正中の変（しょうちゅうのへん）は、鎌倉時代後期の元亨4年9月19日（1324年10月7日）に、後醍醐天皇とその腹心の日野資朝・日野俊基が、鎌倉幕府に対して討幕を計画したという疑いをかけられた事件。伝統的通説では「後醍醐天皇が首謀者であることは幕府側の誰にも明らかであったが、幕府は天皇との対立を避けてうやむやにしてしまった」とされるが、異説も存在する（後述）。「変」という呼称では、後醍醐がこの時点で討幕を計画していたのが確定的であるかのような印象を招き、中立性を欠くため、正中元年事件（しょうちゅうがんねんじけん）という呼び方が適切ではないかという主張もある。4か月に及ぶ幕府の調査の結果、後醍醐と俊基は冤罪とされ、公式に無罪判決を受けた。しかし、資朝は有罪ともいえないが疑惑が完全には晴れないので無罪ともいえない、として曖昧な理由のまま佐渡国（新潟県佐渡市）へ遠流となった。この事件の7年後に元弘の乱が勃発し、9年後に幕府が滅亡することになる。
なお、事件発生時の元号は「元亨」であるが、この年の12月9日（西暦12月25日）に改元があって正中元年となった。そのため、「正中」の元号を付けて呼ばれる。
この事件に対する解釈について、2010年代まで通説とされたのは軍記物語『太平記』（1370年頃完成）による「討幕説」である。後醍醐天皇は天皇家の異端児にして討幕に執念を燃やす不撓不屈の男であり、無罪判決は幕府の弱腰姿勢のためだったという。
一方、新説として、2007年に日本史研究者の河内祥輔によって、「冤罪説」が唱えられた。河内によれば、後醍醐は父である後宇多上皇の意志を継ぐ堅実な天皇であり、少なくともこの時点ではまだ討幕を考えておらず、鎌倉幕府との融和路線を堅持していた。後醍醐派逮捕は、後醍醐の朝廷での政敵である大覚寺統嫡流邦良親王派もしくは持明院統側から仕掛けられた罠であったという。なぜ資朝が流罪になったかと言えば、後醍醐派を完全に無罪にしてしまうと、幕府側の捜査失態の責任が問われる上に、邦良派・持明院統まで新たに捜査せざるを得ず、国家的非常事態になってしまうので、事件をうやむやにしたかったのではないかという。すなわち後醍醐派が被害者であり、取り立てた失態もないのに自派だけ損害を受けた形になったという。2010年代後半以降、河内の冤罪説を支持する研究者も複数現れている。
概要：新説（冤罪説） 前半 本節では、2007年に、実証的研究を元に日本史研究者の河内祥輔によって唱えられ、2010年代に亀田俊和・呉座勇一から大枠で支持された説を示す。この説では、本事件の解釈は以下のようになる。
鎌倉時代末期、皇統は大覚寺統（後の南朝）と持明院統（後の北朝）に分裂していた（両統迭立）。大覚寺統の天皇である後醍醐天皇は、「末代の英主」と称えられた父の後宇多上皇の政治路線を引き継いで訴訟制度改革に取り組んでいた。後醍醐はまた、朝幕協調を志向する融和的な君主で、関東申次（朝廷と幕府の交渉役）である前太政大臣西園寺実兼の娘の西園寺禧子を中宮（皇后）としており、正妃の禧子と義父の実兼の影響力を通じて、幕府との友好路線を堅持していた。
しかし、元亨4年（1324年）6月25日に後宇多が崩御すると、大覚寺統の准直系である後醍醐と、正嫡である甥の皇太子邦良親王との間で、大覚寺統内での後継者争いが徐々に表面化してきた。この争いに対し、邦良派もしくは持明院統は、後醍醐が倒幕を計画しているという虚偽の情報を流すことで、後醍醐の失脚を図った。
同年9月19日（1324年10月7日）朝、土岐氏傍流の武士である土岐頼員は、持明院統（あるいは邦良派）の意を受け、妻の父である六波羅探題奉行人の斎藤俊幸に「倒幕計画」を密告した。俊幸からの報告を受けた六波羅探題は、実行犯とされる多治見国長と土岐頼有に出頭を要請したが、両者はそれを拒否したため戦いになり、最終的に両者は自害した。こうして、倒幕計画の証拠は、頼員の「自白」のみが残った。しかし、仮に頼員の主張が正しかったとしても、倒幕の軍事力は国長・頼有・頼員の弱小な3武将にすぎず、疑わしさが残るものだった。そこで、六波羅は同日午後、後醍醐派の公家である日野資朝・日野俊基に出頭を要請して調査を進め、両人はこれに応じて拘禁された。
