ロシア正教会の歴史では、キリスト教の独立正教会のひとつであるロシア正教会の歴史を扱う。
出発点をめぐる論争 ロシア正教会の出発点をどこに設定するかでまず論争が存在する。
「ロシア」という地域名が最初に文献に登場するのは15世紀末、広く用いられるようになったのは16世紀になってからのことである。「ロシア」がどこから出発したかが曖昧な以上、「ロシア正教会の歴史」と言った場合もどこに記述の出発点を置くべきかは必然的に議論が分かれるものとなる。
11世紀までは、ルーシの中心地域が現在のウクライナの首都であるキエフ周辺だったことを反映し、正教会の中心地もキエフであったのだが、その周辺の現代ウクライナとなっている南西ルーシ地域は14世紀前後に隣国のリトアニア大公国とポーランド王国によって征服されて以来、18世紀のエカチェリーナ2世による併合に至るまでウラジーミル、モスクワを始めとした北東ルーシからは切り離されてもいた。「ルーシ」の正教会の歴史と、北東ルーシのモスクワを中心とする現在のロシア正教会の歴史とは分けて考えるべきだとする見方も説得力はある。
だが当初からキエフ府主教座は北東ルーシをも管轄していた。キエフ・ルーシ時代の正教会とロシア正教会の歴史との間にどこまで連続性を認めるかは難しい議論となり決着はつかない。これは特にウクライナにおいて、政治的立場と相俟って熱い論争となる歴史認識問題である。国境や民族の居住区域、地域の中心地が一定することのない、大陸のどこでもみられる論争である。
本項では、連続性を有しかつ時代的境界線を設定し難い教会史の性質もあり、キエフ・ルーシ時代の正教会とロシア正教会の連続性を一定程度認め、10世紀後半頃のルーシから詳細な記述を進める。ロシア正教会の出発点をより後代に看做す立場からも、この時代の正教会の歴史はロシア正教会の歴史を知る上では必須の「ロシア正教会前史」であるとは最低限言えるからである。なお参考までに、10世紀後半以前のクリミア半島も含めた状況および伝承についても最初に若干触れる。
クリミア半島とキエフの伝承 この項の主要参考箇所：黒川知文『ロシア・キリスト教史』42頁（教文館、1999年初版）ルーシの正教会伝道の歴史は12使徒のひとりであるアンドレイ（アンデレ）にさかのぼるとする伝承が残されている。黒海北東地方に伝道を行ったアンドレイは、のちにキエフが建設されるドニエプル川河畔の丘陵地帯で祝福の祈りを行い、十字架を立てたとされるThe Holy Apostle Andrew the First-Called (Pervozvyannii)。
東ローマ帝国の版図となっていたクリミア半島には、1世紀末のローマの聖クリメントがケルソネソス近くに流刑にされ、その後致命したという伝承や『諸聖略伝 十二月』71頁、日本ハリストス正教会府主教庁 (2004年1月発行)The PriestMartyr Clement, Pope of Rome、8世紀後半のクリミヤの克肖者聖神父イオアンの伝承The Monk John, Bishop of the Gothsにみられるように、既にキリスト教が広まっていたが、こうした黒海沿岸のギリシア植民市におけるキリスト教はルーシ内陸部にまでは定着しなかった。
キエフからモスクワへの軌跡 ウラジーミル1世の受洗とキエフ府主教座の設立 thumb|200px|キエフ・ルーシ時代の聖ソフィア大聖堂の模型。 正教会の伝承によれば、ルーシの正教伝道の歴史は12使徒のひとりであるアンドレイにさかのぼるとされるが、本格的な正教伝道の試みが歴史的に確認できるのはコンスタンティノープル（コンスタンティノポリス、コンスタンディヌーポリ）総主教フォティオス（在位：858-861‚ 878-886）によるものである。また954年にはキエフ大公ウラジーミル1世の祖母であるオリガがキリスト教（正教会）の洗礼を受け、ルーシにおける正教のさきがけとなった。
