艦歴計画 1923年度新補充計画起工 1922年3月11日#海軍制度沿革11-2(1972)pp.1057-1087、昭和3年2月14日(内令43)艦船要目公表範囲。進水 1924年3月24日竣工 1924年8月2日除籍1945年10月15日その後1946年から1947年に解体要目 （竣工時）排水量 基準：5,160英トン公試：7,678トン全長 125.4m全幅 水線幅：16.215m吃水 6.283m機関 ロ号艦本式缶5基パーソンズ式ギアードタービン2基2軸 7,500馬力 速力 16ノット（計画）計画では16ノットだが実際には18ノット近く出たとされる（『海軍艦艇史 3』p270。航続距離 10,400カイリ / 14ノット燃料 石炭：402トン重油：2,047トン『海軍艦艇史 3』の巻末表による。乗員 399名兵装 50口径三年式14cm連装砲2基40口径三年式7.6cm単装高角砲2基航空機 水上偵察機1機（1930年以降）その他 補給用重油：1,900トン 長鯨（ちょうげい/ちゃうげい）は#達大正11年2月 p.6〔 達第二十二號 大正十年度軍備補充費ヲ以テ建造ニ着手スヘキ水雷母艦一隻及特務艦二隻ニ左ノ通命名ス 大正十一年二月十五日 臨時海軍大臣事務管理 内閣總理大臣 子爵 高橋是清 水雷母艦 長鯨チャウゲイ 特務艦 隠戸オンド 特務艦 間宮マミヤ 〕、大日本帝国海軍の潜水母艦。 迅鯨型潜水母艦の2番艦。 艦名は鯨の別称で、徳川幕府が使用した「長鯨丸」に続いて二代目。
概要 軍艦（ぐんかん）長鯨（ちょうげい/ちゃうげい）は、日本海軍が三菱長崎造船所で建造した潜水母艦日本潜水艦物語、230-231頁「迅鯨型(迅鯨、長鯨)」。 廃艦になった八八艦隊主力艦の機関部を流用し（長鯨は加賀型戦艦の土佐より）日本潜水艦物語、234-235頁〔迅鯨型運用〕、1924年（大正13年）8月に水雷母艦として竣工、同年12月に潜水母艦へ類別変更された補助艦艇奮戦記、168-169頁「長鯨(ちょうげい)」。 姉妹艦迅鯨と共に、日本海軍が最初に保有した本格的潜水母艦である日本潜水艦物語、44-45頁日本潜水艦物語、48-51頁「潜水母艦と後方支援」。 昭和時代になると、大型化・高速化した潜水艦に対応できなくなり、1939年（昭和14年）以降は新型潜水母艦の大鯨や剣埼に潜水母艦と潜水戦隊旗艦を譲る日本潜水艦物語、219-221頁「わが潜水母艦の諸特長」。2隻（迅鯨、長鯨）とも練習艦や工作艦になった。 だが大鯨が空母龍鳳に補助艦艇奮戦記、169頁「大鯨(たいげい)」、剣埼が空母祥鳳に改造され補助艦艇奮戦記、169頁「剣埼(つるぎざき)」、迅鯨・長鯨とも再び潜水戦隊旗艦に返り咲いた写真日本の軍艦13巻、112-113頁「潜水母艦(剣埼・大鯨・長鯨・迅鯨・駒橋・韓崎)行動年表 ◆迅鯨◆」写真日本の軍艦13巻、112頁「潜水母艦(剣埼・大鯨・長鯨・迅鯨・駒橋・韓崎)行動年表 ◆長鯨◆」。長鯨は第六艦隊隷下の第二潜水戦隊旗艦となった。
