秋葉原駅（あきはばらえき）は、東京都千代田区にある、東日本旅客鉄道（JR東日本）・東京地下鉄（東京メトロ）・首都圏新都市鉄道の駅。
JR東日本の駅は外神田一丁目に、東京メトロと首都圏新都市鉄道の駅は神田佐久間町一丁目に、それぞれ所在する。
乗り入れ路線 JR東日本の各線（後述）、東京メトロの日比谷線、首都圏新都市鉄道のつくばエクスプレスの3社の鉄道路線が乗り入れ、乗換駅となっている。JR東日本の駅には「」のスリーレターコードが付与されている。
また、各路線ごとに駅番号が付与されている。 JR東日本 山手線 - 駅番号「JY 03」 京浜東北線 - 駅番号「JK 28」 総武線（各駅停車） - 駅番号「JB 19」 東京メトロ： 日比谷線 - 駅番号「H 16」 首都圏新都市鉄道： つくばエクスプレス - 駅番号「TX01」 JR東日本の駅に乗り入れている路線は、線路名称上は東北本線と総武本線の2路線であり、東北本線に関しては電車線を走行する京浜東北線と山手線の2系統が停車するが、旅客案内では「東北（本）線」とは案内されていない。また、東北本線を所属線としており、東北本線上での所属線としては最初の駅である。
総武本線については、中央・総武線各駅停車のみが発着する。旅客案内では単に「総武線」と案内されている。一部が停車していた新宿駅方面と千葉駅方面を直通する特急列車（「成田エクスプレス」を除く）は2024年（令和6年）ダイヤ改正にて通過となった。
特定都区市内における「東京都区内」および「東京山手線内」に属している。 京浜東北線：電車線を走行する東海道本線・東北本線の近距離電車。横浜駅から根岸線への直通運転も実施している。 山手線：電車線を走行する環状路線。 総武線（各駅停車）：総武本線（支線）を走行する近距離電車。錦糸町駅から総武本線の緩行線に乗り入れ、隣の御茶ノ水駅から中央本線の緩行線に乗り入れる。
東京メトロ日比谷線は、終着駅である北千住駅より、東武伊勢崎線（東武スカイツリーライン）を経由して日光線南栗橋駅まで相互直通運転を実施している。
なお、JR秋葉原駅の事務管コードは、▲441001となっている。
徒歩圏内に都営地下鉄新宿線の岩本町駅があり、各社と連絡運輸を行っている。詳細は岩本町駅#秋葉原駅との乗り換え参照。
歴史 貨物駅としての開業
当駅を建設した日本鉄道は、当初上野駅から北へ、のちの東北本線や高崎線に相当する路線を建設し、東京駅側では上野駅で旅客・貨物をともに取り扱う態勢で営業していた。鉄道の取り扱う旅客・貨物が伸びていくに連れて上野駅では逼迫するようになり、さらに同駅周辺の道路が狭隘で同駅へ向かう旅客・貨物を乗せた馬車が渋滞を起こすような状態となっていた。これに対応するために、旅客と貨物の分離が計画された。
同駅より南側は当時既に市街地となっていたが、当駅の存在する辺りは火災対策として設けられた火除地となっており、空き地になっていた。また、上野駅とこの火除地の間に道路が存在していたため、これらの払い下げを受けて用地を確保し、貨物駅として1890年（明治23年）に開設されることになった。当初はこの上野駅からの貨物線を「秋葉原線」と呼び - 国立国会図書館デジタルコレクション - 国立国会図書館デジタルコレクション、当駅は秋葉原貨物取扱所と呼ばれていた - 国立国会図書館デジタルコレクション。
市街地を縦断して地上の線路を建設するため、東西方向の交通を遮断するとして沿線から敷設に対する強い反対運動が起きた。監督していた鉄道局では、交通を遮断しないようにするために高架化することを会社に指示したが、これを会社側は拒否し、後にこの線を東京駅・新橋駅まで延伸して東海道本線と接続させる際には同区間の高架化を実施するとの会社側回答で妥結することになった。また、線路は両側を柵で囲い、踏切には番人を置いて列車通行時には柵で閉鎖し、さらに列車の運行時間帯と運行本数に関する制限が付けられた。沿線住民はなお反対を続けたが、当局の意向を背景に建設が強行され、駅が開業した。
