『メタルギアソリッド3 スネークイーター』（メタルギアソリッドスリー スネークイーター、、略称: MGS3）は、コナミによりリリースされたテレビゲームソフト。PlayStation 2用ソフトとして、日本では2004年12月16日に発売された。以降、後の世代のゲーム機などへアレンジ要素などが加えられた移植版が発売されている。
概要 企画・監督・プロデュース・ゲームデザイン・脚本・演出を小島秀夫が務める。
メタルギアシリーズのナンバリング第5作目にあたり、「メタルギアソリッドシリーズ」のナンバリングとしては第3作目。より詳細な時系列はリンク先を参照。
1987年に発売されたシリーズ初作『メタルギア』（MSX2ほか）以前の世界を描いたものであり、ネイキッド・スネーク (ビッグ・ボス) が新たな主人公として据えられている。
物語のテーマは「SCENE（時代）」。前作、前々作のテーマである「GENE（遺伝子）」と「MEME（文化的遺伝子）」に対する価値観や善悪が時代によって変化することを示す。
本ソフトを開発したコナミ内の子会社（当時）「KCEJに所属していたゲームデザイナー・小島秀夫（本作「監督」）は発売前のインタビューで、太平洋戦争での原爆投下や東西冷戦、ケネディ大統領暗殺事件後のアメリカの迷走と、米ソ間の核兵器保有競争、それによる諜報活動の活発化が本作の本流だとしている。
オリジナル版の場合前作は一部のデモシーンのみドルビーデジタル5.1chサラウンドに対応していたが、本作は全編ドルビープロロジックII対応になっている。
オリジナル以降の特筆するべき版のリリース略記 オリジナル以降にリリースされた、何らかのパワーアップ・アレンジ要素が加わった版の履歴を簡易的に記載する。より詳しい内容はリンク先を参照。下記のリリース日は『デルタ』以外は日本における初版のもの。HDエディションなど・オリジナルを普通に移植した版については略記したが、後の副節などにて記載している。
2005年12月22日 - 『MGS3 サブシスタンス』リリース。オリジナルと同じPS2ソフトということもあり、追加要素は本編の場合システム回りが中心。 2012年3月18日 - 『MGS3 スネークイーター 3D』リリース。携帯機・3DSへの初移植作。3DSの標準機能である裸眼立体視・カメラ・タッチスクリーン・ジャイロ機能に対応し、異なるプレイ感覚で遊べる。 2025年8月28日 - 『メタルギアソリッド デルタ: スネークイーター』リリース。PS2版をベースに、現行世代のゲーム機（PS5・XSX/S・Steam）のグラフィックレベルに合わせてリメイクされた作品。
ストーリー 本作はプロローグにあたる「ヴァーチャスミッション」と本編となる「スネークイーター作戦」の2部構成になっている。 →「メタルギアシリーズにおける年表」も参照 ヴァーチャスミッション 1964年8月24日、ソビエト連邦領ツェリノヤルスク。正式な部隊編成を賭けて特殊部隊「FOX」に与えられた初の実戦任務は、ソ連の兵器開発者・ソコロフの亡命の支援だった。 ソコロフが開発していた新型兵器の演習中の隙を突き、「FOX」のエージェントであるネイキッド・スネークは敵地ソ連へ史上初のHALO降下を敢行する。上官のトム少佐、医療支援担当のパラメディック、そして師匠である伝説の兵士ザ・ボスの支援を得て、スネークは「ヴァーチャスミッション（貞淑な任務）」に臨む。 KGB兵の監視を潜り抜けてスネークはソコロフの元に辿り着くが、そこにソコロフの拉致を目論むGRUの山猫部隊が現れる。しかしスネークは部隊を率いる若き少佐・オセロットをねじ伏せ、山猫部隊も撃退する。 あとは脱出するだけと思った矢先、スネークの前に立ちはだかったのはザ・ボスとGRUのヴォルギン大佐であった。ザ・ボスは自身のコブラ部隊と共にソ連への亡命を宣言し、圧倒的な戦闘能力でスネークを叩きのめし、吊り橋から落とした。 ソコロフも、彼が開発させられていた新型兵器「シャゴホッド」もGRUの手に落ち、ヴォルギンはザ・ボスの手土産であるデイビー・クロケットをソコロフ設計局へと撃ち込んだ。重傷のスネークはその大爆発をただ眺めるしかなかった。
