日本酒の歴史（にほんしゅのれきし）では、日本酒の歴史について説明する。
通史の概要 thumb|260px|right|蒸す前のコメ（秋津穂）に水を含ませる工程（油長酒造）。 thumb|260px|right|現代につながる画期的な酒造りの技術「菩提酛」が生み出された正暦寺。 日本における酒造りの始まりと鎌倉時代までの変遷 米を発酵させて酒を造る技術は日本酒誕生以前に中国にあったが、日本でいつ始まったかには諸説ありはっきりしていない。日本酒造組合中央会においては、「推定」として日本における米を使った酒造りは紀元前300から200年頃に始まったとしており、最初の酒は唾液中のアミラーゼで米のでんぷんを糖に変えて作る口噛み酒であり、麹（麹菌）を利用した酒造りは4世紀頃に始まったとしている。一方で、中国大陸や朝鮮半島で古くからアルコール飲料の製造に使われてきた発酵飲食品の麹菌は、クモノスカビとケカビに属する麹菌であり、日本酒造りで長らく使われてきたニホンコウジカビ（アスペルギルス・オリゼー）は、日本人が突然変異で無毒化したアスペルギルス・フラバスを家畜化して生み出したものと考える学者もいる。
奈良時代から平安時代にかけて朝廷での酒造りが確立し、鎌倉時代になると自家製の濁酒が廃れて、貨幣経済の発展により金融業を兼ねた土倉と呼ばれる造り酒屋が軒を連ねるようになった。鎌倉時代末期から室町時代にかけて京都で造り酒屋が大いに発展した。
室町時代における日本酒造りの革新と現代の基礎的な製法の確立 室町時代初期の南北朝時代には戦乱により財政不足となり酒に税がかけられるようになった。室町時代初期には京都では200軒以上、中期には300軒以上の造り酒屋が軒を並べた。京都で造り酒屋が発展した理由としては、荘園の領主たちが住んでおり諸国からの貢米が三条室町に集まっていたため容易に米が手に入ったことと、北野神社が麹の製造と販売の権利を持っておりその周辺に麹製造業者が多数の店を開いていたことがあげられる。
室町時代には、近現代の日本酒造りの製法の直接の基盤となる様々な革新的な日本酒の製法が現れた。この時代の奈良の正暦寺は、諸白仕込み・三段仕込み・菩提酛造り・火入れなどの近現代の日本酒造りの基礎となる製法を完成させており、しばしば正暦寺は「清酒発祥の地」「日本酒発祥」の地と呼ばれる。このような寺院が作った日本酒は僧坊酒と呼ばれており、特に奈良の寺院が造った僧坊酒は「南都諸白」と呼ばれ高い名声を誇った。この時代の酒造記『御酒之日記』には菩提酛の技術の基礎となる「菩提泉」の記述が、興福寺の僧の日記『多門院日記』には正暦寺における酒造りが記述されており、これら革新的な製法が日本酒の品質の安定性・安全性と風味を飛躍的に改善したことがわかる『あまから手帖』2021年4月号「菩提酛」ルネッサンスP14。
江戸時代における日本酒造りの産業化 江戸時代の元禄年間になると、もろみに少量の焼酎を加えて香りを良くし、風味をすっきりさせると同時に品質の劣化を防ぐ「柱焼酎」という醸造法が開発された。これは、現代の酒造りで用いられている醸造アルコールの添加の起源といわれることがある。近現代日本酒の最大の産地である兵庫県の灘五郷は、この時代に形成された。1600年代初頭に江戸の人口が急増し始めると、伏見、伊丹、池田などの内陸部で酒造りを行っていた蔵人たちは、気候や水質が酒造りに最適で、江戸への出荷に便利な沿岸部の灘五郷地域に移り住んだ。元禄年間、町人文化が栄えたことで日本酒の消費量が急増し大量の樽酒が江戸に出荷された。この時代、江戸で飲まれていた酒の80％は灘五郷のものだった。今日の白鶴、大関、日本盛、菊正宗、剣菱、沢の鶴など、現在の大手酒造メーカーの多くは灘五郷発祥の蔵元である。
