APG II は、APG植物分類体系の、2003年に発表された第2版である。
変更点 初版で分類未確定とされていた多くのタクソンを分類した。 一部の分類群については、大きな科にまとめても、あるいはより細かい科に分類してもよいとした。
分岐図
分類 大きな方の科に「§」と表示し、その中に含めても細分してもよい科を下に「+」と表示した。
初期に分岐したグループ アムボレラ科 センリョウ科 §スイレン科 +ハゴロモモ科 アウストロバイレヤ目 アウストロバイレヤ科 §マツブサ科 +シキミ科 トリメニア科 マツモ目 マツモ科
モクレン類
カネラ目 カネラ科 シキミモドキ科 クスノキ目 アセロスペルマ科 ロウバイ科 ゴモルテガ科 ハスノハギリ科 クスノキ科 モニミア科 シパルナ科 モクレン目 バンレイシ科 デゲネリア科 エウポマティア科 ヒマンタンドラ科 モクレン科 ニクズク科 コショウ目 ウマノスズクサ科 ヒドノラ科 ラクトリス科 コショウ科 ドクダミ科
単子葉類
サクライソウ科 ショウブ目 ショウブ科 オモダカ目 オモダカ科 レースソウ科 サトイモ科 （旧ウキクサ科を含む） ハナイ科 シオニラ科 トチカガミ科 シバナ科 キバナオモダカ科 ポシドニア科 ヒルムシロ科 カワツルモ科 ホロムイソウ科 チシマゼキショウ科 アマモ科 キジカクシ目 §ネギ科 +アガパンサス科 +ヒガンバナ科 §キジカクシ科 +リュウゼツラン科 +アフィランタ科 +ヘスペロカリス科 +ヒアシンス科 +ラクスマニア科 +スズラン科 +テミス科 アステリア科 ブランドフォルディア科 ボリア科 ドリアンセス科 キンバイザサ科 アヤメ科 イキシオリリオン科 ラナリア科 ラン科
§ススキノキ科 +ツルボラン科 （旧アロエ科を含む） +キスゲ科 キセロネマ科 ヤマノイモ目 ヒナノシャクジョウ科 ヤマノイモ科 キンコウカ科 ユリ目 ユリズイセン科
イヌサフラン科 コルシア科 ユリ科
メランチウム科
サルトリイバラ科 タコノキ目 パナマソウ科 タコノキ科 ビャクブ科 ホンゴウソウ科 ウェロジア科
ツユクサ類
ダシポゴン科 ヤシ目 ヤシ科 ツユクサ目 ツユクサ科 ハエモドルム科 ハングアナ科 タヌキアヤメ科 ミズアオイ科 イネ目 アナルトリア科 パイナップル科 カツマダソウ科 カヤツリグサ科 エクデイオコレア科 ホシクサ科 トウツルモドキ科 ヒダテラ科 ヨインウィレア科 イグサ科 マヤカ科 イネ科 ラパテア科 サンアソウ科 ミクリ科 トゥルニア科 ガマ科 トウエンソウ科 ショウガ目 カンナ科 オオホザキアヤメ科 オウムバナ科 ロウイア科 クズウコン科 バショウ科 ゴクラクチョウカ科 ショウガ科
真正双子葉類
ツゲ科 ディディメレス科 アワブキ科 ヤマグルマ科 スイセイジュ科 ヤマモガシ目 ハス科 ヤマモガシ科 スズカケノキ科 キンポウゲ目 メギ科 §キルカエアステル科 +キングドニア科 フサザクラ科 アケビ科 ツヅラフジ科 §ケシ科 +ケマンソウ科 +オサバグサ科 キンポウゲ科
コア真正双子葉類