後醍醐天皇は鎌倉幕府への釈明のため、9月23日に腹心「後の三房」の一人である万里小路宣房を関東に派遣し、10月5日に鎌倉入りした宣房は弁明を行った。一方、宣房と入れ替わりで、邦良派の六条有忠が京都に帰還し、皇太子邦良親王に「吉報」を伝えた。ここから推測すると、9月下旬から10月上旬には、幕府首脳部は後醍醐有罪・邦良即位に決まりかけていたと考えられる。しかし、後醍醐が宣房を通じて幕府に告げたのは、謝罪ではなく、「真の謀反人を捕縛せよ」という命令だった。
10月22日、宣房は帰京し、後醍醐無罪の判決を報告した。これは、幕府側が後醍醐の命令に直接屈した訳ではなく、慎重な調査の結果、本当に後醍醐が冤罪だったと判明したからであると推測される。なぜなら、大覚寺統正嫡である邦良と持明院統に比べれば、後醍醐の立場は脆弱であり、本当に後醍醐が倒幕を計画していたとすれば、幕府が後醍醐に配慮すべき理由は何もないからである。
後半 後醍醐天皇無罪判決の後も、側近の日野資朝と日野俊基は、無礼講という身分秩序を無視した茶会を開いたことを口実に、鎌倉へ護送され、取り調べが続いた。これは、事態をうやむやにしたい幕府の意向があったのだと推測される。もし後醍醐派を完全に無罪としてしまうと、今度は黒幕として持明院統や邦良親王を捜査せざるを得なくなるが、すると天皇家内部での明確な敵対が世間に明るみに出てしまい、天皇家と一定の距離を保ちつつ秩序を維持したい幕府にとっては最悪の事態になってしまう。そこで、他愛もない風紀問題を口実に資朝・俊基を捕縛して、政治的判断を下すための時間を稼いだのではないか、と推測されている。
しかし年が明けた正中2年（1325年）1月には、後醍醐派・邦良派・持明院統は各々使者を鎌倉に走らせ、3党の政治的対立は激しさを増していた。幕府首脳部からの資朝と俊基の処遇については、仮決定段階では、俊基は完全な無罪とするものの、資朝は無罪ではあるが流刑とする、という奇妙な処置に決まりかけていた。しかし、幕府最大の実力者である長崎円喜（高綱）が、資朝の有罪を強硬に主張した。
そのため、同年2月9日、俊基は疑わしい点もあるものの証拠不十分で無罪、資朝は有罪とも無罪とも言えないので佐渡国（新潟県佐渡市）に流刑とする、という正式な判決が下った。二人への刑罰そのものは変わらないが、資朝が完全な無罪ではなくなったのが、仮決定との大きな違いである。資朝一人を犠牲にして手打ちにすることについては、事前に幕府から後醍醐天皇へ打診があったと見られ、後醍醐は渋々これを呑んだのだと考えられる。こうして、誰が本当の黒幕だったのか何もわからないまま、正中元年事件は幕を閉じた。
正中元年事件が大事件になったのは、幕府側の初動捜査の失態および解決方法の曖昧さだった。にもかかわらず、幕府の長崎円喜はその後も大覚寺統邦良親王派を支持したため、後醍醐天皇は一定の反感を覚えた。しかし、後醍醐はなおも関東申次の西園寺家の影響力を通じ、幕府との友好路線の維持に努めた。後醍醐は御産祈祷を行って中宮の西園寺禧子との間に皇子をもうけようとしたり、母方が西園寺家傍系で性格も聡明な第二皇子の世良親王を後継者に立てたりした。元徳2年（1330年）ごろまでは一貫して後醍醐は親幕派だったと見られる。
しかし、結局、夫妻の努力にもかかわらず正妃の禧子との間に皇子は生まれず、世良もまた運悪く数え25歳以下の若さで元徳2年（1330年）に薨去した。これが元徳3年（元弘元年、1331年）元弘の乱に繋がっていくことになる。
