイドではなく、ソラシティで製造されたゾイド。後にグランドスターを装備し、バンブリアングランドに強化された。ロン初登場時は修理中で、少し遅れての登場となった。最初のバンブリアンはバイオヴォルケーノに追い詰められたルージを逃がすために自爆させたため、予備機の2機目に乗り換えている（2機目は1機目と装備が一部異なる）。 セイジュウロウ 声 - 津田健次郎 惑星Zi最強のゾイド乗りと言われている。所以は大陸のゾイド格闘技大会で優勝しているからだが、その時対戦した弟子を誤って殺してしまい、強さを求めることに迷いを感じ隠遁していた。その過去からルージの弟子入り志願を一度は拒否したが後に承諾し、ルージたちの旅に同行する。修行の一環で、移動時にムラサメライガーの背に乗ることが度々あった。ゾイド乗りとしての技量だけでなく、剣術の腕前も卓越している。 ルージたちに出会った時には重い病を患っており、長時間の運動は出来ない身体だった。発作を起こすことも多く、もはや余命は幾許も無いと思われていたが、ソラシティの進んだ医療技術により完治する。身体の不安を抱えていたために、自身の体調を顧みずに張り切りすぎるルージや、悪ノリをするガラガに釘を刺すこともある。 愛機はソウルタイガー。一行のゾイドの中では随一の瞬発力を持ち、残像を残す素早い機動で敵を葬る。後にソウルブースターを装備し、ソウルタイガーブーストに強化された。
キダ藩 ダ・ジン 声 - 石井康嗣 元キダ藩の家老。ラ・カンの臣下で、討伐軍の拠点であるズーリの領主でもある。討伐軍出征中の拠点防衛や政などを行う。また、前線に立つことは少なかったもののゾイド乗りとしての腕も立つ。ディガルド討伐はキダ藩再興のためと信じているゆえ、旧キダ藩士を第一に考えずより大きな目標を持つルージの態度を苦々しく思ったこともあるが、その力量を認めてからは援助を惜しまなくなる。 乗機はランスタッグ（量産型）。 ティ・ゼ 声 - 成田剣 元キダ藩の人物でかつ、キダ藩三番隊隊長だった。「灼熱のティ・ゼ」の異名を持ち、藩時代からの強力な武将であり、ラ・カンも頼りにしていた忠臣。キダ藩から離れた後は独自に反ディガルド活動を行っていたが、ディガルド討伐軍結成のラ・カンの呼びかけに即座に応じ合流する。ガボールが討伐軍に参加してからは、ブラストルタイガー同士ともに行動している。 愛機はブラストルタイガー。赤いセイバータイガー部隊を率いる。 ア・ラン 声 - 西凛太朗 元キダ藩の人物でティ・ゼの副官。無敵団のア・カンの兄。赤いセイバータイガーに搭乗する。 レ・イン 声 - 土田大 レ・ミィの父でラ・カンの義弟。故人。ラ・カンと共に放浪中、ディガルド軍との戦闘で致命傷を受け、幼いレ・ミィの目の前で息を引き取る。妻はレ・ミレ。 彼の遺体はズーリに眠っており、いつか母の隣りに眠らせてあげたいというのがレ・ミィの願い。 レ・ミレ レ・ミィの母。故人。ラ・カンの妹。レ・ミィを優しい顔立ちに成長させたような姿で3期EDに1カットのみ登場している。レ・インが亡くなる数年前にキダ藩にて死亡。彼女の墓はキダ藩にある。
ディガルド討伐軍 各地の反ディガルド抵抗組織をラ・カンの指揮の元、統合運用させた連合軍。当初こそ集まった各部族の縄張り争いでまとまった作戦行動が執れなかったが「霧の河」の大敗によって各部族がまとまった。後にラ・カンが行方不明になったとき、臨時最高指揮官としてルージ・ファミロンが指揮し、その際機械兵の真実を知ったディガルド軍からも兵が加わったため「ジーン討伐軍」に名前が変更されている。兵力は数万単位。総司令部は当初ズーリに置かれていたが、のちにディガルドが占領していたトラフを解放し、そこに司令部を移している。
