指定金融機関（していきんゆうきかん）とは、地方自治法第235条および同施行令第168条に基づき、日本の地方公共団体が、会計管理者に代わって公金の収納、支払の事務を取り扱わせるために指定「指定」とあるが、行政実例ではその形式の如何にかかわらず、私法上の契約（一種の請負契約）と解される。する金融機関のことである。議会の議決を経て1つの金融機関が指定される。1964年（昭和39年）の地方自治法等の改正法施行により、それまで政令で定めていた金庫制度における「本金庫」を、預金制度に改め法本則にその法的根拠を定める形で導入された。
なお本項目では以下、地方自治法を取り扱う際、条数のみで表す。
地方公共団体における出納事務は会計管理者がこれを司るのが建前であるが（第170条）、その分量が多く、また複雑多岐にわたるため、これを会計管理者の下ですべて処理することは事実上不可能に近いことから、現金の出納事務に熟達している金融機関をして当該事務を掌理させることとしたものである。
概要 指定金融機関は、都道府県では必ず指定しなければならず（施行令第168条第1項）、市町村（特別区を含む）では必要に応じて指定することができる（施行令第168条第2項）。市町村については、指定は任意とはいえ、公金取扱いの効率的運営と安全を図ることができる限り、積極的に指定金融機関等を指定して公金取扱いをさせる方が望ましいとされ、実際にほとんどの市町村で指定を行っている。指定の基準については特に法定されておらず、各自治体がそれぞれの地域の実情に応じて指定することになる。
指定を行うには当該自治体の議会の議決が必要であるが、どの金融機関を指定金融機関とするかの認否議決で足りるとされ（昭和26年＜1951年＞1月29日地自行発17号）、また本議案の発案権は長に専属し、議会に修正権を認めたものではないと解される（昭和29年＜1954年＞5月28日自丁行発82号）指定金融機関の指定議決についても、当該金融機関と直接の利害関係を有する議員については除斥の規定が適用される（第117条、昭和38年＜1963年＞10月31日自治丁行発71号）。議決が得られない場合、第176条・第177条（再議）の規定を適用する余地はない。従って、この場合、改めて議会を招集して新たに議案を提出し、又はその暇がないときは長において専決処分をする外はない（昭和25年＜1950年＞8月10日自行発166号）。。議決後、当該自治体と金融機関との間で具体的な契約を締結することにより、指定の効力が発生する。
住民の利便等の点から当該地方公共団体の行政区域内に店舗を有する金融機関を指定するのが適当であるとされるが、必須要件ではない（昭和38年＜1963年＞12月19日自治丁行発93号）。指定される金融機関は銀行であることが多いが、地方の市町村では区域内に銀行店舗が無いなどの事情で、古くから当地に存在する信用金庫旧制度下では信用金庫を指定金融機関に指定することはできなかったが（昭和27年＜1952年＞4月24日付福島県総務部長宛、昭和30年＜1963年＞4月8日付愛知県総務部長宛）、昭和43年＜1968年＞6月の法改正により信用金庫も為替取引による送金事務を行い得ることになったので、信用金庫も指定金融機関となりうることとなった（昭和44年＜1969年＞5月8日自治行48号）。や農業協同組合（信連ないしは地域農協の信用事業部門。いわゆるJAバンク）、労働金庫及び信用協同組合1981年（昭和56年）の法改正により、労働金庫及び信用協同組合の業務範囲が拡大され、これらも指定金融機関となりうることとなった（昭和56年12月17日行政課決定）。を指定することもありうる。
