『ファイナルファンタジーII』（ファイナルファンタジーツー、FINAL FANTASY II、略称: FFII、FF2、ファイファンIIなど）は、1988年12月17日に日本のスクウェアから発売されたファミリーコンピュータ用コンピュータRPG。ファイナルファンタジーシリーズの第2作目。
概要 開発はスクウェア企画部が行い、開発スタッフは前作から引き続きプロデューサーは宮本雅史、ディレクターは坂口博信、ゲーム・プログラミングはナーシャ・ジベリ、ゲーム・デザインは田中弘道、河津秋敏、石井浩一、シナリオは寺田憲史と河津、音楽は植松伸夫、キャラクター・デザインは天野喜孝が担当している。
主人公のフリオニール他3名を操作し、パラメキア帝国の皇帝を倒して奪われたフィン王国およびカシュオーン王国、ディスト王国を取り戻す事を目的としたゲーム。それまでのロールプレイングゲームで一般的であった経験値によるレベルアップの概念とは異なる独自の成長システムや、武器や魔法の熟練度のシステムを新たに導入している。
本作は初出のファミコン版だけでなく、他ハードへの移植・リメイクが幾度となく行われている。ワンダースワンカラー（WSC）移植版以降はグラフィックが大幅に刷新されており、タイトルロゴも『FFIV』以降の字体にパラメキア皇帝が描かれたものに変更されている。PlayStation（PS）版・ゲームボーイアドバンス（GBA）版では音楽も大幅にアレンジされている。また、PlayStation Portable（PSP）版では20周年記念作品としてさらに改良が加えられている。
ファミコン版の販売本数は日本国内で約76万本となった。また、ゲーム誌『ファミコン通信』の「クロスレビュー」にて、ファミコン版はプラチナ殿堂入り、WSC版はシルバー殿堂入りを獲得した。その他、ファミコン版はゲーム誌『ファミリーコンピュータMagazine』の「ゲーム通信簿」の「ロムカセット部門別BEST5」にて音楽5位、熱中度5位、オリジナリティ3位、お買い得度4位、総合評価5位を獲得した。
なお、ファミコン版は北米向けのものも開発されサンプルROMまで作られていたが、発売には至っていない。1991年にSNES用ソフトとして『FINAL FANTASY II』が発売されているが、これは日本の『ファイナルファンタジーII』ではなく『ファイナルファンタジーIV』の翻訳版にあたる。詳細は「ファイナルファンタジーIV#日本国外向け版」を参照。
ゲーム内容 キャラクター成長システム 本作は一般的なRPGに見られるキャラクターレベルやクラスの概念を持たず、戦闘中の行動や受けたダメージなどによって能力が少しずつ成長する。各キャラクターの初期能力値には差異もあるが、戦闘中に「たたかう」を主に選択していけば戦士タイプとなり、「まほう」を主に選択していけば魔法使いタイプのステータスになるように自然と成長していく仕組みとなっている。また、武器や魔法は全ての種類を全ての仲間キャラに自由に装備させることが可能で、同じ種類の武器・魔法を使い続けることで、それぞれのレベル（熟練度）が上がり、効果が増していく。
これは発売当時、家庭用ゲーム機のRPGでは他に類を見ない非常に珍しいシステムであり、キャラクターをプレイヤー好みに成長させられる自由度の高さもセールスポイントであった。しかし、斬新であるがゆえにバグや直感的でない仕様も多く、例としては、裏技による一時的なパワーアップが長期的にはプレイヤーを不利にさせること、高価な防具が重量などでかえって不利になることなどもあり、「難解」「マニア向け」といった評価も一部にない訳でもなかった。ただし売り上げの面からいえば前作から順当に販売本数を伸ばしており、システム上の後継作『魔界塔士Sa・Ga』がスクウェア初のミリオンセラーを達成するなど、RPGとしてのメインストリームにこそならなかったものの、自由育成システムの雛形として市場に少なくない足跡を残した。
