長州征討（ちょうしゅうせいとう）は、元治元年（1864年）と慶応2年（1866年）の2回にわたり、江戸幕府が、京都で禁門の変を起こした長州藩の処分をするために長州藩領のある周防国、長門国（以下、防長二州と記す）へ向け征討の兵を出した事件を指す。長州征伐全国歴史教育研究協議会編『日本史Ⓑ用語集』（山川出版社、16刷1998年）p.172.、長州出兵、長州戦争『日本史Ⓑ用語集』（山川出版社）p.172. などとも呼ばれる。
特に慶応元年（1865年）5月の将軍・徳川家茂の進発（出陣）に始まり、慶応3年（1867年）1月23日の解兵令に至る第二次長州征討は「長州再征」とも呼ばれ幕末政治史上の一大事件となったが、長州側の立場から当該事件を歴史的に捉えた場合は四境戦争と呼ぶ『歴史と旅 新・藩史事典』（秋田書店、1993年）p.395.向きもある。
第一次長州征討
サムネイル|幕府陸軍（1866年） サムネイル|西洋式軍装に身を包んだ幕府軍（1865年） サムネイル|長州藩奇兵隊 征長軍の動き 旧暦元治元年7月23日（1864年）、朝廷は幕府に対して長州追討の勅命を発した。幕府は長州藩主・毛利敬親と養嗣子の定広（後の元徳）に京都で禁門の変を起こした責任を問い伏罪をさせるため、尾張藩・越前藩および西国諸藩から征長軍を編成した。動員された藩の数は最終的に35藩、総勢15万人とされる。8月13日、諸藩の攻め口が定められ五道（芸州口、石州口、大島口、小倉口、萩口）から、萩城のある萩ではなく藩主父子のいる山口へ向かうと決定した。
征長総督は尾張藩の前々藩主である徳川慶勝（7日に紀州藩主・徳川茂承から変更）、副総督は越前藩主・松平茂昭がそれぞれ任命された。総督は征長について将軍から全権委任を受け征長軍に対する軍事指揮権を掌握する。
10月22日、大坂城にて征長軍は軍議を開き、11月11日までに各自は攻め口に着陣し、1週間後の18日に攻撃を開始すると決定した。広島の国泰寺には総督府、豊前の小倉城には副総督府を置くことになった。将軍が最終的に長州藩へ処罰（公裁）するが、総督は長州藩への降伏条件の決定、征長軍の解兵時期について権限を持つ。幕府は朝敵となった長州の藩邸を没収し、藩主父子に謹慎を命じた。しかし、どのような条件で長州藩に謝罪をさせるかについては決めず、幕府や征長軍内においては厳罰的な案を含めていくつかの案が出された。
この時、征長軍に参加して萩口の先鋒を任されていた薩摩藩は独自の動きを見せた。福岡藩士・喜多岡勇平、薩摩藩士・高崎五六（兵部）が9月30日に岩国の新湊に入ると、岩国藩の吉川経幹（監物）と薩摩藩は征長における交渉に入った。10月21日、高崎は岩国へ宛てて、「薩摩藩は長州藩のために尽力するが暴徒を処罰し、黒白を明らかとして、悔悟の念を明らかとするのが肝要である。また三条実美ら五卿の追放、時と場合によっては藩主父子が総督府の軍門に自ら出てくる必要があるが、まずは安心してよい」という内容の手紙を送った。手紙には高崎は京都で留守番をするが大島吉之助（西郷隆盛）が征長軍で交渉を担当するため、遠からず岩国に入るかもしれないと書かれている。
24日、大坂において西郷は総督の慶勝へ長州藩降伏のプロセスについて腹案を述べると、慶勝はその場で西郷へ脇差一刀を与えて信認の証とし、西郷は征長軍全権を委任された参謀格となった。慶勝と西郷は総督府を幕府の統制下から離れさせ寛典論に基づく早期解兵路線へ「独走」させた。