概要：『太平記』説（倒幕説） 本節では、軍記物語『太平記』（1370年ごろ）に端を発し、20世紀後半に日本史研究者の佐藤進一や網野善彦によって発展された、2010年代時点での高校教科書的解釈を示す。この説では、正中の変は「一回目の倒幕計画」となる。なお、『太平記』説の中には、実証的にほぼ明確に否定されている部分もある。しかし、『太平記』説と倒幕説を明確に切り分けることは困難であるため、ほぼ確実に否定されている部分もまずあえて記し、より歴史的事実に近いと実証的に示される点については大括弧（［］）で補記を加えた。
鎌倉時代末期、皇統は大覚寺統（後の南朝）と持明院統（後の北朝）に分裂していた（両統迭立）。大覚寺統の天皇である後醍醐天皇は、観念論的・独裁者的な性格の異形の天皇で、父の後宇多上皇とは憎悪し合っていた。後醍醐は天皇親政の理想を志し、即位当初から幕府打倒を目指す闘争心溢れる君主だった。
後醍醐は、関東申次（朝廷と幕府の交渉役）である前太政大臣西園寺実兼の娘の西園寺禧子を中宮（皇后）としたが、禧子を嫌悪し、全く手をつけなかった［実際は禧子との間には懽子内親王という皇女がいる］。代わりに、後醍醐は阿野廉子という側室を准三宮という中宮に准じる位に付け、禧子を差し置いて寵愛したため、国政は腐敗していった［実際は廉子が准三宮になったのは禧子の崩御後である］。
元亨2年（1322年）春ごろ、後醍醐は禧子の御産祈祷という名目で偽って、幕府打倒の呪詛を行った［実際は御産祈祷が行われたのは、正中の変より後の嘉暦元年（1326年）以降］。さらに、後醍醐と側近の日野資朝・日野俊基らは、無礼講という美姫を侍らせた淫らな酒宴を開き、倒幕の志士を集めた［実際の無礼講は学芸に優れた才人が集まった茶会］。
後醍醐は土岐氏嫡流の武将である土岐頼貞や、その親族の多治見国長を味方につけ、倒幕を図った［実際に関与を疑われたのは、土岐氏嫡流の頼貞ではなく、傍系の土岐頼有］。しかし、土岐頼員が、妻の父で六波羅探題奉行人である斎藤利行に密告したことにより、倒幕計画は事前に発覚した。そして、元亨4年9月19日（1324年10月7日）朝、頼貞や国長は六波羅に攻められて自害した。
資朝と俊基は、証言者となる頼貞や国長が戦死したので、自分たちに累は及ぶまいと楽観視していたが、半年以上にわたる捜査を進めてきた幕府によって、正中2年（1325年）5月に捕縛された［実際は正中の変当日に、資朝・俊基は幕府の取り調べ要請に素直に応じて出頭している］。弱気になった後醍醐は、同年7月7日、幕府に謝罪の書状を送った［実際は謝罪文ではなく真犯人を探し出せという命令文だった］。
幕府の重臣の二階堂道蘊（貞藤）は、恐れ多いとして書状を返却しようとしたが、得宗の北条高時は無理にこれを斎藤利行に読ませた。すると、利行は突然鼻血を出して7日間のうちに死んだため、人々は神仏の祟りだと噂した［実際の利行の命日は正中の変が終結して1年以上後の嘉暦元年（1326年）5月］。こうした事件や、勅使の万里小路宣房の釈明によって、幕府は弱腰姿勢になり、後醍醐と俊基には無罪判決が下ったが、資朝は流刑となった［このように『太平記』説では正中の変が終結したのは7月7日以降だが、実際は2月中に終結している］。
こうして1回目の倒幕計画を阻止された後醍醐天皇だったが、不撓不屈で執念深い後醍醐は、7年ごしの倒幕計画を立て、元徳3年（元弘元年、1331年）に、2回目の討幕運動である元弘の乱を起こすことになる。
新説（冤罪説） 背景
本節では、2007年、日本史研究者の河内祥輔が唱えた冤罪説に沿って再構成した経緯を記す。同説は、2010年代後半時点で、亀田俊和や呉座勇一らによって大枠で支持されている。
鎌倉時代後期、後嵯峨天皇の後、皇統は大覚寺統（後の南朝）と持明院統（後の北朝）に分裂しており、互いの皇統から天皇を出しつつも、両派閥で抗争を繰り広げていた（両統迭立（りょうとうてつりつ）参照）。このような中、文保2年2月26日（1318年3月29日）に践祚して天皇位を継いだのが大覚寺統の後醍醐天皇である。