スネークイーター作戦 プロローグ ヴァーチャスミッションの失敗から1週間後の8月30日。ヴォルギンが撃ち込んだ小型核弾頭により、ソ連とアメリカは一触即発の状態に陥っていた。この事態を収拾させる方法はただ一つ。それは、元凶となった亡命者ザ・ボスをアメリカの手で抹殺する事。 GRUの手に落ちたソコロフの奪還、シャゴホッドの破壊、そしてヴォルギンとザ・ボスの抹殺という任務を帯び、スネークは再びツェリノヤルスクへと降り立つ。これはFOXの存続を賭けた、そして全面核戦争を阻止する最後のチャンスであった。 トム改めゼロ少佐、パラメディック、そして武器装備の専門家シギントの支援を受け、スネークは最愛の人を殺す悲痛な任務に臨む。かくしてコブラ部隊という「蛇」を喰らう「スネークイーター作戦」が開始された。 序盤 敵地に降り立ったスネークだったが、待ち構えていたザ・ボスに一方的にやられ、武器も失ってしまう。丸腰のまま、内通者であるADAMの待つ廃工場になんとか辿り着くも、そこに現れたのはADAMの代役を名乗る美女EVAであった。装備を受け取り、再び襲ってきた山猫部隊を撃退したスネークはソコロフが居るという研究所に向かう。 だが、その途中で戦士として成長を遂げたオセロットや、コブラ部隊のスズメバチ使いの精鋭ザ・ペインと対決する。研究所にはソコロフはおらず、彼に立場を奪われた兵器開発者のグラーニンがいるだけだった。不満を募らせていたグラーニンから鍵と情報を受け取ったスネークは、ソコロフが移された大要塞「グロズニィグラード」を目指すことになる。 中盤 スネークは、コブラ部隊の面々、蜘蛛のような動きを誇るザ・フィアー、凄腕スナイパーの老兵ジ・エンド、元宇宙飛行士である火焔兵士ザ・フューリーを次々と撃破し、長い道のりを経てようやくグロズニィグラードに到達。ソコロフと再会する。 しかし、既にシャゴホッドの調整は完了しており、用済みとなったソコロフはヴォルギンによる凄惨な暴行の末に行方不明になってしまう。そしてスネークも捕まって拷問を受けた上に、EVAを助けようとして右目を失ってしまった。 辛くも脱出に成功したスネークは滝壺に落ちて死にかけるも、死の世界でのザ・ソローとの対面を経て現世に戻り、EVAとの合流で体勢を立て直す。ソコロフ救出は失敗してしまったが、残る任務を果たすべく再びグロズニィグラードに潜入する。 終盤 シャゴホッドの燃料に爆薬を仕掛けたスネークだったが、ヴォルギンやザ・ボスに見つかり、EVAも捕まってしまう。ザ・ボスに焚き付けられたヴォルギンはスネークと自ら対決するも敗れ、仕掛けた爆薬も爆発。混乱に乗じてスネークとEVAは脱出するも、爆破を逃れたシャゴホッドにヴォルギンが乗り込み、追撃する。 壮絶な逃走劇の末にスネークとEVAはシャゴホッドとの直接対決になだれ込み、遂にこれを破壊し、ヴォルギンも倒した。スネークはEVAに脱出手段の確保を任せて、ザ・ボスの待つオオアマナの花畑に向かう。 ザ・ボスは自身の思想、そして誰にも話さなかった過去と胸中を語り、スネークと最後の戦いを繰り広げる。悲しい戦いの末に敗れたザ・ボスはスネークにヴォルギンの莫大な資金「賢者の遺産」と愛銃「パトリオット」を託し、愛弟子・スネークによってとどめを刺される。追って来たオセロットとの「勝負」を経て、スネークとEVAはツェリノヤルスクを後にした。 エピローグ 任務は完了し、全面核戦争の危機は去った。しかしEVAはメッセージを残してスネークの元を去ってしまう。実は彼女は中国の工作員で、「賢者の遺産」を奪う事が目的であった。そして真相を知るスネークを抹殺する任も帯びていたが、ザ・ボスからメッセージを託されていた彼女はスネークを殺せなかった。 