この項目では、1999年シーズンの日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）について述べる。
概要 JリーグがJリーグ ディビジョン1（J1）とJリーグ ディビジョン2（J2）2部制となって行われる初めてのシーズンであり、成績による「入れ替え」が初めて導入されたシーズンでもある。入れ替えは自動昇降格枠が2枠設定され、J1の年間順位の下位2チームとJ2の上位2チームが自動入れ替えとされた。
J1
前年のJリーグ18チームから、横浜マリノスと合併した横浜フリューゲルス（横浜F・マリノスとして参加）、ならびにJ1参入決定戦の結果によりJ2参入となったコンサドーレ札幌を除いた16チームにより争われた。
前年同様2ステージ制を導入し、優勝は前後期の優勝チーム同士によるチャンピオンシップにより決定した。
J1年間総合順位
チャンピオンシップ
J2
J2初年度となった今シーズンは、J1参入決定戦でJ1参入を果たせなかったコンサドーレ札幌と川崎フロンターレ、1998年のJFLからJ2参入を希望した8チームの計10チームにより争われた。
J1と異なり通年制（4回戦総当たり）で行われ、上位2クラブがJ1へ自動昇格することになった。
J2順位表
入れ替え J1からJ2へ降格 J1リーグ年間総合15位の浦和レッドダイヤモンズ、同16位のベルマーレ平塚がJ2へ自動降格した。
J2からJ1へ昇格 J2リーグ優勝の川崎フロンターレ、同2位のFC東京がJ1へ自動昇格した。
表彰 賞 受賞者 最優秀選手賞 アレックス（清水エスパルス） 得点王 黄善洪（セレッソ大阪） 新人王 中澤佑二（ヴェルディ川崎） 最優秀監督賞 スティーブ・ペリマン（清水エスパルス） 優勝監督賞 桑原隆（ジュビロ磐田） 優秀主審賞 レスリー・モットラム 優秀副審賞 山口森久 功労選手賞 柱谷哲二 Join賞 浦和レッズ、浦和市、レッズファン・サポーター
ベストイレブン ポジション 選手名 受賞回数 所属クラブ GK 真田雅則 初 清水エスパルス DF 中澤佑二 ヴェルディ川崎 斉藤俊秀 清水エスパルス 森岡隆三 MF 中村俊輔 横浜F・マリノス アレックス 清水エスパルス 伊東輝悦 澤登正朗 福西崇史 ジュビロ磐田 FW ドラガン・ストイコビッチ 3 名古屋グランパスエイト 黄善洪 初 セレッソ大阪
得点ランキング 順位選手所属得点 1 黄善洪 24 2 城彰二 18 3 バロン 174 福田正博 13 呂比須ワグナー 久保竜彦 7 久保山由清 12 森島寛晃 9 アレックス 11 ストイコビッチ 西澤明訓 出典: J.LEAGUE Data Site
記録 J1リーグ通算6,000ゴール 鈴木秀人（ジュビロ磐田 1999年11月7日 - 2ndステージ第12節vsサンフレッチェ広島・ジュビロ磐田スタジアム） J2リーグ初ゴール 岡元勇人（FC東京 1999年3月14日 - 第1節vsサガン鳥栖・国立西が丘サッカー場） J1リーグ連勝記録、連続無敗記録 16連勝、16試合（鹿島アントラーズ、延長Vゴール勝ち3試合含む、1998年2ndステージ第5節vsアビスパ福岡 - 1999年1stステージ第3節vsサンフレッチェ広島）
その他 第1回日本フットボールリーグの成績により、Jリーグ正会員加盟を申請した水戸ホーリーホック（リーグ戦3位）が2000年度からのJ2入会を認められた。（本来はJFLで原則2位以内がJ2昇格の成績上の条件であるが、1位の横浜FCがJFL準会員であったため、正会員で2位の成績を考慮したものである）
脚注
関連項目 1999年のスポーツ 1999年のJリーグカップ 1999年J1最終節 1999年J2最終節 第79回天皇杯全日本サッカー選手権大会 アジアクラブ選手権1998-99