まとまった形を伴ったルーシの正教会の歴史は、988年、キエフ大公ウラジーミル1世が、東ローマ帝国皇帝バシレイオス2世の妹アンナを妃とし、公式に東ローマ帝国の国教である正教会の洗礼を受けた時から始まるとされ、この年がロシア正教会の歴史の基点とされることが多い。府主教座は当時ルーシの中心都市であり、キエフ大公国の首都であったキエフにおかれた。
発足当初から長期にわたってキエフ府主教はコンスタンティノープル総主教庁の監督下にあり、コンスタンティノープル総主教がキエフ府主教を任命した。当初は府主教も東ローマ帝国から派遣されたギリシャ人だった。なお初期の府主教の称号は単に「キエフ府主教」であり、「キエフ及び全ルーシの府主教」の称号は後代になって使われるようになった（13世紀から使われ始め、恒常的に使われるようになったのは14世紀Christianity and the Eastern Slavs Vol. I: Slavic Cultures in the Middle Ages p113, Edited by Boris Gasparov, Olga Raevsky-Hughes ISBN 9780520079458）。
キエフには後にキエフ・ペチェールシク大修道院に成長する洞窟修道院が、アトス山の修道院から出身地ルーシに戻ったアントニイによって1051年に創始されたKyiv-Pechersk Lavra。
東西両面からの軍事的脅威と諸公の抗争
キエフ大公国は10世紀末から11世紀前半にかけてウラジーミル聖公とヤロスラフ賢公の時に最盛期を迎えたが、その後は10以上の諸公国による割拠の態を示したばかりか、テュルク系遊牧民ポロヴェツ人による介入をも招き、ルーシは混沌とした有様となった。
13世紀にはルーシの動揺は決定的となる。度重なる内紛によりルーシの統合は破壊された。東からはポロヴェツ人を打ち破ったモンゴルが襲来し、西からはローマ教皇の意を受けた「北方十字軍」の侵略を受けた。バトゥに率いられた東からのモンゴル軍は、1237年にはウラジーミルを陥落させ、1240年にはポーランド・ハンガリーへの遠征の途中でキエフを陥落させた。西からのルーシに対する「北方十字軍」としては、スウェーデン軍がノヴゴロドの奪取を試み（1240年）、ドイツ騎士修道会はプスコフを占領した。
これら外憂のうち、西方からのスウェーデン軍・ドイツ騎士修道会は、いずれもウラジーミル大公アレクサンドル・ネフスキーによって撃退された（対ドイツ騎士修道会の戦闘としては1242年の「氷上の戦い」）。だがモンゴルに対しては、アレクサンドル・ネフスキーは基本的に恭順の姿勢を示していくことになる。以降15世紀中葉に至るまで、ルーシはモンゴルの影響下に置かれることとなる。
モンゴルの支配は苛烈なものではあったが、ローマ・カトリックへの改宗を強制する「十字軍」とは違い信仰面においては比較的寛容だったため、当時のキエフ府主教であったもアレクサンドル・ネフスキーの「西方諸国に断固とした姿勢で臨み、東のモンゴルには恭順する」という外交政策を支持していた（しかしアレクサンドルのこうした外交姿勢は「臆病」「優柔不断」との非難も同時代に受けている）。当時のルーシ諸公には極めて強力なモンゴルの軍事力に対して徹底抗戦するだけの実力も統一性もなかった。ルーシ諸公の内紛とモンゴルの介入は断続的に続き、ルーシの国土は荒廃した。
キエフをはじめとするルーシ中央部、および南部の平原はモンゴルによって壊滅した。ルーシの他の地域もモンゴルから大きな被害を受けたが、これ以後ルーシは、北西のノヴゴロドおよびプスコフ、北東のウラジーミル、スーズダリ、ロストフ、ヤロスラヴリ、南西のハールィチ、ヴォルィーニなど、（あくまで相対的・比較的にだが）被害の少なかったおおよそ三つの諸地域から構成されるようになった。
このような外憂内患を受けた結果が、キエフ府主教座の移転である。
