日本フットボールリーグ（にほんフットボールリーグ）は、日本のサッカーリーグである。公益財団法人日本サッカー協会と一般社団法人日本フットボールリーグが主催・運営する。
英語名称は1998年までJリーグと地域リーグの間のカテゴリに位置していたジャパンフットボールリーグと同じ"" 、略称もそのまま継承してJFLを使用している。なお当記事では、日本フットボールリーグを「JFL」、ジャパンフットボールリーグを「旧JFL」と略記する。
概要
プロ化を考慮していないアマチュアチーム（企業や大学のサッカー部、ならびに地域のアマチュアクラブチーム）にとっては、唯一の全国リーグであり、最高峰のカテゴリーである。
2014年にJリーグの3部リーグとしてJ3リーグが発足後、将来のJリーグ加盟を目指すクラブを中心として、セミプロ契約、すなわちクラブから固定給や勝利給などのギャランティをもらいつつ、経済的な理由から副業としてアルバイトや、クラブを支援するスポンサー企業・団体への就職あっせんを受ける社員選手などで勤務している選手や、アカデミー・スクール（下部育成組織）のコーチなどを掛け持ちしている選手が存在している（これはJFLより下位のカテゴリーである地域リーグや都道府県リーグにおいても存在している）。
Jリーグとの関係と位置づけ 日本サッカーのリーグ構成の最上位カテゴリである日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）とJFLとの関係については、Jリーグの3部に当たるJ3リーグ発足時の2013年12月の公表資料において、JリーグとJリーグ以外のアマチュアリーグは別のヒエラルキー構造とした上で、J3リーグをJFLと同格と位置づけている - 公益社団法人日本プロサッカーリーグ、p.5。また、JFL自身も公式サイトにおけるリーグ構成を示した資料において同様の認識を持っていた。このことは、2023年から始まるJ3とJFLの入れ替え制度導入時のレギュレーションにおいても「Jリーグに入会」「（Jリーグ）会員資格を喪失」という表現が用いられ、「J3へ昇格」「JFLへ降格」という表現は用いられていない。
一方で、2015年4月に改定されたJリーグの公表資料「」では「JFLからJ3へは最大2クラブが昇格します」「J3での順位が悪かったとしてもJFLに降格することはありません」と、JFLをJ3より下位のリーグ（即ち4部リーグ相当）と見做す表現が用いられている（但し、同資料においてもJリーグとJFL以下のアマチュアカテゴリーのヒエラルキー構造は別である旨が明記されている）。
主管 主催：公益財団法人日本サッカー協会、一般社団法人日本フットボールリーグ 後援：共同通信社 オフィシャルサプライヤー：モルテン サポーティングカンパニー：全日本空輸
歴史 誕生 1999年、Jリーグの2部制移行と同時にジャパンフットボールリーグ（旧JFL）が1998年をもって終了。第7回ジャパンフットボールリーグに参加したチームのうちJ2に参加しなかった7チームおよび前年10月に日本サッカー協会によって参加が承認された横河電機朝日新聞、1998年10月10日 の計8チームで日本フットボールリーグ（JFL）は発足した。その後、横浜FCが特例としてJFLから準会員扱いでスタートすることが認められたため、1999年の第1回大会は9チームによってリーグ戦が行われた。チーム数は第2回（2000年）は12チーム、第3回（2001年）は16チーム、第4回（2002年）は18チームで開催された。第5回（2003年）に16チームに減少したが、第8回（2006年）から、アルテ高崎が退会した影響で17チームとなった第14回（2012年）を除いて、第15回（2013年）まで18チーム体制であった。
J3発足による影響 2014年のJFL参加チームの決定