アエクストキシコン科 ベルベリドプシス科 ビワモドキ科 グンネラ目 グンネラ科 ミロタムヌス科 ナデシコ目 アカトカルプス科 ハマミズナ科 ヒユ科 （旧アカザ科を含む） ツクバネカズラ科 アステロペイア科 バルベウイア科 ツルムラサキ科 サボテン科 ナデシコ科 ディディエレア科（カナボウノキ科） ディオンコフィルム科 モウセンゴケ科 ドロソフィルム科 フランケニア科 ギセキア科 ハロフィトゥム科 ザクロソウ科 ウツボカズラ科 オシロイバナ科 フィセナ科 ヤマゴボウ科 イソマツ科 タデ科 スベリヒユ科 ラブドデンドロン科 サルコバトゥス科 シモンジア科 ステグノスペルマ科 ギョリュウ科 ビャクダン目 ボロボロノキ科 カナビキボク科 オオバヤドリギ科 ミソデンドロン科 ビャクダン科 ユキノシタ目 フウ科 アファノペタルム科 カツラ科 ベンケイソウ科 ユズリハ科 スグリ科 §アリノトウグサ科 +タコノアシ科 +テトラカルパエア科 マンサク科 §ズイナ科 +プテロステモン科 ボタン科 ユキノシタ科
バラ類
アフロイア科 ゲイッソロマ科 イクセルバ科 ピクラムニア科 ストラスブルゲリア科 ブドウ科 クロッソソマ目 クロッソソマ科 キブシ科 ミツバウツギ科 フウロソウ目 §フウロソウ科 +ヒプセロカリス科 レドカルプス科 §メリアントゥス科 +フランコア科 ウィウィアニア科 フトモモ目 アルザテア科 シクンシ科 クリプテロニア科 ヘテロピクシス科 ミソハギ科 （旧ヒシ科、ザクロ科、ハマザクロ科を含む） §ノボタン科 +コメツブノボタン科 フトモモ科 オリニア科 アカバナ科 ペナエア科 プシロキシロン科 リンコカリクス科 ウォキシア科
真正バラ類I
§ハマビシ科 +クラメリア科 フア科 ニシキギ目 ニシキギ科 カタバミノキ科 §ウメバチソウ科 +レプロペタロン科 ウリ目 アニソフィレア科 シュウカイドウ科 ドクウツギ科 コリノカルプス科 ウリ科 ナギナタソウ科 テトラメレス科 マメ目 マメ科 ヒメハギ科 キラヤ科 スリアナ科 ブナ目 カバノキ科 モクマオウ科 ブナ科 §クルミ科 +ロイプテレア科 ヤマモモ科 ナンキョクブナ科 ティコデンドロン科 キントラノオ目 アカリア科 バラノプス科 ボンネティア科 バターナット科 §クリソバラヌス科 +カイナンボク科 +エウフロニア科 +トリゴニア科 テリハボク科 クテノロフォン科 ミゾハコベ科 トウダイグサ科 ゴウピア科 フミリア科 オトギリソウ科 イルウィンギア科 イクソナンテス科 ラキステマ科 アマ科 ロフォピクシス科 キントラノオ科 §オクナ科 +メドゥサギネ科 +クィイナ科 パンダ科 §トケイソウ科 +マレシェルビア科 +トゥルネラ科 ペリディスクス科 コミカンソウ科 ピクロデンドロン科 カワゴケソウ科 ツゲモドキ科 §ヒルギ科 +コカノキ科 ヤナギ科 （旧イイギリ科を含む） スミレ科 カタバミ目 ブルネリア科 フクロユキノシタ科 マメモドキ科 クノニア科 ホルトノキ科 カタバミ科 バラ目 バルベヤ科 アサ科 ディラクマ科 グミ科 クワ科 クロウメモドキ科 バラ科 ニレ科 イラクサ科
真正バラ類II