1つの地方公共団体が指定する指定金融機関は1つに限られる（施行令第168条第1項及び第2項）。一般会計並びに特別会計ごとに指定金融機関を設けることも認められない（昭和32年＜1957年＞12月27日自丁発234号）。かつての本金庫制度でも同様であったが、法令に規定されていない故をもって複数の本金庫を事実上指定していた事例があったので、指定金融機関の制度導入時に「一の金融機関」と明定された。複数の金融機関を1～5年交替で輪番指定することも差し支えないが、半年のごとき短期での交替制は認められない（昭和38年＜1963年＞12月19日自治丁行発93号）。
地方公共団体の長は、必要があると認める場合、指定金融機関に対し指定金融機関が取り扱う業務の一部を、地方公共団体の長が指定する金融機関に行わさせることが出来る。この金融機関のうち収納及び支払いの業務を行うものを指定代理金融機関という（施行令第168条第3項）。一方で収納業務のみを行う金融機関（ゆうちょ銀行および代理店業務を行う郵便局の貯金窓口含む）は収納代理金融機関という（施行令第168条第4項）。指定金融機関は自らの行う公金の収納及び支払い事務のほか、指定代理金融機関の行う収納及び支払い事務と収納代理金融機関の行う収納事務一切を総括することが求められる（施行令第168条の2第1項）。地方公共団体が指定金融機関に当該団体の公金の収納事務及び支払い事務の一切を総括（取りまとめ）させることにより、指定金融機関に設けられた当該地方自治体の公金口座の入出金は一元管理される。指定金融機関は、自らの公金取扱業務はもとより指定代理金融機関や収納代理金融機関が行う同業務についても、当該自治体への責任を有することとされる（施行令第168条の2第第2項）。
公金の収納の取り扱いは、地方公共団体ごとに定められた指定金融機関・指定代理金融機関・収納代理金融機関に限定されるが、その地方公共団体の区域内に店舗がある金融機関のほとんどを該当させることで、納付者は税や保険料などを自宅近隣の金融機関で納付書や口座振替により支払うことができ、利便性が確保されている。しかし、納付者が遠隔地に居住している場合には、近隣の金融機関では取り扱いが無いことがあり、不便を被ることがある。
一方、公金の支払いは、指定金融機関または指定代理金融機関から全国銀行データ通信システムを通じて振込ができればよく、振込先の金融機関は限定されない。
なお、指定金融機関を指定しなかった市町村は、収納事務取扱金融機関を指定することで住民サービスを低下させないようにすることもできるため（施行令第168条第5項）、規模の小さい町村では収納事務取扱金融機関を選択していることがある。
地方独立行政法人（および、国立大学法人・公立大学法人）の出納業務を手掛ける金融機関を「指定金融機関」と称するが、本稿で説明する指定金融機関とは法的根拠は異なる。
店舗 指定金融機関には地方公共団体の預金口座が置かれて、公金の決済が行われる。本庁舎周辺の店舗（都道府県であれば「県庁前支店」など）の口座であるのが一般的で、納付書に「取りまとめ店 〇〇銀行〇〇支店」などの表記がされることもある。
庁舎内支店・出張所 収納や事務の便宜を図るため、都道府県や大規模な市の本庁舎内には、指定金融機関の店舗（支店または出張所）があることが多い。例えば、東京都庁第一本庁舎のみずほ銀行東京中央支店東京都庁出張所、大阪府庁本館のりそな銀行大手支店、横浜市役所内の横浜銀行横浜市庁支店などがある。このような店舗では、庁舎外の店舗と同様に公金に限らず各種銀行業務を取り扱っている。
近年では、地方部の支店を、市庁舎や町村役場（あるいは、合併前の市庁舎や町村役場に相当する分庁舎や支所などを含む）内に、銀行店舗を移設するケースもある（大仙市の指定金融機関である秋田銀行の刈和野支店・協和支店は、合併前の西仙北町役場である、大仙市西仙北支所庁舎内に移転している）。
