thumb|250px|摂社樹下神社拝殿（右）と東本宮拝殿（左奥）両宮の参道は直交している。 thumb|250px|東本宮 本殿（国宝）西本宮本殿と異なり、隅柱上のみに舟肘木を置く。
日吉大社（ひよしたいしゃ）は、滋賀県大津市坂本にある神社。式内社（名神大社）、二十二社（下八社）の一つ。旧社格は官幣大社で、現在は神社本庁の別表神社。かつては日本の天台宗山門派の本山である比叡山延暦寺の鎮守社であった。『延喜式』神名帳での呼称は「日吉神社」であるが、中世以降は日吉社（ひえしゃ）、日吉山王社、日吉山王権現、山王大権現、山王権現などと呼ばれてきた。
概要 全国に約3,800社ある日吉・日枝・山王神社の総本社である日吉大社について.日吉大社、2026年3月17日閲覧。。猿が神使で神猿（まさる）とする。西本宮（大宮）と東本宮（二宮）を中心とする400,000平方メートルの境内は国の史跡に指定されている。社名の「日吉」はかつては「ひえ」と読んだが、太平洋戦争後は「ひよし」を正式の読みとしている「日吉」の読みについては以下による。 日吉大社公式サイト「よくいただくご質問」（2012年5月6日閲覧） 公益財団法人国際宗教研究所の日吉大社の項（2016年11月6日閲覧）。鳥居は、その上部に比叡山延暦寺を示す山形をのせる独自の形式で「山王鳥居」（合掌鳥居、総合鳥居）と呼ばれる『天台宗開宗千二百年記念 比叡山––日本仏教の母山』別冊太陽、平凡社、2006年、83頁。。
『古事記』（712年）には、比叡山東麓の八王子山の山頂近くの磐に大山咋神が宿ると記されており、これが最も古い記録である。しかし、日吉社の創建は『古事記』以前であり、その創始についてはっきり知ることは難しい。現代の日吉大社のホームページやパンフレットでは、「およそ2100年前、崇神天皇7年（『日本書紀』では紀元前91年だが、学術的には3 - 4世紀）に創祀された」としている。なお、『日吉社禰宜口伝抄』では「崇神天皇七庚寅年、 詔（みことのり）して牛尾山（八王子山）上の並天塠（あまなみのつか）に坐す大山咋神の和魂（にぎみたま）を山本（山の麓）に鎮座す。」とされているが、本書は幕末維新期に作られた偽書であることがわかっている。
伝承では、西の社殿の大宮（現・西本宮）の祭神である大比叡（おおびえ）神（山王権現、大宮権現）は、大和国の三輪神（三輪明神）すなわち大己貴神が勧請されたもので、東の社殿の二宮（現・東本宮）の祭神である小比叡（おびえ）神（二宮権現）は比叡山の東麓の八王子山の神で在地の比叡神、大山咋神（山末之大主神）とされる。現代の日吉大社は大宮について、三輪神天智朝勧請説をとっており、天智天皇が大和国から大津宮に遷都した際に大和の三輪山の神を迎え、鎮護国家の神として祀ったものとしている。なお、大宮に三輪神を勧請したという信頼できる根拠史料はなく、この説は後世に作られた可能性が高いと指摘されている。大宮・二宮は元々は比叡山の神「ヒエの神」であり、比叡山の大小の峰の神であり対の神格という見解もある。
大宮の祭神とされた三輪神は王朝の守り神であるが、平安京遷都の際には当社は都の表鬼門（北東）にあたることから平安京の魔除・災難除を祈る社とされた。また、最澄によって比叡山に比叡山寺（後の延暦寺）が創建されると、当社はその鎮守社とされた。こうして鎮護国家を説く天台宗の教えと当社の役割が合致していたこともあり、元来の地主神とされた二宮はその地位を奪われ、大宮が上位に遇されて尊重されることとなった。
山王信仰は比叡山の山岳信仰を起源とするが、歴史の中で様々な信仰が複合し、独特な神仏習合もその特徴の一つとなった。東西の二つの本殿が当社の中心であるが、他にも上七社（山王七社）を中心とする山王二十一社があり、境内・境外の末社各108社を合わせた一大霊場が形成されて複雑な構成となっている。山王信仰には多くの神々がひしめいている特徴があるが、上七社がその中核をなしている。上七社のうちの十禅師は中世には巫覡に憑依し人々に託宣を下す霊山の荒々しい童形神として知られており、霊験あらたかな神として特に恐れられ信仰を集めた。