1890年（明治23年）11月1日に秋葉原駅が開設された時点では、敷地面積は15,009坪（約49,500平方メートル）あり、東西に長い敷地に北から本線が突っ込み、分岐して貨物上屋のある線路が設けられ、列車着発線1本ずつ、貨物積卸線2本、補助線1本、陸運貨物の積卸場2か所を備えていた。秋葉原駅の開設は、当初から神田川の水運利用を目的としていたため、開業翌年には神田川からの掘割を掘削して船溜（ドック）を設ける工事に着手した。1893年（明治26年）5月1日にこの工事が完成し、水運との連絡が始まった。船溜は当駅構内では東西に長くなっており、上野駅から入線して来た貨車は、構内に設置された小型の貨車用転車台に載せられて直角に向きを変え、東西方向に長い船溜の周囲に敷設された線路に入って船との連絡をとる仕組みになっていた。
水運との連絡が完成し、集散する貨物は次第に増大していき、1906年（明治39年）に鉄道国有化が実施されて国有鉄道の駅となる頃には、年間約60万トンの貨物取扱量となった。さらに第一次世界大戦の影響により貨物取扱量は異常に伸び、駅の貨物取り扱い能力は行き詰まりの様相を呈してきた。貨物取扱量の増加に伴い貨物列車の編成長は伸び、駅構内に収まりきれなくなって、入換作業のために駅の外の踏切の長時間閉鎖が多発することになった。貨物取扱量に合わせて設備の増設も進められ、関東大震災の直前時点では倉庫が8棟、構内線路の総延長2マイル40チェーン（約4,000メートル）に達したが、人力の転車台やキャプスタンなどによる貨車入換作業には手間がかかり、貨物量の増加に伴い逐次増設した設備が雑然と配置されて能率を低下させ、構内いたるところの空き地で貨物の積卸をしなければならないありさまとなっていた。1913年（大正2年）から1924年（大正13年）の貨物取扱は、年40万トンから55万トン程度の発送で、米、砂糖、鉄鋼、鉄および銅製品などが主要な品目であった。一方到着は農産品、林産品、砂利などが主であった。荒物は主に隅田川駅に任せて、秋葉原は生活物資を主体とする駅ではあったが、それでも荒物も一定量の到着があった。
1923年（大正12年）9月1日に関東地震（関東大震災）が発生した。秋葉原駅では、駅本屋や貨物上家など過半数が焼失し、構内の倉庫も貯蔵してあった物品とともに焼失した。水戸保線事務所から来た応援の工手が9月18日から復旧作業にあたり、9月20日には列車の進入に差し支えない状態となった。ただし、秋葉原駅側の記録では9月14日に復旧とあり、この差異は線路の復旧の程度問題であろうとされている。
旅客開業と貨物駅高架化 新橋駅（のちの貨物駅の汐留駅）と上野駅を結んで市内を貫通する高架鉄道を建設する構想は明治時代からあり、中央停車場（東京駅）より南側の工事がまず進められて、1914年（大正3年）12月に東京駅が開業した。東京駅と上野駅の間では、電車用の線路2線、旅客列車用の線路2線、秋葉原と上野を結ぶ貨物線1線を高架で設ける構想で着手することになった。
秋葉原駅については、集中する貨物を捌くために何らかの制限を加えて他駅に貨物の分散を図ったとしても、年間100万トンの貨物を取り扱う必要性が想定された。貨物ホームを地平に設けて高架線との間で貨車を昇降させる方法と、当時アメリカ合衆国の大都市で採用されていた貨物ホーム自体を高架に設けて貨物のみを昇降させる方法が比較検討され、前者は建設費は安いと見込まれたが能率が悪く、後者は建設費が高いが処理能力が高く、高架下を貨物倉庫として賃貸して得られる収入を加算すればかえって安くなると見込まれたことから、後者の案を採用して高架上に貨物ホーム4面と入換線を設け、上層と下層を連絡するエレベーターとシューターを設置して年間109万トンの取り扱い能力を見込んだ。