11月4日、征長総督の命令により親友の税所篤（喜三左衛門）、吉井友実（仁左衛門）を伴い岩国へ入った西郷は吉川経幹と会談。2日前に経幹は総督府へ禁門の変で上京した三家老（国司親相、益田親施、福原元僴）の切腹と四参謀（宍戸真澂、竹内正兵衛、中村九郎、佐久間左兵衛）の斬首、五卿（三条実美、三条西季知、四条隆謌、東久世通禧、壬生基修）の追放といった降伏条件で開戦の開始を猶予するように請願していた。西郷との会談後、経幹は長州藩へ向けて家老切腹、参謀斬首を催促した。11日、徳山藩において国司親相と益田親施が、翌12日に岩国藩において福原元が切腹。同日に四参謀も野山獄で斬首された。
16日、広島の国泰寺において征長軍総督による三家老の首実検が行われた。征長側は総督名代の成瀬正肥、大目付の永井尚志、軍目付の戸川安愛。長州側は吉川経幹、志道安房であった。参謀の辻将曹と西郷は次室に控えていた。『征長出陣記』は、尚志は藩主父子を面縛（後ろ手で罪人として引き渡す）、萩の開城を通告した。経幹は顔面蒼白となり「この上はよんどころなく死守」と防長士民は徹底抗戦すると回答。尚志から諮問された西郷は尚志案の再考を提案したと記録されている。18日、征長軍から経幹へ「藩主父子からの謝罪文書の提出、五卿と附属の脱藩浪士の始末、山口城破却」の命令が出された。総督府の降伏条件は寛大として副総督府のある小倉にいた松平茂昭や越前藩、九州諸藩から不満が上がったため西郷は21日の晩に広島を発して23日の昼に小倉に入り説得を行った。
12月5日、長州藩から総督府へ藩主父子からの謝罪文書が提出された。残りの降伏条件は五卿と山口城だが、山口は城ではなく館であり形式的な条件（19日、巡検使の石川光晃、戸川安愛が巡視した際も指摘はなかった）で、残っているのは五卿の問題だけとなった。これに先立つ4日前の1日、福岡藩の越智小平太、真藤登、喜多岡（北岡）勇平が長府（現在の下関市長府）の五卿を訪れ、朝廷及び幕府の命令により九州の五藩が五卿を預かるという申し入れをした。3日に福岡藩の月形洗蔵は三条実美と面会したが、実美は勅命であれば進退はやむを得ないが附属する諸隊及び脱藩浪士は反対し騒擾が起きる可能性があると語った。
諸隊とは奇兵隊、遊撃隊、八幡隊、御楯隊、南園隊など藩の正規兵と異なる軍隊であり、政治集団、党派としての意味合いを兼ねていた。その指揮系統は軍隊だが、意思決定は幹部から構成される諸隊会議所が合議の上で決める仕組みである。
11日、西郷は馬関海峡を越えて長府に入り運動中の月形らと面会。当日に小倉へ戻った。西郷の渡海により長州藩内の紛争が解決次第、五卿は筑前へ移転すると決定。降伏条件の道筋がつき征長軍は解兵へ歩みを進めた。長州藩内の紛争とは長府の諸隊と萩藩庁の対立であり、萩藩庁と小倉の征長軍（その数は数万とされた）に挟まれた諸隊のために、奇兵隊3代目総督の赤禰武人は周旋に動いていた。これに対して13日夜、奇兵隊初代総督・高杉晋作は長府の諸隊長官に対して赤禰の融和策を非難し、即時挙兵を主張したが応じる者はいなかった。この席で晋作は、市民兵の諸隊に向かって「赤禰武人は大島の土百姓である」と発言したと記録されている。
長州藩の動き 元治元年7月21日、国司親相、益田親施、福原元の三家老に続いて京都へ向かった毛利定広が讃岐多度津で7月19日に京都で勃発した禁門の変の敗戦を聞き山口へ向けて引き返した。27日、三田尻（現在の防府市）において藩主父子、三支藩藩主、老臣が善後策を協議、30日、毛利敬親は山口に戻り人心を落ち着かせて吉川経幹に対外的な周旋を頼んだ。また山口政庁は三家老の職を解き禁門の変の顛末を誰問の上で徳山藩に預けて謹慎させた。