実はザ・ボスの亡命は賢者の遺産を奪取するためにアメリカが仕組んだ偽装亡命だったのだが、ヴォルギンが小型核弾頭を撃ち込んだ所為で計画は狂い、穏便に事態を収めるべくザ・ボスは抹殺されなければならなくなった。そして彼女はスネークに殺されるという最期のミッションを果たした。 その後、スネークは「ザ・ボスを超える者」として「ビッグ・ボス」の称号を授かる。しかしEVAのメッセージで真相を知っていた彼の表情は暗く、ザ・ボスの墓前にオオアマナとパトリオットを供えたスネークは、涙を流しながら敬礼するのだった。 一方、上手く立ち回ったはずのEVAは、ADAMの正体であったオセロットに出し抜かれて偽の「賢者の遺産」を掴まされていた。スネークを通じて本物の遺産を手に入れたアメリカは、「賢者達」を再開するべく動き始めていく。
ゲームシステム カムフラージュ 「敵に見つからずに任務を遂行する」というシリーズの特徴を踏襲しつつ、「カムフラージュ」という新たな概念が追加された。フェイスペイントと迷彩服の柄を周囲の環境に合わせることで「カムフラージュ率」と呼ばれる数値が変化する。高い数値を維持すれば近距離でも敵兵に発見されづらくなるが、環境にそぐわない服装や発砲、走ることなどでカムフラージュ率は低下する。また、本作から敵兵が足音に敏感に反応するようになった（前作までは特定の床のみ反応）。移動方法も、走り・歩きに加え、ストーキング（移動速度が遅いものの、足音がせず、カムフラージュ率が低下しない忍び歩き）が追加された。 アクション 前作『メタルギアソリッド2』に比べ使い勝手がよくなっている。ローリング（飛び込み前転）は、段差や障害物を飛び越えたり、階段や坂など移動速度の遅くなる場所を素早く移動できるようになった。ホールドアップはCQCなどにより敵兵が意識があるまま倒れた状態でも行うことができるようになり、別の敵兵に見つかったり、マップを切り替えない限り、伏せたままになる。この状態では威嚇射撃をすることでアイテムが奪える。 『スネークイーター3D』『デルタ（ニュースタイル）』では次回作『メタルギアソリッド4』以降同様に中腰移動や構えながらの移動、照準表示などが可能となっている。 CQC 本作から新たにCQC（Close Quarters Combat、近接格闘）と呼ばれる攻撃手段が導入された。ゲーム内では「特殊部隊の母」ザ・ボスによって考案され、主人公ネイキッド・スネークの協力を得て完成された架空の格闘技術という設定になっている。近現代に確立された軍隊格闘術のような技を中心とし、ナイフおよび徒手を使った格闘で相手を拘束し、そこからの投げ技や絞め技、殺害などに連携させることができる。前作では拘束した敵は締め殺すしかなかったが、今作からは気絶および、ナイフで即殺害も可能になった。また、敵を盾にして他の敵と銃撃戦を行ったり、ナイフを突きつけて尋問することで情報を得るなど、幅広いゲームプレイを行うことが可能となった。ゲーム中、CQCは無音で実行可能で、敵を地面に叩きつける技などを行っても、間近にいる敵兵に気取られることはない。『デルタ』では、新規のCQCモーションも追加されている。 サバイバルビュアー 本作の舞台は、PS2では表現が難しいとされていた森林・山岳地帯などの自然環境下での行動の割合が高くなっており、傷の応急処置や、野生動物を食料として捕獲する「キャプチャー」、雨などの気候の変化、ヒルや毒虫への対処、ブービートラップなど、自然の中での作戦遂行を表現する描写が盛り込まれている。負傷の治療や捕獲した動物を食料にするといった作業は、新システム「サバイバルビュアー」で行う。それに合わせて、本作では「スタミナゲージ」が導入。スタミナゲージは空腹度も兼ねた物となっており、サバイバルビュアーで食事を取ると回復するが逆に極度に減少すると空腹音が鳴り、敵に気付かれ易くなる。また、ダメージにより消耗した体力を即時回復させるアイテムがごく限られたものとなり、それ以外での体力の回復にはスタミナゲージを高めた状態で時間をかけて安静状態にする必要がある。