太平洋戦争開戦時の長鯨は、第三艦隊麾下の第六潜水戦隊旗艦であった日本潜水艦物語、46-47頁〔太平洋戦争開戦時潜水戦隊一覧〕。 1942年（昭和17年）4月10日、第六潜水戦隊の解隊にともない長鯨は呉鎮守府部隊に編入され#S1701呉鎮日誌(7) p.4〔 十日 長鯨ヲ練習兼警備艦ト定メラル／第十三驅逐隊ヲ第一海上護衛隊ニ編入セラル／金城山丸ヲ第二海上護衛隊ニ編入セラル／第三十四號、第三十五號哨戒艇ヲ作戰ニ關シ鎭海警備府司令長官ノ指揮ヲ承ケシム 〕、海軍潜水学校の練習艦として瀬戸内海で訓練に従事した#内令昭和17年4月(4) pp.1-2〔 内令第六百四十八號 呉鎭守府豫備艦 軍艦 長鯨 右練習艦兼警備艦ト定メラル／横須賀鎭守府豫備驅逐艦 驅逐艦 朧 右警備驅逐艦ト定メラル 昭和十七年四月十日 海軍大臣 嶋田繁太郎 〕。 サムネイル|潜水母艦長鯨「英霊之碑」 1943年（昭和18年）1月15日、長鯨は第八艦隊麾下の第七潜水戦隊に編入され#第8艦隊日誌(4) p.16〔 軍隊區分ノ変更 〕〔 長鯨、呂一〇一｜(空欄)｜戰時編成改定ニ依リ7SSニ編入 〕(昭和18年1月)、迅鯨より旗艦を継承する補助艦艇奮戦記、168頁「迅鯨(じんげい)」。ラバウルに進出し、同地にあって潜水艦作戦を支援する写真日本の軍艦13巻、108-109頁(ラバウルでの長鯨と呂109潜水艦写真)。11月上旬のラバウル空襲では被害を受けなかった。11月25日、長鯨は内海西部に帰投した。以後の迅鯨型2隻（迅鯨、長鯨）は、瀬戸内海で潜水艦部隊の練習艦として過ごした。長鯨は第十一潜水戦隊旗艦であった。
1944年（昭和19年）になると、迅鯨型も輸送任務に投入された。沖縄方面輸送作戦で迅鯨が沈没したが、姉妹艦喪失後も長鯨は内海西部で訓練に従事した。1945年（昭和20年）6月上旬、舞鶴へ回航される。7月30日、伊根湾で対空戦闘を実施、長鯨は艦橋に直撃弾をうけて損傷、まもなく終戦を迎えた。戦後、長鯨は復員輸送に従事した後、解体された。 現在は京都府与謝郡伊根町にある慈眼寺境内に、当時の住職によって「英霊之碑」という慰霊碑が作られ残っている。
兵装の変遷 航空機は1927年（昭和2年）度に一度搭載し、1930年（昭和5年）度より常時、一四式水上偵察機を1機搭載した。射出機は搭載されず、デリックで水上に降ろして運用していた。1940年（昭和15年）ころには九四式水上偵察機を搭載していたらしい航空機の搭載時期については『写真 日本の軍艦 第13巻』p95から「1927年度に搭載、1930年より再度搭載」とした。『海軍艦艇史3』の巻末表によると「1930年より搭載」、ただし本文中では「昭和3年（1928年）ころには既に搭載」となっている。。
8cm高角砲2基は1940年（昭和15年）ころ25mm機銃連装2基と交換されたとされる。ただし長鯨乗組員によればラバウル進出時も8cm高角砲を装備しており、対空戦闘で幾度も発砲したという。大戦中の機銃増備は明らかでないが、艦橋前に25mm機銃連装1基、艦橋両舷に13mm連装機銃各1基を装備した。艦橋左舷側の13mm連装機銃は公室の真上にあり、発砲すると騒音で部屋にいられなくなった。そこで第七潜水戦隊司令部の意向により銃身は取り外され、銃架は幌で覆われて固縛されていた。 その他、1944年（昭和19年）4月中旬と、1945年（昭和20年）1月下旬に対空兵装を増強、25mm単装機銃10挺を増備していたとされる『写真 日本の軍艦 第13巻』p96による。。また1944年（昭和19年）5月中旬より呉海軍工廠で21号電探を前部マストのトップに装備した。さらに電波探知機も装備していた。 潜水部隊の練習艦であるため、日本海軍の標準的な対潜兵器を一通り装備していた。