この時代、度重なる天災や天候不順が米不足を招き、江戸幕府は61回もの酒造統制令を出した。江戸時代初期には、四季醸造という季節ごとに最適化された酒造技術があった。寛文7年（1667年）、冬の寒造りの技術が改良され、延宝元年（1673年）、江戸幕府が米不足を理由に寒造り以外の酒造りを禁止すると、四季醸造の技術は途絶え、20世紀に工業技術が発達するまでは冬だけの酒造りが一般的になった。この時代、3年、5年、9年と熟成させた古酒は贅沢品であったが、その美味しさは庶民にも知られていた。江戸時代中期の灘の酒蔵では、酒母造りとして、蒸米と麹を櫂ですりつぶす「酛すり」で乳酸を生成する「生酛」の製法が確立された。
明治・大正時代の政府主導による日本酒造りの近代化と革新 明治時代の頃から、日本酒造りの技術は急速に発展し始めた。日本各地で酒造りに最適な酒米の品種改良が盛んに行われた。1860年に開発された「伊勢錦」、1866年に開発された「雄町」、1877年に開発された「神力」などが初期の代表品種である。1923年には、後に「酒米の王」と呼ばれる「山田錦」が誕生した。1895年、矢部規矩治博士が初めて日本酒の醸造に適した清酒酵母サッカロマイセス・サケ（Saccharomyces sake）を分離した。政府は1904年に醸造試験所を開設し、酵母と発酵の詳細な研究を開始し、1904年に新しい酒母製法である「山廃」を開発し、1910年にはさらに改良された「速醸」を開発した。1906年には醸造協会が設立され、有望な酵母が発見された場合は協会系酵母として全国の蔵元に頒布される制度が整えられた。このように有望な清酒酵母が選択的に使用されるようになる以前の日本では、蔵元は各蔵元に固有の酵母を使用していた。酵母は酒造りの過程で空気中に浮遊したり人体に付着したりした微生物と混ざり合って生存競争を繰り広げながら、蔵ごとに独自の進化を遂げていた。これらの酵母の中には日本酒造りに適さないものもあったため、近代化以前は蔵元や時代によって酒質はまちまちであり安定しなかった。
戦争による品質の低下と三倍増醸清酒の誕生 1937年、日中戦争が勃発すると食用米と水は戦略物資となり、酒米の生産は半減され、低品質の酒が出回り始めた。1930年代初頭に新型精米機が登場したものの（後述）、精米歩合は65%に制限され、酒の価格も統制されるようになり、水で大幅に希釈した日本酒が出回った。第二次世界大戦後も米不足により、有害な成分を添加したメチル、カストリ、バクダンといった闇酒と呼ばれる密造酒が作られ、飲酒した者が健康を害したり死亡者も出るようになった。このような状況を受けて、政府は酒に水で希釈した醸造アルコールを添加し、さらにぶどう糖、水あめなどの糖類、乳酸・コハク酸などの酸味料、グルタミン酸ソーダなどを添加した三倍増醸清酒を認めた。この低品質の三増酒は高度経済成長期にも廃止されなかったため日本酒の需要は落ちた。
端麗辛口ブームと吟醸酒の誕生と普及 三増酒が流通する中でも、水面下では酒質は徐々に向上し酒造りにもさまざまな革新が見られるようになった。1960年代に石本酒造が端麗辛口の「越乃寒梅」を発売すると、それまでの甘くてくどかった三増酒への反発として端麗辛口ブームが始まり20年ほど続いた。また1973年には三増酒よりはるかに醸造アルコール添加量を減らした本醸造酒が登場し、同年に醸造試験所は国賓を招く晩餐会用の高級な酒として貴醸酒を開発した。
現在、世界中で親しまれている吟醸酒は、1930年代から1975年頃にかけて様々な酒造技術が開発されたことによって最終的に完成したものである。「吟醸酒」の語源は江戸時代末期の丁寧に醸した酒を意味する「吟造」（ぎんぞう）であり、同じ意味の「吟醸」という言葉が登場したのは1894年である。1930年から1931年にかけて、新しい精米機が発明され、精米歩合を50％程度にすることで、米粒の表層部分に由来する雑味を取り除き、従来よりも香り高く爽やかな味わいの酒を造ることができるようになった。1936年、吟醸酒造りに最適な酒米である山田錦が兵庫県の奨励品種になった。1953年頃には、リンゴやバナナのような果実のような香りを出し発酵にも優れた「協会9号酵母」が登場した。