このシステムは以後のファイナルファンタジーシリーズには直接継承されてはいないが、「キャラクター能力の自由なカスタマイズ」という思想は後のシリーズにも形を変えながら受け継がれており、同シリーズの根底的なシステムとして存在し続けている。また、レベルの概念を持たないその独自の成長システムは、本作のメインスタッフの1人であった河津秋敏が後に制作することになるサガシリーズへと直接的に継承されている。
ステータスの成長 戦闘終了後、キャラクターがその戦闘中に取った行動に応じステータスが時折上昇することがある。他のRPGにおける「経験値による画一的なレベルアップ」を能力値ごとに細分化したようなもので、これを積み重ねてキャラクターを成長させていくのである。ただし「上昇することがある」というだけで、必ずしも意図したとおりになるわけではない。
（）内はそのステータスが戦闘後に上昇しやすくなる行動・要素を示している。一度の戦闘でそれぞれの行動を選んだ回数や幅が大きいほど上がりやすくなる。
HPの最大値（戦闘開始時よりHPが減るピクセルリマスター版では受けたダメージを回復して戦闘終了しても上昇する。） MPの最大値（戦闘開始時よりMPが減る） 体力＝HP最大値増加時の上がり幅、魔法防御（戦闘開始時よりHPが減る） 魔力＝MP最大値増加時の上がり幅、魔法防御（戦闘開始時よりMPが減る） 力（「たたかう」を選択する） 知性＝黒魔法の威力・成功率の高さ（黒魔法を使う） 精神＝白魔法の威力・成功率の高さ（白魔法を使う） 素早さ＝回避率の基本値。行動順は回避率で決まるため、それに間接的に影響する（回避率が高いと自然に上昇する。説明書等にある「敵から攻撃対象にされる」は誤り） 回避回数＝敵の攻撃を回避する判定回数（敵から攻撃対象にされる。攻撃を受ける必要はない） 回避率＝回避判定ごとの回避成功率、行動の早さ、逃走成功率、先制攻撃成功率。素早さや盾レベル(後述)、防具の重さで決まる。 魔法防御回数＝実際は魔法回避の判定回数（敵の魔法・特殊攻撃の対象にされる。攻撃を受ける必要はない） 魔法防御率＝魔法回避判定ごとに魔法や特殊攻撃を防いだり半減したりする確率。体力と魔力の平均値に防具の性能を足したもの。 ステータス画面上では、上述においての回避回数と回避率を乗じたものを「かいひりつ…（回避回数値）-（回避率値）%」、同様に魔法防御回数と魔法防御率を乗じたものを「まほうぼうぎょ…（魔法防御回数値）-（魔法防御率値）%」と表示している。
なお、各ステータスの最大値は以下の通りである。
HP/MP＝9999/999 見た目の限界値。ファミコン版のみ、この2つのステータスはそれぞれ65535/65535まで上昇させることが可能である。しかし10000/1000以上にした際には、「99あ0」「99い9」などのように表示がおかしくなる。また、65535以上にステータスを上昇させると、オーバーフローを起こして0に戻ってしまうという現象が発生する。 力・素早さ・体力・知性・精神・魔力＝99 ファミコン版のみ、装備品による更なる増強が可能（最大109）。その場合はHPやMPと同様に、十の位の表示が「あ」になる。リメイク版では不可。 回避回数・魔法防御回数＝16 回避率・魔法防御率＝99%
特定のステータスを上げると、同時に相対する要素のステータスが下がるということもある（知性が上がると体力が下がる、精神が上がると力が下がるなど）。なお、防御力を示すステータスもあるが、これに関しては完全に防具に依存で、どんなに成長させても何も身にまとっていない状態では0である。
また、本作は「キャラクターがダメージを受けるほどHPが上昇する」というシステムのため、「自分や味方をわざと攻撃してHPを上げる」という裏技が当時の雑誌などに掲載され定着してしまったが、このテクニックの乱用はゲーム後半で逆に難易度を大幅に上昇させる危険性がある。これにより、実際以上に難易度が高いように思われることもあったようである。
