服部 正平（はっとり まさひら、1950年 - ）は、日本の生命科学者。東京大学名誉教授。
専門はゲノム生物学、メタゲノム学、マイクロバイオーム研究。ヒトゲノム解析およびヒト腸内細菌叢（マイクロバイオーム）の研究で知られる。
経歴 1972年に岐阜大学工学部を卒業。1979年に大阪市立大学大学院工学研究科博士課程を修了し、工学博士の学位を取得した。東亞合成化学工業研究所研究員を経て、1984年に九州大学遺伝情報実験施設助手に着任した。1987年から米国スクリプス研究所およびカリフォルニア大学サンディエゴ校において研究に従事した。
1991年に東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター助教授、1999年に理化学研究所ゲノム科学総合研究センターチームリーダー、2002年に北里大学北里生命科学研究所教授、2006年に東京大学大学院新領域創成科学研究科教授に就任した。2008年から同研究科附属オーミクス情報センター長を兼任した。2015年に早稲田大学理工学術院先進理工学研究科教授に就任した。
日本学術会議連携会員、日本学術振興会産学協力研究委員会委員、France Génomique海外委員などを歴任した。2022年には国際ヒトマイクロバイオームコンソーシアム（IHMC）国際会議の組織委員長を務めた。
2024年より株式会社Smart Gut取締役CTOを務めている。
研究 ヒトゲノム解析 国際ヒトゲノム計画に参加し、ヒト21番染色体の塩基配列解析に従事した。2000年にはヒト21番染色体の塩基配列解読に関する研究成果が『Nature』誌に掲載された。
2004年には国際チンパンジー22番染色体解読コンソーシアムの主要メンバーとして、チンパンジー22番染色体の塩基配列解析に参加した。
腸内細菌叢のメタゲノム解析 2007年、健常成人13名の糞便サンプルを対象とした比較メタゲノム解析を実施し、ヒト腸内細菌叢に共通して存在する遺伝子群と個人間で変動する遺伝子群を報告した。
2016年には日本人健常者106名を対象としたメタゲノム解析を行い、日本人腸内細菌叢の遺伝子カタログおよび機能的特徴を報告した。
エンテロタイプ研究 2011年に『Nature』誌に掲載された国際共同研究「Enterotypes of the Human Gut Microbiome」に共著者として参加した。同研究では、ヒト腸内細菌叢を構成パターンに基づいて分類するエンテロタイプの概念が提案された。
制御性T細胞誘導菌の研究 理化学研究所、本田賢也らとの共同研究に参加し、ヒト腸内細菌由来クロストリジウム属細菌群のうち、制御性T細胞（Treg細胞）の誘導に関与する17菌種からなる細菌群を報告した。研究成果は2013年に『Nature』誌に掲載された。
腸内細菌ゲノム研究 ヒト腸内細菌の参照ゲノムデータベースの整備に取り組み、メタゲノム解析の基盤構築を推進した。また、理化学研究所マイクロバイオーム研究チームではPacBio長鎖シークエンサーを用いたメタゲノム解析やデータベース構築を進めた。
腸内細菌叢と薬剤の相互作用 日本人約4,200人を対象とした腸内マイクロバイオーム研究において、薬剤使用と腸内細菌叢との関連を解析した。
著書 単著 『ヒトゲノム完全解読から「ヒト」理解へ―アダムとイヴを科学する』（東洋書店、2005年） ISBN 978-4885955617
編著 『今すぐ始める! メタゲノム解析実験プロトコール―ヒト常在細菌叢から環境メタゲノムまでサンプル調製と解析のコツ』（羊土社、2016年） ISBN 978-4758101974
監修 『ヒトマイクロバイオーム研究最前線―常在菌の解析技術から生態、医療分野、食品への応用研究まで』（エヌ・ティー・エス、2016年） ISBN 978-4860434496 『ヒトマイクロバイオーム研究最前線 Vol.2―解析技術の進展とデータ駆動型・ターゲット機能型研究最前線』（エヌ・ティー・エス、2020年） ISBN 978-4860436599 『達人直伝 マイクロバイオーム研究実践プロトコール』（羊土社、2025年） ISBN 978-4758122832
受賞・評価 Clarivate社が公表する「Highly Cited Researchers」に2020年から2024年まで5年連続で選出された。
脚注
外部リンク researchmap 服部正平 早稲田大学先進生命動態研究所 服部正平 東京大学大学院新領域創成科学研究科