ホー 声 - 坂口候一 檄文を受け討伐軍に参加。「ホーの一族」と呼ばれる部族のリーダー。いわゆる烏合の衆の一員だったが、霧の河での戦闘で乱戦になりながらもルージのムラサメライガーによって自部隊の総崩れを免れる。討伐軍に再合流した際はルージを命の恩人として礼を述べ、若いルージの指揮にも進んで従った。以降は戦闘でも協力することを学び、討伐軍の戦力として成長する。 乗機はグレーカラーのセイバータイガーで、同カラーの部隊を率いる。 ハック 声 - 西本理一 檄文を受け討伐軍に参加。「エレファンダー遊撃隊」のリーダー。番組序盤で一度ザイリンの駆るバイオメガラプトルに蹴散らされている。その後討伐軍に参加するが、最初は典型的な烏合の衆の一員だった。霧の河での作戦において軽率な行動を起こし、作戦が読まれていたこともあって部隊は壊滅する。このことを深く後悔したハックは協力することと仲間を大切にすることを学び、以降は討伐軍の戦力として成長を遂げる。 乗機は、エレファンダーで、同機部隊を率いたが、最後は彼の専用機一機だけとなりながらも戦いに赴く。 バルブロ 声 - 室園丈裕 檄文を受け討伐軍に参加。烏合の衆の一員だったが、霧の河の戦闘後は消息不明となる。 乗機はコマンドウルフで、同機の部隊を率いていた。 ディンガ 声 - 河野清人（河野匡泰） 檄文を受け討伐軍に参加。「荒法師」の異名を持つ。ガボールという恋人がいる。烏合の衆の一員で、霧の河の戦闘において功を焦り戦死する。 乗機はホーと同じグレーのセイバータイガー。 ガボール 声 - 佐藤ゆうこ ディンガの恋人。ヨーヨーのような武器を使う。討伐軍に参加したディンガが死んだことを（無関係と知りつつも）ルージの責任とし、その命をつけ狙っていた。しかしロンに諭されてルージと和解し、討伐軍に加わる。 愛機はブラストルタイガー。EZ版のカラーリングのティ・ゼ機に対し、こちらはGZ版のカラーリングである。内部の操縦席はピンク色。セイバータイガー部隊を率いて戦う。 ダンブル 声 - 竹口安芸子 「魔物の森」と呼ばれる森林地帯に住んでいた老女。セイジュウロウの前のゾイド格闘技大会での覇者だったが、試合中の事故により家族を失う。それ以降戦うことを避けて隠遁生活をしていたが、ガラガとセイジュウロウに会って討伐軍の決意の程を知り、平和な世界をつくるために再び戦場に身を置く。年長者として諭す役割に回ることが多い。狙撃の腕は討伐軍随一で、リーオ製の弾丸を入手する以前からバイオゾイドの弱点である口内を正確に撃ちぬき、何機も仕留めている。最終決戦で多数の敵に囲まれ乗機を失うものの生還している。 愛機はケーニッヒウルフMk-II。コマンドウルフ部隊を率いて砲撃支援に回ることが多い。 カンピオ 声 - 武虎 第38話より討伐軍に加わったコッピ村の反ディガルド勢力のリーダー。ダブルソーダを操るが、本編では戦闘に参入しなかった。代わりにトラフ近辺の地の利に詳しく、ディガルドに見つからないルートをルージに教え、トラフ攻略に一役買った。 ザンツ 声 - 仁科洋平 同じく38話で討伐軍に加わったジュパツ山を拠点にする反ディガルド勢力のボス。ステルスバイパーを操るものの、カンピオ同様、本編では戦闘シーンが見られず、ズーリの偽装作業に協力した以降は出番が無い。 ボントレガー 声 - 井浦愛 デュエズ峠を根城にする反ディガルド勢力の女ボスで、乗機はコマンドウルフ。カンピオ、ザンツと同じく、38話で討伐軍に加わったが、それ以降出番は無い。 ヤクゥ 声 - 夏樹リオ カトゥーン出身の通行商人の女性。乗機はグスタフ。ロンの知り合いで、各地を回っている。直接戦闘には参加しないが、あちこちで手に入れた対バイオゾイドの兵器を討伐軍に流している。 ドクゥ 声 - 小伏伸之 カトゥーン出身の通行商人の男性。乗機はグスタフ。相方のヤクゥには頭が上がらない。
ディガルド武国 ディガルド四天王 ジーン直属の武官、ザイリン・ゲオルグ・フェルミ・ソウタの4人を指す（ただし、劇中では4人がディガルド四天王と呼称される描写はない）。いずれも強力なゾイド乗りで、他の部隊には無い高性能のバイオゾイド（主に量産前の試作機）をそれぞれ与えられている。ゲオルグやフェルミのように独断専行に走る者も存在するため、ザイリン以外の3人に対し一般将兵の一部には彼らを快く思わない者もおり、時と場合によっては四天王と衝突する事態（代表的な例として、討伐軍のトラフ攻略戦におけるフェルミとボラーの対立が挙げられる）もたびたび見受けられる。 ザイリン・ド・ザルツ 声 - 松本保典 階級は少将（後に中将に昇格）。ボラーの教え子の一人。バイオゾイドの操縦に関して天才的な才能を持っている。趣味は釣り。