1965年頃から吟醸酒の研究開発に取り組むメーカーが増え、1968年頃には全国で協会酵母9号が使用されるようになった。1970年代に入ると、もろみ製造工程の温度管理技術が飛躍的に向上した。そして、高精白米と新開発の酵母を使い低温でじっくりと発酵させることでフルーティーな味わいの今日の吟醸酒が完成した。当初は吟醸酒は品評会に出品される特別な酒で市販はされていなかった。1975年頃から吟醸酒が市販されるようになり、1980年代には広く流通するようになり、1990年には吟醸酒と表示できるものが定義され、吟醸酒を販売する蔵元が増えた。吟醸酒の人気の高まりは酵母の研究を促し、吟醸酒に最適化された様々な香りを持つ酵母が数多く開発されるようになった。
21世紀 21世紀に入ると従来の黄麹だけではなく、焼酎や泡盛の醸造に使われる白麹や黒麹も日本酒の醸造に使われるようになった。白麹を醸造に使用した日本酒は2009年の新政酒造の「亜麻猫」の発売以来普及した。白麹は多くのクエン酸を生成するため、微生物の繁殖を防ぐ能力が高く、クエン酸由来の酸味が強い風味を持つ傾向に仕上がりやすい。また衛生技術の発達により、明治の近代化以前に使用していた木桶の使用が再び増加している。発酵に木桶を使用することで、木に生息する様々な微生物が日本酒に影響を与え、より複雑な発酵が可能になり、様々な特徴を持つ日本酒ができるという利点がある。また、木に含まれる抗酸化物質が日本酒に良い影響を与えることも知られている。
2018年、株式会社サタケは、ミネラル分が多く雑味が味に加わる米の長軸部分を飛躍的に高速かつ集中的に精米できる新型精米機を開発した。これにより、精米歩合60％の吟醸酒でも、従来の精米歩合40％の大吟醸酒と同じ味わいを実現できるようになり、多くの蔵元が扁平精米で造った酒を販売するようになった。
2024年、日本酒、焼酎、泡盛などの日本の伝統的酒造りがユネスコ無形文化遺産に登録されることが決定した。
上代以前 伝説の中の日本酒 揚子江起源説 日本列島に住む人々がいつ頃から米を原料とした酒を造るようになったのかは定かではないが、稲作、とりわけ水稲の耕作が定着し、安定して米が収穫できるようになってからのことであるのは確かと思われる。
日本国外には、中国大陸揚子江流域に紀元前4800年ごろ稲作が始まり、ここで造られた米酒が日本に輸出されたのが日本酒の起源とする説もあるが、年代的にもっとも前に位置するとはいえ様々な点で無理があり、日本国内ではほとんど支持されていない。
『論衡』『魏志倭人伝』の記述 日本に酒が存在することを示す最古の記録は、西暦1世紀頃に成立した中国の思想書『論衡』の記述に見られる。
「成王時 越裳獻雉 倭人貢鬯」（恢国篇第五八） 成王の時、越裳は雉を献じ、倭人は暢草を貢ず。
「周時天下太平 越裳獻白雉 倭人貢鬯草 食白雉服鬯草 不能除凶」（儒増篇第二六） 周の時、天下太平、越裳は白雉を献じ、倭人は鬯草を貢す。白雉を食し鬯草を服用するも、凶を除く能はず。
鬯草とは、酒に浸して作製した薬草のことであり、周の成王の時代（紀元前1000年頃）に日本列島内の何処かの国に何らかの酒類が存在した可能性を示唆している。
3世紀に成立した『三国志』東夷伝倭人条（いわゆる魏志倭人伝）の記述にも酒に関する記述が見られる。同書は倭人のことを「人性嗜酒（さけをたしなむ）」と評しており、喪に当たっては弔問客が「歌舞飲酒」をする風習があることも述べている。ただ、この酒が具体的に何を原料とし、またどのような方法で醸造したものなのかまでは、この記述からうかがい知ることはできない。ちなみに、酒と宗教が深く関わっていたことを示すこの『三国志』の記述は、酒造りが巫女（みこ）の仕事であったことをうかがわせる一つの根拠となっている。
大山祇神と木花咲耶姫 水田稲作が伝わり、瓊瓊杵尊が初めて作った水田である狭名田で採れた茂穂で義父である大山祇神が天甜酒を造ったのが起源とされる。 その酒を醸したのが娘である木花咲耶姫と言われている。現在の宮崎県西都市で、母乳の代わりに甘酒を醸して３人の子に与え育てたといわれ、結婚式を挙げた都萬神社の境内には日本酒発祥の碑が建てられている。