キエフ及び全ルーシの府主教座の北東ルーシへの移転 thumb|left|200px|ウラジーミルの生神女就寝大聖堂。セルゲイ・プロクジン＝ゴルスキーによって1912年に撮影されたカラー写真。 ルーシ全域が混乱していた1249年、南西ルーシのハールィチ・ヴォルィーニ公ダニールはローマ教皇インノケンティウス4世から王号を受け、塗油と戴冠を受けた。こうしたダニールの動きに、コンスタンティノープル総主教は脅威を感じる。キエフ府主教は先述の通りコンスタンティノープル総主教の影響下にあり、コンスタンティノープル総主教の利害の下に動いていた。ダニールの推挙を受けたキエフ府主教キリルでさえもその例外ではなかった。荒廃したキエフからの遷座の行き先を決めるさい、親ローマの旗幟を鮮明にするハールィチ・ヴォルィーニ大公ダニールとは距離を置いたキリル府主教が着目したのは、ローマとの対決姿勢を鮮明にする北東ルーシのウラジーミルであった。
キリルはウラジーミルへの遷座の準備を精力的に進めたが、実現前に永眠する（1282年）。その後、北東ルーシ諸公の抗争のために遷座は暫く延期されたが、戦乱が収束した1299年、キリルの後継であるキエフ府主教マクシモスはウラジーミルへの遷座を実行した。
ウラジーミルへの遷座後も「キエフ及び全ルーシの府主教」の称号は維持され、キエフ及びルーシの府主教マクシモスが「ウラジーミル主教」を兼任。それまでのウラジーミル主教はロストフ主教に転出した。これはルーシの安定を志向した府主教座が、自らの称号に「全ルーシ」を加えることによって、ルーシが一体となった安定した姿を理想として提示しようとした意思表示でもあったとされる。「キエフ」の名を残したのは、キエフ以外の都市名を冠した第二府主教座の設置が、ルーシの教会組織の統一性の阻害要因になると判断されたためであった。
遷座により、モンゴルやローマカトリック諸国からの直接的脅威から免れるという目的は達成された。だがこれ以降、理想的状況とは程遠い北東ルーシ諸公の抗争が特にトヴェーリとモスクワの間で戦われていく中、キエフ府主教座は否応無しに政争に巻き込まれ、あるいは政争に介入せざるを得ない局面が生まれてくることになる。
キエフ及び全ルーシの府主教座は、1325年頃以降、モスクワへその根拠地を移転していくことになるが、これが定着するまでにはなお紆余曲折があった（後述）。
荒野修道院の成立 モスクワ対トヴェーリの抗争が終息に向かい、1328年に始まり40年間続く「大いなる平和（静寂）」を迎えたルーシで、中部・北部ロシアの原生林に多くの荒野修道院が建設されていった。
先述したキエフ洞窟修道院にみられる通りそれまでのルーシにも修道院は存在していたが、中部・北部ロシアの原生林に多くの荒野修道院が建設され、精神面、物質面問わずあらゆる面において、ルーシに地殻変動をもたらした。東ローマ帝国で起きていたヘシュカスムが修道士のネットワークを通じてもたらされたことも影響している。ロシアの広大な原生林での修行は、中東の正教会の修道士が行っていた砂漠での修行と似通ったものとして捉えられた。
thumb|250px|至聖三者聖セルギイ大修道院 1345年、のちに至聖三者聖セルギイ大修道院に発展する修道院がラドネジの聖セルギイにより創始された。当初は小さな木造教会を有するだけの修道院だったが、こうした荒野修道院運動の主要な担い手として瞬く間に修道院の規模は拡大。至聖三者聖セルギイ大修道院からだけでも8つの都市修道院、27の荒野修道院が生まれている。至聖三者聖セルギイ大修道院は後々、帝政ロシア・現代ロシアに至るまで、ロシア正教会最大級の修道院として大きな影響力を有することとなる。
ソロヴェツキー諸島の修道院群も、1429年にサヴァーチイにより、その基礎となる庵が建てられたことに出発している。サヴァーチイの死後、ノヴゴロド出身のゾシマが白海修道院を建設し、修道院群発展の道筋をつけた。のちのソ連時代に強制収容所に転用されたこともある（後述）ほどその環境は過酷なものであるところに、当時の荒野修道院の目指した土地の有様が垣間見える。
