『劇場版 魔法少女まどか☆マギカ』（げきじょうばん まほうしょうじょまどかマギカ）は、日本のテレビアニメ『魔法少女まどか☆マギカ』のアニメーション映画シリーズである。
テレビシリーズを再編集して前後編とした2作と、その後の物語を描いた完全新作で構成される。総集編の『[前編] 始まりの物語』と『[後編] 永遠の物語』は2012年10月6日（前編）・10月13日（後編）に、完全新作の『[新編] 叛逆の物語』は2013年10月26日に公開された。
『叛逆の物語』の続編となる新作映画『劇場版 魔法少女まどか☆マギカ〈ワルプルギスの廻天〉』が2026年8月28日に公開された。
物語
[前編]はテレビ版の8話まで、[後編]は9話以降の総集編となっている。
[前編] 始まりの物語 主人公・鹿目まどかの通う見滝原中学校に、謎めいた少女・暁美ほむらが転校してくる。ほむらはまどかを連れ出すと「今の自分とは違う自分になろうと思わないこと」「さもなければすべてを失うことになる」という忠告を残す。
放課後、まどかは親友の美樹さやかと共に、助けを求める謎の声を聞き、向かった先でネコともウサギとも似た生物・キュゥべえと、それを殺そうとしているほむらに出くわす。まどかとさやかはキュゥべえを助けるが、直後に「魔女」の結界に迷い込んでしまい、魔女の使い魔に襲われる。2人は同じ中学の先輩である「魔法少女」・巴マミに助けられ、魔女と魔法少女の戦いの一端を知る。
まどかとさやかは、キュゥべえから「僕と契約して魔法少女になってほしい」と頼まれる。一方でマミからは、契約すればどんな願いも叶うかわりに、人の世に仇なす魔女を倒す戦いの日々が始まる事実を教えられ、慎重な判断をするよう忠告される。2人は世の安全のため戦うマミの姿を目にし、魔法少女になることへの強い憧れを抱くが、まどかを魔法少女の世界から遠ざけようとするほむらは、キュゥべえやマミに敵対的な態度を取る。
ある日、まどかとさやかは、さやかが密かに思いを寄せる幼馴染で、現在は指の怪我で入院中のバイオリニスト・上条恭介を見舞う。その帰り際、2人は魔女の痕跡を見つけ、さやかとキュウべえは魔女を見張り、まどかはマミへ助けを求める。まどかから憧れを打ち明けられ、これまでの孤独な戦いが終わる希望を抱いたマミは、一時は魔女を圧倒するものの、正体を現した「お菓子の魔女」に食い殺される。キュゥべえは危機を脱するべく、まどかとさやかに契約を迫るが、その前に現れたほむらが「お菓子の魔女」を倒す。マミの死によってまどかは魔法少女になる決意を挫かれ、その判断をほむらは歓迎する。しかし、指が二度と治らないという診断に絶望する恭介を前にしたさやかは、彼の怪我を治す願いを抱いてキュゥべえと契約する。
マミの遺志を継いで魔法少女になったさやかが、魔女の結界に囚われたまどかと、もう一人の親友・志筑仁美を救出して間もない頃、利己主義を信念とする魔法少女・佐倉杏子が見滝原市に現れる。見返りを求めずに他人を守ろうとするさやかは、自身が生きるためには一般人の犠牲も厭わない杏子の姿勢に反発し、魔法少女同士の争いが生じる。2人の争いを止めたいが何も出来ないまどかに、今すぐ魔法少女になれば2人を止められるとキュゥべえは唆すが、駆け付けたほむらによって争いは制止される。数日後、さやかと杏子は再び対峙するが、そこに割り込んだまどかの行動によって、魔法少女の魔力の源であると思われていた「ソウルジェム」が、実は少女から分離された魂を収めている器であり、魂を引き抜かれた魔法少女の肉体は、ゾンビの様な不死の肉体に変質していることが明らかになる。さやかはそんな自身の身体に負い目を感じ、恭介のことを避けるようになる。