庁舎内派出 小規模な市や町村では、本庁舎内に店舗は無く、公金の出納のみを行う「派出」の形で行員が派遣される形態となる。なお、庁舎内に派出を置くことは制度上必須ではなく、2020年（令和2年）3月末で本庁舎の派出を閉鎖した室蘭市（北海道）室蘭市では、指定金融機関である室蘭信用金庫から年250万円の手数料を求められ、手数料を負担せずに派出を閉鎖する判断をした。（室蘭市議会会議録、令和元年＜2019年＞12月10日室蘭市議会総務常任委員会）、指定金融機関の派出撤退に伴って指定代理金融機関の派出を置いた期間が過去にある庄内町（山形県）庄内町（山形県）では、指定金融機関の庄内たがわ農業協同組合が2008年（平成20年）3月をもって派出を引き上げた。このときに庄内町は、指定金融機関は変更せず、新たに荘内銀行を指定代理金融機関にして、荘内銀行が派出を引き継いだ。この状況が続いた後、2019年（令和元年）に荘内銀行が手数料見直しと指定金融機関への移行を申し出て、協議の結果、2021年（令和3年）7月からは荘内銀行が指定金融機関になった。（庄内町議会会議録、平成19年12月17日・令和3年3月15日）や瀬戸市（愛知県）瀬戸市（愛知県）では、2011年（平成23年）に指定金融機関の三菱東京UFJ銀行が庁舎内派出所業務から撤退し、指定代理金融機関の瀬戸信用金庫が指定代理金融機関のままで派出所業務を引き継ぐという稀な形態になった。このねじれ現象は、2015年（平成27年）に瀬戸信用金庫が指定金融機関になることで解消された。（瀬戸市議会会議録、平成26年＜2014年＞12月5日本会議）のような例もある。
ゆうちょ銀行の扱い ゆうちょ銀行は銀行法上の銀行であって金融機関であるが、2007年（平成15年）10月の郵政民営化により発足した経緯から指定金融機関制度において特別な扱いがされており、ゆうちょ銀行を指定金融機関にすることはできない。わずかな例外として、区域内にゆうちょ銀行以外の金融機関店舗が無い市町村のみ、ゆうちょ銀行を指定金融機関にすることができるこの制約は、「郵政民営化法等の一部を改正する等の法律の施行に伴う関係政令の整備等に関する政令」（平成24年＜2012年＞政令第202号）による改正後の「郵政民営化法等の施行に伴う関係政令の整備等に関する政令」（平成19年＜2007年＞政令第235号）附則第11条第2項により読み替えた後の地方自治法施行令第168条第2項による。。
郵政民営化当初は、ゆうちょ銀行を指定金融機関にすることは一切できなかったが、民主党政権による郵政民営化見直しにより変更された橋本賢治「郵政民営化法等改正法の成立 ―郵政事業の見直しに決着―」『立法と調査』2012.9（No.332）、参議院。なお、収納代理金融機関にすることは、郵政民営化当初から可能である。
郵政民営化前の段階では、郵便局における地方自治体の公金収納の取り扱いは、郵便振替法第58条以下に規定が設けられており、民間金融機関とは位置付けが異なっていた。郵政民営化により郵便振替法が廃止されると、民営化後のゆうちょ銀行は収納代理金融機関の扱いとなって、制度上は民間金融機関と同じ位置付けにされている。但し、事務処理上は民営化前の扱いを引き継いでおり、ゆうちょ銀行で扱うことができる納付書には「公」の文字を四角や丸で囲んだ表示（カク公、マル公）がされているが、納付の取り扱いが出来るのは基本的に各エリア本部の管内に限定されている例として、東京都の公金のうち「Pay-easy」非対応の納付書の場合は山梨県を含む関東1都7県に所在するゆうちょ銀行本支店及び郵便局でしか取り扱わない。（東京都の公金が納付出来る金融機関一覧 - 東京都会計管理局）。
新しい収納方法との関係 公金収納は、指定金融機関・収納代理金融機関での納付書や口座振替が方法とされてきたが、2000年以降になると、新しい収納方法が加わるようになった。
Pay-easy Pay-easy（ペイジー）は、インターネットバンキングか現金自動預け払い機（ATM）を利用した納付ができる。Pay-easyで納付するためには、地方公共団体がPay-easyに対応し、納付に必要な番号が納付書などにより通知されている必要がある。また、指定金融機関・収納代理金融機関の制度内での利用となるため、Pay-easyに加盟している金融機関であっても、その金融機関で扱うことができるのは指定金融機関・収納代理金融機関になっている地方公共団体への納付に限られる。ただし、一部自治体では決済代行会社を介した「私人への収納事務の委託」（地方自治法施行令第158条の2など）によるPay-easy納付（エフレジの「F-REGI 公金支払い」）を導入しており、この場合はシステム利用料が必要だが、金融機関は指定金融機関・収納代理金融機関に限定されない。