山王三聖（大宮・二宮・聖真子〔現・宇佐宮〕）の社殿は平安時代前期の仁和4年（888年）までに、山王七社は永久3年（1115年）までに形成されていたと考えられている。
延長5年（927年）成立の『延喜式』神名帳に記載されている式内社（名神大社）で、二十二社（下八社）の一社にも数えられている。
当社の信仰は、明治時代の神仏分離以前は延暦寺と一体的に発展し、延暦寺の僧徒らに熱心に信仰され彼らを最強の担い手として威光を誇った。当社を中心とする神仏習合の山王信仰は、仏法守護、王法守護、鎮護国家の神として厚い信仰を集め、天台宗が全国的に広まると共に各地に勧請され、その地の鎮守神的な存在となった。こうして当社は天台宗山門派の本山である比叡山延暦寺の鎮守神の神社として非常に繁栄した。
9世紀後半には延暦寺は当社の祭祀への干渉を強めてきた。そこで日吉社社司祝部氏は延暦寺に対抗しようと考えて、二宮の祭神を大山咋神から『日本書紀』の天地開闢後最初の神である国常立尊に改めたと考えられている。
室町時代末期には衰退していたが、延暦寺が織田信長と対立すると、信長による元亀2年（1571年）の比叡山焼き討ちにより延暦寺とともに当社も焼失した。逃げ延びた日吉社総官であった祝部氏の生源寺行丸（祝部行丸、1512年 - 1592年）の主導で、10年の空白期間を経て復興した。現存する当社の社殿の多くは1586年 - 1596年という桃山文化の絶頂期に建設されたもので、当時の建物は京都にも現存するが、このように複数が密集するのは珍しく、貴重な風景となっている。
17世紀後半には、当社は祭事権だけでなく管理権をも延暦寺側に奪われつつあり、また徳川家康を東照大権現として祀る山王一実神道に反感を抱いており、社司らは延暦寺への抵抗を試みて七社のご神体と仏具を密かに持ち出して焼却し、当社での神仏習合の廃止を主張し境内への僧侶の立ち入りを拒否した。この事件は江戸で取り調べが行われて社司らは処罰され、仏像などはもとの通りに復旧された。こうして日吉社社家はまつりを奉仕する以外のすべての権限を失い、延暦寺の支配に対し、怒り、不満、反感を積み重ねていき、これが明治の激しい廃仏毀釈へと繋がったと考えられている。
明治維新における神仏分離（1868年）のもとで当社では苛烈な廃仏毀釈が行われた。この騒動は広く知られるようになった。神職らは当社にあった仏教関連文物1,000点余り（数千点とも）を焼き捨てている。また、長く日吉社（ひえしゃ）と呼ばれていた当社であるが、他にも日吉大権現という仏教由来の呼び方もされていた。そこで社名を日吉神社（ひえじんじゃ）に改めた。
そもそも山王信仰の主体は神仏習合にあり、仏教からの分離はそれまでの当社の信仰自体を変化させるものであり、神々とその序列は大幅に変更させられた。現在の日吉大社は、配置、主祭神とその序列、山王祭などの儀式に至るまで、19世紀後半の明治期に再編成されたものである。主祭神が入れ換えられ、仏教と関連性のない新しい神格体系が形成された。この神々の再編成に伴い、山王祭も再構築されている。このように当社には複雑な宗教対立の歴史がある。現在の日吉大社は、祭神、祭祀、祭祀に携わる人々、社殿内部の装飾や用具まで純神道様式となっており、神仏習合が欠かせぬ要素であった前近代の日吉社の形態、祭祀は現在では失われている。
近代社格制度における旧社格は官幣大社であったが、太平洋戦争後には神社本庁の別表神社に列せられている。日吉大社によると、戦後、社格制度の廃止によって「官幣大社」ではなくなったために「官幣大社 日吉神社」と名乗れなくなり、各地にある分霊社の「日吉神社」と混同されることを防ぐためもあり、また総本宮であることから「神社」を「大社」と改め、訓みも「ひよし」に変更し、日吉大社（ひよしたいしゃ）とした。現代の日吉大社は、日枝・比叡の「ひえ」から「ひよし」への訓みの変更について、「より親しみのある」訓みにしたと説明している。分霊社の現代の社号は、「日枝」「日吉」「山王」「八王子」「樹下」やその土地の名前などになっているという。