thumb|175px|アンドレイ・ルブリョフによるイコン『至聖三者』 自給自足を原則とした農業共同体としての修道院は、精神面ではモンゴルによる恐怖政治と相次ぐ戦乱にあえいでいた人心の安定に大きく寄与した。物質面では無人の原生林を開拓して国土開発を行った。14世紀に至るまで戦乱のために行われることのなかった西欧の農業技術（輪作）の導入を行う主体ともなり、ルーシの農業技術の改良にも貢献したと考えられている三浦(2003: 150 - 152)。
また当時の修道士達の足跡は、後代、ロシア正教会のみに留まらない正教会全体に大きな影響を及ぼすものとなった。当時活躍したイコン画家であり修道士でもあったアンドレイ・ルブリョフのイコン「至聖三者」は、正教会のみならずカトリック教会でも使用されることがある。
第二の府主教座設置要求による動揺 トヴェーリとモスクワの抗争、そしてリトアニア大公国とモスクワの抗争を通じ、「キエフ及び全ルーシの府主教」を誰が保護下に置くのか、そして「キエフ及び全ルーシの府主教」が誰を保護者として選ぶのかは重大な問題であり続けた。府主教座の掌握は、全ルーシ支配の正当性をもたらすものだったからである。イヴァン・カリターは1328年、ウラジーミルからモスクワに府主教を移動させることに成功し、モスクワによる全ルーシ支配の正当性を得る礎を築いた。
キエフ府主教の北東ルーシへの遷座に伴い、ある種の置き捨てられた感を持った南西ルーシ諸公と、南西ルーシに自らの影響下にある府主教座を置くことで南西ルーシの正教徒への支配権確立の正当化を画策するリトアニア大公国は、新たな府主教座の設置をコンスタンティノープルに要求していくことになった。こうした要求には本来、全ルーシを管轄する者は名義通りキエフに所在しなければならず、ウラジーミルにとどまらないモスクワへの遷座は認められないという主張を伴っていた。これはもっともな理屈ではあったが、ウラジーミルに遷座した上にモスクワへの事実上の遷座を行ったことには確かに疑問が大きかったとはいえすでにキエフ府主教がいる以上、キエフに重複する府主教座を設けることが教会法違反であったことも確かであった。ましてモンゴル系汗国やカトリック諸国からの軍事的脅威を避けるためというやむをえない事情によって北東ルーシへ拠点を移した府主教座にとって、このような論は当然認められるものではなく、第二の府主教座設置はルーシ分裂の契機とも成り得る危険を孕むものであった。
結局、ハールィチ府主教座、リトアニア府主教座などが一時的に成立はするものの、それらの府主教座は終局的には閉鎖されていく。この間、コンスタンティノープル総主教庁は効率的な事態打開ができなかった。
14世紀のコンスタンティノープル総主教庁の対応 thumb|150px|ラドネジの聖セルギイのイコン。その生涯が回りに描かれている。 13世紀まではルーシの一体性を崩すことを避けるために効果的な対策を打ってきたコンスタンティノープル総主教庁も、14世紀には政策の一貫性を欠き、ルーシに関する裁定は玉虫色のものとなっていき、場合によってはリトアニアとの妥協も行うことがあった。コンスタンティノープル総主教庁の保護者たるパレオロゴス朝東ローマ帝国がこの時期には完全に衰退しており、皇帝の教会政策に関する意思にもコンスタンティノープル教会自身の意思にも、統一性が欠けていた。ルーシに関して正常な意思決定能力を発揮し一貫性ある政策を行うのは当時の東ローマ帝国と総主教庁には荷が重かったと言えよう。
こうしたコンスタンティノープル総主教庁の態度と事情が、ルーシにおける抗争の様相を複雑化させていく一つの要因ともなった。これはルーシの正教徒達の間にコンスタンティノープル総主教庁の紛争調停能力への疑義を持たせる結果となった。具体的には、1350年代に聖アレクシスのロシア府主教叙聖に際しブルガリア総主教が自らの息のかかった人物を叙聖しようと介入、さらに東ローマ皇帝位を巡ってのカンダクジノス家とパレオロゴス家での内乱からフィロセオス総主教が疎開したことにより空座となった主教座にカリストス１世が再就任、すでに聖アレクシスが叙聖されていた事実を無視してロマンを全ルーシ府主教として叙聖してしまう。これによりルーシには二人の主教が並び立つ事態となり、結果二分割された府主教区のうち大ロシアをアレクセイが、小ロシアをロマンがそれぞれ統轄することとなった全ロシアの奇蹟者府主教・聖アレクセイの生涯。