J2の下に設けられたJ3リーグ発足の動きに付随して、J3発足前の3部リーグであるJFLについて、J3参加クラブの数の動向にもよるが、2013年度の18クラブから6つ程度減らし、2014年度は12クラブ前後） ないしは14クラブ で行う方針であると報道されていた（JFL側から明白に縮小を伝えたわけではなく、JFL側はあくまで、J3創設によりJFL運営上、編成が必要になった場合、クラブ数の増減も起こりうると発言している）。
なお、JFLの参加クラブ数の確保の観点から、2013年度の成績下位のクラブに対する地域リーグへの降格は行わず、第37回全国地域サッカーリーグ決勝大会の上位3クラブを自動昇格し、残り9クラブについてはJFLのチーム数が足りない場合に4位以下から補充するという報道もある。12月の同大会後の理事会で改めて対応を協議する方向であると報じられている。
この後、JFLに加盟する準加盟クラブのうち10クラブがJ3ライセンスを取得したことを受けて、JFLは2014年度の新規参加希望クラブを地域リーグ以下に属するクラブに対し募集 し、北海道を除く全国8つの地域から25クラブ（内訳：北海道0、東北3、関東4、北信越3、東海4、関西5、中国4、四国1、九州1）が加盟申請を行った。J3加盟クラブの正式決定や第37回全国地域サッカーリーグ決勝大会の結果を踏まえて、12月4日をめどにJFL理事会で参加チームを正式に決定するとしていた。
2013年11月7日、JFLは2014年シーズンの参加チーム数を14とすることを発表した。その後、JFLからJ2・J3への参入により10チーム減ることが確定し（J3リーグ#審査結果を参照）、JFLへの新規加入は6チームとなった。2013年12月4日に、JFLへの昇格チーム6チームが発表された。第15回日本フットボールリーグ#地域リーグとの入れ替えを参照。
JFLのあり方に対する議論 J3発足前年の2013年に、同年のJFLに参加した18クラブのうち3分の2にあたる12クラブがJリーグ準加盟を申請（=J3参入を希望）したことにより、2014年のJFLへの参加が6クラブとなったことについて、JFLの加藤桂三専務理事は「数年は厳しい運営になると思う」と話している。毎日新聞では2013年7月の記事において以下の意見を示し、JFLの位置づけの検討に熟慮が必要であると指摘している。
J3発足後のJFLのあり方については、JFLに残留するクラブの担当者有志を中心に議論が行われている。「仕事と両立しながらサッカーをするのが最大の特徴。“アマ最高峰”をさらに強く打ち出すべき」との意見の一方で「プロを目指すクラブの行く手を阻もうと企業チームなどが奮起し、リーグが活性化してきたのも事実だ」との意見もあった。 “アマ最高峰”を標榜するJFLといえども全国で開催されるリーグの参戦にはプロクラブ並みの年間3000万〜5000万円の運営経費を確保する必要があること。「今のJFLには魅力を感じない」「自分たちで金を払い、できる範囲で上を目指す。それがアマだと思う」と語る下部リーグ関係者の声を示している。
沿革 1999年・第1回 旧JFLに代わる新たなアマチュアの全国リーグとして9チームで開始 2000年・第2回 参加チームが増加（9チーム→12チーム） リーグ戦が3回戦総当りから2回戦総当りへ変更 2001年・第3回 参加チームが増加（12チーム→16チーム） 延長Vゴールの廃止 2002年・第4回 参加チームが増加（16チーム→18チーム） この年のみリーグ戦が2回戦総当りから1回戦総当りへ変更（2002 FIFAワールドカップ開催による臨時措置） JFL・地域リーグ間での入れ替え制度を導入 2003年・第5回 参加チームが減少（18チーム→16チーム） 2006年・第8回 参加チームが増加（16チーム→18チーム） 2010年・第12回 3月、一般社団法人日本フットボールリーグを設立 2011年・第13回 12月、日本トップリーグ連携機構に加盟 2012年・第14回 J2・JFL間での入れ替え制度（J2・JFL入れ替え戦）を導入 シーズン前にアルテ高崎がJFL退会を発表。