最初に電車線の工事に支障する旧貨物積卸場を撤去する必要があり、移転のために直扱小口貨物積卸場を撤去した後に仮の貨物上屋を建設した。その工事中に関東大震災に遭遇し、構内の大半の施設を焼失した。その後復興検討により、山手線と京浜線（後の京浜東北線）は線路を共用する構想だったのが、将来的に分離する必要性を認めて電車線を2線増設する方針となり、そのために秋葉原駅では貨物ホームの幅員が縮小された。また船溜をこの機会に全廃しようという意見も上がったが、結局存置と決まった。高架に支障する設備を段階的に仮設備に移転する計画であったが、震災で駅施設がほとんど焼けてしまったため、一挙に仮設備を建設して1924年（大正13年）9月に竣工した。この際には、大きく4棟の貨物上屋を南北方向に2棟ずつ2列に並べ、その両側に線路を配した。
関東大震災の影響により、準備してあった資材が焼失するなどの被害を受けたものの、当初予定より6か月遅れたのみで1925年（大正14年）11月1日に上野まで高架の電車線が開通し、当駅は旅客も扱う一般駅となった。この際に地上に駅舎が新設された。線路は高架でこの時点では2線のみ開通した。秋葉原駅の旅客ホームも1面が設置された。
電車線を2本増設することになったことで貨物扱い設備の設計が変更され、1926年（大正15年）4月に設計変更が完了した。高架貨物扱い場は、西側南、西側北、東側南、東側北の4か所の積卸場を備える設計で、このうち北側の積卸場で到着貨物を、南側の積卸場で発送貨物を扱う構想であった。6月にまず西側の高架貨物施設に着手し第1期高架工事が開始された。地上の貨物設備をやりくりして高架工事のスペースを生み出し、さらに御徒町付近の高架下を利用して仮設新南ホームを設置し、新北上家を建設して従来の北上家を撤去し、11月1日には第2期高架工事も開始された。西側の高架貨物扱い施設が完成すると、当初の構想では一部の貨物扱いを高架上に移転して、地上の貨物扱い設備をしばらく併用の予定であったが、荷役能力が低い問題があり、さらに東京駅から客車の編成を田端操車場に回送する構想から早期に上野 - 秋葉原間の高架完成を求められたことと、上野駅の改築工事の都合から地上の貨物線存置に支障があったことから、全部の作業を同時に高架上に移転させることになった。そこで未使用の電車線ホームを一時的に貨物ホームにし、さらに北側に仮貨物ホームを整備することになった。1928年（昭和3年）3月に西側高架橋が完成し、4月1日に全面的に使用を開始して、地上の貨物扱い設備と、上野と秋葉原を結ぶ地上貨物線が廃止となった。地上貨物線の用地は元の道路に戻された。この時点で旅客列車はもっとも西側の電車ホームの両側を利用して発着しており、将来の電車線増設に備えて建設した東側の電車用ホームを臨時に小口および特小到着貨物ホームとして使用した。上野と結ぶ高架線は、貨物線が東側に1線増設され、駅北側で駅構内の貨物扱い施設の線路に分岐した。高架に貨物扱いを移転したことで、砂利や木材といった荒物の扱いが全廃された。
1928年（昭和3年）7月からは地上の貨物設備を撤去して第3期・第4期高架線工事に着手した。1931年（昭和6年）4月初旬に設備が竣功し、4月10日から使用開始した。同時に仮高架設備は廃止となった。
高架貨物ホームは南北方向に全長438.48メートルのものと全長430.00メートルのものの2面があり、神田明神通りを境にして南北に分割される。西側南部は第1ホームとして発送小口扱いおよび特別小口扱いの積み込み場とされ、全長197.58メートル、幅9.9メートルある。西側北部は第2ホームとして到着貸切扱いの積卸場で、全長240.90メートル、幅9.9メートルである。東側南部は第3ホームで、発送貸切扱い貨物および長尺物および水運貨物の積卸場で、全長191.90メートル、幅9.16メートルである。東側北部は第4ホームで、到着貸切扱い貨物・到着特別小口扱い・小口扱い貨物の積卸場で全長238.10メートル、幅9.16メートルある。高架上のホームと下層の間を結んでエレベーターやシューターが設けられ、他にトラベリングクレーンやモノレールテルハの設備もあった。線路は1番線から11番線までと、下り本線、上り本線の計13本があった。当駅に発着する貨車は、田端操車場と結ぶ小運転によって送り込まれていた。