八月十八日の政変の後と同様に藩政を誤らせた正義派へ俗論党は反発を強めた。前回は萩から山口へ椋梨藤太、村岡伊右衛門ら俗論派が出てきて毛利登人、前田孫右衛門、周布政之助ら正義派を免職させたが、奇兵隊という武力を背景とした高杉晋作がひっくり返して、逆に坪井九右衛門は切腹させられた。今回は俗論党の影響下にある先鋒隊の壮士たちが続々と山口へ入った。9月6日に吉川経幹が山口に入ると8日に奇兵隊を含む諸隊は経幹と接見し、上申書を奉じ幕府への武備恭順を迫り、これに対抗して20日に萩藩士100名以上が山口に上った。山口藩庁は暴発を避けるため城代の毛利将監、目付の村尾治兵衛から慰撫しようとしたが果たせず、22日、萩側は経幹へ幕府への謝罪恭順を通すように迫った。経幹はこれを慰撫して藩内の騒動を収め、同日に敬親へ告げその場で城代と目付は経幹の労に謝したが、山口側は萩側の圧力を無視できなくなった。
24日、井上馨（聞多）は藩主父子へ君前会議において藩是を定めることを提言。井上は萩の強硬派はいざとなれば自らが代官を務める小郡の民兵を使って片付ける目算を立てていた。25日、山口政事堂で君前会議が開かれ井上は熱弁をふるい、会議の最後に敬親は武備恭順を国是とすると言明して終わった。しかし同日夜、井上は政事堂からの帰り道に袖解橋の手前で刺客に襲われ重傷を負い、政之助も自殺。30日に加判の清水親知（清太郎）も知行地に戻って閉居し、正義派は大打撃を受けた。同日、藩主父子の萩城帰還が決定した。
10月9日に毛利登人、大和国之助、前田孫右衛門、渡辺内蔵太は謹慎。13日に山縣半蔵、小田村素太郎（後の楫取素彦）、寺内暢蔵は罷免。17日に晋作は政務役を罷免され24日に萩から脱走、29日に下関に入り11月1日に九州へ入り諸藩連合を説いたが失敗。福岡郊外の平尾山荘へ潜伏した。19日に清水親知は加判を罷免・謹慎となり正義派は軒並み倒れ、24日に俗論党の首領である椋梨籐太が政務役に任命され俗論派政権が誕生した。15日、奇兵隊を含む諸隊は山口から五卿を奉じて長府に入った。その総員はおよそ750名だった。
22日、萩政庁は下関へ諸隊鎮撫掛の杉徳輔を、23日には粟屋親忠（帯刀）を送り込み、親忠は長府藩に諸隊鎮撫を依託した。25日、長府藩の藩主である毛利元周は謝罪恭順を徹底させるため諸隊へ藩主父子への嘆願を封じさせた。諸隊は萩藩庁へ武備恭順、正義派の登用を嘆願したが無視され続けた。
元治の内乱と征長軍の解兵 12月8日、奇兵隊総督の赤禰武人は萩から長府へ帰り、萩政庁と諸隊の調和により事態を転回させる調和論＜正邪混和説＞を説いたが諸隊の多くは賛同せず、同日、奇兵隊の実権を握っていた軍監の山縣有朋は萩政庁へ反対の意見書を提出した。11月25日、九州から下関へ帰った晋作は長府で即時挙兵を説いたが、山縣を含めた諸隊は同調しなかった。12月13日夜、晋作は諸隊の長官を説得したが、忠誠公勤皇事蹟には「悲憤慷慨の言を吐き、或は怒り、或いは泣て、長官等を感動せしめんと力めましたけれども、長官等は高杉の気焔に圧倒せられたるのみにて、誰れ一人として」『忠正公勤王事蹟 訂正補修』P.477、中原邦平、防長史談会、1911年（明治44）5月。 決起する様子は見えなかったとある。
15日深夜、大雪の中、長府に集まった晋作と力士隊（総督は伊藤博文（俊輔））、遊撃隊（総督は河瀬真孝（石川小五郎））は功山寺に赴いて五卿に面会、その後下関に入った。功山寺挙兵および元治の内乱の始まりである。