八塩折之酒 『日本書紀』には、須佐之男命（素佐男尊とも。すさのおのみこと）が八岐大蛇（やまたのおろち）を退治するために八塩折之酒（やしおおりのさけ）という八度にわたって醸す酒というものを造らせる記述がある。実際の酒質がどのようなものであったか、重複して醸すという点でのちの貴醸酒に通じるものがあるのか、などの疑問点はいまだ解明されていない。
考古学的アプローチ 日本列島では、約3000年前の縄文時代の土坑から、また中国大陸では酒造りに用いられていた酒坑（しゅこう）が発見されている。そこには、発酵したものに集まるショウジョウバエの仲間のサナギとともに、エゾニワトコ、サルナシ、クワ、キイチゴなどの果実の断片が発見されている。
米から造られた酒ではなさそうなので、日本酒の直接の祖先と言ってよいかは議論を待つところだが、日本における醸造の原初的な段階を物語るものとしてこれらの遺構も貴重である。酵母は生き物であり、アルコールも蒸発してしまうものであるから、従来の考古学的手法ではあまり日本酒の起源に関する研究は進んでいない。
古墳時代中期以降（5世紀-）の遺跡からは、楽器として使われたとも酒などの液体を入れたともいわれる、須恵器の「はそう（はさふ、はぞう）」が出土している収蔵資料紹介/考古 山口県立山口博物館埋蔵文化財センター やさしい「まいぶん」用語集 山梨県。
平城京跡地から出土した木簡には、様々な種類の酒の記述がある。
上代 口嚼ノ酒（くちかみのさけ）とカビの酒 米を原料とした酒であることが確実な記録が日本に登場するのは、『三国志』の時代から約500年も後のことになる。その最古の記述は二つある。
口嚼ノ酒 一つは『大隅国風土記』逸文（713年（和銅6年）以降）である。大隅国（今の鹿児島県東部）では村中の男女が水と米を用意して生米を噛んでは容器に吐き戻し、一晩以上の時間をおいて酒の香りがし始めたら全員で飲む風習があり、「口嚼（くちかみ）ノ酒」と称していたという。口噛み酒は唾液中の澱粉分解酵素であるアミラーゼ、ジアスターゼを利用し、空気中の野生酵母で発酵させる原始的な醸造法であり、東アジアから南太平洋、中南米にも分布している。現代日本語でも酒を醸造することを「醸（かも）す」というが、その古語である「醸（か）む」と「噛（か）む」が同音であるのは、この口嚼ノ酒に由来すると言われている が、異説もある。詳細は「口噛み酒#「醸す」の語源」を参照。
カビ(麹)の酒 もう一つは『播磨国風土記』（716年（霊亀2年）頃）である。携行食の干し飯が水に濡れてカビが生えたので、それを用いて酒を造らせ、その酒で宴会をしたという記述が見える。こちらは麹カビの糖化作用を利用した醸造法であり、現代の日本酒のそれと相通じるものである。このように、奈良時代の同時期に口噛みによるものと麹によるものというふたつの異なる醸造法が記録されている。
のちの万葉集（759年以降成立）にも濁り酒、黒酒、白酒、糟湯酒などが歌の中で読まれている。
清酒の起源 『播磨国風土記』には「清酒（すみさけ）」というものに関する記事もある。これを現在の清酒（せいしゅ）の初見とみなす説があるが、議論の分かれるところである。
古代の酒は、出雲や博多に現在も残る練酒（ねりざけ）のようにペースト状でねっとりとしたものが標準的であったようである。現在でも、皇室における新嘗祭（にいなめさい）では、古代の製法で醸造した白酒（しろき）、黒酒（くろき）という二種類の酒が供えられる。黒酒とは、白濁した白酒に、久佐木と呼ばれる草を蒸し焼きにし、その灰をまぜこんで黒くした酒である。これは、黒みがかった古代米で造った古代の酒の色を伝承していくための工夫の結果であろうと考えられている。