企画段階ではPS3での開発を考えていたが、なかなかPS3が発売されないので、PS2では不可能といわれていた密林をあえて舞台に選んだと監督は語っている。 食事 ジャングルで「キャプチャー」した動植物や、食糧庫で手に入れた保存食などを食べてスタミナを回復する。回復量はスネークの好みで変化し、「美味い」と感じるものほど多く回復する。しかし腐ったものや毒物を食べると腹痛や食中毒を起こす。動物は麻酔銃を使うと「生け捕り」となり、時間が経っても腐らず、敵に投げつけて驚かせたり襲わせることも可能。レーションなどの保存食は時間が経っても腐らない。 治療 戦闘やトラップでダメージを受けると、ライフの減少とは別に負傷が生じる場合がある。負傷したままだとライフゲージに赤い部分が現れ、その部分だけ最大値が減る格好となる。その場合はサバイバルビュアーの「CURE」で傷に応じた適切な応急処置を行って治療し、ライフゲージを正常に戻す。自然治癒もするが、時間が掛かる。傷が完治するとライフゲージの最大値が僅かに上昇する。傷以外にも、食中毒、腹痛、神経毒、風邪の治療も行う。治療具や薬は各所で手に入れる以外にも、動植物を応用する場合もある。 『デルタ』では「CURE」で治療したとしても、スネークの身体に刻まれた傷痕はその周回の間は残り続ける。 睡眠 セーブデータをロードすると、セーブ時刻からロードまでの間はスネークが寝ていた扱いとなる。睡眠時間に応じて体力やスタミナが回復し、傷も治る。しかし何日も経てば食糧も腐る。 武器庫、食糧庫 各エリアには武器庫や食糧庫が存在し、中でアイテムの回収が可能。それに留まらず爆薬を仕掛けて破壊も可能であり、当該エリアと周辺エリアの敵戦力を削げる。武器庫を爆破すれば敵の装備は貧弱になり、食糧庫を爆破すれば敵兵は銃撃の命中率が下がり気絶しやすくなるのに加え、落ちている食料も平然と拾い食いするようになる。 時代考証と装備 時代設定が1960年代である作品であり、開発年代の合わない一部の電子機器は廃止された。これまでの作品でお馴染みのソリトンレーダーはこの時代では開発されていないため、代わりに動体探知機やアクティブソナーなどのセンサーを装備して使用する。敵側の装備も時代が考慮されており、前作ではほぼすべての兵士が携帯していた無線機が、4〜5人に1人の割合の無線兵と呼ばれる兵士のみの装備となっている。この無線兵はリュックサック型の大型の無線機を装備していて、この兵士の胸元にある通話器を破壊するか兵士を無力化させれば敵部隊の通信能力を奪うことが出来る。また定時連絡を行う敵が登場せず、警報機がない場所ではエリアの敵兵を全員倒すと増援部隊は来なくなる。レーザーサイトが装着された銃器は入手することが可能であるが、前述の時代設定上本作はレーザーサイトは最新の技術という設定となり前作のように安易に入手することができない。 一方で劇中には、1964年当時には存在しないMC-130 コンバット・タロン輸送機やMk.22拳銃、初飛行が1969年のはずのMi-24A ハインドヘリコプターなどが登場し、スネークがヴァーチャスミッションでソ連侵入に使用したHALO降下技術も1960年代末に登場した技術となる。これらの矛盾については、「当時には既に存在していたが、機密事項として公式の記録に残されることはなく、闇に葬り去られた」という設定がなされている『METAL GEAR SOLID 3 SNAKE EATER THE COUNTDOWN』コナミメディアエンタテインメントジャパン 。
ゲーム難易度 前作と同様、本作にも難易度が存在する。通常版および『サブシスタンス』ともに難易度NORMALを基準としている。
ライフゲージは固定ではなく、重傷を完治させるとわずかに上限が伸びる。スネークの足音に対する聴力だけは難易度ごとの差はない。