翌16日、藩内クーデターの勃発に萩政庁は諸隊を敵として協力を禁じる布告を出した。12月18日、諸隊は伊佐へ出陣、萩藩庁は同日に毛利登人、大和国之助、前田孫右衛門、渡辺内蔵太を含む7名を野山獄へ投獄し、翌19日に斬首（清水親知は、6日後の25日に切腹した）。両者の対立はようやく先鋭化した。晋作は三田尻で奪った軍艦を萩へ向かわせたが下関にいた。山縣有朋は諸隊より遅れて出発、剃髪した。融和論に静観の形で同調の姿勢を見せていた諸隊に裏切られた赤禰武人は下関を出奔した。
28日、下関の遊撃隊討伐を目的として萩を上発した討伐軍の先鋒は秋吉台の北東の盆地の絵堂に入った。台地南西の伊佐にいた諸隊は、年明けの元治2年/慶応元年1月6日（1865年）深夜に山道を越えて絵堂に入り討伐軍を襲撃、朝までに同地を占領した。諸隊は数で劣勢のため絵堂は放棄して南進、大田川流域の大田（秋吉台の南東）に出た。討伐軍は秋吉台と権現山の間を通じる本道の大田街道、権現山東縁を流れる大田川沿いの谷間道（川上口）を南下すると予測した諸隊は本道には八幡隊、膺懲隊、本道左は南園隊、本道左の高台にある鳶の巣は御盾隊を、狭い川上口は奇兵隊を、本道と川上口が合流する大田勘場（役所）に本陣を置きＶ路上に陣地を形成した。
10日、討伐軍は本道を攻めつつ、主力を川上口に回した。奇兵隊の指揮官だった三好重臣（軍太郎）は敵の急襲に支えられず退却したが、本営の金麗社にいた山縣は狙撃隊をつれてＶ路上の真ん中にある竹薮の中を進み、左翼から敵を狙撃させた。山縣は川上口を支えるように厳命を下すと、奇兵隊の別隊長である湯浅祥之助の隊を横撃させた。湯浅隊は大田街道右側の小山を駆け下りて敵の側面から攻撃し撃退した。この際に鳥尾小弥太、山田鵬介の両伍長が活躍を見せた。
14日、今度は本道の呑水峠（のみずたお）で大規模な戦闘となった。午前10時から午後2時まで戦った末に敵を撃退した。晋作は遊撃隊を率いて諸隊に合流、1月14日には太田市之進の御盾隊も小郡から帰還した。16日、絵堂の西にある赤村を夜襲した諸隊は秋吉台周辺から敵を撃退した。
敬親の諮問を受けた毛利元純が諸隊へ接触を図ろうとしたことから、萩の動揺を察知した晋作は諸隊に向かって明木の討伐軍本営を衝くべきと主張したが、狭い山道を進むよりも山口に向かおうとした山縣は太田（御盾隊）、福田侠平（奇兵隊）、堀慎五郎（八幡隊）を集めて「もし諸君が明木に進軍するつもりなら私も異論はないが、それならば私を先鋒にしてもらいたい」と発言した。晋作は意見を撤回して諸隊は山口へ入った。
16日、萩城に毛利将監以下の諸士が登城した。敬親に拝謁した一同は諸隊を武力で征討するなる旨を上申した。正義派にも俗論党にも組しない中立派は「鎮静会議員」と称し運動を始めた。一方で、元純は諸隊との休戦工作のため、21日に萩と山口を結ぶ往還の集落佐々並において諸隊と協議した。元純は双方が萩と山口へ撤退する方針で打診したが諸隊は拒否。23日に萩から討伐軍に対して撤退命令が出され、28日までの休戦協定が結ばれて会見は終わった。
ところが、2月10日、山口を訪れた鎮静会議員3名が帰路の明木で俗論党（選鋒隊）により暗殺されると、諸隊の仕業であると誣告する俗論党への排斥運動は高まり、一方で処罰された正義派への大赦が続いた。14日、奇兵隊、八幡隊は東光寺に、御盾隊は大谷に入り、15日には玉江へ遊撃隊が入り、癸亥丸は海岸に近づいて再び空砲を鳴らし続けた。14日、椋梨藤太は萩から逃亡したが津和野で捕縛され俗論党は崩壊、長州藩の内訌戦は正義派の勝利に終わった。