コンビニ収納 いわゆるコンビニ収納は、納付書をコンビニエンスストア（コンビニ）の店頭へ持参して納付する。コンビニは金融機関よりも営業時間が長く、レジで店員に納付書を渡してバーコードを読み取ればすぐに納付ができるため、利便性が高い。指定金融機関・収納代理金融機関とは別に、「指定納付受託者制度」もしくは「私人への収納事務の委託」による納付となるため、地域的な制約は無く全国のコンビニで納付ができる。コンビニに限定した制度ではなく、一部のスーパーマーケット、ドラッグストア、信用金庫、信用組合でもコンビニと同様に納付を取り扱っている（しんきん情報サービスMMK設置店株式会社しんきん情報サービス、2020年＜令和2年＞10月21日閲覧）。また、コンビニ店頭では紙の納付書を使うものの、レジで記録した収納情報はデータとして送信されて地方公共団体で受信するようになっており、納付書のうちの一片（納入済通知書（ズミツウ））を紙で地方公共団体に送るという指定金融機関・収納代理金融機関の扱いとは違いがある。一方、「私人への収納事務の委託」は収納の種類ごとに個別の規定（地方税は地方自治法施行令第158条の2、国民健康保険料は国民健康保険法第80条の2など）を必要とするため、根拠規定が無いとコンビニ収納はできず、寄付金であるふるさと納税は2008年（平成20年）の制度開始から2011年（平成23年）12月の地方自治法施行令改正までコンビニ収納ができない状況も生じた。2022年（令和4年）に導入された「指定納付受託者制度」では、対象を単に「歳入」（歳入歳出外現金を含む）と広く規定することで、「私人への収納事務の委託」のような個別の規定は不要とされた。さらに、2024年（令和6年）4月には「指定公金事務取扱者制度」（地方自治法第243条の2）が導入され、収納種類ごとの個別規定が無くても公金事務の私人への委託が可能となる予定である。
クレジットカード クレジットカードによる納付は、2006年（平成18年）に指定代理納付者による納付（令和4年＜2022年＞改正前の地方自治法第231条の2第6項）として制度化され、2020年（令和4年）からは指定納付受託者制度（地方自治法第231条の2の2）に移行した。インターネットを利用した納付であるのはPay-easyのインターネットバンキング利用と類似するが、違いは手数料の水準にあり、その額はPay-easyよりも格段に高い。通常は、公金収納で収納手数料を負担するのは地方公共団体側で、納付する側は負担しないが、クレジットカード納付に限っては、総務省の通知で「納税者がクレジットカードを利用した地方税等の納付を行うことを選択することにより必要となる手数料については、仮に、地方団体が負担するとしても、他の収納手段における手数料との均衡を保つことが必要であり、それを超える部分は、当該選択を行った納税者本人が負担すべき性格のものであると考えられる。」平成18年（2006年）3月13日付け総務省自治税務局企画課長通知「クレジットカードを利用した地方税の納付について」（総税企第53号）として、納付者負担を容認している。
モバイルアプリ モバイルレジ（NTTデータ）、PayB、J-Coin Pay、au PAY、PayPay、楽天ペイなど、スマートフォンのアプリで納付書のバーコードを読み取って納付する。当初はコンビニ収納と同じ「私人への収納事務の委託」もしくはクレジットカードと同じ「指定代理納付者による納付」に該当するとされたが、いずれもモバイルアプリを利用した納付やポイントによる支払を予定したものではないことから、令和4年に指定納付受託者制度を導入して明確化された。
