公益財団法人微生物化学研究会（びせいぶつかがくけんきゅうかい、）は、元厚生労働省文部科学省所管の生物系の研究所を擁する公益財団法人。
概要 国産初の抗生物質カナマイシンの特許料をもとに、「疾病予防及び治療のための微生物及び微生物生産物の調査・研究」を主要な事業として、1958年東京都品川区上大崎に設立された。
1962年同所に微生物化学研究所（、通称: 微化研）を開所。梅澤濱夫博士を中心に我が国の抗生物質研究を長くリードしてきた。
薬学者の山田俊一と古賀憲司を記念し、1995年にYamada-Koga Prizeを創設した。
沿革 1958年 財団設立 1962年 微生物化学研究所開所 1968年 エピゾーム研究所開所（群馬県勢多郡）、同研究所は2003年閉鎖 1974年 生物有機化学研究所開所（神奈川県川崎市） 1985年 化学療法研究所開所（静岡県沼津市） 2003年 研究所名称変更；微生物化学研究センター（旧微生物化学研究所）、日吉創薬化学研究所（旧生物有機化学研究所）、沼津創薬医科学研究所（旧化学療法研究所） 2010年 研究所名称変更；微生物化学研究所（旧微生物化学研究センター）、日吉創薬化学研究所は微生物化学研究所日吉支所、沼津創薬医科学研究所は微生物化学研究所沼津支所に変更。 2011年 公益財団法人へ移行
所在地 〒141-0021 東京都品川区上大崎3-14-23 山手線五反田駅から徒歩約10分 山手線目黒駅から徒歩約15分
歴代理事長 梅澤濱夫（1958年 - ） 竹内富雄（1987年 - ） 野々村禎昭（2002年 - ） 野本明男（2010年 - ） 柴崎正勝（2014年 - ） 清水孝雄（2022年 - ）
関連化合物 カナマイシン ジベカシン ベカナマイシン アルベカシン ジョサマイシン カスガマイシン アイブロシン ブレオマイシン ペプロマイシン アクラルビシン ピラルビシン ウベニメクス グスペリムス
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