VERY EASY（最低難易度） EASYの難易度にさらに以下の特徴がある。 ライフゲージ初期最大値がスタミナゲージの約75%。『サブシスタンス』では100%。 最初からEZGUNと呼ばれる消音麻酔銃を所持しており、無限の弾薬、スタミナ自然回復、レーザーポインター、L1のズーム倍率増加、カムフラージュが常時80%以上を維持といった効果を得られる。 敵兵の攻撃力がEASYより低い。 麻酔銃を頭や心臓、急所以外に打ち込んでも！マークが出た後すぐ眠る。
EASY（低難易度） ライフゲージ上限はスタミナゲージの約75%からスタート。 自然回復力が早くなる。 武器や装備品の最大装弾数が多くなり、アイテムボックス1つから入手できる弾薬が多くなる。 スタミナの減りがNORMALより遅くなる。 敵の位置を感知するアイテムが全て利用可能。 敵兵のライフやスタミナが低い。 敵兵の数が少なくなる。 敵兵の視界・聴力が悪くなる。 敵兵の攻撃力が低い。 ボスの攻撃力やライフ、スタミナが低い。 麻酔弾を急所以外に撃ち込んだ場合の効果が出るまでの時間が長くなる。
NORMAL（標準難易度） ライフゲージ上限はスタミナゲージの約50%。 麻酔弾を急所以外に撃ち込んだ場合の効果が出るまでの時間がさらに長くなる。
HARD（高難易度） ライフゲージ上限はNORMALと同じ50%。 自然回復力が遅くなる。 スタミナゲージがNORMALより減りやすくなる。 武器や装備品の最大装弾数が少なくなり、アイテムボックス1つから入手できる弾薬が少なくなる。 敵の位置を感知するアイテムが生体センサーのみになり、アクティブソナーや動体探知機が入手できない。 敵兵の視界・聴力がNORMALより鋭い。 敵兵の数が多くなる。 敵兵の攻撃力が高い。 一部敵兵の巡回ルートが変化する。 敵兵の気絶・睡眠持続時間がNORMAL以下より短くなる。 一部ボスのライフやスタミナ、攻撃力が高い。
EXTREME（最高難易度） 条件を達成すると選べるようになる最高難易度。 ライフゲージ上限がスタミナゲージの約32%（NORMAL・HARDの約2/3）からスタート。 自然回復力が非常に遅くなる。 スタミナゲージが大幅に減少しやすくなる。 武器や装備品の最大所持数がさらに少なくなり、アイテムボックス1つから入手できる弾もさらに少なくなる。 敵の位置を感知するアイテムは入手できない。 敵兵の視界・聴力が非常に鋭い。 敵兵の数がかなり多くなる。 敵兵およびボスのライフやスタミナ、攻撃力が非常に高い。 敵兵の気絶・睡眠持続時間がHARDよりさらに短くなる。 ホールドアップしても銃を構えていないと時間経過ですぐに解除される（伏せホールドアップは例外）。 セーブすると聞けるパラメディックの映画講座の種類数が増えている。
EUROPEAN EXTREME（海外版最高難易度） 『サブシスタンス』で追加された難易度で、選択には特定の条件を達成する必要がある。 EXTREMEと同難易度だが、敵兵に発見されると即ゲームオーバーになる。
派生版 メタルギアソリッド3 サブシスタンス 2005年12月22日に、同作の完全版にあたる『メタルギアソリッド3 サブシスタンス』（メタルギアソリッドスリー サブシスタンス）が発売された。通常版はディスク2枚組。 ディスク1「SUBSISTENCE」 「遊ぶディスク」。調整が加えられたMGS3本編を収録。スネークを中心に周囲を360度見渡すことができる「3Dカメラ」が、この『サブシスタンス』から採用されており、従来の「俯瞰カメラ」との切り替えも可能。通常版で問題となった、無線などのロード時間の遅延も修正されている。また、本編のデモシーンの個別再生および連続再生ができる「デモシアター」が追加された。これまでの完全版と銘打った作品は全て音声が英語だったが、今作では日本語音声となった。「猿蛇合戦」はディスク2に移動し、本編からは削除された。 ディスク2「PERSISTENCE」 「遊び尽くすディスク」。無印版からステージが追加された「猿蛇合戦 完全版」、オンラインモード『メタルギアオンライン』、MSX2復刻版『メタルギア』『メタルギア2』、様々な状況下でボス戦を楽しめる「ボスデュエル」、本編のパロディ映像「シークレットシアター」を収録。