杏子は、かつて自身の父のためにキュゥべえと契約したが、結果的にその選択が父を追い詰め、母と妹を巻き込んだ心中に追い込んだ過去をさやかに打ち明ける。「他人のために」という共通した願いを抱き、その願いに裏切られ利己主義に傾いた自分とは対照的に「正義の味方」であろうとするさやかに心を寄せていく杏子だったが、さやかは杏子を拒絶する。時を同じくして、さやかは仁美から、彼女もまた恭介に好意を抱いていることを打ち明けられる。自分の決意をも裏切る仁美への嫉妬の感情と、自分が本心では恭介に見返りを求めていたという事実にさやかは直面する。
状況や心のすれ違いが重なり、さやかは心身共に追い詰められていく。まどかはさやかを助けるためキュゥべえと契約しようとするが、割って入ったほむらに阻止され、その姿勢を叱責される。そして自分や人間に対する失望を重ねたさやかのソウルジェムは黒く濁りきり、さやかは自分を探しに来た杏子の目前で「人魚の魔女」と化した。
[後編] 永遠の物語 キュゥべえの正体は「インキュベーター」と呼ばれる地球外生命体の端末であり、魔法少女が魔女になることは彼らによって仕組まれたことであった。キュゥべえはまどかに対し、自分たちの種族の目的が宇宙の寿命を延ばすことにあり、そのために魔法少女たちが希望から絶望へ相転移し魔女となる際に発生する、熱力学第二法則に縛られない莫大な感情エネルギーを回収しているのだと語る。まどかは真相を伏せて契約を迫って来たキュゥべえを非難するが、感情を理解しないキュゥべえは、見解の相違によって生じた齟齬について一方的に責められることのほうが理不尽であるとし、地球人を含む宇宙全体の公益のため、まどかの自己犠牲を期待する旨を告げて去る。
杏子は、さやかの親友であるまどかが呼びかけ続ければ彼女を元に戻せるのではないかと考え、二人で「人魚の魔女」に立ち向かう。しかし試みは失敗し、杏子と「人魚の魔女」は相討ちとなって果てる。その一方、見滝原には大災害をもたらす最強の魔女「ワルプルギスの夜」が迫りつつあり、キュゥべえは3人の魔法少女が戦死した今、高い素質を持つまどかが魔法少女にならない限り見滝原を救うことができない、と予見する。
一方、それまで謎に包まれてきたほむらの素性や目的も明らかにされる。彼女は異なる時間軸からやってきた時間遡行者であり、元の時間軸において初めて得た友人でありながら「ワルプルギスの夜」と戦い、死亡してしまったまどかを救うべく、同じ時間の平行世界を何度も繰り返し戦い続けてきた存在であった。まどかが死を迎える、または魔女と化すという未来に突き当たるたびに時間をさかのぼって来たほむらは、当初の純朴な性格から、まどかの存在のみを拠り所とする冷徹な性格に変貌していった。
ほむらの正体に気付いたキュゥべえは、ほむらの時間遡行が、結果的にいくつもの平行世界における因果の糸をまどかの存在へと束ね、まどかを最強の魔法少女にして最悪の魔女となる素質を与えていたと結論付け、それを聞いたほむらは愕然とする。さやかの告別式の後、キュゥべえからインキュベーターと魔法少女の関わりの歴史を聞かされたまどかは、ほむらの家を訪ねて助力を申し出るが、ほむらはまどかに自らの過去を打ち明け、涙ながらにまどかを守ることを誓う。
やがて「ワルプルギスの夜」が来襲し、ほむらはありったけの武装で応戦するも敗れ、絶望へ墜ちかける。まどかは一つの願いを携え、ついにキュゥべえとの契約を決意する。「過去・現在・未来、全宇宙に存在する全ての魔女を、生まれる前に自分の手で消し去ること」という、時間への干渉を超えた物理法則の改変・すなわち因果律を組み替える神の御業にも等しい願いにキュゥべえは驚愕するが、既にまどかは途方もない因果を持つに至っており、願いは成就される。
まどかの願いにより、宇宙は新たな法則の元に再構築された。まどか自身は人としての存在を失い、未来永劫魔女を生み出さないための概念として昇華し、時間を超える能力を持つほむらだけがその過程を見届ける。時空を超えて遍在する概念と化し、すべての時代と世界を見ることができるようになったまどかは、ほむらに心からの感謝と親愛の言葉をかけた後、最後の奇跡として互いの記憶が残ることを願い、自らの赤いリボンをほむらに託す。