艦歴 建造経緯 日露戦争～第一次世界大戦当時の潜水艦（潜水艇）は限定された能力しか持たず、居住空間も含め、常に母艦の支援を必要とした。しかし日本海軍の潜水母艦（潜水艇母艦）や潜水戦隊旗艦は、輸送船や旧式海防艦・巡洋艦改造の艦艇ばかりだった。迅鯨型は日本海軍最初の本格的潜水母艦であり、艦隊に随伴可能な速力と航洋性、特設巡洋艦や駆逐艦程度に対抗可能な戦闘力、旗艦としての通信能力、補給能力、母艦としての居住性能、簡易工作艦能力を併せ持った多用途艦である日本潜水艦物語、231-233頁〔迅鯨型特長〕。また訓練時には仮想敵としてメリーランド級戦艦などと仮定されることもあった。 日本海軍の本格的潜水母艦は大鯨が竣工するまで迅鯨型2隻（迅鯨、長鯨）のみだったが、これは有事には大型貨客船を潜水母艦に充当する予定であり、平時には艦隊訓練用として2隻で充分だったからである日本特設艦船物語、101-103頁「特設潜水母艦」。
長鯨は1920年（大正9年）度の計画（八八艦隊案）により建造が予定されていたが、起工前にワシントン軍縮条約が締結された。それにより計画艦の中で起工前のものの予算は一度見直された。幸い長鯨は計画中止になることなく1923年の大正12年度艦艇補充計画により改めて予算を獲得、建造された。 民間技術者と建造能力維持という観点から、迅鯨型2隻とも三菱長崎造船所での建造になった。この際、軍縮下で建造費を節約するため、八八艦隊主力艦用として製造されていたボイラー（艦本式ロ号混燃罐）を流用している。当初の計画では、長鯨用のボイラーは加賀型戦艦2番艦土佐より四罐、天城型巡洋戦艦4番艦高雄より一罐であった#造機部長会議1(2) pp.7-9〔 新造中止艦ヨリ利用シ得ベキモノ(大正一一.三.一九調) 〕。 長崎三菱造船所における土佐の進水は、1921年（大正10年）12月18日だった〔 ○軍艦進水 長崎三菱造船所ニ於テ建造ノ軍艦土佐昨十八日午前十時三十分進水セリ 〕。この時点での土佐は船体構造のみ完成していた日本戦艦物語(II) 184-185頁(土佐の海没処分は大正14年2月9日であった)。
1922年（大正11年）2月15日、日本海軍は建造予定の水雷母艦を長鯨、特務艦2隻をそれぞれ隠戸と間宮と命名した。 3月11日、長鯨は起工 しかし軍縮条約と土佐ボイラー搭載の関係上、長鯨の工事は遅れはじめる#長鯨製造 pp.11-12〔 母第三六三號 大正十一年十月十六日(宛略)水雷母艦長鯨工事豫定變更願ノ件 拝啓頭書水雷母艦長鯨ノ工事豫定ニ就テハ去ル六月九日付母一二七號弊信ニテ引渡期ヲ契約期日大正十二年十月三十一日トシテ御承認願出仝七月八日附官房第二五五一號ノ二ニテ御承認相蒙居候處軍縮ノ結果ト海運界ノ不振ハ當造船工事ニモ尠ラズ影響ヲ及シ目下ノ處ニテハ可成工事ヲ繰延時期ノ到ルヲ相待ツノ外致外ナキ状態ニ有之候得共母艦壹隻ハ可成早ク引渡御希望ノ趣ニ付本來ナラバ本艦ヲ先キニ御引渡ス可キノ處土佐用罐ヲ流用ノ關係上豫定通リ工事施行致難キヤニ被存候ニ就而ハ迅鯨ノ引渡ヲ大正十二年九月三十日ト致シ本艦工事ハ添付概括表ノ通リ大正十三年一月三十一日引渡ノ事ニ御變更ノ儀特別ノ御詮議ヲ以テ何卒御許可被成下度 右上申仕候 謹言 〕。
1923年（大正12年）9月18日、長鯨は水雷母艦に類別される#達大正12年9月 p.1〔 達第百九十四號 艦艇類別等級表中水雷母艦ノ欄「迅鯨」ノ下ニ「長鯨」ヲ加フ 大正十二年九月十八日 海軍大臣 財部彪 〕。