この影響により、この年のみ参加チーム数が減少（18チーム→17チーム） 2013年・第15回 翌年のJ3発足に伴い以降2シーズンは自動昇格（通常より増枠）のみ実施。 2014年・第16回 参加チームが減少（18チーム→14チーム）。 J3発足に伴い、J2・JFL間での入れ替え制度（J2・JFL入れ替え戦）を廃止 2ステージ制を復活。前後期それぞれの1位チームによるチャンピオンシップを新設（試合方式参照） 2015年・第17回 参加チームが増加（14チーム→16チーム）。以降原則16チーム体制となる。 2016年・第18回 10月、北海道帯広市にてJFLフェスタin帯広を開催 2019年・第21回 1ステージ制へ移行お知らせ「2019年度以降のシーズン大会方式について」 - 日本フットボールリーグ、2018年7月5日。 2020年・第22回 この年のみリーグ戦が2回戦総当りから1回戦総当りへ変更（新型コロナウイルスの影響による臨時措置） 2021年・第23回 新型コロナウイルスの影響によりこの年のみ参加チームが増加（16チーム→17チーム） 2023年・第25回 J3・JFL間での入れ替え制度（J3・JFL入れ替え戦）を導入 シーズン前にFC神楽しまねがJFL退会を発表。この影響により、この年のみ参加チーム数が減少（16チーム→15チーム） 2026年前期・特別大会 8月開幕・翌年5月閉幕の「秋春制」への移行に伴い特別大会2026JFL CUPを開催。 2026/27年・第28回 「秋春制」に移行。
所属クラブ 2026/27シーズンの所属クラブ 以下の参加クラブの並び順は、JFL公式サイトの記載順（前年シーズンの成績上位順）である。 「主たるホームスタジアム」は前年シーズンで最も多くホームゲームを開催したスタジアムを記す。 枠内が色は2025年9月25日にJリーグクラブライセンスが交付されたクラブ。 Jリーグ百年構想クラブは2023年の規約改正によりJ3クラブライセンスの申請において必須ではなくなった。 J参入意思欄のうち、「◎」は前年Jリーグクラブライセンス交付クラブであることを示す。また、「〇」はJ3クラブライセンスの申請を行った、あるいはJリーグ百年構想クラブ認定および将来的にJリーグへの参入を表明しているクラブである（参考としてJリーグ準加盟クラブ#2013年度の項参照）。 呼称と登録チーム名が同一のクラブについては呼称のみ記載する。 地域登録チーム名（呼称）都道府県（主たるホームスタジアム）在籍年度備考J参入意思出典東海本田技研工業フットボールクラブ（Honda FC）Honda FC静岡県（Honda都田サッカー場）1999-2001年までは「本田技研工業サッカー部」 アスルクラロ沼津Azul Claro Numazu静岡県（愛鷹広域公園多目的競技場）2014-20162026- ◎関東ブリオベッカ浦安・市川Briobecca Urayasu Ichikawa千葉県（柏の葉公園総合競技場）2016-20172023-2024年までは「ブリオベッカ浦安」 〇関西FC TIAMO枚方（FCティアモ枚方）FC TIAMO Hirakata大阪府（たまゆら陸上競技場）2021- 〇東北ラインメール青森FC（ラインメール青森）ReinMeer Aomori青森県2016-◎九州ヴェルスパ大分Verspah Oita大分県（クラサスサッカー・ラグビー場）2012-2012年は「HOYO AC ELAN大分」2013年は「HOYO大分」◎東海ヴィアティン三重Veertien Mie三重県（BASICスタジアム東員）2017-◎九州沖縄SVOkinawa SV沖縄県（沖縄県総合運動公園陸上競技場）2023- 〇東北いわてグルージャ盛岡Iwate Grulla Morioka岩手県（いわぎんスタジアム）2025- ◎九州ミネベアミツミフットボールクラブ（ミネベアミツミFC）Minebea Mitsumi FC宮崎県（宮崎市生目の杜運動公園陸上競技場）2005-20062009-2022年までは「ホンダロックSC」 東海マルヤス工業フットボールクラブ（FCマルヤス岡崎）FC Maruyasu Okazaki愛知県（マルヤス岡崎龍北スタジアム）2014- 関東Criacao Shinjuku（クリアソン新宿）Criacao Shinjuku東京都2022- ◎横浜スポーツ&カルチャークラブ（Y.S.C.C.