内乱の最中の12月27日、征長軍は解兵令を発したが、1月5日に幕閣は徳川慶勝へ藩主父子及び五卿を江戸まで拘引せよとの命令書を与えた。命令書を受け取った慶勝は「征長について将軍から全権を委任され、降伏条件と解兵は総督府を通じて幕府へ報告した。命令の実行は解兵した現在では不可能である」と断って、その上で処罰を受けるなら受け入れると回答した。幕府は長州処分は江戸で行うため慶勝は京都に入らず上府するように命令したが、朝廷も慶勝へ上洛せよとの命令を出した。板挟みのため、1月16日に大坂に着いた慶勝は所労と称して滞坂することにした。
第二次長州征討に至るまで 以下は断りがない限り慶応元年（西暦1865年に相当）、日付は旧暦。
幕府側の動き 大政委任を確認した孝明天皇の沙汰書、即ち元治国是は長州処分を幕府の専権事項に含んだが、朝廷も国事に関して幕府諸藩へ命令を出すことができるとした。朝廷、幕府、諸藩のパワーバランスの上に成り立つ体制下では大政委任が空文化する恐れもあり、一橋慶喜、会津藩主兼京都守護職・松平容保は大奥や保守派大名の影響力が大きい江戸城から将軍・家茂を引き離し、畿内長期滞在態勢で公武一和を推進しようとした。しかし幕閣は第一次長州征伐の後、フランス帝国の後押しもあり強硬な姿勢をとり、朝廷からの再三の上洛要請も遷延策で無視をした。長州処分も諸藩を動員し長門・周防を取り囲めば藩主父子は自ら出頭してくるとの見込みであり、最終処分案は慶応2年1月21日（1866年）まで決まらないまま事態は推移した。
復古派の幕閣に対して、勤皇諸藩は朝廷を以て幕府を制し挙国一致の体制を志向した。憂慮した容保は自ら江戸に出て将軍上洛運動を起こそうとしたが、2月5日に阿部正外、7日に本荘宗秀の両老中が幕府歩兵を率いて上洛したことで容保の東下は中止となった。松前崇広からの内報では、正外と宗秀の目的は将軍上洛の中止と慶喜と容保および弟の桑名藩主兼京都所司代・松平定敬を京都から追い出すことにあると知らされた。22日に参内した両老中は目的を達せずに関白二条斉敬の叱責を受けた。23日、正外は将軍上洛のために江戸へ帰らされ、宗秀は摂海警備のために大坂表へ向かわされた。
一方で、7日に上京した薩摩藩士大久保利通（一蔵）は小松清廉（帯刀）と共に9日に中川宮朝彦親王に、11日には近衛忠房に謁見した。3月2日、京都所司代への御沙汰書が降下された。内容は藩主父子及び五卿の江戸拘引を猶予すること、参勤交代の制度は文久の幕政改革の内容に戻すこと、将軍は上洛した上で国是を評議することであった。慶喜・容保は所司代に御沙汰書を留置させ、御沙汰書は一旦撤回され、14日に宗秀が参内して受け取り、4月3日、江戸城に登城して幕府に提出した。
大目付の塚原昌義が3月22日に大坂に入ったが、広島藩、宇和島藩、大洲藩、龍野藩は藩主父子の江戸拘引の協力は断った福地源一郎は『幕府衰亡論』において、当時の詳細は伝聞と断りを入れた上で、成算も無く自薦で赴いて恥を晒しただけで終わったと酷評している。。幕府は19日に将軍の西上を布告、4月1日には藩主父子の江戸拘引が行われない場合は将軍が進発すると諸藩へ伝達した。4月12日、尾張藩前藩主の徳川茂徳が先手総督に、紀州藩主の徳川茂承が副総督に任命された。18日、「毛利大膳親子等容易ならざるの企あるの趣相聞え、更に悔悟の体なく、且御所より仰進ぜられし趣もあり、かたがた征伐仰出され、五月十六日進発す」と進発令が出された。閏5月16日、将軍家茂は江戸を出発し、閏5月22日に上洛し参内。翌23日は二条城、24日は伏見に泊まり25日に大坂城へ入った。
