元（げん、）はモンゴル帝国皇帝クビライ が建国した中国の王朝。中東アジアから東ヨーロッパまで広大な領域にまたがったモンゴル帝国の皇帝の直轄地として1271年から1368年まで東アジアと北アジアを支配した。
正式な国号は、大元大モンゴル国（ダイオン・イェケ・モンゴル・ウルス）で、それまでの中華王朝のような封土の名称にちなんだ国号とは異なり、易経の「大哉乾元（大いなるかな乾元）」からとった抽象的な名称である。元朝（げんちょう）、元国（げんこく）、大元帝国（だいげんていこく）、元王朝（げんおうちょう）、大元ウルスとも呼ぶ。
建国したモンゴル人の氏族名（キヤト氏・ボルジギン氏）から、漢字の国姓は「奇渥温」である。
定義と名称
漢土を地盤にした世祖クビライとモンゴルを地盤としたアリクブケの内戦を経て、モンゴル帝国の中核を成した正統中華帝国。クビライによって国号が改められてから、同王朝では「大元」がひとつの固有のタームとして使用されていた、特にモンゴル帝国時代では形容詞の「大」が国家やモンゴル王室に関わるキータームであった志茂碩敏『モンゴル帝国史研究序説』（東京大学出版、1995年）などに詳しい。
大元は北宋以来の中国統一王朝であり、大都（現在の北京）から中国、モンゴル高原、満州、シベリア、チベット、朝鮮半島の直轄領と分家の支配するモンゴル帝国全体を支配したが、明（1368年 - 1644年）に追われて北元になってからはモンゴル高原まで支配領域を縮小した。
中国の歴史には複数の征服王朝（遼・金・清など）があったが、元は政治制度・民族運営において中国漢人の伝統体制に完全には同化されず、モンゴル帝国から受け継がれた特徴をある程度保ったまま統治し続けたのが特徴的であった。一方、後述するように行政制度や経済運営では南宋の仕組みをほぼそのまま継承した。
概要 元は、1260年、チンギス・カンの孫でモンゴル帝国の第5代皇帝に即位したクビライが1271年にモンゴル帝国の国号大モンゴル国（イェケ・モンゴル・ウルス）に中国王朝としての大元（ダイオン）を付加えた大元大モンゴル国の中国帝国部分。モンゴル語ではダイオン・イェケモンゴル・ウルス (、ローマ字表記：）「元史」世祖本紀巻七 至元八年十一月乙亥（1271年12月18日）条の詔に、「」とあり、「易経」巻一 乾 に「」とある。また、「ダイオン・イェケ・モンゴル・ウルス」という呼称の同時代的例証としては、以下の2つのモンゴル語碑文が知られている。ひとつは、かつての熱河省烏丹県（現中華人民共和国内モンゴル自治区赤峰市オンニュド旗烏丹鎮）付近にあった、至元四年五月（1338年5月20日- 6月18日）に魯国大長公主の媵臣であったという竹温台（Jigüntei）の功績を顕彰するために建立された"大元勅賜故諸色人匠府達魯華赤竹公神道碑（碑文本文冒頭では：大元勅賜故中順大夫諸色人匠都總管府達魯花赤竹公之碑）"で、その碑陰のウイグル文字モンゴル語文面に「大元（ダイ・オン）と呼ばれるイェケ モンゴル・ウルス（70x70ピクセル、ローマ字表記：）」とある。もうひとつは、同じく同地にあった「至正二十三年歳壬寅十月吉日立石」（至正23年10月＝1363年11月6日 - 12月5日）という記年がある、西寧王 忻都（Hindu/Indu）が建立した"大元勅賜追封西寧王忻都神道碑"で、やはりウイグル文字モンゴル語で「ダイ・オン・イェケ・モンゴル・ウルス（）」とある。