武器・盾・魔法の熟練度 武器や盾、魔法には「熟練度」というものが設定されている。攻撃面や防御面の威力・効果に大きく影響していくもので、熟練度が上がっていくごとに目に見えて分かるようになる。熟練度は戦闘中にその手段を実際に使っていくことで伸びていく。
（ ）内はその熟練度を上げていく手段を示している。
武器系統各種の熟練度＝攻撃回数（武器を使った回数。厳密には、その戦闘で「攻撃」行動を何回行ったかを総計し、戦闘終了時に持っていた武器の系統（素手・盾含む）に全て熟練度として加算される）。二刀流にすると、装備した武器の種類の熟練度が均等に上昇する。 盾の熟練度（盾を装備して戦うと熟練度上昇） 黒魔法各種の熟練度（その魔法を使うと熟練度上昇、魔法個々に設定されている） 白魔法各種の熟練度（その魔法を使うと熟練度上昇、魔法個々に設定されている）
これら全ての熟練度は1 - 最大16まで成長する。
防具の重さ 前作『ファイナルファンタジー』と同様に、本作でも「防具の重さ」が設定されており、これは前作以上に重要な要素となっている。金属製の鎧などの重い防具は「回避率」が下がるよう設定されている。
重装備でダメージを防ぐことも重要だが、状態異常追加攻撃を回避できない、行動順が遅れる、素早さの成長が阻害されるなどのリスクが大きい（これに加えて、重い装備の多くは隠しパラメータで魔法の効力が低下するというデメリットもある）ため、装備は軽くした方がほとんどの場合で効果的。軽い上に魔法を阻害せず、付加効果を持つ服・胸当て・髪飾り・指輪などが有効な装備である。
なお、盾は武器と同等の扱いになっており、重さは無く、回避率も上がるため、攻撃力が落ちる、魔法の効果を阻害する（機種によっては阻害しない）というデメリットを鑑みても非常に有用な防具である。盾にも熟練度が設定されており、使い込むごとに効果を増していく（前節を参照）。
魔法 魔法は店や敵、宝箱などから、「ファイアのほん」などのアイテムの形で魔法を入手し、移動中にそれをキャラクターに対して使うことによってその魔法を覚えることができる方式である。また、本作では前述の熟練度システムの採用により、他のFF作品に見られるような「ケアルラ」「ファイガ」といった上位魔法が存在せず、すべて「ケアル 1」「ファイア 3」など、基本形 + レベルの数字で表現される。ちなみに、魔法の本を戦闘中にアイテムとして使用すると、その魔法をある程度高いレベルで発動できるが、使用した本は消えてしまう。
また、前作のような使用回数制とは異なり、ドラゴンクエストシリーズなどと同様、各魔法ごとに消費MPが設定されている方式となっている。消費MPの値は魔法の熟練度がそのまま適用される。つまり、魔法の熟練度が高くなると、効果は大きくなるが、代わりに消費MPも増大する。
ピクセルリマスター版では「魔法干渉値」というステータスが明記され、0に近いほど魔法の効果が大きい。普通の装備ではこの数値は大きくなってしまう。
ワードメモリーシステム 本作では登場人物たちとの会話の中でクローズアップされる重要な単語（台詞の中では【 】で囲まれて表示される）を「おぼえる」ことができる。そこで覚えた単語は、その相手もしくは他の登場人物にその件について「たずねる」こともできる。これによって登場人物たちの反応が変わりストーリーが別展開を見せることもあるため、単なるメモ帳代わりに使うだけの機能にとどまらない重要なものとなっている。
また、「たずねる」と同様にアイテムを使う（見せる）ということもでき、関連人物に形見の品を見せるといったような行動でストーリーが進む場面も存在する。
乗り物 前作よりも登場する乗り物の種類が増えている。「カヌー」「船」「飛空船」（『FFIII』以降での「飛空艇」）のほか、本作では下記の2種が新たに登場した。 雪上船 ワールドマップ上の雪原を移動するために必要な乗り物。 チョコボ 本作がシリーズ初登場となるマスコットキャラクター。徒歩の2倍のスピードで陸上を移動できる（川や湖には進入できない）。騎乗中はモンスターとのエンカウントが発生しない。世界に一箇所しか生息しておらず、乗ってから一度降りると森に帰ってしまう。