アブラナ目 §アカニア科 +ブレッシュネイデラ科 バティス科 アブラナ科 （旧フウチョウソウ科を含む） パパイア科 エムブリンギア科 ギロステモン科 コエベルリニア科 リムナンテス科 ワサビノキ科 ペンタディプランドラ科 モクセイソウ科 サルウァドラ科 セッチェラントゥス科 トウァリア科 ノウゼンハレン科 アオイ目 §ベニノキ科 +ディエゴデンドロン科 +ワタモドキ科 ハンニチバナ科 フタバガキ科 アオイ科 （旧アオギリ科、シナノキ科、パンヤ科を含む） ナンヨウザクラ科 ネウラダ科 サルコラエナ科 スファエロセパルム科 ジンチョウゲ科 ムクロジ目 ウルシ科 ビーベルステイニア科 カンラン科 キルキア科 センダン科 §ソウダノキ科 +ペガヌム科 +テトラディクリス科 ミカン科 ムクロジ科 （旧カエデ科、トチノキ科を含む） ニガキ科
キク類
ミズキ目 §ミズキ科 （旧ウリノキ科を含む） +ヌマミズキ科 クルティシア科 グルッビア科 アジサイ科 ヒドロスタキス科 シレンゲ科 ツツジ目 マタタビ科 ツリフネソウ科 リョウブ科 キリラ科 イワウメ科 カキノキ科 ツツジ科 （旧ガンコウラン科、イチヤクソウ科、シャクジョウソウ科、エパクリス科を含む） フォウクィエリア科 サガリバナ科 イズセンリョウ科 マルクグラウィア科 ヤブコウジ科 （旧サクラソウ科シクラメン等を含む） §ペンタフィラクス科 +モッコク科 +スラデニア科 ハナシノブ科 サクラソウ科 ロリドゥラ科 アカテツ科 サラセニア科 エゴノキ科 ハイノキ科 §テトラメリスタ科 +ペリキエラ科 ツバキ科 テオフラスタ科
真正キク類I
ムラサキ科 クロタキカズラ科 オンコテカ科 ヴァーリア科 ガリア目 トチュウ科 §ガリア科 +アオキ科 （旧ミズキ科） リンドウ目 キョウチクトウ科 （旧ガガイモ科を含む） ゲルセミア科 リンドウ科 マチン科 アカネ科 シソ目 キツネノマゴ科 ノウゼンカズラ科 ビブリス科 カルセオラリア科 カールマニア科 イワタバコ科 シソ科 （旧クマツヅラ科の一部を含む） タヌキモ科 ツノゴマ科 モクセイ科 ハマウツボ科 キリ科 ゴマ科 ハエドクソウ科 （旧ゴマノハグサ科の一部を含む） オオバコ科 （旧アワゴケ科、グロブラリア科、スギナモ科、ゴマノハグサ科の一部を含む） プロコスペルマ科 シュレーゲリア科 ゴマノハグサ科 （旧フジウツギ科、ハマジンチョウ科を含む） スティルベ科 テトラコンドラ科 クマツヅラ科 ナス目 ヒルガオ科 セイロンハコベ科 （旧ハゼリソウ科の一部） モンティニア科 ナス科 （旧ノラナ科を含む） ナガボノウルシ科
真正キク類II
ブルニア科 §コルメリア科 +デスフォンタイニア科 エレモシネ科 エスカロニア科 パラクリフィア科 ポリオスマ科 スフェノステモン科 トリベレス科 セリ目 セリ科 ウコギ科 アラリディウム科 グリセリニア科 マッキンラヤ科 メラノフィラ科 ミオドカルプス科 ペンナンティア科 トベラ科 トリケリア科 モチノキ目 モチノキ科 ヤマイモモドキ科 ハナイカダ科 （旧ミズキ科） フィロノマ科 ステモヌラ科 キク目 アルセウオスミア科 アルゴフィルム科 キク科 カリケラ科 §キキョウ科 +ミゾカクシ科 クサトベラ科 ミツガシワ科 ユガミウチワ科 フェリネ科 ロウッセア科 §スティリディウム科 +ドナティア科 マツムシソウ目 レンプクソウ科 §スイカズラ科 +タニウツギ科 +マツムシソウ科 +リンネソウ科 +モリナ科 +オミナエシ科
分類未確定
ブダロフィトン属 ツチトリモチ科
キティヌス属
ヤッコソウ属
ラフレシア科
参照文献 （APG II。オープンアクセス）