従来、総武本線は両国駅を起点としており、東京市街地中心部へは路面電車やバスへの乗換を要していた。この線を市街地中心部まで乗り入れさせる計画は昔からあったが、関東大震災の後の復興計画に際して区画整理とともに用地買収を行い、昭和初期になり総武本線の御茶ノ水延伸工事に着手することになった。これにより御茶ノ水では中央線と直接連絡するとともに、秋葉原では山手線・京浜東北線と交差して乗換連絡の役割を果たすことになる。秋葉原では、東京上野間の線路の上を跨ぎ越すことになるため、地上に対して14メートルから16メートル程度の高さのある高架橋となり、この際に従来の万世橋側の出入口に加えて昭和通り側の出入口が開設された。総武線ホームは対向式の長さ211メートル、幅6.5メートルのもの2面で、エレベーターとエスカレーターが備えられた。1932年（昭和7年）7月1日、総武本線御茶ノ水駅 - 両国駅間が開通し、三層立体構造の高架駅となった。
旅客営業の推移 総武線開通後の1934年度（昭和9年度）の秋葉原での1日平均乗換人員は39,000人に達した。総武線沿線は工業地帯や住宅地域として急速に発展し、輸送量は激増したため順次電化工事が進められ、1935年（昭和10年）7月1日に千葉駅までの電化工事が完成し、電車の運転が開始された。これにより両国より東の区間では、蒸気機関車牽引列車と電車が併用され、列車本数が多く通過人員も大きくなったことから両国-平井間の線増が計画され、実際に着手したが、戦争により中止となった。
また山手線と京浜東北線についても、田町-田端間で線路を共用して運行されていたが、当初から将来的な分離を想定していた。1936年（昭和11年）から、山手線・京浜東北線の運転線路分離を含んだ輸送力増強工事に着手され、一部に供用を開始した設備もあったが、戦争の影響により分離工事は未完成に終わっていた。
第二次世界大戦後、1949年（昭和24年）に東京駅の設備改良から分離・線増工事が再開され、順次ホームの新設や構築物の建設が進められた。秋葉原駅は、戦前の段階でホームが完成しており、分離前は2面あるホームのそれぞれ西側に電車が発着していた。1956年（昭和31年）11月19日に分離工事が完成し、山手線と京浜東北線の電車が別の線路を走るようになり、秋葉原駅では2面のホームの両側を使用するようになった。ただしその後も施設保守作業の利便を図って、休日を除く10時から15時までは山手線と京浜東北線は線路を共用して運転し、その運転線路は1か月ごとに交互使用することにした。
1962年（昭和37年）5月31日に地下鉄日比谷線の仲御徒町 - 人形町間が開通し、これに合わせて地下鉄の秋葉原駅が開業した。地下鉄秋葉原駅は、国鉄秋葉原駅との乗換が多いと予想されたことからこれを重点として計画し、出入口5か所のうち国鉄連絡口となる通路が特に利用者が多いと想定されたことから幅を5メートルとし、国鉄の改札口に近くなるように設計した。
総武線の沿線の人口増加は続き、秋葉原駅における総武線上りから京浜東北線南行・山手線外回りへの乗換の混雑がはなはだしくなり、神田寄りに1959年（昭和34年）10月1日に新しい階段を増設した。しかし総武線は、1964年（昭和39年）には亀戸 - 平井間でラッシュ時に10両編成を2分30秒間隔で運転しても、平均乗車効率が285パーセントに達する状況となっていた。秋葉原駅では、同じく1964年（昭和39年）の調査では、最混雑1時間に42,500人が総武線上りホームで降車するが、秋葉原駅自体を目的地とするのはその19パーセントの8,000人のみで、72パーセントの30,750人は山手外回り・京浜東北南行へ乗り換え、9パーセントにあたる3,750人が山手内回り・京浜東北北行への乗り換えであった。約7割が山手外回り・京浜東北南行へ乗り換えることから、秋葉原駅は総武線の輸送におけるボトルネックとなっていた。