（F. W. Cleaves "The Sino-Mongolian Inscription of 1338 in Memory of Jigüntei", Journal of Asiatic Studies, vol.14, no.1/2 Jun., 1951, pp. 1-104./F. W. Cleaves "The Sino-Mongolian Inscription of 1362 in Memory of Prince Hindu", Journal of Asiatic Studies, vol.12, no.1/2 Jun., 1949, pp. 1-113./前田直典「元朝行省の成立過程」「元朝史の研究」p.190（初出：「元朝行省の成立過程」『史学雑誌』56編6号、1945年6月）） 両碑文については田村実造「烏丹城附近に元碑を探る」（『蒙古学』1号,1937年、p.68-82, +2 plate）が詳しい。。これは、従来のモンゴル帝国の国号「イェケ・モンゴル・ウルス」（大モンゴル国）の改称と解せるから、元とはクビライ以降の大元大モンゴル国の中、中国王朝部分のことである。国号である「大元」はこの二字で一体の名称である杉山正明『モンゴル帝国の興亡（下）世界経営の時代』p. 40-43/、中国王朝史において日本では唐，宋，明，清など意図して一字で呼んでいるが、大元以降は何れも正式名称は｢大元｣｢大明｣｢大清｣であるが、このクビライ家の王朝も単に「元」と略称されるのが慣例である。中国史の視点でも「元朝」はクビライから遡って改称以前のチンギス・カンに始まる王朝であるとされ、「大元」とはモンゴル帝国の中国王朝としての名称ととらえられることも多い。
王朝史的にみると、クビライは兄弟のアリクブケと帝位を争って帝国が南北に分かれて内戦に陥ったあと、これを武力によって打倒して単独の帝位を獲得した。それまでクリルタイによる全会一致をもって選出されていたモンゴル皇帝位継承の慣例が破られ、モンゴル帝国内部の不和・対立が、互いに武力に訴える形で顕在化することになった杉山正明『大モンゴルの世界 陸と海の巨大帝国』角川書店（角川選書）、1992年6月 p.179-189。特に中央アジアでは、大元の国号が採用された前後にオゴデイ家のカイドゥがクビライの宗主権を認めず、チャガタイ家の一部などのモンゴル王族たちを味方につけてイリからアムダリヤ川方面までを接収し、『集史』をはじめペルシア語の歴史書などでは当時「カイドゥの王国」（mamlakat-i Qāīdū'ī）と呼ばれたような自立した勢力を成した 杉山正明「第２章 モンゴル帝国の変容」『モンゴル帝国と大元ウルス』p.119-120。この勢力を鎮圧するため、クビライは大軍を幾度か派遣したが、派遣軍自体が離叛する事件がしばしば起きた。この混乱は西方のジョチ・ウルスやフレグ家のイルハン朝といった帝国内の諸王家の政権を巻き込み、クビライの死後1301年にカイドゥが戦死するまで続いた。こうして皇帝の大元大モンゴル国全体に対する支配は減退し、以降は各地に分立した諸王家が皇帝の宗主権のみを認める枠組に変質したこうして大元は、連合体としてのモンゴル帝国のうち、モンゴル皇帝の軍事的基盤であるモンゴル高原本国と経済的基盤である中国を結びつけた領域を主として支配する、皇帝家たるクビライ家の世襲領（ウルス）となった（杉山正明『大モンゴルの世界 陸と海の巨大帝国』角川書店（角川選書）、1992年6月 p.219-230）。
中国史的にみると、北宋以来百数十年振りの南北統一王朝が成立。金の統治を受けた北中国と、南宋の統治を受けてきた南中国が統合された。チンギス・カン時代に金を征服して華北を領土として以来、各地の農耕地や鉱山などを接収、対金戦で生じた荒廃した広大な荒蕪地では捕獲した奴隷を使って屯田を行った。また大元時代に入る前後に獲得された雲南では、農耕地や鉱山の開発が行われている。首都への物資の回漕に海運を用い始めた事は、民の重い負担を軽減した良法として評価される。
