第20回全日本女子サッカー選手権大会（だい20かいぜんにほんじょしさっかーせんしゅけんたいかい）は、1999年1月4日から1月17日にかけて行われた全日本女子サッカー選手権大会。日本女子サッカーリーグ（L・リーグ）参加10チームを含む20チームが参加した。
この大会をもってL・リーグから4チームが脱退（うち2チームが廃部）することになったが、そのうちのひとつである日興證券ドリームレディースが決勝に進出しプリマハムFCくノ一と対戦。同年の元日に行われた天皇杯全日本サッカー選手権大会での優勝をもって消滅となった横浜フリューゲルスと同様の結果もと思われたが0-1と惜敗し、第10回日本女子サッカーリーグでの優勝との二冠は果たせなかった。また鈴与清水FCラブリーレディースが3年連続の、田崎ペルーレFCが第11回大会以来2回目（母体となった神戸FCレディースを含めると5回目）の3位となった。廃部・脱退になった4チームのうち日興証券ドリームレディース以外はすべて日興証券ドリームレディースに敗退し最後の公式戦を戦ったことになった。
成績 優勝：プリマハムFCくノ一 準優勝：日興證券ドリームレディース 第3位：鈴与清水FCラブリーレディース、田崎ペルーレFC
出場チーム 日本女子サッカーリーグ （第10回L・リーグ総合成績順） 日興證券ドリームレディース 読売西友ベレーザ プリマハムFCくノ一 宝塚バニーズレディースサッカークラブ 鈴与清水FCラブリーレディース 松下電器パナソニック バンビーナ 田崎ペルーレFC シロキFCセレーナ OKI FC Winds フジタサッカークラブ・マーキュリー
北海道地域 札幌リンダ 東北地域 YKK東北女子サッカー部フラッパーズ 関東地域 横須賀シーガルズ 日本体育大学女子サッカー部 北信越地域 富山レディース 東海地域 清水第八スポーツクラブ 関西地域 松下電器パナソニック ラガッツァ
中国地域 スクランブルFCキートス 四国地域 ソシオス･アミーゴ 九州地域 福岡ファーストレディーイレブン
開催方式 試合規定 試合時間 1、2回戦:80分（40分ハーフ） 準々決勝以降:90分（45分ハーフ） 規定時間内に決しない場合は20分（10分ハーフ）の延長戦（Vゴール方式）→決しない場合はPK戦
試合会場 1回戦 防府市陸上競技場（現・周南市陸上競技場） 静岡県営草薙球技場 群馬県立敷島公園サッカー・ラグビー場 七城町運動公園サッカー場 2回戦 防府市陸上競技場 日本平スタジアム 群馬県立敷島公園サッカー・ラグビー場 七城町運動公園サッカー場 準々決勝 広島県総合グランドメインスタジアム 東平尾公園博多の森球技場 準決勝 国立西が丘サッカー場 決勝 国立霞ヶ丘競技場陸上競技場
結果 1回戦
2回戦
準々決勝
準決勝
決勝