地方税共通納税システム・地方税統一QRコード 2019年（平成31年）4月に地方税法に基づく地方税共同機構が設立され、全ての地方公共団体の「特定徴収金」の収納の事務を行うことになった（地方税法第747条の6第1項）。また、特定徴収金の収納事務は、機構が委託する「特定金融機関等」（地方税法第747条の6第3項）と機構が指定する「機構指定納付受託者」（地方税法第747条の8第1項）が扱うこととされ、全ての地方公共団体の地方税を「地方税共通納税システム」（2019年＜令和元年＞10月開始）や「地方税統一QRコード（eL-QR）」（2023年＜令和5年＞4月開始）を用いて納付できる仕組みが整備された。従前の指定金融機関や指定納付受託者などは地方公共団体ごとの指定だったのに対し、地方税共同機構を介する制度設計がされたことにより、機構が委託する特定金融機関等と機構が指定する機構指定納付受託者から全ての地方公共団体への納付が可能になった。なお、地方税法に基づくもので、特定徴収金は「地方税に係る地方団体の徴収金」（地方税法第747条の6第2項）とされているため、地方税以外の地方公共団体の歳入は対象とならない。
手数料問題 指定金融機関をめぐる手数料の問題とは、指定金融機関としての業務を金融機関が行うために生じる費用に対して、地方公共団体が支払う手数料の額が釣り合わず、不採算となっていることを指す。
例えば、指定金融機関が納付書や口座振替による収納を行っても、地方公共団体が支払う手数料は無料か1枚（件）当たり10円以下であるのが一般的という状況が続き、このような手数料では収納手数料部分だけを見れば明らかに採算割れの状態になる2000年（平成12年）3月20日の東京都議会財政委員会では、合併により同年4月からみずほ銀行が発足するのにあたって合併前の富士銀行（東京都の指定金融機関）の常務執行役員が参考人招致された。常務執行役員は手数料について、公金収納は窓口収納が無料、口座振替が8円で年間480万円強、公金支払いは電信扱振込41円で年間1億4900万円強であり、それに対する経費は概算で年間10億円から20億円であると述べている。（平成14年＜2002年＞ 東京都議会財政委員会速記録第7号）。
この問題の端緒は、指定金融機関の制度が設けられた1964年（昭和39年）の契約書において、経費はすべて金融機関側の負担にすると明記したことにあるとされている山本一吉「指定金融機関の今後について」『郵政研究所月報』2003.2、総務省郵政研究所、2003年。
かつては、地方公共団体の指定金融機関になることは、地域における信用力を補完し、またコストをかけずとも、巨額の公金預金や地方債引受が確保できることなどから2000年（平成12年）3月20日の東京都議会財政委員会で、富士銀行（東京都の指定金融機関）の常務執行役員は「当然私どもの口座を通りまして、東京都様の、世界の国家予算に匹敵するような膨大な金額が流れるわけでございますので、その間における資金益ですとか、そういうものは私どもの方で収受させていただいておるという状況でございます。」「私どもとしては、採算が合わないから、指定金融機関業務という大事な業務をおりたいとか、放棄したいとか、そういうことは一切考えておりませんで、やはり指定金融機関という役割を担わせていただけるという我々の、先ほどのれんという言葉を使いましたけれども、銀行としての信用力を高めていただける、こういうもののトータルの判断として、いろいろなご相談をさせていただきたいというふうに考えております。」と述べている。（平成14年＜2002年＞ 東京都議会財政委員会速記録第7号）和泉市（大阪府）では、2018年（平成30年）の時点でも、起債額のうち3分の2を指定金融機関2行（三井住友銀行と池田泉州銀行の輪番制）に割り当てている。