濁りを漉しとるだけならば、布、炭、砂などで濾過する原始的技術があったため、当時の日本で粘度の高い古代酒から、今日のような透明でサラサラとした清酒（せいしゅ）を精製することは決して不可能ではなかっただろうともいわれる。
しかし一方ではこの時代の古文書、たとえば天平年間の地方諸国の収支報告書である正税帳には「浄酒」（すみさけ/すみざけ）といった語も出現するため、「清酒（すみさけ）」は「清（きよ）め」など祭事的な用途に使われる酒を意味していた、という説もある。
いずれにせよ清酒（せいしゅ）は、やがて菩提泉に代表されるような平安時代以降の僧坊酒にその技術が結集されていくことになる。また、この菩提泉をもって日本最初の清酒とする説もあり、それを醸した奈良正暦寺には「日本清酒発祥之地」の碑が建っている。また兵庫県伊丹市鴻池にも「清酒発祥の地」の伝説を示す石碑である鴻池稲荷祠碑（こうのいけいなりしひ）が建ち、市の文化財に指定されている。
麹造りと醴酒（こざけ） 『古事記』には応神天皇（『新撰姓氏録』によれば仁徳天皇）の御世に来朝した百済人の須須許里（すすこり）が大御酒（おおみき）を醸造して天皇に献上したという記述がある。『新撰姓氏録』によれば、この献上を行なったのは兄曽曽保利と妹曽曽保利の二人ということになっており、。百済からの帰化人が用いた醸造法ということであれば、それは麹によるものであったとみられる。
醴酒 しかし、この献上より前にも麹による酒造法は日本に存在しており、応神天皇19年に吉野の国樔（くず）が醴酒（こざけ）を献上したという記述が見られる『日本書紀』。「国樔」は「国主」「国栖」とも書き、奈良時代以前の日本各地に散在していた非農耕民で、その特異な習俗のため大和朝廷からは異種族扱いされていた人々である。『延喜式』の記述によれば、その国樔が献上した酒でも醴酒という米と麹を使用して造る酒であったことがうかがえるので、麹による醸造法は当時既に全国的に普及していたと見られる。養老1年（717年）には美濃国から献上された醴泉で醴酒を造ったとの記述も『続日本紀』にある。
また、麹の種類の問題もある。現在中国や朝鮮半島で酒造用に用いられているのは麦麹（餅麹）がほとんどであり、その中身はクモノスカビやケカビが中心であるが、日本酒は米麹（バラ麹）であり、その中身は純粋なコウジカビである。朝鮮半島経由で麹による酒造法が伝えられたのであれば、それは当然麦麹であったはずで、日本にマッコリのような麦麹を用いた酒が存在した記録がない以上、朝鮮半島起源説は成り立たない。
稲麹 近年では、稲こうじ病により稲穂に自然に発生したカビの塊、すなわち稲麹を利用したのが日本における麹の起源であるとする説もある。小泉武夫の調査によれば、問い合わせた25府県全部で、かつては稲麹をもとに麹を作っていたという話を聞いたことがあるという回答を得ることができ、山形県の麹屋からは第二次世界大戦以前までは実際に稲麹を得ていたという証言が得られた。小泉が実際に稲麹を用いて酒造を試みた結果、日本酒に近い風味のものを作り出すことに成功している．しかし稲麹はバッカクキン科の稲こうじ病菌が稲籾に作る胞子の固まりであり、コウジカビとは全く関係がない。たまたま稲麹にコウジカビが混入していたと考えるべきである．また，野生のコウジカビの類にはアフラトキシンやオクラトキシンを産生するものがあり、むやみに野外のコウジカビを利用すべきではない。
朝廷による酒造り 造酒司 持統3年（689年）には飛鳥浄御原令に基づいて宮内省の造酒司（さけのつかさ / みきのつかさ 「造酒寮」とも）に酒部（さかべ）という部署が設けられた。701年（大宝元年）には大宝律令によってさらに体系化され、朝廷による朝廷のための酒の醸造体制が整えられていった。酒部は部署の名称だけでなく、今日の杜氏（とうじ）にあたる醸造技術者をも指す。造酒司の建物は、酒を醸造する甕がならんだ酒殿（さけどの）、精米をおこなう舎である臼殿（うすどの）、麹を造るための麹室（こうじむろ）の計三宇という配置であった。造酒司で造られる酒は麹は現在の製法と同じ米から造るばら麹で、米と麹と水を甕に入れて混ぜ合わせ、醗酵期間は十日ほどの薄い酒であった9世紀後半に編まれた『令集解』による。。