境内にある大宮橋は日本百名橋に選定されている。
縁起と教説
西本宮（大宮） 西の社殿の大宮（現西本宮）の祭神は大比叡神（大比叡明神〔おおびえみょうじん〕、山王権現、大宮権現）である。中世以来、主に2つの伝承があり、大宮の祭神は、天智天皇が即位した668年に、天皇家・皇城鎮護の守護神である大和国の三輪の神（三輪明神）すなわち大己貴神が勧請されたものとされる。もうひとつが、日本の天台宗の祖である最澄が勧請したという説である。
大宮は早い時期から、天台僧によって「山王」呼ばれ教理化され、複雑な天台神道が形成され発展していった。
大宮縁起としては、鎌倉時代に成立した『耀天記』の「大宮御事」では、2つの別系統の縁起が説かれている。
大宮 = 鳴鏑明神（下賀茂神社の夫神）説 院政期の社司の祝部成仲の婿の美濃守入道勝命のところにあったという「賀茂日記」を典拠とし、『秦氏本系帳』などにより、『古事記』にも記載のある大山咋神・松尾神の両神と賀茂の両神を付会した説である。
大和の三輪明神を天智天皇の時代に勧請した説 祝部成仲が見たという「大宮日記」を直接の典拠とする。山本ひろ子によると、この説自体は少なくとも12世紀半ばには成立していた。現在の日吉大社ではこの縁起が採られている。
この縁起の物語要素は次の通りである。大宮の神は、欽明天皇（539年 - 571年）の時代に大和国（三輪）に垂迹し、天智天皇（668年 - 672年）の時代に、俗形貴人体でこの地に渡った。大和から大津の八柳浜に渡ると、西浦の田中恒世が船で唐崎の琴御館宇志麿のところまで送った。この時、田中恒世は「粟の飯」でもてなし、神は田中恒世に、自分の「神人」になって祭の際に必ず御供の飯を奉るように勅した。この習いは変わらず引き継がれており、大津の神人は彼の子孫であるとされる。
神は琴御館宇志麿の船に乗り、彼の屋敷の木の梢に船を懸ける奇跡を起こし、これにより彼はその貴人が神であると知った。神は彼に、社務を執行する「氏人」になるよう命じ、「祝部」の姓を与えた。また、「西北の勝地に草を結んだ所を目印として社殿を建立するように」と勅したので、宇志麿はその地を探して社殿を建てて神を奉った。それが今の大宮の宝殿である。神は、恒世と宇志麿に眷属になって祭礼を司るように命じたが、それに報いるために自分は四月の申の日の祭礼の際に唐崎の樹の下まで行幸しようと述べている。宇志麿は後に山末社に山末大明神として祀られた。現在の社司は彼の子孫である。
この説は、前半の大津の田中恒世説話のプロットと、後半の唐崎の琴御館宇志麿説話のプロットから構成されている。この説の大宮縁起の諸本にはこれら2つの要素が必ず含まれており、神の姿は俗形貴人体である。『山家要略記』では、神は飢えのために田中恒世らに食糧を求めたと描写され、『厳神鈔』では疲労困憊した人間的な様子が描かれており、超自然的な顕現ではない。
大宮縁起抄事によると、琴御館宇志麿は常陸国の人であったが不幸にあって唐崎まで流離してきたのであり、社地含めた近江の信仰圏にとって、彼は外来者、客人と見られる存在である。
東本宮（二宮） 祭神は小比叡神（小比叡明神〔おびえみょうじん］、二宮権現）と呼ばれ、伝承では在地の比叡神、「ヒエの神」であるとされる。小比叡神は、比叡山の東麓の八王子山（小比叡山）の神で、大山咋神（山末之大主神とも）であるとされる。近江盆地南部の山の神であり、農耕神としての性格を持つ。比叡山の神であり、山岳神、地主神とされる。『日本書紀』の国常立尊、または山王ともされる。
『日吉社禰宜口伝抄』では、日吉社は崇神天皇7年に日枝の山の山頂から現在の地に移されたとされる日吉大社.滋賀県神社庁、2026年3月18日閲覧。（なお、この史料は偽書と考えられている）。