指定金融機関からの借り入れ金利は1.47％、それ以外の入札による借り入れ金利は0.22％という金利差があり、市総務部長は「振り込み手数料や市金庫への人件費等の事務費など経費につきましても無料で行っていただいておりますが、その経費相当を勘案しての利率となりますことから、入札分とは差が生じております。」と説明している。（和泉市議会会議録、平成30年＜2018年＞12月12日本会議）交野市（大阪府）では、2017年（平成29年）の時点でも、借り入れ額のうち3分の2を指定金融機関2行（りそな銀行と近畿大阪銀行（当時）の輪番制）に割り当て、その分は残り3分の1よりも高い利率になっているが、この割り当てをやめた場合は振込等の手数料が有料になるとの説明が市議会でなされている。（交野市議会会議録、平成29年＜2017年＞10月23日総務文教常任委員会）、各金融機関とも指定獲得競争を展開した。2000年（平成12年）以降になっても、岐阜県のように指定金融機関を巡って地域銀行間が競争をする事例や（大垣共立銀行#岐阜県指定金融機関論争）、北九州市のように2行輪番制としていたところにさらに2行が参加して4行輪番制となる事例北九州市会計室、平成26年＜2014年＞5月16日、2020年＜令和2年＞9月29日閲覧、長久手市（愛知県）のように他の金融機関よりも手数料を値引きして新たに指定金融機関となることを希望する金融機関が現れた事例長久手市（愛知県）では、三菱UFJ銀行（有人店舗は市域内に無い）が指定金融機関で派出手数料561万6,000円だったところ、大垣共立銀行（市域内に有人店舗が有る）が半額免除の提案をした。（長久手市議会会議録、平成28年＜2016年＞9月6日の本会議）もある。また、福岡県では、1998年（平成10年）に麻生渡知事（当時）が、指定金融機関である福岡銀行から政治献金を受けて問題になったことがある1999年（平成11年）12月8日、福岡県議会における瀬川康之議員（日本共産党）の代表質問。
しかし、1990年代以降の金融自由化の流れの中、公金預金や地方債引受は複数の金融機関による金利競争が常態化し、指定金融機関業務はかつてほどの利益的な旨みをもたらさず、収納業務等でコストばかり掛かるとして、各銀行で業務見直しが進められた。
都道府県の9割・全地方公共団体の6割にて指定金融機関を受託している地方銀行は、収納代行・出納事務で全64行合計で年間1000億円の支出を余儀なくされており、完全な赤字である丹羽由夏「地域金融機関と地方公共団体－指定金融機関業務の変化－」『農林金融』2005.9（第58巻第9号通巻715号）、農林中金総合研究所、2005年。これは、地方公共団体が金融機関に支払う各種の手数料が、無料か安価なものになっていることに原因がある。全国地方銀行協会は、2000年に「今後の地方公共団体との取引のあり方」（要望）をとりまとめて、見直しの必要性を指摘し、それ以降も地方公共団体5団体に対して手数料等の見直し（値上げ）を繰り返し要求するようになった。
もっとも、収納業務（基本的に指定金融機関は地方公共団体の庁舎に行員等を派遣しなければならない）等で、地方公共団体より手数料を徴求する動きはある栃木県の24市町、足利銀行の公金手数料で協議会日経電子版2023年3月8日付ものの、（
新しい収納方法との不均衡 コンビニ収納などの新しい収納方法の収納手数料は、コストに対して適正な額が設定された社団法人全国地方銀行協会は、2007年（平成19年）に全国知事会、全国市長会、全国町村会、総務省への要望書で「地方公金の収納事務については、コンビニ収納、クレジットカード支払いの導入など収納の多様化が急速に進展しており、これら委託先には相応の経費負担がなされている」と指摘している（、社団法人全国地方銀行協会、平成19年＜2007年＞8月2日、2020年10月21日閲覧）。新宿区（東京都）では、コンビニ収納１件55円、Pay-easy１件60円、クレジットカード1件70円（クレジットカードは納付者側も別途手数料を負担）という金額が示されている。（新宿区議会会議録、令和2年＜2020年＞2月27日予算特別委員会）。そうすると、納付書や口座振替の無料または10円以下というような手数料水準と比べて相対的に高い額となり、結果として、新しい収納方法の導入には地方公共団体の財政負担が必要ということを意味した。