ゾイド乗りとしてのプライドが高く、大量破壊兵器による勝利は望まない。部隊章は薔薇。ある日偶々出会ったルージが、ゾイド乗りとして急速に成長していくことに着目。ライバルとして認め、幾度も刃を交えることになる。 元々はディガルドに侵略されたザルツ村の出身で、その才能を見い出され軍に入った。軍人になってからは強さを求めて戦い続けており、多くの武功を立てて若くして少将まで昇りつめた。知略にも優れており、敵の行動を予測し自ら作戦を立案することもあった。 当初はジーンのことを身分を越えた友人だと思っていたが、徐々にそれが真実のものではないと疑い始める。そして、47話においてジーンの本性を知り完全に決別（裏切り）。以後、ルージたちと和解し、共闘することとなる。最終決戦ではバイオ粒子砲でバイオティラノの神の雷を沈黙させ、ガラガと共にジーンが駆るバイオティラノのゾイドコアを守る胸殻を破壊。ルージが止めを刺すための道筋を作る。 愛機はバイオメガラプトル。後にバイオヴォルケーノをジーンより受領、乗り換える。メガラプトル受領以前はバイオラプター（隊長機）に搭乗。 『愛と戦いのロボット 完全保存版』で発表されたアンケート「みんなで選ぶロボットアニメーションベスト100」では、「一番美しい悪役・敵役は？」で第32位にランクインした。 ゲオルグ 声 - 石井康嗣 階級は少将。特別機動旅団司令官。ジーンに盲目的な忠誠心を持ち、目的遂行のためには手段を問わない性格。当初はゼ･ルフト占領部隊の指揮官を務めていた。ラ・カンに並々ならぬ敵意を燃やしており、あと一歩というところまで追い詰めるがハヤテライガーに敗北。戦死したと思われていたが、後に機械の体になり復活する（この時の姿は3DCGで表現された）。その後は討伐軍に協力しようとするボラーの声明を妨害すべく、ガーシュ基地へ進攻。迎撃に出たラ・カンと再び激突するも、死角を突かれて相打ちに近い形で敗北する。 愛機はバイオトリケラ。バイオゾイドの中で唯一バリアの力を持ち、その力がラ・カンを救うことになる。 フェルミ 声 - 兵藤まこ 階級は大佐（後に少将に昇格）。「正しいことでなくとも自分が楽しければ良い」という気まぐれな愉快犯的な性格をしている。また、風呂が大好きらしく、室内・野外・EDなど、至るところに入浴シーンがある。風呂から出る際近くにいる部下に「目の前にいると出られないから消えてくれる？」と発言したことがあり羞恥心が無いわけではないらしい。元々はディガルドの動きを監視するためにソラから送り込まれたエージェントだったが、任務を無視してディガルドに空戦ゾイドの技術を提供する。ソウタとは常に一緒にいたものの玩具に過ぎないと言い放った。攻勢が優位になり、ディガルドに興味を失ったフェルミはザイリンの離反に乗じて軍を離脱。最終局面において一度捨てたはずのソウタを危機を救ったものの、ジーンによって撃墜され機体は爆発四散して生死不明となった。 愛機はバイオプテラ。空輸や迎撃の他、終盤においてグイ部隊の指揮を執る。 ソウタ 声 - 深水由美 階級は大尉。ザイリン以上にゾイドに対する適合率が高い天才児。その才能は、ガラガ以外を受け付けなかったデッドリーコングに適合し、ギルドラゴンと意思疎通ができるほど。少年だが階級は高く、当初はかなり我が侭で好戦的な性格をしていた。しかし、ムラサメライガー打倒に執念を燃やし、何度も攻め立てたがムゲンライガーに敗北。バイオケントロから脱出した後行き倒れていたところを討伐軍に保護され、命は助かったものの代わりに記憶を失う。その時レ・ミィに介抱され、（銀色の首飾りをしていたため）「ギンちゃん」と呼ばれることになる。その後は素直な性格になり、記憶が蘇っても以前の我が侭な少年に戻ることはなかった。絵が趣味で、ディガルド軍時代からスケッチをしていた。 秘密裏に接触を図っていたロンとフェルミの会話を偶然聞いたことで記憶を取り戻したが、フェルミにとっては玩具だったこと、そして自分が既に用済みであることを知り、完全にディガルドから離反。以後は討伐軍に身を置き、その才能を活かしてコトナと共にギルドラゴンを操縦したり、専用のランスタッグで戦闘に参加したりした。 愛機はディガルドではバイオケントロ、討伐軍ではバイオケントロのビーストスレイヤーを付けた専用のランスタッグ。一時的にデッドリーコングと、レ・ミィ用のランスタッグを動かしたり、ヤクゥと共にグスタフで補給作業を手伝うこともあった。