このような状況下で14世紀末にコンスタンティノープル総主教庁から派遣されてきた府主教キプリヤンは親リトアニアの姿勢を鮮明にし、ルーシ侵略を目論むリトアニア大公国のことは反イスラームの同盟国として扱ったのに対し、ルーシに対しては赤子に対する教師であるかのように振る舞い、政治的抗争に関与するルーシの正教会指導者の過ちを厳しく叱責した。
こうした叱責自体は正論ではあったが、教会にしかもはや統一的指導者と保護者を見出せないルーシの苦悩を顧みずに無神経な叱責を名高いラドネジのセルギイにまで加え、リトアニア大公国との友好的態度をとる府主教キプリヤンの言動は、先述したように今までルーシの紛争調停に無為無策であるどころか時には却ってリトアニアを利する決定を下してきたコンスタンティノープル総主教庁の過去と相俟って、「『帝都コンスタンティノープルへの援軍の見返りとしての東西教会合同を推進する』というエゴのためには、コンスタンティノープルはルーシをどうとでも扱うのではないか」との印象すらもルーシの正教徒に与え、ルーシにおけるコンスタンティノープル総主教庁の権威と声望を（あくまで相対的にだが）低下させることとなった。
ただし文人としての才能に豊かであった府主教キプリヤンは、教会文化面では多大な貢献をルーシに対して行った。年代記や教会著作の執筆・編纂を行い、祈祷書や教父著作などのギリシャ語文献のスラヴ語翻訳も行っていった。ルーシの正教徒たちも謙虚に旺盛な学習意欲によってよくこれに応え、主に先述の荒野修道院がこうしたビザンティン文化受容の担い手となった。結果、「第二次南スラヴの影響」と総括される、ルーシの正教会の文化活動の隆盛を迎えた。
クリコヴォの戦いと、モスクワ大公国の台頭 thumb|170px|「ウラジーミルの生神女」（イコン）。1131年にコンスタンティノープルからキエフに贈られた。1155年にウラジーミルに移され、ヴァシーリー1世により1395年にはモスクワに移された。ロシア正教会で最も有名なイコンのひとつであり、これを複製したイコンは膨大な数に上る。 1380年、モスクワ大公ドミトリイ・ドンスコイ率いるルーシ諸公連合軍は、クリコヴォの戦いでジョチ・ウルスのママイ・ハン軍を破った。この戦いの前にラドネジのセルギイは大公ドミトリイ・ドンスコイに対して祝福を与えている。一般にはこの1380年を以てルーシは「タタールのくびき」から解放されたとされることが多い。
依然としてジョチ・ウルスないしその後継ハン国（クリム・ハン国など）の軍事的脅威はその後も15世紀までルーシの諸都市が幾度も略奪に遭っていることからも判る通り持続しており、17世紀末に至るまで軍事的脅威は残存していた。モスクワの人々が「ウラジーミルの生神女」のイコンを用いて祈ったことでティムールの軍がモスクワから退いていったとされる伝承からも、遊牧国家がルーシ諸公にとり依然として脅威であったことが判る。
しかしクリコヴォの戦いが一つのきっかけとはなり、モスクワ大公国が名実ともにルーシの第一人者となっていくこととなる。ただしこの頃のルーシの統合はまだ緩やかなものであった。
フィレンツェ公会議に対する対応 1439年、フィリオクェ問題をはじめとする教義の違いが争点となったものの、フィレンツェ公会議でカトリック教会と、正教会の指導者であるコンスタンティノープル総主教および東ローマ帝国皇帝ヨハネス8世パレオロゴスとの間で、教会の分裂の再統合の合意がなされた。しかし、コンスタンティノープル市民や大貴族（ルカス・ノタラス大公がその筆頭）も含めた東ローマ帝国の正教信者達から東西教会合同決議に対する猛反発が起こり、結局東西教会の合同は実現できなかった。背景には第4回十字軍に決定的となった反西方教会感情があるとみられる。