新たに構成された世界では、魔法少女が魔女になることはなくなった代わりに「魔獣」が現れ、インキュベーターのエネルギー採取も、人の世の呪いから生まれた魔獣を倒すことで得られるエネルギーを利用する方法へと変わった。以前の世界で戦死したマミ、杏子は存命しているが、まどかの存在は、魔法少女らの間で「円環の理」という概念として口伝される以外には彼女の家族を含む皆の記憶から消えており、ほむらは以前の世界の記憶を持つ唯一の存在となった。ほむらはまどかの救った世界を守るべく、キュゥべえと共に新たな戦いに赴く。
[新編] 叛逆の物語 見滝原中学校に通う魔法少女、鹿目まどか・美樹さやか・巴マミ・佐倉杏子は、転校してきた三つ編み・眼鏡姿の魔法少女、暁美ほむらを仲間に迎える。魔法少女たちは、マミの友達であるベベ、魔法の使者であるキュゥべえと共に、人の悪夢が具現化した怪物「ナイトメア」と戦っていた。
一か月が過ぎたころ、ほむらは自分たちを取り巻く日常に違和感を覚え始める。ほむらは杏子と共に、杏子の地元の隣町へ行こうとするが、2人は見滝原から出ることができないばかりか、自分たちの記憶が巧妙に改竄されていることに気づく。ほむらは、ナイトメアとの戦いの舞台であるこの見滝原が、この世界にはすでに存在しないはずであった「魔女」によって構築された結界の内部だと確信し、杏子に潜伏を勧めた後、単独行動を開始する。
魔女についての記憶を取り戻したほむらは、かつて繰り返した時間の中でマミを食い殺した「お菓子の魔女」だったベベを捕らえ尋問するが、それがマミの怒りを買い衝突に至る。戦いの末にほむらはマミに捕縛されるが、突如現れたさやかに救い出される。さやかはほむらに「魔法少女の中にこの状況を望み、結界を作り出した魔女がいる」ことを示唆するが、続けて「それは裁かれなくてはいけないほど罪深いものなのか」と魔女を擁護した後、「人魚の魔女」の片鱗を表して姿を晦ませた。一方、ほむらとの問答を通して記憶に違和感を抱き始めていたマミに対し、ベベは自分の正体が百江なぎさという少女であることを明かし、その目的を話す。
さやかを見失ったほむらは、自分を探しに来たまどかと合流する。見滝原を見渡せる丘の上で、ほむらは目前のまどかが「自分自身が作り出した幻ではないか」という恐れを吐露し、まどかに慰められる。その後の会話の中で「ほむらや皆と永遠に別れる勇気は自分には無い」と言うまどかの話を聞いたほむらは、それがまどかの本心だと解釈し、かつてまどかが「円環の理」と化したことは誤りだったと涙する。
まどかと別れた後、更なる調査をすすめたほむらは、この偽りの見滝原とナイトメアは、自身の願いによって、自身のソウルジェムの中に創られた世界であるという結論に達する。現実世界ではほむらは魔女化に至る寸前の状態にあり、そこには、効率的な感情エネルギーの収集方法の確立を目論むキュゥべえことインキュベーターの思惑が関与していた。
ほむらから「魔女が存在する世界における感情の相転移エネルギー」の話を聞かされていたインキュベーターは、魔女と「円環の理」の存在を検証するために、ほむらのソウルジェムを外部の干渉から遮断するフィールド内に隔離し、その経過を観察していた。この遮断フィールドは外側からの干渉は遮断するが、内側からは干渉できるよう仕掛けられており、内部のほむら（ほむらのソウルジェムの中にいる魔女としてのほむら）が望んだ、まどかをはじめとする一部の者たちだけはフィールドを通過して結界の中に招き入れられ、記憶を書き換えられ、偽りの見滝原で活動していたのであった。ほむらに「円環の理＝まどか」を遮断フィールドの内側に招き入れさせ、自分たちが観測可能な状況でソウルジェムを浄化させる、これがインキュベーターの描いた実験のシナリオである。その最終目的は、「円環の理」の観測、そして干渉、制御であった。しかし、実験は停滞する。その原因は、魔女の結界内における記憶の捏造が、ほむら自身とまどかにまで影響していたことにあると、インキュベーターは認識していた。