また、「船」については前作では港か河口にしか上陸できなかったが、本作ではそのような停泊用の地形は廃止され、歩ける地形であればどこにでも上陸できるようになった。
飛空船の移動速度は前作同様に徒歩の4倍速。ただし、搭乗中にBボタンを31回押すことにより8倍速（『FFIII』のノーチラス号と同じ速度）で移動することができるようになり、以降はBボタンを押すごとに4倍速と8倍速を切り替えられる。なお、取扱説明書やゲーム内にはこのギミックについてのヒントは一切ない。
他に、物語の序盤では所持金を払うことによって特定の場所まで自動で行くことができる交通機関として「定期船」「飛空船」が登場する。また、通常では使用できないが特別な場所へ行くためのイベント用の乗り物として「飛竜」が登場し、乗り物としての使用はできないが、帝国軍（敵）の巨大な飛空船である「大戦艦」も登場する。
その他 壁をすり抜け、壁の向こう側に行くことのできる場所が今作で初登場した。ハードウェアのBG面とスプライトキャラクターの表示優先度を上手く利用したものである。 前作『ファイナルファンタジー』では宿屋やテントなどで泊まることによってセーブするシステムが採用されていたが、本作からはワールドマップ上であればアイテム無しでいつでもセーブできるようになった。ただし、町やダンジョンの中ではセーブすることができない。また本作ではセーブポイントも未導入であり存在しない。ゲームボーイアドバンス版、PlayStation Portable版では移動中であれば、いつでもセーブが可能になっている。 戦闘時の味方パーティのフォーメーションは、キャラクターごとに前列か後列かを選ぶシステムが導入された。ただし、これは後のシリーズ作品とは扱いが異なり、後列のキャラクターは一切敵の通常攻撃の対象とならず、魔法や特殊攻撃以外は受けない代わりに、敵に対しても弓矢以外の物理攻撃は不可能（必ずミスになる）。全員を後列に下げることはできず、前列のメンバー全員が倒れると後列のメンバーが強制的に前列に出るというものになっている。 移動中のプレイヤーキャラクターは、通常フリオニール（「Soul of Re-Birth」ではミンウ）が優先的に表示され、キャラクターが死亡もしくは石化状態になることによって次に優先度の高いキャラクターに表示が切り替わる。この表示優先度は戦闘シーンでのキャラクター配置に対応しており、画面の「上」にいるほうが優先度が高い。 戦闘で死亡した者は、メニュー画面での顔グラフィックが十字架に切り替わる（リメイク版では色が反転する）。町の施設として存在する聖堂へ行き、中に建てられている像を調べると、天使が舞い降りてきて死亡者を復活させることができる。料金は掛からない。 『ファイナルファンタジーIII』以降の作品においては、竜騎士は戦闘時に特殊コマンド「ジャンプ」を使用できるものが多いが、本作ではキャラクターごとの特殊コマンドという概念自体が存在しないため、仲間のリチャードは竜騎士でありながら「ジャンプ」を使うことはできない。同様に、『FFIII』以降の作品では竜騎士のメインウェポンは槍であることが多いが、リチャードがメンバーに加入した段階での得意（熟練度がもっとも高い）武器は槍ではなく剣である。ただし、一部のリメイク版では得意武器は槍に改められている。なお、彼のファミリーネーム「ハイウィンド」は以降のFFシリーズでも散見されるもので、主に竜騎士やその能力を継承したキャラクターに付けられている。 戦闘で敵を倒した際、入手できるお金とドロップするアイテムは排他の関係にある。つまり戦闘で登場した全ての敵がアイテムをドロップすると、入手するお金が0という場合もあり得る。 シリーズ恒例のモンスターであるモルボル、ベヒーモス、ボムは今作からの登場となった。 作中ではピョートル・チャイコフスキーの『白鳥の湖』、およびヨハン・シュトラウス2世の『皇帝円舞曲』の編曲がBGMとして使用される場面がある。