横浜）Y.S.C.C. Yokohama神奈川県（ニッパツ三ツ沢球技場）2012-2013<br/ >2025- 2012-2013年の呼称は「Y.S.C.C.」〇横河武蔵野フットボールクラブ（横河武蔵野FC）Yokogawa Musashino FC東京都（武蔵野市立武蔵野陸上競技場）1999-2002年までは「横河電機サッカー部」2003年-2015年は「横河武蔵野FC」2016年-2020年は「東京武蔵野シティFC」2021年-2023年は「東京武蔵野ユナイテッドFC」 九州ジェイリースフットボールクラブ（ジェイリースFC）J-Lease FC大分県（ジェイリーススタジアム）2026- 関東VONDS市原FC（ボンズ市原）VONDS Ichihara千葉県（ゼットエーオリプリスタジアム） 2026- 〇
過去に所属していたクラブ 呼称（登録チーム名）は最終参加年度のデータ
Jリーグ入会による退会 呼称（登録チーム名）地域（県）在籍年度備考J2への参入に伴う退会水戸ホーリーホック（フットボールクラブ水戸ホーリーホック）関東（茨城）1999横浜FC関東（神奈川）1999-2000大塚製薬サッカー部四国（徳島）1999-2004J2入会時に名称変更（徳島ヴォルティス）ザスパ草津（株式会社草津温泉フットボールクラブ）関東（群馬）2004現：ザスパ群馬愛媛FC四国（愛媛）2001-2005ロッソ熊本九州（熊本）2006-2007J2入会時に名称変更（ロアッソ熊本）FC岐阜東海（岐阜）2007栃木SC（栃木サッカークラブ）関東（栃木）2000-2008カターレ富山北信越（富山）2008ファジアーノ岡山（ファジアーノ岡山フットボールクラブ）中国（岡山）2008ニューウェーブ北九州九州（福岡）2008-2009J2入会時に名称変更（ギラヴァンツ北九州）ガイナーレ鳥取中国（鳥取）2001-20102006年まではSC鳥取松本山雅FC（松本山雅フットボールクラブ）北信越（長野）2010-2011V・ファーレン長崎九州（長崎）2009-2012カマタマーレ讃岐四国（香川）2011-2013J3への参入に伴う退会AC長野パルセイロ北信越（長野）2011-2013SC相模原関東（神奈川）2013FC町田ゼルビア関東（東京）2009-201120132012年はJ2に所属ツエーゲン金沢北信越（石川）2010-2013ブラウブリッツ秋田東北（秋田）2007-20132009年まではTDKサッカー部FC琉球九州（沖縄）2006-2013藤枝MYFC東海（静岡）2012-2013福島ユナイテッドFC（福島ユナイテッドフットボールクラブ）東北（福島）2013レノファ山口FC中国（山口）2014鹿児島ユナイテッドFC九州（鹿児島）2014-20152013年に「FC KAGOSHIMA」より名称変更ヴォルカ鹿児島との合併によるヴァンラーレ八戸（ヴァンラーレ八戸フットボールクラブ）東北（青森）2014-2018FC今治四国（愛媛）2017-2019テゲバジャーロ宮崎九州（宮崎）2018-2020いわきFC東北（福島）2020-2021奈良クラブ関西（奈良）2015-2022FC大阪関西（大阪）2015-20222021年は「F.C.大阪」栃木シティ（栃木シティフットボールクラブ）関東（栃木）2010-201720242010年-2017年は「栃木ウーヴァFC」高知ユナイテッドSC（高知ユナイテッドスポーツクラブ）四国（高知）2020-2024レイラック滋賀（レイラック滋賀FC）関西（滋賀）2008-20252008年-2011年は「MIOびわこ草津」2012年-2022年は「MIOびわこ滋賀」