1924年（大正13年）3月24日、長鯨は進水した#長鯨製造 p.32〔 大正一三年三月二十四日 午前一一-四五長崎發 午后二-二〇中央着 長崎三菱造舩所 海軍大臣 軍艦長鯨二十四日午前十時十分無事進水ス 〕、写真日本の軍艦13巻、101頁(長鯨進水式写真)。 8月2日、長鯨は竣工した#長鯨製造 p.41〔 一三.八.二 午前一一-〇長崎發 后一-三〇海軍省着 長鯨艤装員長 海軍大臣 本日受領軍艦旗ヲ掲揚ス 〕。長鯨艤装員事務所も閉鎖された〔 ○事務所撤去 軍艦長鯨艤装員事務所ヲ長崎三菱造船所内ニ設置中ノ處八月一日撤去ノ豫定 〕。 呉鎮守府籍に編入された。9月8日、第二艦隊・第二潜水戦隊に編入写真日本の軍艦13巻、102頁(長鯨右舷後方の写真)p.37〔 ○郵便物發送先 第二艦隊司令部、金剛比叡、第五戰隊司令部、由良名取長良川内、第二水雷戰隊司令部、北上、第一驅逐隊(波風沼風野風 第一號驅逐艦)、第二驅逐隊(沖風澤風峯風夕風)、第四驅逐隊(太刀風羽風帆風秋風)、第五驅逐隊(三號 五號 七號 九號驅逐艦)、第二潜水戰隊司令部、平戸 長鯨 第二十六潜水隊(五十九 七十二 七十三潜水艦)、第十四潜水隊(四十五 五十八 六十二)及第四十四潜水艦宛(以下略) 〕。 9月12日、長鯨は防護巡洋艦平戸より第二潜水戦隊旗艦を引き継ぐ〔 ○旗艦變更 第二艦隊司令長官ハ本月十二日第二潜水戰隊司令官ノ旗艦ヲ平戸ヨリ長鯨ニ變更セリ 〕。同時期に撮影された、迅鯨と長鯨が並んで停泊する写真が残っている日本潜水艦物語、51頁(大正13年9月、長鯨と迅鯨写真)。飛行機揚収デリックや水上偵察機搭載の有無などの差異があるが、2隻を写真から識別するのは極めて難しい。
太平洋戦争以前 竣工から約4ヵ月が経過した1924年（大正13年）12月、迅鯨型2隻（迅鯨、長鯨）は水雷母艦から潜水母艦に類別変更される。艦隊編入後は中国方面や南洋に進出し活動した。 1935年（昭和10年）に一度練習艦となるが、友鶴事件による復元性能改善対策はこの時期に行われたようである『写真 日本の軍艦 13巻』p95より。。
昭和に入り伊号潜水艦（巡潜型）や海大潜が潜水戦隊の主力となると日本潜水艦物語、78-81頁「世界に冠たる海大潜」、呂号潜水艦の潜水戦隊旗艦・母艦を想定していた迅鯨型では能力不足となった写真日本の軍艦13巻、105頁(長鯨と伊52潜水艦写真)日本潜水艦物語、235-237頁「大鯨」。海大潜の水上速力は20ノットを越えていたのである。 このため潜水戦隊旗艦には5,500トン型巡洋艦（軽巡由良写真日本の軍艦8巻、234-235頁「軽巡洋艦『由良・鬼怒・阿武隈』行動年表 ◆由良◆」、鬼怒、五十鈴など）や新型の潜水戦隊用巡洋艦（大淀型）写真日本の軍艦8巻、207頁「潜水戦隊旗艦としての軽巡」が配備もしくは建造された。 また迅鯨型の艦齢も15年を超え、旧式化が顕著になった。 新鋭潜水母艦の大鯨と剣埼が相次いで竣工すると、1939年（昭和14年）11月より練習艦となった。本型は、航海学校（運用術練習艦）、兵学校、機関学校生徒用の練習艦として重宝される日本潜水艦物語、249-250頁「新計画(昭和十七年立案のマル五計画)の潜水母艦」。また日中戦争では工作艦任務にも従事した。
しかし新鋭潜水母艦3隻（大鯨、剣埼、高崎〈未完成、のちの瑞鳳〉）は有事の際に空母へ改造する予定であり、実際に軽空母に改造されてしまう日本潜水艦物語、239-240頁。新鋭潜水母艦の空母改装により、迅鯨型2隻（迅鯨、長鯨）は翌年11月から再び潜水戦隊旗艦に戻る。日本海軍は、事前の予定どおり大型貨客船を徴傭して特設潜水母艦とした。