まどかに「円環の理」としての記憶を取り戻させれば、インキュベーターは望むものを手に入れ、ほむら自身も救済を受けられる。計画の全貌を明かしたインキュベーターはほむらに救済を求めるよう促すが、まどかを支配しようとするインキュベーターに激昂したほむらは、「円環の理」に導かれるのではなく、自ら魔女となり仲間に倒されることで、インキュベーターの企みを阻止しようとする。だがそれは、ほむら自身は救済を受けられないまま、絶望に沈むことをも意味していた。絶望の力はやがて巨大な断頭台を出現させるに至り、ほむらは魔女の姿へ変貌する。
その時、まどか・マミ・杏子、そしてさやかとなぎさが、ほむらを救うべく動きだす。さやかとなぎさは「円環の理」に導かれた魔女であり、まどかの「円環の理」としての記憶と力を秘かに預かり、さらに他の魔女から借り受けた使い魔を引き連れ、結界内に入り込んでいたのである。五人と使い魔たちの奮戦により、魔女の結界と遮断フィールドは破壊され、インキュベーターの企みは失敗に終わる。まどかの記憶と「円環の理」の力も元に戻り、ほむらは「円環の理」に導かれるはずであった。
「円環の理」そのものとなったまどかが、ほむらを導こうとソウルジェムに手をさし伸ばしたその時、ほむらは妖しげな笑みを浮かべてまどかの腕を掴み、まどかの人間としての記録を引き抜いてしまう。「円環の理」という概念の一部を引き裂いたほむらのソウルジェムは呪いを越えたおぞましい光へと染まり、ダークオーブへと変貌した。そして世界は再び、ほむらの手で作り替えられる。事態の理解に苦しむインキュベーターに、ほむらは自らのソウルジェムを濁らせたのは呪いでさえなく、「希望」よりも熱く「絶望」よりも深い感情、すなわち「愛」であること、神にも等しい聖なるものを貶めて蝕んでしまった自分はもはや『悪魔』である、と語る。人類の感情を危険視したインキュベーターは、地球への干渉を止めて撤収しようとするがほむらに捕らえられ、世界に蔓延る呪いを浄化する存在として働くことを強要される。
『悪魔』ほむらに再構築された世界では、マミや杏子は元の形（杏子は見滝原中学校に通っている）で生活し、さやかとなぎさは人間としての生を取り戻した。さやかは、ほむらの行為を「魔法少女たちの希望であった『円環の理』を踏み躙った」と糾弾するが、ほむらは意に介さず、全ての魔獣が滅びた後にはさやか達との敵対も辞さないと告げる。「円環の理」の一部だった記憶が急速に失われていくさやかに出来ることは「ほむらが悪魔であることだけは忘れない」と告げることのみだった。
やがて、見滝原中学のほむらのクラスに、アメリカからの帰国子女としてまどかが転入して来る。ほむらはまどかに校内を案内するが、その最中、まどかは自分が「円環の理」として存在していたことを思い出しかける。平静を装いつつ、まどかをなだめて「円環の理」に戻ることを阻止したほむらは、「いずれあなたは自分の敵となるかもしれないが、それでもあなたが幸せになれる世界を願う」と伝え、かつての世界で受け取った赤いリボンを返すのだった。
半分欠けた月が満ちる夜、ほむらは裂かれた丘の公園で崖の上の椅子に座っていた。近くから物音がしたのを聞くと、ほむらは笑みを浮かべながらダークオーブを出現させ、雪の降り始めた月夜の下でバレエのようにひとり踊り、そして崖から身を投げる。その足下では、毛並みを荒らしたキュゥべえがうずくまり、身体を震わせていた。
〈ワルプルギスの廻天〉 キュゥべえを手駒とし、見滝原を事実上統べる存在となった『悪魔』暁美ほむらは、表向きは一介の魔法少女として活動しながら、見滝原の女子生徒の間に「トカゲさん電話」のウワサを広めていた。ほむらは見滝原の魔法少女をこれ以上増やさないため、深い悲しみを抱いた少女の前に「トカゲさん電話」を遣わすと、その少女をソウルジェムを持たぬ一夜限りの魔法少女に仕立て上げ、魔獣狩りを行わせていた。