地域リーグ等への降格 呼称（登録チーム名）地域（県）在籍年度備考静岡産業大学（静岡産業大学サッカー部）大学（静岡）2000-2002アルエット熊本（アルエット熊本フットボールクラブ）九州（熊本）2001-20022001年はNTT西日本熊本2005年に参加権利をロッソ熊本に譲渡プロフェソール宮崎（プロフェソール宮崎FC）九州（宮崎）20022010年解散FC京都1993（FC京都BAMB1993）関西（京都）2000-20032001年まではFC KYOKEN京都2010年にアミティエSCと統合流通経済大学FC（流通経済大学フットボールクラブ）関東（茨城）2005-20102009年までは流通経済大学サッカー部流経大ドラゴンズ龍ケ崎とは別チームコバルトーレ女川（Cobaltore女川）東北（宮城）2018流経大ドラゴンズ龍ケ崎（流通経済大学ドラゴンズ龍ケ崎）関東（茨城）2015-20192015年に「クラブ・ドラゴンズ」から名称変更流通経済大学FCとは別チームFC刈谷東海（愛知）1999-200920212005年まではデンソーサッカー部飛鳥FC関西（奈良）2025アトレチコ鈴鹿（アトレチコ鈴鹿クラブ）東海（三重）2019-20252019年までは鈴鹿アンリミテッドFC2020年-2023年は鈴鹿ポイントゲッターズ
脱退・その他 呼称（登録チーム名）地域（県）在籍年度退会理由備考ジヤトコ（ジヤトコ株式会社サッカー部）東海（静岡）1999-2003活動停止1999年はジャトコ2000-2001年はジヤトコ・TT国士舘大学（国士舘大学サッカー部）大学（東京）1999-2004退会不祥事に伴う活動一時休止翌年以降社会人リーグに参加せず佐川急便東京SC（佐川急便株式会社東京サッカークラブ）関東（東京）2001-2006統合2001年は佐川急便SC佐川急便大阪SCと統合して佐川急便SCに佐川急便大阪SC（佐川急便株式会社大阪サッカークラブ）関西（大阪）2002-2006佐川急便東京SCと統合して佐川急便SCにアローズ北陸（北陸電力サッカー部アローズ北陸）北信越（富山）2000-2007YKK APと統合してカターレ富山にYKK AP（YKK APサッカー部）2001-20072003年まではYKK FCアローズ北陸と統合してカターレ富山に三菱水島FC（三菱自動車水島フットボールクラブ）中国（岡山）2005-2009退会翌年は岡山県リーグに参加ジェフリザーブズ（ジェフユナイテッド市原・千葉リザーブズ）関東（千葉）2006-2011活動停止2006年はジェフ・クラブアルテ高崎関東（群馬）2004-20112004年は群馬FCホリコシ2005年はFCホリコシSAGAWA SHIGA FC関西（滋賀）2007-20122007年は佐川急便SCSP京都FC（SP京都フットボールクラブ）関西（京都）2003-20152013年までは佐川印刷SC2014年は佐川印刷京都ファジアーノ岡山ネクスト中国（岡山）2014-2016FC神楽しまね中国 （島根）2019-2022退会2021年までは「松江シティFC」退会決定後の2023年3月に解散ソニー仙台FC（ソニー仙台フットボールクラブ）東北（宮城）1999-2024活動停止
開催方式 参加条件 参加できるのはJFAの第1種登録チーム（社会人・地域クラブ、大学など）である。。
試合・リーグ形式 試合方式は90分間（前後半各45分）で、勝敗が決しない場合は引き分けとなる。勝ち点は勝利が3点、引き分けは1点、敗戦は0点。