1940年（昭和15年）10月11日、迅鯨型の2隻は横浜港沖で行われた紀元二千六百年特別観艦式に参加した『紀元二千六百年祝典記録・第六冊』、369頁。11月15日、日本海軍は主力潜水艦を中核とする第六艦隊（司令長官平田昇中将、旗艦香取）を編制する。長鯨は、第六艦隊隷下の第二潜水戦隊旗艦となった。
1941年（昭和16年）1月中旬以降、連合艦隊と第六艦隊は合同で訓練を実施することになった。この時、潜水艦の戦時行動能力を検討するため、臨時部隊が編成された。第二潜水戦隊司令官山崎重暉大佐（旗艦：伊号第七潜水艦）を指揮官とし、第7潜水隊（伊1、伊2、伊3）、第12潜水隊（伊68、伊69、伊70）と潜水母艦長鯨で編成された部隊は、南洋諸島配備の第四艦隊（旗艦鹿島）を敵艦隊に想定した。 横須賀隊（伊7、第7潜水隊）は2月23日内地出撃、呉隊（長鯨、第12潜水隊）は3月10日呉を出撃、トラック諸島近海で合同する。臨時部隊は、トラック泊地～サイパン～小笠原諸島まで進出する第四艦隊に対し、反復攻撃を実施した。連合演習終了後、各艦は4月23日に横須賀へ帰投した。
同年4月20日、日本海軍は第六潜水戦隊司令部の準備事務を長鯨において開始した〔 ○事務開始 第六潜水戰隊司令部準備事務ヲ四月二十日軍艦長鯨ニ於テ開始ス｜○執務場變更 第一潜水戰隊司令部準備事務ハ四月二十五日以後さんとす丸ニ於テ行フ 〕。5月1日、長鯨は新編の第六潜水戦隊旗艦となった〔 ○代将旗掲揚 第六潜水戰隊司令官ハ五月一日将旗ヲ長鯨ニ掲揚セリ 〕。第三艦隊隷下の第六潜水戦隊所属のまま、太平洋戦争に突入した。
太平洋戦争前期 1941年（昭和16年）12月8日の開戦時、長鯨は引き続き第三艦隊麾下の第六潜水戦隊（司令官河野千萬少将）旗艦であった。 第六潜水戦隊はカムラン湾に進出する。第六潜水戦隊の一部兵力（長鯨、伊123、伊124）は比島部隊潜水部隊として、フィリピン攻略（比島作戦）や蘭印攻略（蘭印作戦）を支援した。当時の長鯨は艦首部分に白波を描き、艦側面には魚雷発射管を描くなど、迷彩を施していた写真日本の軍艦13巻、109頁(昭和17年1月、ダバオでの長鯨写真)。
長鯨はミンダナオ島のダバオ（比島作戦時）やスラウェシ島スターリング湾（蘭印作戦時）等に停泊し、潜水艦作戦を支援した。
1942年（昭和17年）3月10日、第四潜水戦隊（旗艦鬼怒）の解隊にともない、鬼怒は第十六戦隊へ写真日本の軍艦8巻、235-236頁「軽巡洋艦『由良・鬼怒・阿武隈』行動年表 ◆鬼怒◆」、第18潜水隊は呉鎮部隊へ、第19潜水隊は第五潜水戦隊へ、第21潜水隊は第六潜水戦隊に編入される。この時点での第六潜水戦隊は、母艦長鯨、第13潜水隊（伊121、伊122、伊123）、第21潜水隊（呂33、呂34）であった。 4月1日、長鯨は佐世保に帰投した。その後、呉に移動した#S1701呉鎮日誌(8) pp.1-3〔 四.参考(ｲ)部下艦船(特設ヲ含ム)ノ行動 〕(昭和17年4月)。 4月10日、日本海軍は第二段作戦に対応して戦時編制の改訂を実施する。これにともない第六潜水戦隊は解隊された。長鯨は予備艦となる。呉鎮守府（司令長官豊田副武大将）部隊に編入され、練習艦兼警備艦に指定される#S1701呉鎮日誌(8) p.19(昭和17年4月10日項)〔 一、長鯨ヲ練習艦兼警備艦ト定メラル(以下略) 〕。以後、海軍潜水学校練習艦として訓練に従事した。