『MG2』は、このディスクに収録されるまでアメリカでは発売されていなかった。 ディスク3「EXISTENCE」 「観るディスク」。初回生産版およびヘッドセット同梱版に付属された特典。ゲーム本編のデモシーンを再編集したストーリー観賞用ディスクであり、「鑑賞するMGS3」と表される。追加シーンなどリアルタイムデモが変更されている場面があり、細かな部分で改良が加えられている。2005年開催の東京ゲームショウで上映された、『メタルギアソリッド4』トレーラー映像も収録。
メタルギア20周年記念版 2007年7月に、メタルギア生誕20周年記念として廉価版である『METAL GEAR 20th ANNIVERSARY METAL GEAR SOLID BEST PRICE』が発売された。ディスクは2枚組で、ディスク1は『サブシスタンス』そのままだが、ディスク2は『MG』『MG2』のみとなっており、「オンライン」「猿蛇合戦」「ボスデュエル」「シークレットシアター」 は削除されている。これらは本作以降の移植版にも収録されていない。
コナミ殿堂コレクション メタルギア20周年記念版の廉価版。内容は同じ。2009年発売。
メタルギア ソリッド HD エディション
2011年11月23日発売のPlayStation 3版およびXbox 360版、2012年6月28日発売のPlayStation Vita版。『MGS2 サブスタンス』『MGS3 サブシスタンス（20周年記念版）』の移植版。『MG』『MG2』は本作中に同梱する形に変更された。PS3版にはゲームアーカイブス版メタルギアソリッドの無料ダウンロードコードを同梱。
メタルギアソリッド スネークイーター 3D 2012年3月8日に発売されたニンテンドー3DS向けリメイク移植版ソフト。略称は『MGS3D』、または『MGS SE 3D』。ディレクターは小島プロダクションの中村如哉、ラインプロデューサーはオリジナル版助監督の松花賢和が担当。任天堂ハードで発売したメタルギアシリーズは本作で3作目である（ただし、当時小島が関わっていなかったFC版『MG』、日本国外のみリリースされたNES版『Snake's Revenge』も含めると5作）。
一から作り直されているため、グラフィックは色鮮やかになり、3DSの特徴である立体視にも対応している。中腰移動や照準の表示・肩越し視点が追加（従来の主観視点も存在）され、『メタルギアソリッド4』『ピースウォーカー』に近い操作ができるようになり、フォトカモフラージュという『モバイル』のカムフラージュ機能のように、3DS本体のカメラで撮った写真を迷彩服の模様にする機能などが新たに加えられた。この迷彩服のカムフラージュ性能は使った写真・画像によってそれぞれ異なり、ムービー中や無線画面でも変わることがない。撮影した画像によってはカムフラージュ率が異様に高くなることもあり、敵兵が近くにいても気付かれないほどの高いカムフラージュ率を持つこともある。一方、ハードの制約により、プレイ中の血や泥による汚れの表現などは無くなっている。
その他の要素として、アクションに関してはアイコンの表示により分かりやすくなり、攻撃はヒットエフェクトが表示される（ダメージ表現のみ）。下画面はマップ（『メタルギアソリッド』『MGS2』のレーダーのようにスネークを中心とした周りの地形が表示され、敵兵は表示されない。また、スネークが向いている方向も表示される。アイテムである探知機による表示はここにされ、わかりやすくなっている）や体力ケージ、敵兵の警戒状態の表示を集約してあり、タッチスクリーンの機能により、サバイバルビュアーを開かずにメニューの操作、武器や装備の着脱が可能。3DS本体内蔵のジャイロセンサーで不安定な場所でバランスを取ったりなど、3DSならではの機能が追加された。