こうして総武線の線増計画が推進されることになり、当時の帝都高速度交通営団（営団地下鉄）の路線計画とも合わせて5案のルートの比較検討が行われた。総建設費に加えて、新線にどれだけの旅客を転移できるかを勘案し、秋葉原における混雑救済も考慮したことから、大手町駅から西船橋駅に至る地下鉄5号線（東西線）と、東京から両国付近まで新線を建設して、両国から津田沼まで総武線に並行して線増する案の2案を推進することになった。秋葉原における混雑救済が、後者の案で東京直行が決定された理由となった。
まず1969年（昭和44年）3月29日に地下鉄東西線が西船橋まで開業した。これにより総武線平井-亀戸間のラッシュ時の混雑率は307パーセントから255パーセントへ低下し、秋葉原の乗換人員も1日30万人から24万人へと減少する効果をもたらした。そして1972年（昭和47年）7月15日に総武線の線増も完成した。1970年（昭和45年）時点で錦糸町断面で86,000人/時の輸送量に達していたのが、1978年（昭和53年）になると115,000人/時へとさらに急増したが、東京直結の新線が輸送量を受け持ち、秋葉原方面へ流れる輸送量は1971年度（昭和46年度）より減少する結果をもたらした。平井-亀戸間の混雑率は、1971年（昭和46年）の268パーセントから1972年（昭和47年）の223パーセントへと低下し、1960年度（昭和35年度）に比べて一時期は1.6倍まで増えていた秋葉原駅の1日平均定期旅客乗換人数は、東西線開通と総武快速線開通の2回に分けて低下し、1972年度（昭和47年度）には1960年度の1.1倍水準まで戻った。
さらに総武線下りホームは混雑が激しかったことから、1981年（昭和56年）2月から1983年（昭和58年）3月にかけて総工費4億4000万円をかけてホームの拡幅工事を実施した。
貨物営業の衰退から廃止 戦後は、日本経済の発展により昭和30年代に貨物取扱量のピークとなった。しかし国鉄の貨物輸送改善のためにコンテナによる一貫輸送および物資別適合輸送への移行が進められ、これは秋葉原駅の貨物扱いには不利となった。狭小な立地に高架で貨物取り扱い設備を設けた秋葉原駅では、新しい輸送体系に対応することができなかった。戦後は、発送は小口混載貨物が主体で、到着は小口混載のほか米、青果類、紙などが上位の扱い品目であった。戦後の秋葉原は生活物資を中心とする小口輸送のターミナルで、これに神田青果市場向けの食料品と紙が到着する駅であった。こうした輸送品目はトラックとの競争で特に不利で、1960年代半ば以降の秋葉原駅は急激に貨物取り扱いを衰退させていくことになった。1956年（昭和31年）にはドック（船入場）の使用を停止し、その後埋め立てられた。また車扱い輸送で大きな品目であった紙の到着も、飯田町駅に飯田町紙流通センターが1972年（昭和47年）11月1日に開設されて移行したことから、輸送量が激減した。これらの輸送体系変更により、1911年（明治44年）時点で東京における貨物駅では隅田川駅に次ぐ第2位の貨物取り扱い量であった当駅は、1970年（昭和45年）になると汐留駅、小名木川駅、越中島駅、品川駅などに取り扱い量をはるかに引き離され、1911年時点での取り扱い量よりも減少している状態であった。
東北新幹線建設に伴い、秋葉原駅構内では支障する貨物第1・第2ホームを撤去する方向となった。また、1973年（昭和48年）4月の上尾事件を受けて、異常時の上野駅の輸送力弾力性確保の必要から電留線を新設することになり、当駅の貨物1・2・3番線を電留線に改築することになった。1974年（昭和49年）4月1日にまず、車扱い貨物を隅田川駅および田端操駅に移転し、都民生活への影響が大きいと見込まれた神田青果市場に発着する貨物のみが残された。しかし、この日以降の市場発着貨物は当初構想していた1日平均12車174トンに対して20パーセントを切る低調な利用となり、当駅の貨物扱いを全面廃止しても影響が少なく、神田市場関係者の同意も得られたことから、1975年（昭和50年）2月1日に秋葉原駅の貨物扱いは全面廃止となった。