2013年度まで、及び2019年度以降は、リーグ戦は2回戦（ホーム・アンド・アウェー）の総当たりで1チーム34試合を行い、最終的に勝ち点の最も多いチームが優勝となる。勝ち点が同点の場合は「得失点差→総得点→直接対戦の成績→決定戦」の順で決定する。決定戦については主催者が特に必要と認めた場合（自動降格、あるいは入れ替え戦出場チーム決定など）に限って行う。行わない場合、2004年までは抽選で順位を決定していたが2005年からは同順位となった。
2011年度までは後述の天皇杯出場枠の決定などの便宜上、1回戦総当たり（17試合）を前期と後期に分けているが、順位自体は通年で決定しており、実質的に1シーズン制（2回戦総当たり）であった。2012年度も天皇杯出場決定は1回総当り終了時点（第17節）の順位で行う ものの、節数の表示には「前期・後期」を用いなくなり、Jリーグと同じく1年間通しで表示（最終は第34節）となった。
2014年度 - 2018年度（2014年度は参加14チーム、2015年度 - 2018年度は参加16チーム）は2ステージ制で行われた。ファーストステージ（前期）・セカンドステージ（後期）それぞれ1試合総当たりのリーグ戦を行い（2014年シーズンは13試合、2015年 - 2018年は15試合）、前後期を同一チームが優勝した場合はそのまま年間優勝、異なるチームが優勝した場合は、ホームアンドアウェーによるチャンピオンシップ（決勝戦）を行う。年間順位は上位2チームは決勝戦の結果により決定、3位以下（1位が同一チームである場合は全チーム）については、年間を通した2回総当たりの総合成績により決めた。
試合方式については2000年までは90分で決着がつかない場合Vゴール方式の延長戦を行っていた。その際の勝ち点は「90分勝利で3点、延長戦での勝利で2点、引き分けで1点、負けで0点」となっていた。 またリーグ戦については1999年は3回戦総当たり、2002年はFIFAワールドカップ日韓大会の影響で、2020年は新型コロナウイルス感染拡大の影響でそれぞれスケジュールの確保が難しいことから1回戦総当たりとなった。
大学チームの参加 大学チームは旧JFL時代の1998年に国士舘大学サッカー部が試験的に参加しており、このテストの結果を受けて1999年の第1回JFL開幕以後、大学サッカー連盟の推薦を得れば参加できるレギュレーションが定められた。これまでに国士舘大学、静岡産業大学、流通経済大学が参加した。
当初は大学チームは社会人リーグと大学リーグで選手の二重登録（掛け持ち）が認められていたが、2010年の規約改正に伴い二重登録が禁止された。このため、2010年シーズンの流通経済大学は個別のクラブチーム「流通経済大学フットボールクラブ」を編成した上で参加した。また、全国地域サッカーリーグ決勝大会についても、2009年までは大学生チームの参加希望があった場合、全国大学サッカー連盟の推薦が得られれば推薦枠として出場することが可能であったが、2010年の規約改正により推薦出場は不可能となった。
但し、全国大学サッカー連盟に加盟せず、各地の社会人連盟に社会人チーム登録している同好会や控え組による下部チームである場合の参加は容認されており、流通経済大学サッカー部は上記とは別に編成していたドラゴンズ龍ケ崎という同好会チームが2015年から2019年まで加入していた（2020年に関東社会人リーグ1部降格。さらに2024年は同2部降格）
強化費 。
天皇杯のシード権 第15回大会（2013年）までは天皇杯においてJFL所属チームに対する「シード枠」があり、第17節終了時の1位チームは都道府県予選が免除されていた。シード権が獲得できなかったチームは所属する都道府県の予選大会に出場し、天皇杯出場を目指すことになる（2011年は前期第7節から11試合終了時点での上位2チームが予選を免除され、本戦2回戦から参加した）。
2014年の第94回天皇杯からは、シード枠が「前回の天皇杯に出場したアマチュアチームで、最も成績が優秀だったチーム」に置き換わったことから、JFL所属チーム限定のシード枠が一度は消滅した が、2015年度第95回天皇杯全日本サッカー選手権大会 大会形式等の変更について から2019年度第99回まで、アマチュアシードは大学との隔年交替制となっていた。2020年度第100回以降はJFLから前年の成績を基に1チーム選出される。