河内祥輔は後醍醐の人物像について以下のように主張した。 後醍醐天皇は思想的には取り立てて特異なところのない、常識的な天皇だった。1960年代の佐藤進一説などの「名分論（臣は君に盲従すべきという儒学思想）を振りかざした後醍醐」という専制君主的人物像は、江戸時代の儒学者の提唱以前に遡ることはできず、史料上は確認できない。 後醍醐は天皇家の異端児ではなく、父の後宇多天皇を尊敬し、その後継者を自認していた。なお、『花園天皇日記』元亨4年6月25日条によれば、後宇多上皇は、生前から自身の追号を後宇多と指定していたという。当時、宇多天皇が子の醍醐天皇に書き残した遺訓の『寛平御遺誡』は広く知られており、後醍醐が自身の追号を「後醍醐」と生前に指定していたのも、宇多の後継者が醍醐であることが大きかったのであろう。たまたま、醍醐天皇が行ったという聖代「延喜の治」と重なったが、後醍醐が「延喜の治」を標榜したかは確実ではないし、仮にあったとしても、『寛平御遺誡』から帰結される副次的な効果である。 後醍醐は、関東申次（朝廷から幕府への交渉役）の西園寺実兼の娘である禧子を中宮（正妃）としており、少なくとも当初は幕府と協調路線を取っていた。
元亨4年（1324年）当時、皇位は天皇である大覚寺統准直系の後醍醐と、皇太子である大覚寺統正嫡の邦良親王（後醍醐の甥）で占められており、持明院統に対し大覚寺統は大きな成功を収めていた。後宇多上皇はこの3年前、邦良に子の康仁親王が生まれた後に、治天の君を後醍醐に移譲していた。河内の推測では、これは、後醍醐に経験と権威を積ませ、大覚寺統正嫡（邦良派）と准直系（後醍醐派）の両輪体制を作ることで、持明院統側の親王が立太子されることを防ぎ、皇統を大覚寺統に一元化することを狙ったものではないかという。
ところが、同年6月25日に後宇多が崩御すると、邦良派と後醍醐派の足並みが乱れ、どちらが後宇多の後を継ぐかで争うようになった。これは必ずしもどちらか一方が正しいという訳ではなく、後宇多の遺言はどちらとでも解釈可能なものであり、むしろその曖昧性のために両派閥は後宇多後継者の地位を賭けて争った。無論、大覚寺統の内紛という絶好の機会を、衰退しつつある持明院統側も見過ごしてはいなかった。
河内の主張によれば、このような混沌とした状況に対し、大覚寺統邦良派もしくは持明院統から後醍醐天皇に謀略を仕掛けたのが正中元年事件である。呉座勇一は、特に持明院統の方がどちらかといえば怪しいとしている。つまり、後宇多という長を失ったばかり（崩御から3か月未満）で混乱している大覚寺統に攻勢を仕掛け、「後醍醐が討幕計画を企んでいる」という噂を流し、天皇位から引きずり下ろそうとしたのではないか、と推測した。
経緯 事件当日
この事件に係わる武士は全て土岐氏関係者である。以下に図を示す。
冤罪説に沿って、『花園天皇日記』元亨4年9月19日条（および裏書）の記録を再構成した場合、以下のようになる。 持明院統もしくは邦良親王派が後醍醐を陥れる計画の実働部隊として働いたのは、土岐左近蔵人頼員（土岐頼員）という武士である。頼員は、元亨4年9月16日（1324年10月4日）、妻の父である斎藤俊幸（『太平記』の斎藤利行）に以下のような讒言をした。 頼員は多治見国長という武士から討幕計画に誘われた。その国長を討幕計画に誘ったのは後醍醐天皇側近の日野資朝である。そして、頼員は後醍醐から討幕の命を受けた。 国長が頼員に打ち明けた（と頼員が主張する）計画では、決行日は9月23日の北野祭だった。祭りの騒ぎに乗じて六波羅探題を攻略し、そこに延暦寺と興福寺の衆徒（僧兵）が宇治・勢多を占拠して、近国の武士を集める。そして、日野資朝と日野俊基がその指揮を執る計画だった、という。