また967年（康保4年）に成立した『延喜式』によれば、主に造られる酒質は米と麹を数回に分けて仕込む濃い味の酒になっており、後世の段仕込みの原型がすでにうかがわれる。また、小麦を使った酒、麹を多く使った甘口の酒、水で割った下級酒など、今日の麦焼酎、貴醸酒、低濃度酒の原型を想わせる製法が10種類ほどあった『延喜式』。さらに醪を酒袋に吊るして搾ったり、上澄みを採ったりという技術は、今日のものと同じといってよい。
中古 『延喜式』（927年（延長5年））には宮内省造酒司の御酒槽のしくみが記されており、すでに現代の酒とそれほど変わらない製法でいろいろな酒が造られていたことがわかる。なかでも「しおり」と記される製法は、現代の貴醸酒が開発される基になった。平安時代初期に書かれた『令集解』によれば、宮内省の中に朝廷で消費される酒を製造する「造酒司」という役所があり、長官の「酒造正」（さけのかみ）は正六位の冠位であり、60人の酒部（さかべ）を指揮して酒造を行っていた柚木学『酒造りの歴史（普及版）』p.15-16、株式会社雄山社、2018年。
その後は朝廷直属の酒造組織に代わって、寺院で造られた僧坊酒（そうぼうしゅ）が高い評価を得るようになっていった。
この時代の清酒は量的にも些少であり、有力貴族など極めて限られた階層にしかゆきわたらなかったと考えられる。
中世 鎌倉時代 商業が盛んになり、貨幣経済が各地へゆきわたったことを背景として、酒は、米と同等の経済価値を持った商品として流通するようになった。京都、とくに伏見などを中心に、自前の蔵で酒の製造を行い、それを販売する店舗も持つ酒屋、いわゆる「造り酒屋（つくりざかや）」が隆盛し始めた。まだ十石入り仕込み桶が開発される前で、二石から三石入る甕（かめ）（もしくは「瓶」の字をあて「かめ」と読ませる場合も）を土間にならべて酒を造っていたようである。 また一方で、租税の確保や武家的な禁欲思想に基づいて、たびたび酒の売買、製造、移出入などを禁ずる政策が出された。建長4年（1252年）に幕府の出した沽酒の禁（こしゅのきん）は徹底しており、一軒につき一個のみを残して醸造・保管用の甕を破壊させ、破壊した甕の数は鎌倉市中のみで三万七千を数えたという。一方で、朝廷では14世紀に入ると、財源不足により酒屋を認めて代わりに壺銭を徴収した。このため、幕府の政策は徹底できなかった。
室町時代 室町時代前期には、この傾向にはさらに拍車がかかり、応永32年（1425年）には洛中洛外の酒屋の数は342軒に達していたことが、京都北野社に残されている酒屋名簿という文書に記されている。
また灘に伝わる『柴田家文書酒造り始之由来』『柴田家文書酒造り始之由来』1783年刊（神戸市文書館） には、「むかし大内裏（朝廷）で造酒之寮（造酒司）と呼ばれる御官人が祭祀のために酒を造っていたが、室町時代になると酒の需要が高まり、とても追いつかなくなったので、御官人の縁者が市中でも造り始めたところ、とりわけ摂州表で造る酒は出来柄がよかった。」と書かれ、室町時代が酒造業にとって急成長の時代であったことを裏付けている。
鎌倉幕府が布いた沽酒の禁は廃止され、室町幕府は反対に酒造業者たちに課税して幕府の財源として活用する道を選んだ。
当時の酒屋は資本力を持ち、土倉（どそう）といって金融業者を兼ねていることが多く、借金の取立てや財産の自衛のために用心棒たちを養っていた。なかでも五条西洞院にあった柳酒屋という酒屋は、規模だけでなく扱っている酒質も同業者の群を抜く存在で、その名声は全国に知られた。
こうして経済力をつけた酒屋が、それまで酒屋とは別個の職業であった麹造りにも進出し、従来の麹屋の座と対立した（前述の北野社は麹屋の座を取り仕切っていた）。この対立は文安元年（1444年）、文安の麹騒動という武力衝突にまで発展し、その結果、京都における麹屋という専門職は滅亡し、麹座も解散した。以後、麹造りは酒屋業の一工程へと吸収合併された形となった。