バグ・特異な仕様 主にファミコン版には次のようなバグ・仕様が存在し、ゲームをクリアするための近道としてこれらの現象が利用されることもあった。 主人公一行はゲームスタート地点であるアルテアの町から北に進み、フィン王国への潜入を目指すことになるが、この際に徒歩で南に進むことで本来ストーリー後半に訪れることになるミシディアを目指すことも可能。しかし、ミシディア地方には非常に強力な敵が出現するためこの時点ではまず到達できない。出現モンスターに関するこうした極端とも言える仕様は、後続のファイナルファンタジー作品ではほとんど見られなくなっている。 ミシディアの町には序盤では非常に強力な武器・防具や魔法が多数売られているため、マップを一歩進むごとにセーブを繰り返すなどして序盤の段階でここを目指すことが一種のやり込み要素となっている。 熟練度は戦闘中に「たたかう」や各種魔法のコマンドを選んだ回数をカウントするが、選んだコマンドをキャンセルして前のキャラクターに戻ってもカウントが消えないバグがある（通称「ABキャンセル」と呼ばれる）。そのため、「たたかう」→キャンセル→「たたかう」とひたすら繰り返してから戦闘を終わらせると、1回の戦闘でカウントをより多く溜めて熟練度を一気に上げてしまうことが可能だった。ただし、ミンウやレオンハルト等の最後尾（4人目）に配置されるキャラクターは、コマンドを決定した時点でターンが始まってしまうためにキャンセルができないので、「ABキャンセル」で熟練度を稼ぐことは不可能。なお、ワンダースワンカラー版やPlayStation版でも意図的にこのバグ技ができるようにプログラムされている。ただし、このテクニックを利用すると攻撃力ばかりが上がり回避回数の上昇の機会が減るため、必ずしも有効ではない。ゲームボーイアドバンス版では修正され、ターンが始まってキャラクターが実際にその行動を取って初めてカウントがされるようになった。 上記の「ABキャンセル」が修正されたゲームボーイアドバンス版およびそれに準ずる携帯アプリ版では、ターンが始まって実際に行動を実行するまでカウントが溜まらないようになったのだが、「戦闘終了時に持っていた武器にその戦闘でのカウントを全て足す」ようになっており、どの武器を何回使ったかの区別がされていなかった。これにより、両手に盾を装備（攻撃しても盾を構える動作をするだけで敵を倒さない）して延々とターンを消化した後にレベルを上げたい武器に持ちかえて戦闘を終了させることにより、やはり一度の戦闘で一気にレベルを上げてしまうことが可能だった。ただしこちらは武器の熟練度のみの使用で、魔法は何を何回使ったかが個別にカウントされており、レベルを上げたい魔法を実際に相応の回数使わなければならない。 「ファイアのほん」などの魔法書は消耗品であり通常は武器として装備することはできないが、「戦闘中に使うアイテム」の欄に装備しておき、戦闘中に装備中の武器と入れ替えることで武器として装備できてしまうバグが存在する。この状態で攻撃すると、フリーズ・セーブデータ消失を引き起こすなど危険なものも含め、様々な現象が起こる（装備した魔法の本によって効果は異なる）。中でも「ファイアのほん」装備時の効果は「高い攻撃力・命中率を持つブラッドソード」に近いものであり、非常に強力な攻撃手段になり得た。ただし、装備した時点でセーブファイル1（一番上のデータ）が確実に消失するなどの副作用が発生する上、攻撃力の過剰な増強は「ABキャンセル」同様に回避回数上昇の機会を減らす原因となるため、長期的に使用するとゲームの難易度を大幅に高めてしまう。ブラッドソードの有用性については下記を参照。 ダメージを与えた際に自分のHPを回復する「ブラッドソード」のダメージ計算式は「対象の防御を無視し、1ヒットあたり相手の最大HPの1/16の固定ダメージを与える」という特殊なものになっている。