武備恭順に藩論を統一した長州藩の重役は嘆願書を作り吉川経幹、広島藩、徳川慶勝を経て幕府へ上申した。6月23日、広島藩へ毛利元蕃、吉川経幹を大坂に招致する命令が出されたが、長州側は病気のため猶予を願うと回答した。8月18日、重ねての命令が出され、病気で無理ならば毛利元周、毛利元純、並びに長州藩主の家来が9月27日までに上坂せよと長州藩に伝えられたが、8日、長州側は再び病気を理由として拒否をした。長州処分が不振を極める中で幕兵の士気は落ち、幕府の財政は悪化した。
このままでは将軍の畿内滞在態勢がいつ崩壊するか分からないため、慶喜は再征勅許という事件を起こして態勢を立て直そうとする。16日、大坂から家茂が京都に入り、21日、再征勅許を巡る朝議が開かれた。しかし、近衛忠房は大久保利通の入説により反対、忠房が朝議に出てこないため確かめると大久保が引き止めていた。慶喜は「匹夫の議に動かされて参内の時刻を移し、あまつさえ軽々しく朝議を変ぜんとするは奇怪至極せり、斯くては将軍を始め一同職を辞せんのみ」と激怒、朝議を牽引した慶喜は勅許を獲得したが23日に家茂は大坂に戻った。
家茂が大坂に戻ったのは、9月16日に摂海に外国船艦隊が入ってきたためであった（兵庫開港要求事件）。同月23日、老中阿部正外、外国奉行山口直毅、大坂町奉行井上義斐はイギリス艦プリンセス・ロイヤルでイギリス帝国・アメリカ合衆国・オランダ公使らと会談、その後、フランス艦ラ・ゲリエールでフランス公使と会談した。イギリスの兵庫即時開港要求の諾否につき阿部は即答せずに3日間の回答猶予を得て大坂城へ持ち帰り、24日、25日と幕府首脳は会議を開いた。老中の阿部と松前崇広は幕府の専権で兵庫開港を決めると決断し閣議をまとめた。
『徳川慶喜公伝』によれば、24日に京都で将軍の招命を受けた慶喜は25日夜に京都を出立。26日「明星の尚閃く頃」に大坂に着いた慶喜は、大坂城の評議はすでに解散していたため阿部の宿舎を訪れ兵庫の応接を尋ねた。阿部は幕府の責任で決定したと返答し朝廷の許しが得られなければ将軍は辞職をすると伝えたのに対し、慶喜は驚き、朝廷の裁断を経ずに開港すれば安政五カ国条約の二の舞で、朝幕の関係は文久以前に復して列藩も服すことはない、「されば唯今より直に諸有司を城中に招集して再議せらるべし」としてそのまま大坂城に登り、再び会議を開いた。老中ほか諸有司は前回通り幕府の独断で行う他に良策はないと主張したが、慶喜は各国公使に再度回答延期を申し出てその間に天皇から勅許を仰がざるを得ないとし、若年寄立花種恭を筆頭とする使者を兵庫に派遣、イギリス公使パークスに10日間の回答猶予を申し出た。立花から見たパークスは怒り、暴言を吐き挙動傲慢であったが、にわかに語気を改めて猶予を認めた。これは、同行した大坂町奉行井上義斐が腰刀を抜き血判も辞さぬ覚悟で対応したことで、イギリス側の態度を軟化させたとされる。慶喜からみた両老中は10日間の猶予を貰ったと知らされると「別室に慶喜を招き」「涙を流して後悔の念をあらわして」どんな罪でも伏罪すると表明し当面は謹慎するとした。大坂の慶喜は回答を猶予した件を京都の容保に知らせると勅許獲得の工作を依頼。また、将軍家茂に謁見して速やかに上洛して条約勅許を申請すべきとして、自分は先乗りで帰京する旨を伝え26日の夕方に「鞭を挙げて京都に馳帰らる」。