文献では、『古事記』に「大山咋神、亦の名を山末之大主神。此の神は近淡海国の日枝の山に坐し」とあり、これが大山咋神に関する記述の初見である。日枝の山（ひえのやま）とは後の比叡山のことである。『古事記』の記述からは、大年神と神活須毘神の女（むすめ）の伊怒比売（いのひめ）の間に生まれた十六神の一柱で、山城国葛野郡の松尾神と同一神とされていたことが分かる。
二宮の由来を語る縁起のうち、最も古く、まとまった内容のものは、鎌倉時代に成立した『耀天記』収録のものであり、これは、日吉社社家の祝部氏に伝わる「山王縁起」と、延暦寺の学僧による「山王事」（天台神道の山王神道の教理書）を併せて成立したと考えられている。二宮の縁起は、二宮のみについて語るものと、「三聖」というトリオの神について語るものが、競合・併存しながら発展した。
二宮 = 海外から渡来し小比叡に鎮座する日本国の地主神説 『耀天記』では、拘留孫仏の頃に、仏教を広めようと「一切衆生悉有仏性」と唱える南海（中国の南の海）の波に乗って日本に渡り（つまり渡来神である）、「サムカセ嶽」の小比叡の杉の洞に流着し、ここに鎮座したとされている。『耀天記』では、二宮は「日本国の地主」とされている。
山王三聖同時降臨説 説経の名手であった延暦寺の学僧の澄憲が『耀天記』に記したもので、「『山王三聖』は同時に天降った。よって二宮だけをとりたてて地主明神とするのはいぶかしい」というもの。
小比叡神 = 小比叡に降臨した国常立尊であり日本国の地主神説 『山家要略記』に書かれた二種類の縁起のうちの一つ。『日本書紀』の天地開闢という創世記を舞台に、第一に出現する神である国常立尊が初めて天降った高い峯の大杉とは小比叡であり、国常立尊は小比叡神（二宮）と同体であるとし、日本国の地主神とする。
小比叡は国生み神話の世界創生の地で、小比叡神 = 山王（比叡山の山の王）であり日本国の地主神説 『山家要略記』に書かれた二種類の縁起のうちの一つ。イザナギ、イザナミによる国生み神話にリンクされており、二神により日本の国土が創られた「土地ノ最初」は「小比叡ノ山」であり、よって二宮は日本の地主であり、比叡山の山の王であるとして、「山王」の称号を与えている。
小比叡は世界建立の聖なる山で、小比叡神は世界の創生を統べる神であり世界の中央に坐す地神説 『山家要略記』に記載された秘伝。『耀天記』の「二宮 = 海外から渡来し小比叡に鎮座する日本国の地主神説」を受け継ぐ奇説であり、小比叡山（母波山）を舞台とする創世記。中国の天地生成説を流用して世界の生成が語られ、続いて二宮の縁起が語られる。原初の五色の波が打ち寄せたのは「小比叡ノ海岸」で、波が凝結して山々や谷、大地になった。小比叡は元々海であったとされる。原初の五色の波より生じた小比叡は世界建立の聖なる山であり、「波の母ふ山」の意で「母波山」と呼ばれると説かれる。こうして世界ができると、世界の創生に立ち会った比叡神は、地神として八卦の中央（世界の中心）に坐して「土」を領し「土」を体現したという、つまり小比叡神は小比叡の麓に鎮座する神であるが、同時に世界の中央に坐す地神であるとされている。二宮は世界の創生を統べる神とされ、小比叡山（母波山）は最も根元的な場所とされている。
三聖 『耀天記』では、最澄が小比叡の杉の元に三聖を勧請して受戒し、三聖は僧形（出家）となったとされる。
山王 『山家要略記』には、山王は中国天台山の鎮守明神で、天台宗を護り広める神とされている。元々はインドの霊鷲山の地主明神であり、インドから中国、そして日本に示現した「三国応化ノ霊神」である。
歴史 明治以前 延暦7年（788年）、最澄が比叡山上に比叡山寺（後の延暦寺）一乗止観院（後の根本中堂）を建立し、比叡山の地主神を祀る日吉社を守護神として崇敬する。そして、延暦13年（794年）の平安京遷都により、日吉社は京の鬼門に当たることから、鬼門除け・災難除けの社として国から崇敬されるようになった。
天安3年（859年）、小比叡神に神級が授与される。
9世紀後半には延暦寺は日吉社の祭祀への干渉を強め、日吉社社司祝部氏が延暦寺に対抗しようと、二宮の祭神を大山咋神から『日本書紀』の天地開闢後最初の神である国常立尊に改めたと考えられている。