入れ替え制度 地域リーグとの昇降格 2006年まではJFLのクラブ数拡大などの理由で一定していなかったが、2007年-2012年までは基本的に以下のルールでクラブの昇降格が決められていた。 JFL年間順位の下位2クラブ→地域リーグに自動降格 全国地域リーグ決勝大会（地域決勝）の1位・2位→JFLに自動昇格 JFLの16位と地域決勝の3位がホームアンドアウェー方式の入れ替え戦を行う ただしシーズン終了後のJリーグ参入・クラブ合併・撤退などの理由でJFL内のクラブ数が減少した場合は、自動降格・昇格枠の調整が行われていた。特に2013年はJ3リーグ発足に伴い複数のクラブがJ3に参入したことから、自動降格を行わなかったほか、成績要件以外でも地域リーグ所属のJFL参入希望クラブを審査の上4クラブの参入を認めた（第15回日本フットボールリーグ#地域リーグとの入れ替えを参照）。
2014年から降格クラブが2クラブとなり、入れ替え戦は行われなくなった。JFL・地域リーグ間でのクラブの昇降格は、基本的に以下のルールで行なわれている。 JFL年間順位の下位2チーム→地域リーグに自動降格 全国地域サッカーチャンピオンズリーグ（地域CL/2015年までの全国地域リーグ決勝大会）の1位・2位→JFLに自動昇格 ただし、シーズン終了後のJ3参入・クラブ合併・撤退などの理由でJFL内のクラブ数が減少した場合は以前のように、自動降格・昇格枠の調整が行われる。
2023年より以下のルールに変更。 JFL16位は地域リーグに自動降格。全国地域サッカーチャンピオンズリーグ1位はJFLに自動昇格。 JFL15位と全国地域サッカーチャンピオンズリーグ2位との間でJFL・地域リーグ入れ替え戦を行う。 ただし、2023年シーズンは開始前にFC神楽しまねが退会となり15チームで争われることとなったため、一部レギュレーションを変更した。 全国地域サッカーチャンピオンズリーグ1位はJFLに自動昇格（JFLの年間成績に基づく地域リーグへの自動降格は発生しない） JFL最下位の15位チームと全国地域サッカーチャンピオンズリーグ2位との間で、JFL・地域リーグ入れ替え戦を行う。
2026/27シーズンは以下のルールに戻り、前シーズンまで行われていたJFL・地域入れ替え戦は行わない。 JFL年間順位の下位2チーム→地域リーグに自動降格 全国地域サッカーチャンピオンズリーグの1位・2位→JFLに自動昇格
Jリーグとの入れ替え JFLで成績上位のチームの内、参入要件を満たしたチームが、Jリーグへ参入している。
JFL発足からほとんどの期間では、J2およびJ3のチーム数の増加を優先するため昇格のみが行われており、降格はJ3発足直前の2012-2013年しか行われた実績がなかったが、2023年からはJ3との入れ替えが制度化されることになった。
1999年度 - 2011年度 JFL所属のチームがJリーグに入会するには、下記の条件全てを満たさなければならない（ただし、J2所属のクラブ数が22になるまでの暫定処置）。 Jリーグ準加盟クラブとしての承認を受ける。 Jリーグ側から（設備面、経営面等に関する）審査を受け、それに合格する。 審査については本審査（秋季）の前に予備審査（春季〜夏季）がある。予備審査の段階で本審査基準のクリアが見込めないと判断された場合、本審査を受けられず、シーズン終了後のJリーグ臨時理事会で審議対象となることができない。 JFLリーグ戦で原則として4位以上の成績を残す（2011年についてはJ2が20クラブとなったため、これに加え「準加盟チームの中で上位2クラブ」の条件も満たす必要があった。
また2011年までは、JリーグからJFLへの降格は制度化されていなかった。
2012・2013年度