ハプログループH (mtDNA)は分子人類学におけるミトコンドリアDNAハプログループの一タイプであり、ハプログループHVの子型のうち「G2706A, T7028Cvan Oven M, Kayser M (February 2009). "Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation". Human Mutation 30 (2): E386–94. doi:10.1002/humu.20921. .」で定義されるもの。西南アジアにおいてAchilli A, Rengo C, Magri C et al. (November 2004). "The Molecular Dissection of mtDNA Haplogroup H Confirms That the Franco-Cantabrian Glacial Refuge Was a Major Source for the European Gene Pool". American Journal of Human Genetics 75 (5): 910–8. doi:10.1086/425590. PMC 1182122. . 、25000-20000年前に誕生したと考えられている。ヒトミトコンドリアDNAの参照配列として用いられているケンブリッジ参照配列は、このハプログループ（詳細にはH2a2a1）に属している。
分布 ハプログループHは西南アジアで発生して東西へ拡散した。東南アジアからヨーロッパまでユーラシア大陸の広範囲に分布する。ヨーロッパ人の41％がハプログループHに属す。下位系統のH1は北アフリカのベルベル人で高頻度に見られる。
主な下位系統 H H1：ベルベル人14~61%、バスク人最大27.8%Ottoni et al. 2010, "Mitochondrial Haplogroup H1 in North Africa: An Early Holocene Arrival from Iberia", Plosoneなどヨーロッパに広く見られる。 H3：バスク人に13.9%などAchilli A, Rengo C, Magri C et al. (November 2004). "The Molecular Dissection of mtDNA Haplogroup H Confirms That the Franco-Cantabrian Glacial Refuge Was a Major Source for the European Gene Pool". American Journal of Human Genetics 75 (5): 910–8. doi:10.1086/425590. PMC 1182122. . 。 H5：西アジア、コーカサス H53: (H53*, H53a, H53a1, H53b, H53b1, H53c, H53d)
遺跡出土の古代DNA 加徳島の獐項遺跡から出土した男性人骨「獐項8号人骨（Changhang 8）」のDNAを解析した結果、Y染色体はハプログループD1a2a1（D-116.1, CTS10441）であった『加徳島の獐項遺跡出土人骨のDNA分析』篠田謙一、神澤秀明、角田恒雄、安達登、令和元年（2019年）6月より。獐項遺跡からは日本産翡翠の装身具をはじめ、48体の人骨が出土した。その中で科学分析が可能であったのは17体で、1体からはヨーロッパ系の母系とも共通するミトコンドリアDNAのハプログループHが検出された古代史研究、KBSパノラマ・コリアンイブ(Eve)1編『加徳島！7千年の謎』中央大学生命科学科、イ・グァンホ博士の解説による。
日本の鳥取県の青谷上寺地遺跡から発見された後期弥生人の多数の人骨の内の一体からハプログループH2a2aが検出された。
脚注