ジーン 声 - 中村秀利 ディガルド軍総司令官（大将）であり、ララダ3世の息子（養子）。ゾイド乗りとしても優れている。ララダ3世の死去後、王位を継ぎ「武帝ジーン1世」と名乗る。元々はディガルドを操るべくソラから派遣された人間であり、古くからその心中には野心があったが、ソラ側は気付かず彼を甘く見ていた。異様なまでに「神として人を支配すること」に執着し、バイオ粒子砲に「神の雷」と名付け、自らを「唯一絶対神ジーン」と名乗る。己以外の全ての存在は自らが神となるための道具と思っており、ザイリンさえも偽りの友誼をもって操っていた。 最終決戦でルージとムゲンライガーによってバイオティラノ諸共討ち取られ、自由の丘にて滅び去る。 愛機のバイオティラノは堅牢な装甲、圧倒的な火力、驚異の反応速度を持ち、討伐軍の主戦力をも寄せ付けない強さを誇っていた。 ララダ3世 声 - 石森達幸 ディガルド武国の現国王。老齢であり、病を患っている。ジーンの野心についても薄々感づいていた様子だったが、41話において急逝する。しかしソラノヒトの予想より随分早い死であり、長期間服毒させられたことによる暗殺ではないかとの疑いがある。 ボラー 声 - 四宮豪 ディガルド軍人。ザイリンの士官学校時代の教官で、階級は少将。各戦線で司令官を務め、紳士的な態度と比較的柔和な占領政策を採ったため、兵士のみならず被占領民からの信望も厚い。トラフ陥落の際に討伐軍の捕虜となったが、機械兵の真実やディガルド軍の変貌を知り、討伐軍と協力することになる。 彼の討伐軍参加は、討伐軍にとって打倒ディガルドへの大きな前進であり、その戦略や戦術の知識が大いに役立った他、ソウタやザイリンのような高官を含むディガルド離反者たちを引き込む要因ともなる。 ガゼル 声 - 最上嗣生 ディガルド軍人。階級は大佐。ボラー少将の部下であり、作戦会議などで補佐を務める。 ゴザイル 声 - 坂口候一 ディガルド軍人。階級は大佐。ザイリンの副官であり、メガラプトルに乗ることもあった。 ナンバー ディガルド軍が大量に保有する、バイオゾイドの操縦部品とも言える機械。「機械兵」と呼ばれることも。知能を持ち、話すことも可能（ディガルド軍歩兵も機械を思わせる行動を取ったことがあったが、後にボラー少将演説時に素顔が写る場面があり人間だと判明している）。バイオラプター、バイオラプターグイなどの量産型バイオゾイドは、ナンバーが操縦する。 実は核に人間の魂が使われており、そこには侵略によって連れ去られた人々が封じ込まれていた。その中にはザイリンの友人ウィプスも含まれており、これが彼のディガルド離反の直接的な動機となった。このことをディガルド討伐軍により明かされたため、ジーンは大量の離反者を招くこととなるが、機械兵自身は本来の心は残っているものの命令に逆らうことはできないため、最終決戦でも大量の機械兵がジーンの傘下として戦っている。最終決戦後は全ての魂が開放されている。
ソラノヒト 大変動により居住不可能になった大地を脱出した人々の末裔。天空人とも呼称され、旧文明の高度な技術を保有している。彼らが住む空中都市はソラシティと呼ばれ、光学迷彩とバリア、無人操作のザバットなどに守られている。彼らの法では戦闘を行った人物・引き起こした人物は重罪人とされており、戦争の火種は極力排除しようとしている。
ディガルドからレッゲルを徴収し、褒賞として技術を提供する「天空通商条約」を結んでいた。
民衆は地上については無関心であり、ソラシティで暮らし続けることを望む人間が多かった。また、最高評議会議員の中には文明的に劣る地上国家（ディガルドなど）を蔑視するような人物も存在した模様。46話においてソラシティが墜落したため、住民はズーリへと移住しやがて地上の生活に馴染んでいった。
プロメ 声 - 熊谷ニーナ ディガルドとの通商において、直接的な交渉を行う女性。地位は部長。ソラを主導とし、地上は隷属する物といった考えを持っていた。ソラシティ陥落後、ルージらに諭されて徐々に考えが変わり始める。 サマリ 声 - 結城比呂