モンゴル帝国は、傘下に天山ウイグル王国やケレイト王国、オングト王国などのテュルク系やホラーサーンやマー・ワラー・アンナフルなどのイラン系のムスリムを征服した帝国であるため、朝廷内外で活躍していた人々は、モンゴル帝国に組み込まれた中国の諸地域に流入し、西方からウイグル系やチベット系の仏教文化やケレイト部族やオングト部族などが信仰していたネストリウス派などのキリスト教、イラン系のイスラームの文化などもまた、首都の大都や泉州など各地に形成されたそれぞれのコミュニティーを通して流入した松田孝一「モンゴル時代中国におけるイスラームの拡大」『講座イスラーム世界 3 世界に広がるイスラーム』（板垣雄三 監修）栄光教育文化研究所、1995年1月、p.157-192/ 佐口透「第4章 東アジアのイスラム 第1節 元朝のイスラム教徒」『東西文化の交流 4 モンゴル帝国と西洋』（佐口透 編）平凡社、1970年 p.248-260。モンゴル政権では、モンゴル王侯が自ら信奉する宗教諸勢力への多大な寄進を行っており、仏教や道教、孔子廟などの儒教など中国各地の宗教施設の建立、また寄進などに関わる碑文の建碑が行われた。モンゴル王侯や特権に依拠する商売で巨利を得た政商は、各地の宗教施設に多大な寄進を行い、経典の編集や再版刻など文化事業に資金を投入した。大元朝時代も金代や宋代に形成された経典学研究が継続し、それらに基づいた類書などが大量に出版された宮紀子「第8章 「対策」の対策」『モンゴル時代の出版文化』p.380-484。南宋末期から大元朝初期の『事林広記』や大元朝末期『南村輟耕録』などがこれにあたる。朱子学の研究も集成され、当時の「漢人」と呼ばれた漢字文化を母体とする人々は、金代などからの伝統として道教・仏教・儒教の三道に通暁することが必須とされるようになった。鎌倉時代後期に大元朝から国使として日本へ派遣された仏僧一山一寧もこれらの学統に属する野口善敬「第2章 元・明の仏教」『新アジア仏教史 08 中国III 宋元明清 中国文化としての仏教』佼成出版社 2010年9月。14世紀末の農民反乱によって中国には明朝が成立し、大元朝のモンゴル勢力はゴビ砂漠以南を放棄して北方へ追われた（北元）が、明朝の始祖洪武帝（朱元璋）や紅巾の乱を引き起こした白蓮教団がモンゴル王族などの後援する仏教教団を母体としているなど影響を受けていたことが近年指摘されている。
歴史 クビライ登位以前についてはモンゴル帝国を参照。
モンゴル帝国の再編
1259年、第4代皇帝モンケが南宋遠征中に病死したとき、モンゴル高原にある当時の首都カラコルムの留守を預かっていた末弟アリクブケは、モンケ派の王族を集めてクリルタイを開き、西部のチャガタイ家ら諸王の支持を取り付けて皇帝位に即こうとしていた。これに対し、モンケと共に南宋へ遠征を行っていた次弟クビライは、閏11月に軍を引き上げて内モンゴルに入り、東方三王家（チンギスの弟の家系）などの東部諸王の支持を得て、翌年の3月に自身の本拠地である内モンゴルの開平府（のちの上都）でクリルタイを開き、皇帝位に就いた。アリクブケは1か月遅れて皇帝となり、モンゴル帝国には南北に2人の皇帝が並存し、帝国史上初めて皇帝位を武力争奪する事態となった。この時点では、モンケの葬儀を取り仕切り、帝都カラコルムで即位したアリクブケが正当な皇帝であった。カラコルムにも戻らず、帝国全土の王侯貴族の支持もなく、勝手に皇帝を称したクビライは、この時点ではクーデター政権であった。
クビライとアリクブケの両軍は何度となく激突するが、カラコルムは中国からの物資に依存していたために、中国を抑えたクビライ派に対してアリクブケ派は圧倒的な補給能力の差をつけられ、劣勢を余儀なくされた。緒戦の1261年のシムトノールの会戦ではクビライが勝利するが、アリクブケは北西モンゴルのオイラトの支援を受けて抵抗を続けた。しかし、最終的にはアリクブケの劣勢と混迷をみてチャガタイ家などの西部諸王がアリクブケから離反し、1264年、アリクブケはクビライに降伏した。この一連の争乱を、勝利者クビライを正統とする立場から、「アリクブケの乱」という。