またこの事件は、争いに明け暮れる京都市中の商人たちとは無縁に坦々と生産が続けられた、奈良の『菩提泉（ぼだいせん）』『山樽（やまだる）』『大和多武峯（たふのみね）酒』、越前の『豊原（ほうげん）酒』、近江の『百済寺酒』、河内の『観心寺酒』などの僧坊酒がさらに評価を高める原因にもなった。
一方で、この時代から寺院で作る僧坊酒が盛んになり日本酒造りの革新が起こり、特に奈良の僧坊酒は高級酒として扱われ南都諸白として大いに名声を得た。室町時代初期に書かれた『御酒之日記（ごしゅのにっき）』では、奈良の正暦寺の酒造に関して、すでに今日の三段仕込みや、乳酸菌発酵の技術、火入れによる加熱殺菌、木炭による濾過などが行われていたとの記述があり、このため正暦寺は清酒（日本酒）発祥の地とみなされることが多い。酒造法としては、掛米だけに白米を使う従来の片白（かたはく）に加えて、新しく掛米と麹米の両方に使う諸白（もろはく）の製法が現れて、その上品な味わいが人気を集めるようになった。『菩提泉』を醸す菩提酛も正暦寺の発祥と考えられている。また僧坊酒の発展から、奈良酒や天野酒などの、のちの摂泉十二郷の各流派の原型にあたる技法の違いも現れた。『多聞院日記（たもんいんにっき）』には、先の火入れについての記述に加えて、こうした江戸時代まで続いた伝統的な酒造法について詳しく記されている。
やがて、京都以外の土地でも酒屋が出現するようになり、こういうところで造られた酒が京都の酒市場に出回るようになった。京都の酒屋は、他国から市中に入る酒を「他所酒（よそざけ）」または「抜け酒」と呼んで警戒し、排除しようと躍起になった。洛中洛外の酒屋や町組（ちょうぐみ）からは、価格の安い他所酒の販売差し止めを陳情する願い状が、たびたび幕府の奉行所に提出されている。
しかし、この他所酒こそが、のちの日本の酒文化の中核をなす地酒の出発点でもあった。文明年間（1469年～1487年）には西宮の『旨酒』、堺の『堺酒』、加賀の『宮越酒』などが、弘治3年（1557年）には伊豆の『江川酒』、河内の『平野酒』などが盛んに取り引きされたことが記録からうかがえる。また、厳密にいえばこれは日本酒ではないが、天文3年（1534年）には「南蛮酒」として今日でいう泡盛の『清烈而芳』が酒市場に入っていた。
なお、米価が高騰すると、その対策として米を原材料として大量に消費する酒造りを制限して食用の米の価格の維持・引き下げを図ろうとした。後醍醐天皇は建武の新政の際に酒の価格を制限することで、酒屋の生産活動の抑制を図ろうとした。また、室町幕府も撰銭令に米価抑制のための規定を設けて、それを直接酒屋に伝達したのも酒屋による米の大量買い付けとそれに伴う米価高騰を防止する意図があったとされている高木久史『日本中世貨幣史論』p.156-157「撰銭令の酒屋への伝達」、校倉書房、2010年。
安土桃山時代 日本にキリスト教を伝えたフランシスコ・ザビエルは1552年、イエズス会の上司へ宛てた手紙の中で、「酒は米より造れるが、そのほかに酒なく、その量は少なくして価は高し」と、日本酒に関してヨーロッパ人として最初の報告を書いている。もちろんザビエルは、これを自文化における酒であるワインを基準として日本酒を評価している。また織田信長に接して多くの記録を残した宣教師ルイス・フロイスも天正9年（1581年）に「我々は酒を冷やすが、日本では酒を温める」などの情報を本国に書き送っている。
天正10年（1582年）『多聞院日記』によれば奈良で十石入り仕込み桶が開発された。これによって地方においても酒の大量生産が可能になり、さらに地酒文化を花開かせることにつながっていく。戦国時代の群雄割拠が諸国に文化的な独自性を持たせたことも追い風となって、それぞれの土地の一般庶民の食文化との相互補完をベースとしながら、各地に数々の新しいローカルブランドが誕生し、味、酒質、製造量などの点において多様化が進んでいった。