ある日、ほむらは自らの悪魔の力が通用しない一人の女子生徒の存在を知る。ほむらとよく似た風体の彼女は、いつの間にか見滝原中学に在籍しており、生徒の皆から認識されながら、しかし名前は誰にも知られていない上級生だった。その「名前のない上級生」ことワスは、仲間の魔法少女である紫丁香とセルマ・テレーゼと共に「トカゲさん電話」を妨害しつつ、現在は1人の人間として暮らす鹿目まどかを「マルグリート」と呼んで「円環の理」へ戻そうとする。ほむらは悪魔の力を解放してワスを排除しようとするが、丁香とセルマの乱入もあって手傷を負う。
ワス・丁香・セルマは、まどかが「円環の理」と化す以前に魔女となった魔法少女であった。3人を追跡してそのアジトである異空間に侵入したキュゥべえは、ほむらに使役される現状を打開するため、3人に協力を申し出る。丁香とセルマは巴マミ・百江なぎさ・佐倉杏子に接触し、まるで以前からの知り合いであったかのように、マミと杏子の現実認識を少しずつ歪めて取り入っていく。ワス達のアジトを探るほむらは、唯一この状況に違和感を抱いていた美樹さやかを、半ば強引に協力者として抱き込む。
まどか・マミ・なぎさ・杏子は、丁香とセルマを誘ってスイーツ店を訪れ談笑するが、その中でかつて人間だった時のトラウマを刺激された丁香は、友好的な態度を取り繕うことを止め退席する。丁香は自分を追いかけてきたまどかに正体を明かし、悪魔によって改変された世界の要石であるまどかを攻撃して、世界を強引に元の姿に戻そうとするが、様子を訝しんで追跡していた杏子に阻止される。「円環の理」の記憶を僅かに取り戻したまどかは、傷を負った丁香を優しく慰めるが、突如として現れたセルマが、その場の3人に攻撃を加え、まどかを拉致してしまう。
一方、ワスを偽情報で誘い出してアジトへ潜入したほむらとさやかは、キュゥべえからこの異空間の成り立ちを聞かされる。「名塚底根（なづかそこつね）」と呼ばれるこの空間は、絶望に堕ちて「呪い」と化した魔法少女に魔女としての新たな名と体を与えて救済するシステムであると共に、全ての魔女の名が記された魔女図鑑の収蔵庫であった。また、名塚底根はいわば「この世界が存在する宇宙」の外側の存在であり、ほむらの悪魔の力が及ばないどころか、「円環の理」からも認識されずに放置されていた。ほむらによって「円環の理」が引き裂かれたことで、ワス達魔女の魂は、本来なら戻れないはずの名塚底根を経由して現生に蘇ることができるようになってしまったのである。 ワスがアジトに帰還し、ほむらと再戦する最中、キュゥべえはワスが名塚底根の創造者であり、名塚底根の成立以前に生まれ、名を与えられることなく漂っていた呪いの集合体であると明かす。ほむらは、ワスこそが最強の魔女「ワルプルギスの夜」の正体だと気付き、「人魚の魔女」に関する記憶を取り戻したさやかを連れて名塚底根から脱出する。ほむらとワスは戦いの決着をつけようとするが、杏子と丁香を回収してきたマミが割って入り、状況の説明を求める。
セルマはまどかに、まどかが「円環の理」であったことと、かつてほむらが無数に繰り返していた時間の中で、まどかが「救済の魔女」へ変貌したことを教える。インキュベーターによる宇宙の延命、即ち魔法少女が魔女と化すシステムこそが魔法少女の存在意義だと妄信するセルマは、そのシステムを改変した「円環の理」への意趣返しとして、名塚底根から持ち出した「救済の魔女」の図鑑を使い、まどかを強引に魔女化させようとする。自らも魔女の力を解放し、見滝原の魔法少女たちとワス・丁香を無差別に魔女化させようとするセルマに、ほむらたちは一時停戦して立ち向かう。さやかは自分の正体や混迷する状況を前に戦意を喪失するが、実は「お菓子の魔女」であった記憶を残していたなぎさに叱咤され戦線復帰し、「人魚の魔女」の力で活路を開く。