なお、基本的に操作はA/B/X/Yボタンでカメラ操作、十字ボタンでアクション、姿勢変更、武器、装備品変更とそのウィンドウ表示となっているが、拡張スライドパッド対応により、それを装着することで、右スライドパッドでカメラ操作、A/B/X/Yボタンでキャラクター方向リセット、姿勢変更、アクション、射撃モード切替操作ができるようになり、ZL、ZRといったボタンが増えたため、ZLで武器構え、ZRで攻撃ができ、L、Rの部分で武器、装備の変更とそのウィンドウ表示ができる。
本作の発売に合わせて、2012年1月に本体同梱版のSnake Camouflage仕様ニンテンドー3DSMETAL GEAR SOLID SNAKE EATER 3D PREMIUM PACKAGEをコナミスタイルにて抽選予約によって販売した。ほか、HORIから本作オリジナルのアクセサリーセット『メタルギアソリッド スネークイーター3D アクセサリーセット for ニンテンドー3DS』を本作発売と同時に発売した。
また、任天堂ハードでの発売ということもあり、任天堂キャラクターであるヨッシーがケロタンの代わりとして登場。攻撃を加えると鳴き、全て鳴かせるとステルス迷彩を入手できるところも同じだが、ほとんどの配置を変更（ガーコ迷彩に関してはフルーツのデザインの迷彩に変更されている）。その他、HOOTERS TOKYOとコラボレーションしており、ゲーム中において設置武器の雑誌がHOOTERSのオフィシャルブック、HOOTERS JAPANに変更、グラビアポスターは、フーターズガールが担当している。なお、本棚の本もメタルギアシリーズ（25周年記念表紙、『スネークイーター 3D』『ピースウォーカー』など）や『ボクらの太陽』『Z.O.E.』などを表紙として新たに変更されている。
追加ムービーや削除した部分などいくつかあるが、PS2版から削除された猿蛇合戦によるコラボレーションアイテムの「SARU MASK」は削除されたものの、本作ではHDエディションとは異なりカムフラージュのBANANAだけは残っている。なお、ヴァーチャスミッション終了後に追加される主題歌『Snake Eater』を用いたOPデモはタイトル画面をしばらく放置した後に流れるようになっている。クリア後の称号は一つだけの表示ではなく、複数の条件を満たして同時に入手した称号もリスト化して表示される形になっており、タイトルメニューから確認できる他に入手していない称号に関しては入手条件のヒントが表示されている。称号取得の条件などに関わるプレイデータ（リザルト）も過去の記録、現在の記録、それを合わせた総合の記録を観覧できる。
本作発売後は、発売記念抽選会が3月8日〜3月14日の期間で開催され、抽選の内容は小島と新川洋司のサイン入りニンテンドー3DS本体などが当たるというものだった。
拡張スライドパッドが「有効」になっている状態で、WIG機内でのオセロット戦でセーブした場合、セーブデータが異常が発生し、ゲーム再開時に正常にロードができなくなる不具合があったため、7月5日より不具合解消のためのアップデートファイル（Ver.1.1）をニンテンドーeショップにて配信している。また、その他のバグ等もこのファイルで修正されている。アップデートファイルを施した場合は、タイトル画面で右下にバージョンが表示される。
※ 以降の派生版は小島秀夫がコナミを退社し、小島プロもKDEに吸収される形で事実上消滅して以降の版となる。プロデューサーは元小島プロの岡村憲明が引き継いでいる。
マスターコレクション版 2023年10月24日にリリースの『メタルギアソリッド: マスターコレクション Vol.1』に、『MGS』『MGS2』と共に収録された。対応機種はNintendo Switch、PlayStation 5、PlayStation 4、Xbox Series X/S、PC。概ねHDエディションと同等の移植だが、一部の操作が各機種に応じてPS2版から変更されている。単品でも発売されている。