つまり、16回分攻撃をヒットさせればラスボスを含めたあらゆる敵（ただし、アンデッドモンスターを除く）を必ず倒せてしまう。命中率の補正が皆無であるため、「ちから」のステータスおよび剣の熟練度がある程度まで上がっていないと攻撃をヒットさせることは困難だが、それでも強力であることには変わりがない。バランスを崩しかねない仕様とも言えるが、現状のすべてのバージョンにおいて修正されていないブラッドソードの仕様そのものに対する修正はされなかったが、ゲームボーイアドバンス版以降では1本しか入手できないように変更された（オリジナル版では2本入手可能）。。ただしこれはミスではなく、パーティアタックの過剰な使用、回避率の軽視などのプレイスタイルで苦戦しているプレイヤー、および初心者に対する救済策としてあえて修正していない、という可能性もある。なお、アンデッドモンスターなど、敵にも同様の攻撃を行ってくるものがいる。 黒魔法を防ぐという効果を持つ白魔法「ウォール」を敵にかけた後、「即死効果を持つ黒魔法」（デス、デジョン、ブレイク等）を使用し、「ウォールでの防御に成功する」と、敵の耐性を問わず即死魔法が必ず成功するというバグがある。これを利用すると、ラスボスを「カエル」にするなど通常ありえないプレイも可能であった。このバグはファミコン版にのみ存在し、後のリメイク版では修正されている。
設定 ストーリー 舞台は遥か彼方の世界。パラメキア帝国の皇帝は地獄の底から魔物たちを呼びよせ、全世界に総攻撃を仕掛けた。フィン王国はカシュオーン王国、ディスト王国と共にこれに反旗を翻し抗戦するが、圧倒的な軍事力と魔物たちの前に敗退を重ね、ついには陥落。そしてまた、フィン王国に住むフリオニール・マリア・ガイ・レオンハルトの4人の若者たちも故郷を奪われ、迫り来る帝国の魔の手から逃亡を続けていた……。
しかし逃亡むなしく帝国軍の襲撃を受け、フリオニールらは倒れる。反乱軍を指揮しているフィン王国の王女ヒルダは彼らの内、フリオニール・マリア・ガイを発見し側近である白魔道士ミンウによる治療を施す。フリオニールらが目覚めた先のアルテアの町は、他にもフィンから逃れてきた住民や義賊ポール、カシュオーン王国から落ち延びてきた第2王子ゴードンらも居た。フリオニールらは反乱軍への参加を志願すると共に、襲撃により行方不明となったマリアの兄・レオンハルトの捜索を胸に誓う。当初は参加を断っていたヒルダだったが、占領されたフィンへの潜入・帰還を果たしたその実力を見てフリオニールらの参加を歓迎。その後、敗北の原因を武具の性能の差と考えていたヒルダは、帝国が用いていた金属「ミスリル」の入手を初任務として命じ、ミンウの力も借りてフリオニールらはこれを達成する。
次なる指令は帝国がバフスクの町で建造中の大戦艦の破壊。しかし潜入を試みようとするも帝国軍のダークナイトとボーゲンに完成を告げられ、大戦艦はあと一歩の所で飛び立ち、町を破壊していく。次の作戦は大戦艦と同じ動力源である「太陽の炎」を入手してエンジンに投げ込み、バランスを崩すことで破壊するというものであった。しかし、「太陽の炎」があるカシュオーン城に自由に入れる王子ゴードンはアルテアの町から行方不明。仕方なくフリオニールらは代替手段である「女神のベル」の入手を目指し、ミスリル入手の際に娘ネリーを救出したヨーゼフの協力を得て雪原へ出向く。なんとか「女神のベル」を入手し、さらに現れた帝国軍のボーゲンを撃破するも、落石からパーティーをかばいヨーゼフは落命してしまう。悲しみを胸に目的地のカシュオーン城に潜入。途中、同じ目的で既に潜入していたゴードンと共に、ついに「太陽の炎」を入手する。帰路は、ポフトの町のシドの飛空艇での迎えを予定されていたが、目の前で大戦艦に追跡される飛空艇を目撃。ヒルダがさらわれたことを知ったフリオニールだったが、補給中の大戦艦に潜入し、シド・ヒルダを救出の後、大戦艦をついに爆破する。