8月31日、日本海軍は戦時編制の改訂により伊34・伊35・さんとす丸で呉潜水戦隊を編成し、呉鎮守府部隊に編入した。同部隊は新造潜水艦の訓練と練成を主任務としていた。 12月15日、呂号第百潜水艦は呉潜水戦隊から第八艦隊麾下の第七潜水戦隊に編入される。呂百型潜水艦の配備にともない、酸素魚雷の調整設備をもった長鯨の第七潜水戦隊編入がきまった。
太平洋戦争中期 1943年（昭和18年）1月上旬、第七潜水戦隊旗艦の迅鯨が内海西部に帰投した#S1712呉防戦(3) p.14〔 一二｜瑞鶴、鈴谷、天霧、有明、夕暮、迅鯨、伊良湖｜ ｜ ｜入泊｜〕。 1月15日、長鯨は呉鎮守府部隊より除かれ#S1801呉鎮日誌(1) p.5〔 (ハ)任務、編制、配備 〕〔 十五日(一)直率部隊ヨリ長鯨(第七潜水戰隊ニ編入)及第六潜水隊(横鎭部隊ニ編入)ヲ除キ迅鯨及呂號第三一潜水艦ヲ加フ 〕、第八艦隊（司令長官三川軍一中将、参謀長大西新蔵少将、参謀神重徳大佐ほか）麾下の第七潜水戦隊旗艦となる。それまでの七潜戦旗艦だった迅鯨が、交代で呉鎮守部隊に編入された。 1月19日、長鯨（第七潜水戦隊司令官座乗）は内海西部を出発する高松宮日記5巻、466頁〔 (1943年1月8日記事)○第七潜水戦隊(一六-一九〇七)一、「長鯨」一-一九呉出撃、二十六日トラック着予定。／二、呂101潜ハ「横」ニテ主機械クラッチ関連工事改造実施後、速ニトラックニ進出セヨ。 〕（翌日、佐伯を出航）#S1712呉防戦(3) pp.56-57〔 (宛略)呉防戰機密第一八二〇三五五六番電 電令作第一〇號 〕。1月26日、トラックに到着した。丁潜水部隊（第七潜水戦隊基幹）は先遣部隊指揮官（第六艦隊司令長官、旗艦香取）の直率から除かれた。 2月11日にトラック泊地を出航した長鯨は、同月14日にニューブリテン島のラバウルへ進出する。以降、同方面の潜水艦作戦を支援した。
2月27日、第七潜水戦隊（兵力部署は先遣部隊丁潜水部隊）は南東方面艦隊（司令長官草鹿任一中将）に編入され、南東潜水部隊となった。 呂百型潜水艦の就役と編入により、3月15日時点での第七潜水戦隊は母艦（長鯨）、第13潜水隊の7隻、伊122となる。東部ニューギニア方面への輸送任務も南東潜水部隊指揮官（第七潜水戦隊司令官）の担当となり、七潜戦所属艦と増援潜水艦はソロモン諸島や東部ニューギニア方面に展開、輸送任務や敵艦隊攻撃（増援遮断作戦）に従事した。
6月末以降、連合軍はニュージョージア諸島に来攻、ニュージョージア島の戦い（6月下旬～8月下旬）並びにブーゲンビル島の戦い（10月下旬以降）がはじまる。南東方面潜水部隊（指揮官、第七潜水戦隊司令官、旗艦長鯨）は各地への輸送任務や邀撃作戦に投入されるが、損傷艦や沈没艦が続出する。
11月5日、シャーマン提督が率いる空母サラトガとプリンストンを基幹とする第38任務部隊は、ラバウルに空襲を敢行する。 ラバウル在泊中の遊撃部隊（指揮官栗田健男第二艦隊司令長官）の重巡洋艦部隊は大損害を受けた。特に重巡摩耶（第四戦隊）の被害は深刻で、栗田艦隊は摩耶をラバウルに残してトラック泊地に撤退した。 11月10日、アメリカ軍は第38任務部隊と、モントゴメリー提督が率いる第50任務部隊により、再びラバウル空襲を敢行した。 日本側は、駆逐艦涼波沈没、軽巡阿賀野損傷、駆逐艦長波大破などの損害を受ける。南東方面部隊指揮官草鹿任一中将（南東方面艦隊司令長官）は損傷艦と遊撃部隊のトラック泊地回航を命じた。 11日、摩耶と長鯨は、第二水雷戦隊と第十戦隊の各艦（二水戦〈能代、五月雨、早波、藤波〉、十戦隊〈風雲、若月〉）に護衛され、ラバウルを出発した#S1806二水戦日誌(6) p.49〔 11日将旗2sd/艦N1702/直衛配備ヲ左ノ通定ム 能代ノ左右70度摩耶ノ左右90度長鯨ノ180度距離2粁前方ヨリ右側若月風雲、左側早波藤波、後方五月雨 〕。 