仁和3年（887年）、延暦寺の座主であった天台僧円珍が、大比叡神・小比叡神のために延暦寺に2名の年分度者（国が各宗に割り当てた年度ごとの官許の出家（得度）者の定員）を得たいと朝廷に上表。二神そろっての記述は、この上表文で初めて確認できる。なお、大比叡・小比叡は峰（山）の名前で、円珍以前から使われており、大比叡神・小比叡神はその峰の神の呼び名である。また、円珍の頃に、大比叡神・小比叡神・聖真子明神の山王三聖が確立した。
延暦寺が勢力を増してくると、やがて日吉社と神仏習合する動きが出て、日吉社の神は唐の天台宗の本山である天台山国清寺で祀られていた山王元弼真君にならって山王権現と呼ばれるようになる。
聖真子の社殿が相応和尚（831年 - 918年）の時代の大宮の改築の際に独立して構えられ、これを契機に大宮・二宮・聖真子の「三聖」が成立したといわれる。この「三聖」というトリオの神は、天台宗の「一心三観」や「三身即一」等の教学と関連し合うことで、独自の名目や口伝を形成していった。
日吉社は元慶4年（880年）に大宮の祭神が、寿永2年（1183年）に二宮の祭神がそれぞれ正一位の神階に叙せられた。『延喜式神名帳』では名神大社に列格している。
日吉社は延暦寺と次第に一体化していき、平安時代中期には八王子山の奥に神宮寺が建てられている。また、日吉社の参道沿いには延暦寺の里坊が立ち並ぶようになっていく。天台宗が全国に広がる過程で、日吉社の山王信仰も広まって全国に日吉社が勧請・創建され、現代の天台教学が成立するまでに与えた影響は大きいとされる。
天慶5年（942年）には根本多宝塔が建立される。長暦3年（1039年）8月には後の二十二社中の下八社の一つとされた。
永保元年（1081年）の官宣旨所引の日吉社解文で、大宮の三輪神天智朝勧請説が説かれる。これが当説の確実な初見史料。
嘉保2年（1095年）に、初めての日吉社の神輿振の強訴が行われ、この事件は延暦寺の御輿振の歴史の最初を飾る日吉社の神威の偉大さを物語る出来事として語られた。美濃国守源義綱が自国で悪行を働いた比叡山山門の悪僧（国司が朝廷に訴えているため、荘園管理の延長で近隣公領へ非道な侵害を始めたと考えられる）を朝廷に訴え宣旨に基づいて追討し、その際に悪僧の一部が死亡したことに対し、衆徒らが一方的に源義綱に罪があると断じ流罪を求め、神輿を担いで都に向け強訴を行った。朝廷はこれを防ごうと源義綱と源頼治を出陣させて防衛にあたらせた。その際に、十禅師の神輿が矢を射られ複数の死傷者が出たとされる。延暦寺・日吉社側は強訴を中止して撤退したが、その後延暦寺が源義綱の主の藤原師通を呪詛し、承徳3年（1099年）6月に師通が亡くなると、延暦寺はそれを日吉社の神輿の神威であると喧伝したため、朝廷にとっては日吉社の神輿は畏怖の対象ともなっていった。これ以降、延暦寺および日吉社は度々この神輿を使っての神輿振り・強訴を繰り返し行い、平安時代から室町時代にかけての370余年の間に40数回も行われている。『平家物語』の巻一には、白河法皇が「賀茂河の水、双六の賽、山法師、是ぞわが心にかなわぬもの」と嘆いたという逸話があるなど、絶大な権力を有する法皇ですら制御できない存在となっていた。
白河院政期に入ってから、比叡山山門を初めとする寺社の騒乱や強訴が急増するが、その要因としては、白河法皇の寺内への人事介入が考えられると指摘されている。またこの時代、荘園と公領はともに武力によって土地の境界を維持・拡張させようとし、荘園・公領間の武力紛争が頻発した。寺社は荘園領主であり、この時期の公領の国衛と寺社の紛争には、こうした徴税を巡る土地争いが背景がある。日吉社の御輿振（強訴）では、まず十禅師・八王子・客人の3基の神輿が根本中堂まで動座し、時間をおいて上七社の残りの社の神輿が動くのが通例であったが、最初の3基の時点で衆徒の要求が叶えられることが多く、京都への御輿振も時としてこの3基で行われていたことが知られる。