帰還後は逝去したフィン王の遺言が次の任務となった。ゴードンは反乱軍の指揮、ミンウは究極魔法アルテマの入手、そしてフリオニールらは、滅ぼされたディストに赴き、重要な戦力である竜騎士と飛竜の捜索を命じられる。途中、女海賊レイラを味方に付け、ディストに到達するも、発見できたのは余命幾ばくもない最後の飛竜のみ。この飛竜の望みである卵をディストの洞窟の命の泉に沈め、新たなる飛竜の誕生を待つこととなる。
アルテアに戻ったフリオニールらだったが、救出したはずの王女ヒルダの様子がおかしいことを周囲に告げられ、ヒルダ本人に確認しにいく。ヒルダはフリオニールを誘惑しようとするが、その正体は帝国軍幹部のラミアクィーンでありこれを撃破。同時に帝国の催しとして闘技場が開かれ、その賞品がヒルダであるという情報が入る。これに参加して勝利。案の定罠があったものの、ポールの助けもあって無事に本物のヒルダの救出を果たす。
ついに攻勢に出ることとなった反乱軍はまずはフィンの奪還を目指す。フリオニールらは帝国の司令官を撃破し、ついにフィンは解放される。その後、ミンウの連絡が来ないことを心配したヒルダからミシディアの塔への捜索を命じられる。究極魔法が封印されたミシディアの塔は二重三重の侵入を拒む仕掛けがあり、方々で必要なアイテムを入手しながら塔を目指す。塔目前では封印を守る怪物リバイアサンに飲まれ、パーティーに居たレイラは行方不明に。しかし、全滅した筈の竜騎士・リチャードと遭遇し、パーティーに迎え入れる。リチャードはディスト陥落の前に単独任務でアルテマ入手を目指していたため存命だった。リバイアサンを脱出し、ミシディアの塔へ潜入。ミンウの多大なる犠牲の末、ついに究極魔法「アルテマ」を入手する。
塔から脱出したフリオニールらを待っていたのは、町を破壊しつくし、フィンをも滅ぼそうとする皇帝の魔力が生んだ「竜巻」だった。しかし、皇帝自らが「竜巻」で乗り込んできたということは返り討ちにする千載一遇の好機。新たに誕生した飛竜の力を借りて竜巻に潜入し、ついにフリオニールらは皇帝を討ち倒す。
皇帝撃破の報を受け、ついに平和が訪れると勝利に酔いしれるフィン城内であったが傷ついた兵士がダークナイトことかつての仲間・レオンハルトの新皇帝即位を報告。フリオニールらは、竜巻の犠牲となったシドの形見である飛空船を"貸し"てもらい、帝国の本拠地・パラメキア城へ潜入。直接レオンハルトへの説得を試みようとするが、突如、倒した筈の皇帝が地獄から究極のパワーを身につけて復活。この危機をリチャードの犠牲によってかろうじて脱出し、乗り切る。
フィンに帰還し、ヒルダに皇帝の復活を報告するフリオニールら。もはや帝国による世界の支配ではなく全ての命の殺戮を目的とする皇帝に、レオンハルトもマリアの説得を受け入れ、パーティーに参加する。
そしてフリオニールらは、皇帝との最終決戦のためパラメキア城跡地に現れた皇帝の居城・パンデモニウムへと赴く。
舞台 アルテア（Altair） フィン王国の民が逃げ移り身を寄せている町。ヒルダが指揮する反乱軍の本拠地で、任務の起点となる場所。 ガテア（Gatrea） フィン王国南の湖の畔に佇む、森に囲まれた小さな村。 フィン王国（Kingdom of Fynn） パラメキア帝国と並ぶ軍事国家。かつては美しい町と称されていたが、今は帝国軍に占領され、荒んだ町と化している。 パルム（Paloom） アルテアの北東にある港町。ポフトとの連絡船が通っている（陸路でも行ける）。 ポフト（Poft） 運搬業が盛んで、パルムと交易関係にある港町。この町でシドは飛空船屋を営んでいる。 サラマンド（Salamand） 雪原と山脈が背後にそびえる世界最北の町。帝国の占領下となっており、住民たちはミスリルの採掘に駆り出されている。 バフスク（Bafsk） 帝国の占領下に置かれ、大戦艦の建造が進められている町。 カシュオーン王国（Kashuan） フィン王国と友好関係にあった国家。帝国により壊滅させられ、城は廃墟と化している。ちなみにチョコボの森はこの城の南方にある。