この時、ロシア正教信者も同様に猛反発を起こし、ロシア正教会の代表として公会議に出席し、再統合に賛成したギリシャ人のモスクワ府主教イシドール（ギリシャ語名イシドロス。在任1436-1441年）は、モスクワに帰任するとモスクワ大公ヴァシーリー2世によって直ちに捕らえられ、府主教職を解かれて追放された。西方教会諸国から軍事的圧迫を受け続けてきたという点では東ローマ帝国もルーシも同様だったのであり、反西方教会感情が広く正教会諸国に共有されていた事実が示されている。
イシドールはローマに逃れ、ローマ・カトリック教会の枢機卿に就任した。のちに、実際の管轄は伴っておらずあくまで名誉的・名義上のものであったが、コンスタンティノープル総大司教・キプロス大司教にも任じられる。
当時の東ローマ帝国はオスマン帝国によって滅亡寸前にまで追い込まていたために西欧の救援を求めて東西教会の統合を進めたが、当時のモスクワ大公国にとってそのような妥協をする必要はなかったのであり、民衆のレベルだけでなくモスクワ大公という世俗君主までもが実力行使に出るほどにまで、対応がより先鋭的になる事情があったと言えよう。
独立ロシア正教会の成立 イシドールの追放後、モスクワ大公ヴァシーリー2世は1448年、ロシア主教会議を招集し、新しい府主教イオナ（1448-1461）を着座させた。その後、ロシア正教会はコンスタンティノープル総主教庁から自治独立権を有するようになった。ただしこの時は、他の正教会から自治独立を承認されてはおらず、事実上の自治独立という形であった。ヴァシーリー2世は幾度もコンスタンティノープル総主教庁にロシア正教会の独立を認めるよう辞を低くして要請していたが、この直後、東ローマ帝国は滅亡し（1453年）、オスマン帝国の支配下に置かれたコンスタンティノープル総主教庁にはそのような重要な決定を下せるような余裕はなかった。
モスクワ大公国の拡大 thumb|90px|ロシアの「双頭の鷲」 1467年、ヴァシーリー2世の長子であるイヴァン3世は東ローマ帝国最後の皇帝コンスタンティノス11世の姪ソフィア（ゾエ・パレオロギナ）を妻として迎え、ローマ帝国の継承者であることを宣言した。
その後、イヴァン3世により、豊かな毛皮を産する後背地を抱えるノヴゴロド（1478年）と貿易の活発であったプスコフが征服された（正式な併合は後年）。同時期、ヤロスラヴリ（1463年）、ロストフ（1474年）、トヴェーリ（1485年）なども次々に併合され、これにより独自の豊富な財源を手に入れたモスクワ大公はルーシ諸公・貴族の中で専制君主として振舞う実力を獲得した。こうした国力を反映し、生神女就寝大聖堂（ウスペンスキー大聖堂）がモスクワのクレムリン内に建設された。
thumb|left|150px|生神女就寝大聖堂(ウスペンスキー大聖堂) イヴァン3世は初めて「ツァーリ」（皇帝）の称号を名乗った君主であり、双頭の鷲の紋章がモスクワ大公の紋章に加えられた。
モスクワ大公の征服活動の中でノヴゴロド大主教は明確にモスクワ府主教の下に位置付けられることとなり、カトリック国リトアニアとモスクワの狭間で揺れ動いてきたプスコフの正教会世界への編入がほぼ確定され、大半の東スラヴの正教会世界のヒエラルキーが整理された。
この時代、プスコフ近郊の修道士フィロフェイが、書簡中で「モスクワは第三のローマである」と言及している。モスクワに事実上完全に屈服させられたプスコフ人がこのような文言を述べたのは聊か奇異に映るが、当時、「世界創造紀元」で7000年にあたったのが1492年であり、一種の世紀末的な思想が流布していたことも「第三のローマ論」の背景にあると思われる。コンスタンティノープルの陥落とリトアニアの脅威を前に終末思想を伴った当時のロシアに精神的な緊張があったことは、モスクワによる権力統一への機運が高まったことの背景として指摘されることがある。「モスクワは第三のローマである」という言葉は、東ローマ帝国滅亡後の正教会世界にあって唯一の独立国となったロシアの、正教の守護者としての自負を示すものとして流布していく。