27日に帰京した慶喜は朝廷に対して両老中は謹慎し、家茂は上洛して条約勅許を願い出ると報告をした。ところが阿部・松前両老中は以前と変わらず出仕をして上洛を約束した家茂は約束の日である29日になっても上洛しない。結果として食言をした慶喜は容保、定敬と大坂に下る旨を朝廷に申し出た。しかし朝廷の怒りは限界にまで来ていた。29日、朝議が開かれて阿部・松前は改易・切腹、大老の酒井忠績、老中の水野忠精は領地を半減・永蟄居とする議案が全員一致で可決した。慶喜、容保、定敬は過酷な処置に対して寛恕を願い出て阿部・松前の官位を剥奪し国許で謹慎という結論となった。その日のうちに評議の内容は大坂へ送られた。この後、将軍の辞職願（10月3日）と東帰の動き、条約勅許（5日）、家茂の大坂城帰還（11月3日）と続くが小笠原長行、板倉勝静の老中就任が実現した。
条約勅許の騒動が一段落つくと、幕府は長州再征伐に取り掛かった。7日、幕府は三十一藩に長州征伐の出兵を命じる。20日、場所は広島国泰寺。幕府側が永井尚志、戸川安愛、松野孫八郎。長州側は名門宍戸氏の養子となった山縣半蔵こと宍戸備後助が応接にあたった。ここで尚志は八か条の質問を宍戸に出すが、宍戸は疑惑を否定した。国泰寺会談には新撰組の近藤勇、武田観柳斎、伊東甲子太郎、尾形俊太郎も尚志の家来として同行した。『京都守護職始末』によると近藤は12月22日に会津藩へ出張の報告として、長州藩は武備恭順の姿勢であること、広島に滞陣中の幕府方の士気は落ちているため勝目が薄いこと、長州藩が表面で恭順ならば寛典な処置で対応していく方針が望ましいことを述べた。
長州側の動き 2月20日、藩主父子は祖先の霊に対し藩内の擾乱を謝罪するとの名目で祭祀を布告して全ての藩士も参加をさせられた。28日、毛利敬親は湯田に入り巡視を行い民心を安堵させ、3月16日に諸隊は正式に藩の軍隊とされた3月16日に諸隊は奇兵隊（(375名、吉田）、御盾隊（150名、三田尻）、鴻城隊または鴻城軍（100名、山口）、遊撃隊または遊撃軍（250名、須々万）、南園隊（(150名、荻）、荻野隊（50名、小郡）、膺懲隊（125名、徳地）、第二奇兵隊（100名、石城山）、八幡隊（150名、小郡）、集義隊（50名、三田尻）へ再編され総員は1500名へ削減された。。23日、敬親は山口に集まった支藩主へ「天朝へ忠節、幕府へ信義、祖先へ孝道之事」の遵守を伝えたが、吉川経幹は山口へ参集しなかった。26日、敬親は世子の定広を残して萩へ帰還した。4月25日、敬親は山口に戻り、経幹は閏5月6日に山口へ出た。20日に藩主父子、支藩藩主、経幹は会議を開き、幕軍が攻めてくれば周防・長門の二州は一致してことにあたると決議された。
4月4日、晋作はグラバー、ラウダとの会見後に長崎から下関に戻り、長府藩と清末藩から下関を取り上げて長州藩直轄として開港しようとした。ところが22日に藩内に情報が洩れたため藩庁は開港はないと声明を出し、晋作は下関出張を免じられた。同月下旬、攘夷派と長府清末藩の藩士から命を狙われた晋作と井上馨は藩外へ逃亡、伊藤博文も対馬へ逃亡しようとしたが26日に亡命していた桂小五郎（後の木戸孝允）が下関に入り、事態を収拾させたため長州藩へ戻り、後に晋作と井上も逃亡先から戻った。5月13日、小五郎は山口で敬親に拝謁した。抗幕体制のため長州藩は一般政務を管掌する国政方、財政民政を管掌する国用方が政事堂の下に置かれた。27日、小五郎は国政・国用トップから諮問に与る用談役に就任、村田蔵六（後の大村益次郎）も藩政の中枢に参画して近代洋式軍隊の創設にあたることになった。