アリクブケの降伏によりモンゴル皇帝の位は再び統合されたが、西の中央アジア方面では、アリクブケの乱がもたらした混乱が皇帝の権威に決定的な打撃を与えていた。1265年、クビライは西方の諸王家の当主たちに呼び掛けて統一クリルタイを開催を計画したが、ほどなく西方遠征軍の司令でイルハン朝の始祖となった次弟フレグ、ジョチ・ウルス当主ベルケ、クビライを支持していたチャガタイ家の当主アルグが次々と死去し、この統一クリルタイによって自身の全モンゴル帝国規模の正式なモンゴル皇帝位の承認を目論んでいたクビライの計画は、大きく頓挫した。
1266年、クビライはアルグの死による欠を補いチャガタイ家と中央アジアの動向を掌握するため、チャガタイ家の傍流バラクをチャガタイ家の本領であるイリ地方方面へ派遣した。しかし、バラクはクビライから共同統治を指示されていたにもかかわらず、クビライの命と称してチャガタイ家新当主ムバーラク・シャーから権力を奪い取り、自ら新当主を宣言してクビライに叛乱を起こした。バラクはカイドゥの領土を侵犯しマー・ワラー・アンナフルへ侵攻する構えを見せ、カイドゥはこれに対抗するためジョチ・ウルスへ救援を求めた。これに応えてジョチ・ウルス東方の総帥であるオルダ家の当主コニチは5万の軍勢を率いて加勢し、バラクは敗走したが、バラクは中央アジアの権益についての合議をカイドゥ、ジョチ・ウルス新当主モンケ・テムルへ申し入れた。1269年、中央アジアを支配するチャガタイ家のバラクとオゴデイ家のカイドゥ、そしてジョチ家当主モンケ・テムルの名代（ベルケの同母弟ベルケチェル）の諸王がタラス河畔で会盟し（タラス会盟）、中央アジアのモンゴル皇帝領の争奪を止め、このうち、マー・ワラー・アンナフルの3分の2をバラクに、残り3分の1をジョチ家とカイドゥで折半することが決まった。
1270年、バラクはイルハン朝のアバカとの会戦に大敗してブハラで客死し、アバカとのマーワーアンナフル争奪に敗れカイドゥとの紛争にも敗れたチャガタイ家の王族たちは、ムバーラク・シャーはアバカのもとへ帰順してアフガニスタンのガズニーを所領として分与され、バラクの子ドゥアはカイドゥに応じて中央アジアのチャガタイ家当主となり、アルグの遺児チュベイらの一門は東方へ赴いてクビライに帰順した。クビライは南宋がバヤンに降服した1267年、第4皇子ノムガンを主将とするカイドゥ討伐軍を中央アジアへ派遣し、同時にアバカにも正式な封冊によって「カアンの代官（ダルガ）」の称号を与えてカイドゥを挟撃する作戦に出た。ところが、ノムガンの遠征軍は、アルマリクで遠征軍に参加していたモンケの子シリギらに叛乱を起こされ、ノムガンは副将アントンや同じく第9皇子ココチュらともども捕縛されてしまった。シリギら叛乱王族たちはカイドゥやモンケ・テムルに共に決起するよう呼び掛けたノムガンとココチュ兄弟をモンケ・テムルヘアントンをカイドゥへ人質として送ったが、両者はノムガンらを保護したものの決起には全くに応じなかった。クビライは南宋戦線からバヤンをカラコルムへ転戦させると、反乱軍は速やかに鎮圧されてしまった。反乱軍に加わっていたアリク・ブケ家のヨブクルやメリク・テムルはクビライからの処罰を恐れてカイドゥのもとに逃れた。こうしてシリギの叛乱は収束したが、クビライによる中央アジア直接支配の計画は2度にわたり頓挫し、代わりに、カイドゥは自らの所領に加え、ドゥアの西部のチャガタイ家領、アルタイ方面にあったアリクブケ家の3つのウルスを勢力下に収めることができた（シリギの乱）。
その間、クビライは政治機関として中書省を設置しカラコルムにかわる新都として中国北部に大都（現在の北京）を造営、地方ではモンゴル帝国の金攻略の過程で自立してモンゴルに帰附し、華北の各地で在地支配を行ってきた漢人世侯と呼ばれる在地軍閥と中央政府、モンゴル貴族の錯綜した支配関係を整理して各路に総管府を置くなど、中国支配に適合した新国家体制の建設に着々と邁進し、1271年に国号を大元とした。モンゴル帝国西部に対するモンゴル皇帝直轄支配の消滅と、中国に軸足を置いた新しいモンゴル皇帝政権、大元の成立をもってモンゴル帝国の緩やかな連合への再編がさらに進んだ。