途中、先行してラバウルを出発した軽巡阿賀野と駆逐艦浦風のうち、阿賀野が米潜水艦スキャンプの雷撃で大破したので、能代と32駆（藤波、早波）は阿賀野の救援にまわった。14日、護衛艦艇および摩耶と長鯨はトラック泊地に到着した。 この後、連合軍のニューブリテン島西部攻勢によりダンピール海峡は制圧され、南東方面における日本軍の敗北は決定的となった。
トラック到着後、長鯨艦長は練習巡洋艦鹿島および特設巡洋艦護国丸を指揮し、内地へ帰投することになった#S1808護国丸(4) p.22〔 長鯨艦長(宛略)長鯨機密第一八〇四〇〇番電発長鯨艦長 長鯨 鹿島 護國丸 若月 呉ニ向ケ「トラツク」発 〕#S1808護国丸(4) p.10〔 一八(天候略)〇三五六出港用意(長鯨鹿島若月)山雲ハ礁外二〇〇浬迄本船団護衛ニ任ズ 〕。 11月18日、3隻（長鯨、鹿島、護国丸）は第十戦隊所属の駆逐艦若月（第61駆逐隊）と駆逐艦山雲（第4駆逐隊）に護衛され、トラック泊地を出発する。 19日朝 p.12(昭和18年11月)〔 19｜0640｜山雲ハ「トラック」ノNE150′ニテ(潜水艦)×1発見砲撃｜南洋 4dg｜(潜水艦)×1撃沈 〕、艦隊を追跡していた米潜水艦スカルピンを山雲が発見し、撃沈する。山雲はスカルピンの生存者41名を救助した。山雲はトラック泊地に戻っていった昭和18年11月、経過概要(護衛対潜) p.6（昭和18年-11月19日）、#S1808護国丸(4) p.10〔 一九(天候略)〇六〇〇山雲護衛ヲ止メ解列(以下略) 〕。 25日朝、横須賀へむかう若月と分離したのち#S1808護国丸(4) pp.11-12〔 二五(天候略)〇七五〇若月解列横須賀ニ向フ警戒航行止ム(略)〇八一七豊後水道西水道ニ入ル/一六一一入港用意 〕、内海西部に帰投した。 11月29日、長鯨は第七潜水戦隊より除かれる。第十一潜水戦隊の旗艦となり、瀬戸内海で訓練に従事する#S1812十一潜戦(1) pp.6-8〔 十二月中麾下艦船行動表 〕(昭和18年12月)。先遣部隊（指揮官第六艦隊司令長官）の兵力部署においては、第十一潜水部隊である#S1812十一潜戦(5) p.29〔 (イ)所定ノ新造潜水艦訓練並ニ戰備作業ヲ實施スルト共ニ先遣部隊兵力部署ニ依ル第十一潜水部隊トシテ内海方面(一部所属軍港)ニ在ル潜水艦ノ戰備並ニ戰力錬成ニ從事シツヽ所在海面ノ防備並ニ対潜警戒ニ任ジタリ／尚出動訓練中ハ極力他部隊ト聯合訓練ヲ實施セリ此ノ間伊號第十三潜水艦ハ官房軍機密第一三七八號訓令實験、伊號第四百潜水艦ハ官房軍機密第一四二一號訓令實験ニ從事セリ 〕。 12月1日、潜水艦乗組員急速養成のため、呉潜水戦隊が再編された。呉潜水戦隊の旗艦は迅鯨となった#S1812呉潜水戦隊(1) p.4〔 經過(イ).十二月一日迅鯨、第十八潜水隊、第十九潜水隊、第三十三潜水隊、及呂號第五百潜水艦ヲ以テ呉潜水戰隊ヲ編成セラレ迅鯨ニ将旗ヲ掲揚ス 〕。また鹿島も呉練習戦隊旗艦となった。