斎藤俊幸からの情報を受けた六波羅探題は、元亨4年9月19日朝、多治見国長と土岐頼有に出頭命令を出した。国長と頼有はこれを拒否したので合戦となり、その末、両者は取り調べを受けないまま自害した。
この事件の真相を知るには国長と頼有の弁明が必要だが、六波羅は両者の捕縛に失敗して自殺させてしまったため、結局は頼員の「自白」しか証拠がない。しかし、日本史研究者の河内祥輔によれば、仮に頼員の討幕説が正しかったとしても、討幕軍は土岐氏庶流のみであり、六波羅を滅ぼすに足る兵力とは到底言えない。また、国長が実際に延暦寺・興福寺や他の武士を誘っていた実証的証拠もないという。
このように、頼員の主張は鵜呑みにするには疑惑が多く、幕府・六波羅探題は検証のため、後醍醐側である日野資朝・日野俊基の弁明も聞こうとし、また土岐氏嫡流側にも調査の手を進めた。
9月19日午後、六波羅探題は関東申次西園寺実衡を通じて、日野資朝・日野俊基の勾留を朝廷に要請し、同日夜に両人は六波羅に出頭した（『花園天皇日記』同日条）。
「九月二十六日結城宗広書状」（『鎌倉遺文』28835号）によれば、9月23日に初めて鎌倉の幕府中枢部は事件の発覚を知った。同書状によれば、まず嫌疑がかかったのは元伯耆守の土岐頼貞で、幕府は鎌倉にある頼貞の宿所を捜索したが、不在だった。この後、頼貞が処罰された形跡は見当たらないため、河内によれば、頼貞は冤罪であるとすぐに判明したのではないかという。この書状によれば、幕府に頼貞のことを讒言したのは六波羅探題ではなく、斎藤俊幸（『太平記』の斎藤利行）なる人物であった。河内は、花園上皇が聞いた頼貞謀反人説も、俊幸が広めた情報に由来するではないかと推測している。
討幕説の流布
はじめ六波羅探題は、後醍醐天皇謀反説を信じ、これを触れ回った。正中元年事件に勢いづいたのは、持明院統と邦良親王派である。
9月23日、後醍醐天皇は、釈明のために万里小路宣房を鎌倉へ向かわせた（『花園天皇日記』同日条）。
10月1日、資朝が自白してついに罪を認めたという噂が流れた（『後光明院関白日記』同日条）。しかし、河内によれば、その続報がないためこれは誤報であると考えられ、この後の展開を考えれば資朝・俊基は容疑を否認し続けたのではないかという。
後醍醐勅使の万里小路宣房は10月5日に鎌倉に到着し（『武家年代記』同日条）、安達時顕と長崎円喜（高綱）から厳しい取り調べを受けた（『花園天皇日記』10月30日条）。後醍醐が幕府宛てに宣房に持たせた綸旨（りんじ、天皇の私的な通達文）は、「逆鱗以て甚だし」（天子たる朕は激昂している）で始まる気丈なものであった。その内容は、「東夷」である鎌倉幕府に対し、「聖主」である自分に謀反の疑いをかけたことを叱責し、罠にかけられたのは自分の側であるから、真の謀反人を捕らえよ、と幕府に命令するものであった。この綸旨の文言は、漢籍からの引用で埋め尽くされていて、花園上皇は「宋朝の文体のごとし」と評している。後醍醐がてっきり「陳謝」するのだろうと思っていた花園は、内容に驚いたという。
事件発生当時、鎌倉には邦良親王派の六条有忠が駐在していたが（『花園天皇日記』同年8月26日条）、有忠は10月13日に京都に帰還して、邦良に「御吉事」を伝え、まもなく幕府の使者が上京して正式な方針を発表するだろうと告げた（『花園天皇日記』同日条）。河内祥輔の推測によれば、9月下旬から10月上旬（有忠が鎌倉を出る時まで）には、幕府は後醍醐退位・邦良即位の方向で決まりかけていたのではないかという。
ところが、10月22日、後醍醐側近の宣房が京都に帰還しすると、事件の流れは大きく変わった（『花園天皇日記』同日条・30日条）。宣房が持ち帰った結果は、後醍醐への処分は「無為」という幕府の裁定だった。
河内は以下のように主張する。そもそも後醍醐謀反の証拠は、土岐頼員の密告以外には存在せず、六波羅はその検証を後回しにして京や幕府に広めてしまった。謀反が真なら、後醍醐退位は大覚寺統邦良派と持明院統の両方に望まれていることであるから、幕府は遠慮なく後醍醐を処分したはずである。そうならなかったのは、幕府が事件後に十分な検証をした結果、後醍醐の謀反は本当に冤罪であると認定したためであろう、という。