中国の統一支配 左|サムネイル|300x300ピクセル|元の版図（1330年）
大元を建てた当初のクビライは、金を滅ぼして領有した華北を保有するだけで、中国全体の支配はいまだ不完全であり、南宋の治下で発展した江南（長江下流域南岸）の富は、クビライの新国家建設には欠かせざるものであった。かくて、クビライは即位以来、南宋の攻略を最優先の政策として押し進め、1268年漢水の要衝襄陽の攻囲戦を開始する。
クビライは、皇后チャブイに仕える用人であった中央アジア出身の商人アフマドを財務長官に抜擢して増収をはかり、南宋攻略の準備を進める一方で、既に服属していた高麗を通じ、南宋と通商していた日本にもモンゴルへの服属を求めた。しかし、日本の鎌倉幕府はこれを拒否したため、クビライは南宋と日本が連合して元に立ち向かうをの防ぐため、1274年にモンゴル（元）と高麗の連合軍を編成して日本へ送るが、対馬・壱岐島、九州の大宰府周辺を席巻しただけに終わった（文永の役）。日本遠征は失敗に終わったが、その準備を通じて遠征準備のために設けた出先機関の征東行省と高麗政府が一体化し、新服の属国であった高麗は元の朝廷と緊密な関係を結ぶことになる。
1273年になると、襄陽守備軍の降伏により南宋の防衛システムは崩壊する。元は兵士が各城市で略奪、暴行を働くのを厳しく禁止するとともに、降伏した敵の将軍を厚遇するなどして南宋の降軍を自軍に組み込んでいったため、各地の都市は次々とモンゴルに降った。1274年、旧南宋の降軍を含めた大兵力で攻勢に出ると、防衛システムの崩壊した南宋はもはや抵抗らしい抵抗も出来ず、1276年に首都臨安（杭州）が無血開城する。恭帝をはじめとした南宋の皇族は北に連行されたが、丁重に扱われた。その後、海上へ逃亡した南宋の残党を1279年の崖山の戦いで滅ぼし、北宋崩壊以来150年ぶりとなる中国統一を果たした。クビライは豊かな旧南宋領の富を大都に集積し、その利潤を国家に吸い上げることのできるよう、後述する経済制度を整備した。
しかし、その後の軍事遠征は特にみるべき成果なく終わった。1281年には再び日本に対して軍を送るが今度も失敗に終わり（弘安の役）、1285年と1288年にはベトナムに侵攻した軍が陳朝に相次いで敗れた（白藤江の戦い）。1284年から1286年にかけての樺太遠征でアイヌを樺太から排除し、ビルマへの遠征では1287年に首都パガンの占領に成功したが、現地のシャン人の根強い抵抗に遭い恒久的な支配を得ることはできなかった。さかのぼって1276年には、中央アジアでカイドゥらと対峙していた元軍の中で、モンケの子シリギが反乱を起こし、カイドゥの勢力拡大を許していた。それでも、クビライは3度目の日本遠征を計画するなど、積極的に外征を進めたが、1287年には、即位時の支持母体であった東方三王家がナヤンを指導者として叛き、また中国内でも反乱が頻発したために晩年のクビライはその対応に追われ、日本遠征も放棄された。また、1292年にジャワ遠征を行っているが、これも失敗に終わっている。もっとも、東南アジアへの遠征は商業ルートの開拓の意味合いが強く、最終的には海上ルートの安全が確保されたため、結果的には成功したと言える。
クビライの死後、1294年に孫のテムルが継ぐがその治世期の1301年にカイドゥが死に、1304年に長い間抗争していた西方諸王との和睦が行われた。この東西ウルスの融和により、モンゴル帝国は皇帝を頂点とする緩やかな連合として再び結びつき、いわゆるシルクロード交易は唐代以来の活況を呈した。この状況を指して「パクス・モンゴリカ」（モンゴルの平和）と呼ぶことがある。