貨物廃止後、空いている線を利用して3線の留置線として上野駅の処理能力を救済した。さらに1978年（昭和53年）10月ダイヤ改正において上野駅発着の特急列車の増発が計画され、東北新幹線上野駅建設工事のために上野駅20番線が廃止となったことも合わせて、上野駅の発着能力の救済策をさらに講じる必要が出てきた。このために、東京駅と上野駅の間の通路線を整備して全長320メートルの留置線を2線、秋葉原駅貨物跡地に全長320メートルの留置線を3線整備することになった。1978年（昭和53年）8月24日の切替工事を最後に、ダイヤ改正に間に合う形で留置線化工事が完成した。
また東北新幹線の東京乗り入れ工事に伴い、秋葉原駅構内の貨物ホーム1面2線を撤去して新幹線の路盤に転用した。秋葉原駅構内から上野地下駅までは、半地下式のU型擁壁区間を経て第1上野トンネルへと通じる構造となっており、後にU型擁壁区間の上部に電留線が設置された。
国鉄分割民営化以降 国鉄分割民営化後、1988年（昭和63年）3月13日のダイヤ改正で京浜東北線は日中の快速運転を開始し、秋葉原はその停車駅となった。
秋葉原駅の貨物扱い廃止後、電留線の移転集約も行ったことで、この地区に日本国有鉄道清算事業団が所有する約3.1ヘクタールの土地が生まれた。さらにこれとはJRの線路を挟んで西側に、1989年（平成元年）5月に東京都の神田市場が廃止となって約2.7ヘクタールの土地が生まれた。これらを周辺地区と一体的に整備することに加えて、常磐新線（のちのつくばエクスプレス）乗り入れが予定されていたことから、学識経験者や関連行政機関などの関係者を加えた調査委員会が設置され、秋葉原駅周辺地区整備計画がまとめられた。1993年（平成5年）1月にまず常磐新線の秋葉原 - 新浅草（仮称）間の工事施行認可がなされ、1996年（平成8年）4月に土地区画整理事業都市計画決定、1997年（平成9年）4月事業計画決定が行われて、秋葉原地区の土地区画整理事業が進められることになった。
土地利用の計画として、東西方向には既存の練塀通りおよび神田明神通りを拡幅整備し、南北方向にはJR線より東側に新たに補助街路第319号線を整備することになり、また秋葉原駅の東側と西側にそれぞれ駅前広場を配置することになった。そしてこの補助街路第319号線の地下につくばエクスプレスが配置されることになった。つくばエクスプレスの秋葉原駅は、幅13 - 23メートル、掘削深さ37メートル、ホーム幅は5 - 12メートル、長さは6両対応の125メートルで開業するが、8両対応の165メートルに延長可能な構造とした。補助街路第319号線とその地下のつくばエクスプレスは、JRの総武線と交差することになり、道路や駅の構造を満足するためには総武線の高架改築が必要となった。JR東日本に改築工事を委託して、高架橋の上部は残し、下部を造り替えて、3列12本の柱で受け替えて、中央の4本の柱は地下駅の柱ともなる構造になった。
つくばエクスプレス開業時には、JRの駅でもさらに利用客が増加することになる。そこでつくばエクスプレスからの利用客がJRの駅に円滑に乗り換えられるように、JR駅に新たに中央口を開設することになった。さらにそれまで5メートル間隔で林立していた高架橋の橋脚を改築して、橋脚が11メートル間隔の新しい高架橋を下部に造り、上部の既存構造物を支える構造として、約1,800平方メートルの見通しの良い広い高架下空間を整備して、中央口と電気街口の間が結ばれた。合わせてバリアフリー対策が行われ、総武線・山手線・京浜東北線と電気街口・中央口を結ぶエスカレーターが新たに設けられた。
日比谷線と乗り換える乗客が多く利用する昭和通り口についても、改札前後共に狭くて朝ラッシュ時には激しく混雑し、また昭和通り口から山手線・京浜東北線を利用するためにはいったん総武線ホームを経由しなければならない構造であったことが混雑に拍車をかけていた。さらにエスカレーターはあるもののエレベーターは未整備で、バリアフリー対策が課題となっていた。そこで、つくばエクスプレス工事に合わせて建設中の総武線高架橋を利用して、山手線・京浜東北線ホームへ向かう歩行者動線を2階の通路に分離して総武線ホームを経由する必要をなくした。さらに周辺の広場や通りと駅構内の段差を解消し、総武線ホームへ向かうエレベーターを整備してバリアフリー化を行い、つくばエクスプレス開業までに完成させた。
2005年（平成17年）8月17日にまずJRの中央口が開設され、8月24日につくばエクスプレスが開業した。駅北西側の都有地では秋葉原UDXや秋葉原ダイビルが建設され、駅北東側の鉄道建設・運輸施設整備支援機構（旧日本国有鉄道清算事業団）所有地ではヨドバシAkibaが建設された。
一方、総武線高架橋の内部に建設されて1951年（昭和26年）に開業したアキハバラデパートは、耐震補強が未実施のまま老朽化が進行しており、2002年（平成14年）にアトレがアキハバラデパートの経営権を取得し、2006年（平成18年）12月31日をもって老朽化を理由として営業終了となった。高架下のスペースをリニューアルするとともに、高架橋両側のJR用地を活用して一体的な開発を実施することになり、北棟は地上4階建て、南棟は地上7階建てとなり、2010年（平成22年）11月19日にアトレ秋葉原1としてグランドオープンした。
かつて存在していた東京 - 上野間の東北本線線路は、東北新幹線建設に伴い神田駅付近で分断され、当駅構内の線路は留置線として利用されてきた。その後、上野東京ラインが神田駅付近の東北新幹線の高架のさらに上層部に建設され、2015年（平成27年）3月14日に開業した。なお当初は当駅に停車する予定でホーム設置などが検討されたが、スペースや勾配の点などから見送られることとなった。
年表 1890年（明治23年）11月1日：日本鉄道の秋葉原貨物取扱所として開業。 1893年（明治26年）5月1日：船溜の設置工事が完成し、水運との連絡開始。 1906年（明治39年）11月1日：鉄道国有法により、国有化。 1909年（明治42年）10月12日：線路名称の制定により、東北本線の所属となる。 1923年（大正12年）9月1日：関東地震（関東大震災）により、駅本屋など焼失。 1925年（大正14年）11月1日：東北本線上野駅 - 東京駅間の高架線が開業、旅客営業を開始。 1928年（昭和3年）4月1日：高架貨物駅西側貨物積卸場が完成。地上での貨物扱いを廃止し、上野と結ぶ地上貨物線も廃止。 1931年（昭和6年） 4月10日：東側貨物積卸場完成、仮の高架貨物扱い設備を廃止。 10月1日：高架下のスペースを利用した貨物倉庫の営業を開始。 1932年（昭和7年）7月1日：総武本線・御茶ノ水駅 - 両国駅間が開業し、乗換駅となった。この時に3層構造の高架駅となった。高架線の総武線の開通によりエスカレーターが設置されたが、これは国鉄初のエスカレーターであった『日本国有鉄道百年写真史』（1972年刊、p.241）より。。 1945年（昭和20年）3月10日：太平洋戦争中に空襲（東京大空襲）に遭い、駅舎が全焼。留置していた客車14両と貨車50両が焼失。 1951年（昭和26年）11月15日：現在の電気街口にアキハバラデパートが開店。 1956年（昭和31年） この年：ドックの使用を停止。 11月18日：総武緩行線下りホームと京浜東北線・山手線ホームとを結ぶ跨線橋を増設。 11月19日：山手線と京浜東北線の分離運転を開始し、2面あるホームの両側を使うようになる。 1959年（昭和34年）10月1日：総武緩行線上りホームと京浜東北線南行・山手線外回りホームの間の新階段を神田側に増設し、使用を開始。 1962年（昭和37年）5月31日：帝都高速度交通営団（営団地下鉄）日比谷線の秋葉原駅が開業。