ほむらと共にまどかの元へ急ぐワスは、「円環の理」の力を取り戻しつつあるまどかの影響で、かつて人間であった頃の記憶を取り戻す。ワスの真の正体は、まだ名塚底根が誕生する以前、魔法少女たちが呪いと戦っていた時代の少女「マルグリート」であった。魔法少女の戦いを知ったマルグリートは「全ての魔法少女を救いたい」という願いの元キュゥべえと契約し、他の魔法少女のソウルジェムを浄化する魔法の使い手となったが、やがて限界を迎え自らも呪いと化してしまう。マルグリートはその最後の力で名塚底根を生み出した後、幾多の呪いと共に「ワルプルギスの夜」と化し、忘れてしまった自分の名前を求め続けていた。まどかを「マルグリート」と呼び執着していたのは、かつて魔法少女の救済者となろうとした自らの名を、実際に救済を成し遂げたまどかに無意識に重ね、救済を求めていたためであった。
激戦の果て、マミの援護を受けてセルマに肉薄したなぎさは、セルマの宝石を破壊し、「円環の理」に導かれることのない死という形でセルマを現世から解放する。セルマの死によって「救済の魔女」から解き放たれ、記憶を完全に取り戻したまどかは「ワルプルギスの夜」を救済した後、ほむらをその場に拘束して、引き裂かれていた自分の半身たる「円環の理」に戻ろうとする。ほむらは心折れ、まどかの帰還を許しかけるが、ほむらのこれまでのまどかに対する想いを認めたさやかが喝を入れる。杏子・マミ・なぎさもそれに同調し、「円環の理」というシステムではなく「鹿目まどか」という個人を尊重するようになったワスと丁香もほむらを激励する。ワスと丁香のソウルジェムが「円環の理」の本体へ導かれた直後、ほむらは悪魔の力を解放して「円環の理」本体の前に立ちはだかり、見滝原の魔法少女たちの助力を得てまどかを取り戻す。ほむらと「円環の理」の衝突の後、三度、再構築された見滝原市の公園のベンチで、ほむらはまどかに膝枕され、安らかな眠りについたかに見えた。
しかし実際には、ほむらは「円環の理」本体の力を前に昏倒し、それを見たまどかは「円環の理」本体と言葉を交わす。全てが終わった後、「円環の理」本体とまどかは何処かへ姿を消し、後には一人眠り続けるほむらと、主を失った「トカゲさん電話」が残された。キュゥべえが名塚底根に到着し、そこを新たな研究対象に定めた時、鳴り続ける電話を何者かが手に取る。
声の出演 鹿目まどか - 悠木碧 暁美ほむら - 斎藤千和 巴マミ - 水橋かおり 美樹さやか - 喜多村英梨 佐倉杏子 - 野中藍 キュゥべえ - 加藤英美里 百江なぎさ - 阿澄佳奈 紫丁香 - 若山詩音 セルマ・テレーゼ - 黒沢ともよ 志筑仁美 - 新谷良子 鹿目詢子 - 後藤邑子 鹿目知久 - 岩永哲哉 早乙女和子 - 岩男潤子 上条恭介 - 吉田聖子 中沢 - 松岡禎丞 名前のない上級生 / ワス - 坂本真綾
製作 + スタッフ原作 Magica Quartet総監督新房昭之脚本虚淵玄（ニトロプラス）キャラクター原案蒼樹うめ監督宮本幸裕副監督寺尾洋之絵コンテ笹木信作（新編）、古川知宏（ワルプルギスの廻天）演出宮本幸裕、八瀬祐樹（前編）、川畑喬（新編）キャラクターデザイン岸田隆宏、谷口淳一郎総作画監督谷口淳一郎、山村洋貴アクションディレクター（前後編）阿部望、神谷智大エフェクト作画監督（新編）橋本敬史異空間設計劇団イヌカレー異空間美術（新編・ワルプルギスの廻天）南郷洋一ビジュアル・コンセプトデザイン（ワルプルギスの廻天）古川知宏、川田和樹美術監督内藤健、草森秀一（ワルプルギスの廻天）美術設定大原盛仁、草森秀一（ワルプルギスの廻天）草森理子（ワルプルギスの廻天）鯉沼菜奈（ワルプルギスの廻天）色彩設計日比野仁、滝沢いづみ（前後新編）渡辺康子（ワルプルギスの廻天）ビジュアルエフェクト（前後新編）酒井基撮影監督江藤慎一郎（前後新編）、会津孝幸（ワルプルギスの廻天）編集松原理恵音響監督鶴岡陽太音響制作楽音舎音楽梶浦由記プロデューサー岩上敦宏、小林宏之（前後編・ワルプルギスの廻天）細川修（前後編）土居由直（前後編）金庭こず恵（前後編）、丸山博雄（前後編）久保田光俊（新編）、石川達也（ワルプルギスの廻天）大嶋実句（ワルプルギスの廻天）、田村智（ワルプルギスの廻天）前田俊博（ワルプルギスの廻天）、三浦史（ワルプルギスの廻天）共同プロデューサー淀明子（新編）、小林宏之（新編）、細川修（新編）土居由直（新編）、金庭こず恵（新編）、丸山博雄（新編）岡田康弘（ワルプルギスの廻天）アニメーションプロデューサー（前後新編）制作プロデューサー（ワルプルギスの廻天）岡田康弘（前後新編）松川裕也（ワルプルギスの廻天）橋本大（ワルプルギスの廻天）アニメーション制作シャフト配給アニプレックス（前編・後編）ワーナー・ブラザース映画（新編）アニメック（ワルプルギスの廻天）製作Madoka Movie Project（前編・後編）Madoka Movie Project Rebellion（新編）Madoka Project（ワルプルギスの廻天） 元々はテレビシリーズの次の展開を検討する企画として始まったが、虚淵玄の用意したプロットは放送話数が1クールに満たないものであり、同時にテレビシリーズを劇場版として見てみたいというスタッフの意見もあったことから、総集編と合わせるかたちで完全新作の劇場版を作るというプロジェクトに切り替わった『月刊ニュータイプ』2011年12月号P.19。
主要スタッフはテレビ版の終盤からほぼ変わっていないが、テレビ版にて監督を務めた新房昭之の役職は総監督に変わり、シリーズディレクターを務めた宮本幸裕が監督として表記されている。また副監督には、テレビ版では原画として参加した寺尾洋之が新たに起用され、総作画監督を担当した谷口淳一郎はキャラクターデザインにも名を連ねている。もう一人の総作画監督は他のシャフト作品でも作画監督として起用されてきた山村洋貴が新たに務めている。映像を作成するにあたっては、テレビ用の作り方では劇場のスクリーンでは映像の粗さが目立つようになるため、それに耐えうるように劇場用の大判の原画用紙にキャラクターを大きめに書き、撮影時に縮小して映像に落としている宮本幸裕 前後編公式ガイドブック、74-75頁。『劇場版魔法少女まどか☆マギカ [新編] 叛逆の物語』パンフレットP20 宮本幸裕インタビューより。。
製作にはアニプレックス、芳文社、博報堂DYメディアパートナーズ、ニトロプラス、ムービック、MBS、シャフトの7社からなる製作委員会・Madoka Movie Projectがクレジットされており、配給は前後編をアニプレックス、新編をワーナー・ブラザース映画、ワルプルギスの廻天をアニメックが務める。
製作（前後編） 構成としては、前編がテレビシリーズの第8話までを、後編が第9話以降を元に再構成されている。このような分割をしたことについて、新房は「単純に考えると6話ずつになるだろうが、第6話や第7話で区切るのは物語的にも違和感があって何かが違う。区切るのは意図的にも第8話しかなく、その上で考えて後編は第10話から始めて前編と同じシーンからスタートできればいい仕掛けになるのでは、と考えたが、第9話と第10話を入れ替えると第9話での情報や展開を元にしないと第10話が成立しない。第9話を前編に組み込むとさらにバランスが悪くなるため、現在の形になった」としている『劇場版魔法少女まどか☆マギカ [後編] 永遠の物語』パンフレットP6-7新房昭之インタビューより。。構成するにあたって、編集を担当した松原理恵が2時間に収まる形で前編の雛形を作成し、新房がシーンの加除を行って最終的な形とした。一方、後編についてはテレビでの展開をほぼそのまま活かし、重要なシーンが多いためほとんどカットは行っておらず、第10話と第12話のラストで流れる「コネクト」も「入らないとしっくりこない」として、そのまま流れる構成となっている。