元の首都、大都は全モンゴル帝国の政治・経済のセンターとなり、マルコ・ポーロなど数多くの西方の旅行者が訪れ、その繁栄はヨーロッパにまで伝えられた。江南の港湾諸都市の海上貿易も宋代よりは衰退したものの繁栄しており、文永・弘安の役以来公的な国交が途絶していた日本とも、官貿易や密貿易船はある程度の往来が確認される。
衰退への道 thumb|300px|left|1345年当時の世界 1307年、テムルが皇子を残さずに死ぬとモンゴル帝国で繰り返されてきた後継者争いがたちまち再燃し、皇帝の座を巡って母后、外戚、権臣ら、モンゴル貴族同士の激しい権力争いが繰り広げられた。
まず権力争いの中心となったのは、チンギスの母ホエルンと皇后ボルテ、クビライの皇后チャブイ、テムルの母ココジンらの出身部族で、クビライ、テムルの2代においても外戚として権勢をふるってきたコンギラト部を中心に結束した元の宮廷貴族たちであった。テムルの皇后ブルガンはコンギラト部の出身ではなかったため、貴族の力を抑えるためにテムルの従弟にあたる安西王アナンダを皇帝に迎えようとしたが、傍系の即位により既得権を脅かされることを恐れた重臣たちはクーデターを起こしてブルガンとアナンダを殺害、モンゴル高原の防衛を担当していたテムルの甥カイシャンを皇帝に迎えた。
カイシャンの死後は弟アユルバルワダが帝位を継ぐが、その治世期には代々コンギラト氏出身の皇后に相続されてきた莫大な財産の相続者であるコンギラト部出身のアユルバルワダの母ダギ・カトンが宮廷内の権力を掌握し、皇帝の命令よりも母后の命令のほうが権威をもつと言われるほどであった。そのため、比較的安定したアユルバルワダの治世が1320年に終わり、1322年にダギが死ぬと再び政争が再燃する。翌1323年にアユルバルワダの後を継いでいたシデバラが殺害されたのを皮切りに、アユルバルワダが死んでから1333年にトゴン・テムルが即位するまで、11年の間に7人の皇帝が次々に交代する異常事態へと元は陥った。
ようやく帝位が安定したのは、多くの皇族が皇位をめぐる抗争によって倒れた末に広西で追放生活を送っていたトゴン・テムルの即位によってであった。しかし、トゴン・テムルはこのとき権力を握っていたキプチャク親衛軍の司令官エル・テムルに疎まれ、エル・テムルが病死するまで正式に即位することができないありさまだった。さらにエル・テムルの死後はアスト親衛軍の司令官であるバヤンがエル・テムルの遺児を殺害して皇帝を凌ぐ権力を握り、1340年にはバヤンの甥トクトが伯父をクーデターで殺害してその権力を奪うというように、元の宮廷はもはやほとんどが軍閥の内部抗争によって動かされていた。そのうえ成人した皇帝も権力を巡る対立に加わり、1347年から1349年までトクトが追放されるなど、中央政局の混乱は続いた。
元朝は理財派色目人貴族の財政運営が招く汚職と重税による収奪が重く、また縁故による官吏採用故の横領、収賄、法のねじ曲げの横行が民衆を困窮に陥れていたが『元史』王磐伝・アフマド伝、『雪楼集』巻十、『廿二史札記』巻33、この政治混乱はさらに農村を荒廃させた。ただし、この14世紀には折しも小氷期の本格化による農業や牧畜業の破綻や活発化した流通経済に起因するペストのパンデミックが元朝の直轄支配地であるモンゴル高原や中国本土のみならず全ユーラシア規模で生じており、農村や牧民の疲弊は必ずしも経済政策にのみ帰せられるものではない。中央政府の権力争いにのみ腐心する権力者たちはこれに対して有効な施策を十分に行わなかったために国内は急速に荒廃し、元の差別政策の下に置かれた旧南宋人の不満、商業重視の元朝の政策がもたらす経済搾取に苦しむ農民の窮乏などの要因があわさって、地方では急激に不穏な空気が高まっていき、元朝は1世紀にも満たない極めて短命な王朝1271年 - 1368年としての幕を閉じた。
元の敗走 1348年、浙江の方国珍が海上で反乱を起こしたのを初めとし、全国に次々と反乱が起き、1351年には賈魯による黄河の改修工事をきっかけに白蓮教徒の紅巾党が蜂起した。1354年には、大規模な討伐軍を率いたトクトが強大な軍事力をもったことを恐れたトゴン・テムルによる逆クーデターで更迭、殺害されるが、これは皇帝の権力回復と引き換えに軍閥に支えられていた元の軍事力を大幅に弱めることとなった。やがて、紅巾党の中から現れた朱元璋が他の反乱者たちをことごとく倒して華南を統一し、1368年に南京で皇帝に即位して明を建国した。
朱元璋の軍は、即位するや大規模なを開始して元の都・大都に迫った。ここに至ってモンゴル人たちは最早中国の保持は不可能であると見切りをつけ、1368年にトゴン・テムルは、大都を放棄して北のモンゴル高原へと敗走した。一般的な中国史の叙述では、トゴン・テムルの敗走によって元朝は終焉したと見なされるが、トゴン・テムルのモンゴル皇帝政権は以後もモンゴル高原で存続した。したがって、王朝の連続性をみれば元朝は1368年をもって滅亡とは言えないが、これ以降の元朝は北元と呼んでそれまでの元と区別するのが普通である。だが、トゴン・テムルの2子であるアユルシリダラとトグス・テムルが相次いで皇帝の地位を継ぐ（明は当然、その即位を認めず韃靼という別称を用いた）が、1388年にトグス・テムルが殺害されクビライ以来の直系の王統は断絶する。
この過程を単純に漢民族の勝利・モンゴル民族の敗走という観点で捉えることには問題がある。まず、華北では先の黄河の改修などによって災害の軽減が図られたことによって、元朝の求心力がむしろ一時的に高まった時期があったことである（朱元璋がまず華南平定に力を注いだのはこうした背景がある）。また、漢民族の官吏の中には前述の賈魯をはじめとして元朝に忠義を尽くして明軍ら反乱勢力と戦って戦死したものも多く、1367年に明軍に捕らえられた戸部尚書の張昶は朱元璋の降伏勧告に対して「身は江南にあっても、心は朔北に思う」と書き残して処刑場に向かったといわれている。
その後の北元 北元では1388年にトゴン・テムルの子孫が絶えてクビライ家の皇帝世襲が終焉し、クビライ家政権としての大元は断絶した。しかし、その後もチンギスの子孫がモンゴル高原で優勢となった遊牧集団に、大元の皇帝として代わる代わる擁立されつづけた。クビライ家の断絶後はアリクブケ家の皇帝が続き、一時は非チンギス裔のオイラト族長に皇帝位を簒奪された（エセン・ハーン）が、1438年にはクビライ家の末裔とされる王家が復権を果たし（ただし第2代モンゴル皇帝の末裔のオゴデイ家である可能性も指摘されている）、15世紀末にはそこから出たダヤン・ハーンにより、いったん大元皇帝のもとでのモンゴル高原の遊牧民の再統合が果たされる。大元皇帝位が最終的に終焉を迎えたのは、ダヤン・ハーンの末裔のリンダン・ハーンが死に、モンゴル諸部族がリンダンの代わりに満洲人の建てた後金皇帝ホンタイジをモンゴルのハーンに推戴した1636年であった（詳細は北元を参照）。
政治 元の政治制度はモンゴル帝国特有の制度がかなり維持されたため、中国の諸王朝の歴史上でみれば、特異なものとなっている。
中央政府 元の首都は大都（現在の北京）で皇帝は都城の宮城内では生活せず、大都北部の設営地に帳幕（ゲル）群を建て生活した。夏季は副都である上都の近郊の草原の間を季節移動し、このゲル郡が宮廷（オルド）となっていた。大都は漢土から見て遊牧民の地域に接する前線に位置し、もともとモンゴル帝国の本拠地であった上都はその大都の北方275キロの地点にある。
元朝には「中書省」、「尚書省」などの書記・財務官僚機構が存在した。即位以前からモンケによって中国の征服事業を委ねられ、手元に漢人を含む様々な頭脳集団を集めていたクビライは、即位するとまず漢人の側近を中書省に組織した。このクビライの中書省は、オゴデイ時代の中央書記官庁としての中書省の性格を継承するとともに、唐以来の中書省の伝統を引き継いで下に六部を置き、民政・財政・軍事の一切を統括した。