2009年（平成21年）にみずほ情報総研が実施した地方公共団体を対象とする調査みずほ情報総研、平成21年（2009年）3月、2020年（令和2年）10月21日閲覧でも、回答した地方公共団体のうち90.7％が「新しい公金収納方法の問題点」に手数料負担の増加を指摘している。このため、収納手数料の財政的な負担と住民の利便性向上を天秤にかけた判断を求められ、早期に対応した地方公共団体川崎市（神奈川県）では2003年（平成15年）の国民健康保険料を皮切りにコンビニ収納を順次導入した。（川崎市議会会議録、平成15年＜2003年＞9月11日の本会議）がある一方で、対応が進まない地方公共団体横須賀市（神奈川県）では国民健康保険料などのコンビニ収納が2020年（令和2年）の開始となり、同じ神奈川県内の川崎市からは17年もの遅れとなった。（横須賀市議会会議録、平成31年＜2019年＞2月26日の本会議）も見られることになった。
郵政民営化時の手数料格差議論 郵政民営化前、地方公共団体は郵便振替法に基づく収納手数料を郵便局に支払う必要があり、その額は指定金融機関や収納代理金融機関の場合の無料もしくは10円以下という相場より高かった。このため、郵政民営化で郵便振替法が廃止されてゆうちょ銀行が同一制度に収まることになると、地方公共団体側（全国市長会）は、他の金融機関と同等の手数料額に引き下げることを求め－要望－ H19.11）全国市長会、2020年10月2日閲覧、社団法人全国地方銀行協会は、手数料額に格差があることは「差別的な取扱い」であるとして「事務処理コストに見合った適正な水準の経費負担」（値上げ）を求める社団法人全国地方銀行協会、2020年10月2日閲覧という展開になった。
しかし、この時は、ゆうちょ銀行側が「他の金融機関と同等の条件でサービスを提供していくことを基本に」各地方公共団体と個別協議するとして、値下げ（2008年4月から）で決着したゆうちょ銀行、2020年10月2日閲覧ため、「事務処理コストに見合った適正な水準の経費負担」という問題は将来に持ち越されることになった。
マイナス金利政策の導入 マイナス金利政策が導入された2016年（平成28年）以降になると、中核市レベル以下の指定金融機関をめぐる動きが具体的なものとなった。大和総研は、公金事務の赤字を公金預貸取引の黒字で補填するビジネスモデルが崩壊に至り、経費負担見直し要請や公金取扱い業務辞退が相次いだとの分析を示している鈴木文彦、『大和総研調査季報』、2022年秋季号（Vol.48）。
三菱UFJ銀行の選別と撤退 朝日新聞が調査した結果によると、三菱UFJ銀行は、2017年（平成25年）から2019年（平成31年／令和元年）までの間に手数料等の値上げを要求し、要求が認められなかった大阪府・兵庫県の12市で市の指定金融機関を辞退した佐藤秀男、笠井哲也「銀行と自治体、「指定金」で溝 三菱UFJ、契約相次ぎ打ち切り」『朝日新聞』2020年7月3日付大阪朝刊、経済面銀行、手数料安い「自治体指定金融機関」辞退の動き産経新聞2019年2月26日付。
芦屋市（兵庫県）では、従来は三菱UFJ銀行と三井住友銀行の輪番制で、委託料70,200円/年、振替手数料5円/件、組戻手数料無料であった。三菱UFJ銀行は、委託料1500万円/年、振替手数料10円/件、組戻手数料800円/件を要求し、芦屋市はこれに応じず辞退となった。もう一方の三井住友銀行は、委託料400万円/年、振替手数料10円/件、組戻手数料600円/件の条件を提示し、芦屋市はこれを受け入れて、単独の指定金融機関となった芦屋市議会会議録、令和元年（2019年）6月21日総務常任委員会。