thumb|200px|コローメンスコエの「主の昇天教会」。1532年、ヴァシリー3世が後のイワン雷帝の誕生を祝して建設した教会。世界遺産。
イヴァン3世の後継者であるヴァシーリー3世は征服事業を継続。プスコフ（1510年）、ヴォロク公国（1513年）、リャザン公国（1521年）、ノヴゴロド・セーヴェルスキー公国（1522年）を大公国に編入した。ノヴゴロドとプスコフという、北方に栄えた中世共和政都市は、ここにおいて名実共に解体された。
次のツァーリ、イヴァン4世は、紙と印刷機の導入、常備軍の創設などの近代化を進め、対外戦争（リヴォニア戦争など）を実行するとともに、教会への国家の統制を強めた。イヴァン4世の統治の時代（特に治世後半）は、彼のあだ名となった「雷帝」の語にも象徴されるようにロシアに恐怖政治が吹き荒れた時代であった。後述する所有派の流れを汲むモスクワの府主教聖フィリップは皇帝に対し痛悔を迫り、国家と皇帝を正常化しようと努力したが、最後には絞殺された。
ヴァシーリー2世以降、大公・ツァーリによるロシア正教会への介入は強まる傾向があったが、15世紀中頃から16世紀初頭にかけて、ロシア正教会の性格に関わる重要な論争が教会において起こっていた。所有派と非所有派の論争である。
所有派と非所有派の対立 thumb|170px|聖イオシフ・ヴォロツキイの直筆本
荒野修道院運動から出発した修道院群も、時を経て開墾地により豊かになっていたものが多かった。こうした富を積極的に用いて人々を助けるべきだとした人々が所有派である。他方、隠遁者を多数生み出し、清貧を旨とし財産所有に反対した人々が非所有派である。
15世紀中頃から両派の間で論争が活発になったのだが、そもそもこうした富を巡った論争が起きること自体が、修道院群の「荒野修道院」からの一定の変質を物語るものである。勤勉な修道士達による過去の開墾の成果が豊かな実りをこの時代にもたらしたのも事実であるが、反面、世俗権力と癒着する聖職者層が形成されてきていたのも確かであった。
所有派のリーダー…ヴォロコラムスクの修道院長：聖イオシフ・ヴォロツキイ(1439-1515) 非所有派のリーダー…聖ニル・ソルスキー(1433-1508)、聖マクシム・グレク(1470-1556) ※ここでは両方のリーダーが列聖されていることを特に示すために、正教会で用いられている「聖」の称号を付す。
thumb|250px|left|聖ニル・ソルスキーが生活していたキリロ・ベロゼルスキイ修道院
上記のそれぞれの派のリーダーに「聖」という称号が付されていることから判る通り、後代の正教会からはいずれも列聖されており、両派のいずれかが二者択一の結果として現代において正統性を獲得するといったようなことは起きていない。所有派は当時、権力基盤が整備され統一が進んでいたロシアにおいて豊かな財力を活かし、荘厳な奉神礼を整え、西欧の進んだ技術を導入する担い手となり学校教育・社会福祉に力を入れていたと評価され、一方非所有派は、祈りと修道を通した精神的向上により、人々の精神生活をより豊かにしようと働いていたと評価される。両派ともに当時も尊敬される修道士・聖人を生み出していた。
しかしながら当時のロシア正教会は、組織としては両派のバランスを志向せず、基本的に所有派を優先するようになっていった。こうした所有派の姿勢への偏りが後々、16世紀及び17世紀のロシア正教会のさまざまな問題に影を落とすことになる。
なお、両派の対立の時代の中にあっても、精神的遺産が正教会に遺された。イオシフ・ヴォロツキイは当時隆盛していた異端に対する論駁を著した。ニル・ソルスキーはアトス山など数々の聖地を訪れ、ヘシュカスムの神秘的奥義を体得、聖師父の著作を読んでロシアに帰郷し、帰郷後は隠遁所をつくって修道生活を送った。膨大な著作も遺している。