討幕説延命
後醍醐への無罪判決の後も、日野資朝・日野俊基への取り調べは続いた。宣房が帰京したその22日、資朝と俊基は、祐雅法師（『太平記』の伊達游雅）という人物と共に鎌倉へ送られることになった（『花園天皇日記』同日条）。さらに、10月29日、高倉範春が、多治見国長の縁者として、鎌倉で事情聴取されることになった（『花園天皇日記』同日条・12月13日条）。
『花園天皇日記』11月1日条によれば、これは、資朝らが開催していた無礼講という宴会の参加者名簿の落書（匿名の風刺文）が六波羅探題に投じられたのがきっかけで、その参加者をひとまず鎌倉で取り調べるということになったためであるという。名簿には「高貴の人」（＝後醍醐天皇か）の名まで載っていたという。その落書を書いたのは、資朝・俊基と共に鎌倉に送られた祐雅であるという噂が立っていたが、真偽は不明。このころ、源為守と智暁法師という人物も鎌倉に送られるという風聞があったが、それは誤報だった。
この間、持明院統の花園上皇は、後醍醐が「真の謀反人を捕縛せよ」と幕府に命じたことに動揺しており、「世間畏怖の外他無し」「君臣皆是れ狂人か」と、後醍醐派を罵っている（『花園天皇日記』同年11月14日条）。河内によれば、後醍醐の意見が幕府に受け入れられれば、今度は一転して花園側が追い詰められることになるため、焦ったのではないか、という。
河内は、後醍醐が無罪となったにも関わらず、入れ替わりで資朝・俊基らが鎌倉に送られて取り調べを受けた理由については、問題をうやむやにしたい幕府の意向があったと推測する。調査の結果、後醍醐が冤罪なのは判明したが、もし完全に白としてしまうと、今度は逆に後醍醐に謀略を仕掛けた持明院統や邦良親王に対し、捜査を行わければならなくなる。そうしてしまうと、問題は後醍醐対幕府に留まらず、朝廷の内紛という国家を揺るがす事態が明るみに出てしまい、幕府にとって最悪の結果になってしまう。そこで、無礼講という他愛もない風紀問題を口実にして、資朝・俊基の勾留を延長し、政治的判断を下すまでの時間を稼いだのはないか、という。
事件の決着
その後の3か月間、資朝らの取り調べの詳細は不明である。
年が明けた正中2年（1325年）1月13日ごろには、正中元年事件を契機に、後醍醐天皇と甥の皇太子邦良親王の政治抗争は表面化していた。このころ、両者はたびたび使者を鎌倉に送っていたので、世人に「競馬」と呼ばれていた、と花園上皇は批判している（『花園天皇日記』同日条裏書）。もっとも、花園が属する持明院統の後伏見上皇も、政争に勝利するために使者を走らせていた。
閏1月7日、花園上皇は幕府の仮決定を知った（『花園天皇日記』同日条）。それによれば、「1. 資朝・俊基の討幕計画は完全な冤罪である。2. 資朝は（討幕計画に関しては冤罪だが）佐渡国に配流する。 3. 俊基は無罪。 4. 祐雅は追放」という内容だったという。花園は、資朝が冤罪なのに佐渡への流刑という不可解な決定に、不審であると驚いている。『花園天皇日記』同日条裏書によれば、長崎円喜（高綱とも。嫡子の内管領長崎高資と共に、当時の幕府の事実上の最高権力者）も、この裁定に不審と驚いたらしい。円喜は、「資朝の書状」なるものにまだ疑惑があるのに、冤罪判決が下りそうなのは、資朝が恐怖したので情状酌量があったからだろうか、と密かに談じていたという。この時点では、幕府首脳部の多数意見は資朝冤罪だったと見られる。