太平洋戦争終盤 1944年（昭和19年）4月18日より長鯨は呉海軍工廠に入渠し、25mm機銃を増備して27日に出渠した。 7月28日、大本営海軍部（軍令部）は大海指第438号#S1812十一潜戦(4) p.4〔 (二) 八月一日附大海指第四三八號ニ依リ長鯨ハ佐世保鎮守府司令長官ノ指揮ヲ承ケ南西諸島方面ニ対スル作戰輸送ニ八雲ハ當隊訓練作業ニ夫〃從事ス 〕により連合艦隊と呉鎮守府から軍艦4隻（長良、長鯨、鹿島、迅鯨）を佐世保鎮守府の麾下に加え、第二航空艦隊（司令長官福留繁中将）の南西諸島方面物資輸送を命じた。これにより、迅鯨型（迅鯨、長鯨）は沖縄方面への輸送任務に就くこととなった。長鯨が輸送任務に従事中#S1812十一潜戦(4) pp.5-7〔 八月中麾下艦船行動表 〕(昭和19年8月)、第十一潜水戦隊には一等巡洋艦八雲が編入され#S1812十一潜戦(3) pp.46-47(6F機密第301432番電)、潜水戦隊旗艦となった。 同作戦実施中の8月7日、米潜水艦クローカーの雷撃で甑島列島近海を航行中の軽巡長良が沈没した。九州近海での長良沈没という事態に、作戦の前途が危ぶまれた。
第四海上護衛隊より駆潜艇と駆逐艦海威が迅鯨型2隻の護衛についた。迅鯨型2隻は特殊潜航艇甲標的を曳航した。海軍陸戦隊や甲標的を搭載して8月11日に輸送部隊は佐世保を出撃、沖縄到着後の長鯨は疎開婦女子や遭難陸兵など約800名をのせて鹿児島経由で佐世保にもどった。以後、迅鯨型2隻は第二回沖縄輸送（8月22日～28日）、第三回沖縄輸送（9月6日～11日）に成功した。 9月18日、迅鯨型2隻は第四回沖縄輸送を開始する。9月19日、迅鯨は米潜水艦（スキャバードフィッシュ）の雷撃で大破し、駆逐艦海威により沖縄本島に曳航された。その後、10月10日に十・十空襲に遭遇し、迅鯨と海威は沈没した。 同時期の長鯨は原隊の第11潜水戦隊に復帰しており#S1812十一潜戦(4) p.35〔 九月二十九日GF｜(宛略)｜GF機密第二九一一〇三〇番電 GF電令作第四三八號 長鯨ヲ第十一潜水戰隊ニ復帰セシメ長鯨呉着ノ日ヲ以テ第十一潜水戰隊司令官ノ呉練習戰隊ノ一艦ニ対スル指揮ヲ解キ同艦ヲ原隊ニ復帰セシム 〕、同部隊戦時日誌 p.45〔 十月五日 司令官｜11SS｜機密11SS日令第二四號 本職十月六日将旗ヲ長鯨ニ復帰ス 以下省略 〕、瀬戸内海において伊号第四十七潜水艦や伊号第五十八潜水艦などの新造潜水艦と共に訓練を実施した#S1812十一潜戦(4) pp.43-44〔 十月中麾下艦船行動表 〕(昭和19年10月分)#S1812十一潜戦(4) p.48〔 十月六日 (司令官)11SS｜(宛略)S｜11SS機密第〇六一一〇〇番電 九月二十九日将旗ヲ一時伊五八潜ニ移揚 本日長鯨ニ復帰セリ｜無電 〕#S1812十一潜戦(5) p.4〔 十一月麾下艦船行動表 〕(昭和19年11月分)。
12月19日、特殊水上攻撃機晴嵐を搭載できる伊号第十三潜水艦が第十一潜水部隊（旗艦長鯨）に編入された#S1812十一潜戦(5) p.24〔 EB｜(宛略)｜EB機密第一九一〇一四番電 EB電令作第三四號 伊號第一三潜水艦ヲ第十一潜水部隊ニ編入ス｜同 〕#S1812十一潜戦(5) p.16〔 (ホ)伊一三潜十九日附第十一潜水部隊ニ編入、三十日附同部隊ヨリ除カレ三十一日附伊四〇〇潜ト共ニ第一潜水隊トシテ第十一潜水部隊ニ編入セラル 〕。 12月30日、日本海軍は伊十三と伊号第四百潜水艦により第一潜水隊を編制した。翌31日、第一潜水隊は第十一潜水部隊に編入された。長鯨麾下の各隊・各艦は瀬戸内海で訓練に従事した#S1812十一潜戦(5) p.17〔 十二月麾下艦船行動表 〕(昭和19年12月分)。
1945年（昭和20年）1月中旬、長鯨は呉海軍工廠で25mm単装機銃を装備した。