閏5月1日、下関にいた坂本龍馬は時田少輔を通じて小五郎に会見を申し入れた。小五郎は時田からの書簡を藩へ提出、敬親から下関に出る許可を得た。4日に下関へ入った小五郎に対して龍馬、土方久元は10日前後に薩摩の西郷が上京するが途中で下関に寄ると伝え桂との会談を斡旋した。21日、中岡慎太郎は15日に薩摩を西郷と出たが、西郷は下関に寄らず豊後佐賀関で別れたと、手ぶらで下関に入った。不快とした小五郎へ龍馬と中岡は陳謝、この件については一任してもらいたいと申し出て桂も了承した。
7月21日、井上・伊藤が長崎へ入った。長州藩は抗戦武装のため小銃1万丁を求め青木郡平を長崎に派遣していたが、龍馬は薩摩藩の名義で長州藩がイギリスから購入できるように薩摩藩へ運動。薩摩が同意したため小五郎は藩政庁の承諾がないまま2人を長崎へ派遣したのである。千屋虎之助、高松太郎、上杉宗次郎、新宮馬之助は協議の上で小松清廉に薩摩藩で伊藤井上を潜匿させるように依頼した。
26日、山口で藩主父子及び三支藩藩主、吉川経幹は会議を開き、6月23日に広島藩へ毛利元蕃、吉川経幹を大坂に招致する命令が出された件は上坂拒否と決定。上坂猶予の嘆願書が広島藩を通じて幕府へ出されたが幕府は却下した。ただし長州藩も大義を主張する必要があるとして重臣から正副2使が派遣される運びになった。
長崎でイギリス商人と交渉した井上・伊藤は山口藩庁へ「ミネーゲベール短筒四千三百挺、ゲベール三千挺」を購入したと報告し、小銃は薩摩藩の蝴蝶丸に積み込み、8月下旬に三田尻で陸揚の手配となった。9月6日、山口において藩主父子に謁見した井上は小銃購入の手配に上杉宗次郎の功績が大きかったと報告した。藩主父子は上杉を山口に招き三所物を与え、8日、薩摩の島津久光・忠義父子へ送る書簡を上杉へ託した。木造蒸気船ユニオン号も購入する段取りとなったが、これは藩内外に紛糾が起こった。
16日、大坂から徳川家茂が京都に入り長州再征勅許獲得の運動が始まった。24日、大坂を出た龍馬は10月3日、三田尻へ入った。龍馬は上方に藩兵を駐屯させる薩摩藩のために兵糧米を提供してほしいという名目で長州に薩摩の交渉を持ち出した。龍馬は山口政庁の山田宇右衛門、国貞廉平（直人）、中村誠一、広沢真臣（藤右衛門）に説いた上で、10月下旬まで桂小五郎のいる下関に滞在した。
17日、井原主計を正使、宍戸備後助を副使として両名は大坂へ出張するように命じられた。22日、井原と宍戸は広島に入り26日に大坂へ出発すると決まったが前日に井原は無断で帰藩をしたため、山口藩庁は29日、宍戸に1人で応対するように命令を出した。広島に出張した使節団は広沢真臣を中心として宍戸備後助が応接に専任（後に木梨彦右衛門を副使とする）。会見の段取、長州藩と幕府との連絡は広島藩が担当した。山口の政事堂には現地の様子は使節団から逐次報告された。
11月20日、広島の国泰寺で長州藩の使節と幕府側の第一回会談が開かれた。永井尚志は長州藩に対して質問をしたが、宍戸は逐条答書、国情陳述書を出して疑惑を否定した。30日、国泰寺で第2回会談が行われ宍戸、木梨、諸隊代表が出席した。すでに11月上旬には幕府は攻め口の部署割りをした。幕府が交渉中に戦端を開くのでは危惧する山口藩庁は12月8日に使節団の引揚を命じたが、宍戸・木梨はなお幕議の決定を聞かないままでは帰れないとして広島に残った。