2月9日、幕府は正式な結論を朝廷に報告した（『花園天皇日記』同日条）。資朝に関しては、完全な冤罪という仮決定から覆り、「以前からたびたび不義暴虐のことがあったので、疑わしいことが全くない訳でもない」という曖昧な結論が下され、有罪とは言えないが無罪とも言えないので、佐渡流刑ということになった（もっとも、前記したように、冤罪だとしても佐渡流刑は決まっていた）。俊基は、資朝に通じたという噂もあるが、証拠不十分であるとされ、放免された。このことについて、花園は「禁裏、此の趣、殊に隠密せられると云々」と書いている。
河内の解釈によれば、幕府首脳部多数派の意見に反して、資朝だけでも有罪にしたいという円喜個人の意向が強く働き、裁定が覆ったのではないか、という。「隠密」というのは、事件をうやむやにしたい幕府側から、資朝一人をスケープゴートにすることで手打ちとしないかともちかけられ、後醍醐の側もやむを得ずそれを呑んだのではないかという。こうして、真の黒幕が誰なのか真相は解明されないまま、疑惑に蓋をする形で正中元年事件は幕を閉じた。
その後
正中元年事件では後醍醐の側が被害者であった。それにもかかわらず、『神皇正統記』によれば、その後、幕府内部に邦良親王派を支持する人物が存在したため、後醍醐は幕府に反感を抱いたという。しかし正中3年3月20日（1326年4月23日）に邦良が急逝。新たな皇太子として、後醍醐は第一皇子の尊良親王を推薦していたが、結局は持明院統の量仁親王（のちの光厳天皇）が立てられたため、大覚寺統邦良派・大覚寺統後醍醐派・持明院統の三者による後継者争いは一旦白紙に戻った。
河内祥輔によれば、後醍醐天皇はこの時点でも幕府との対立を考えず、御産祈祷をし、関東申次西園寺家の出身で正妃である中宮の西園寺禧子との間に皇子をもうけることで、自身の系統存続の望みを繋いだのではないかという。また、兵藤裕己 によれば、後醍醐と禧子の夫婦関係は良好であり、素直に御産祈祷をしたいという意図もあった。こうして邦良薨去からおよそ4年間に渡って、御産祈祷が続けられた。しかし、結果として皇子は生まれなかった。
また、亀田俊和によれば、安産祈祷と合わせて、西園寺家の血を引き聡明でもあった第二皇子の世良親王も有力な後継者として目をかけられていたという。しかし、世良もまた元徳2年（1330年）9月に若くして薨去してしまった。
こうして、元徳2年（1330年）には、邦良の嫡子である康仁親王など、邦良派が次の大覚寺統天皇になる可能性が高くなってしまった。また、この頃の在位期間の平均である10年も超えたため、持明院統からの退任要求も強まってきた。この年（亀田説では特に世良薨去の9月以降）から倒幕計画が進められ、そして翌元徳3年（1331年）に始まる元弘の乱に繋がるのであるという。
『太平記』（倒幕説） 前書 本節では、軍記物語『太平記』（1370年ごろ完成）による解釈を基本に、20世紀後半に日本史研究者の佐藤進一・網野善彦・森茂暁らによって発展した経緯を示す。2010年代時点でいわゆる通説的見解とされたものではあるが、別節で述べたように、2007年以降、徐々に疑問視されてきている。なお、『太平記』、特に流布本系は月日に錯誤が見られ、さらにこの時点では歴史的に死んでいない人物が唐突に死亡したりするため、以下に記述する経緯では不可解な展開も見られる。しかし、時系列の矛盾も、討幕説否定の重要な論点のため、原則的に本文では修正せずにあえてそのまま記載し、実証的に明確に否定される点に関しては注釈で補った。
背景 『太平記』流布本巻1「後醍醐天皇御治世の事武家繁昌の事」によれば、承久の乱で後鳥羽上皇（承久3年（1221年））が鎌倉幕府に敗北して以降、代々の天皇は密かに討幕への意識があったものの、機はなく誰も実行に移さなかったという.。
鎌倉時代後期、後嵯峨天皇の後、皇統は大覚寺統（後の南朝）と持明院統（後の北朝）に分裂しており、互いの皇統から天皇を出しつつも、両派閥で抗争を繰り広げていた（両統迭立（りょうとうてつりつ）参照）。このような中、文保2年2月26日（1318年3月29日）に践祚して天皇位を継いだのが大覚寺統の後醍醐天皇である。