延暦寺では、山王権現に対する信仰と天台宗の教えを結びつけて山王神道を説くようになる。山王神道の文献で最も信頼性が高いものが『燿天記』であるが、13世紀前半には原型が成立したと考えられている。『耀天記』において、教理的な面から本地垂迹説、釈迦=大宮の垂迹理論を説く「山王事」は、原型にはなく後に追加されたものであるが、13世紀前半から中頃にかけて成立したと考えられる。「山王事」の本地垂迹説は末法悪世観に基づいており、末法であるというだけでなく、小国の中の小国の日本は、愚鈍で善根のない人ばかりで仏が世に出ることもなく、日本人は説法教化の対象にすらならないため、仏が神の姿で現する必要がある、と説かれる。
正元元年（1259年）に一部の社殿が焼失したが、室町時代には山王神道が益々盛んになり、境内に108社、境外に108社もの摂社・末社が建ち並ぶなど隆盛を誇った。
鎌倉時代末から南北朝時代、13世紀末から14世紀中頃の叡山僧の義源が集大成したと考えられる『山家要略記』では、二宮（小比叡）が国常立尊と、八王子が天照大神の八人の王子と、十禅師が瓊瓊杵尊と一体化・同一視し、日吉の神々は天地開闢神話と結びつけられ、伊勢神道とも結びついた。本書で本地垂迹説は天台宗の三諦と関連付けられて理論が深められ、日吉の神々を他の神々と一体化・同一視することで神々の網目のような相互の繋がりを密にしたが、こうした作業は両部神道でも行われており、中世の習合神道の特徴であった。また、鎌倉時代末から南北朝期には、両部神道や伊勢神道系でも日本中心主義が高まり、天台系の山王神道でも同様の傾向が見られ、義源の弟子光宗が編集した『渓嵐拾葉集』（文保2 - 3年〔1318 - 1319年〕成立）では、天台宗の本覚思想をベースに、日本の神こそが本源で釈迦は神の現れとする反本地垂迹説が説かれた。
平安期以来、延暦寺と共に非常に繁栄したが、中世末期には室町幕府が衰退して動乱の世となり、日吉社は伊勢神宮などの諸社と同様にかなり衰退していた。明応2年（1493年）には志賀の徳政一揆で放火される等、規模は少しずつ縮小し、かろうじて山王二十一社を中心とする祭祀だけは行われていた。
織田信長と浅井長政・朝倉義景が対立する中、織田信長は比叡山山門に、浅井・朝倉への加担を止めるよう、拒否すれば焼き払うと通告したが、比叡山山門はこれを拒否。元亀2年（1571年）、織田信長の比叡山焼き討ちにより、日吉社も全て焼かれて灰燼に帰し、中世日吉社は終焉した。日吉社社家の祝部氏の4名は越前守永原重虎の助けでかろうじて逃げ延び、生源寺行丸（祝部行丸）は七社の再興の基本資料として、七社および膨大な末社、摂社の由来、その配置、祭神の解説を熱心に行った。生源寺行丸を中心に復興を目指したが、織田信長の生前は再建は具体化せず、再建が始まるまで10年間空白期間となり、信長の死（1582年）以降、比叡山山門と日吉社は一気に復興に向かった。現在見られる建造物は安土桃山時代以降、天正14年（1586年）から慶長2年（1597年）にかけて再建されたものである。生源寺家行丸により儀礼も整えられた。山王祭は焼き討ちの11年後の天正10年（1582年）に再開したが、神輿の代わりに大榊が用いられた。信長の死後、豊臣秀吉と徳川家康は山王信仰が篤く、日吉三橋などの建造物がこの時代に構築されている。この時代にはすでに吉田神道の影響が見られ、慶長年間までに山王祭の祝詞が吉田神道流に改変されている。
江戸幕府ができると、家康の信頼厚い天台僧天海の元、延暦寺は江戸に天台宗の実権を奪われ、日吉社社家も財政的に苦しく、天台座主だった尭恕法親王に社家領加増の訴えへの口添えを願うが叶わなかった。17世紀後半には、日吉社は祭事権だけでなく管理権を延暦寺側に奪われつつあり、また徳川家康を東照大権現として祀る山王一実神道に反感を抱いており、日吉社社司らは、神仏習合ではあるが山王神道より純神道的寄りだった吉田神道を取り入れて、思想的に対抗しようとした。
貞享元年（1684年）に、吉田神道に傾倒していた日吉社社司数名が共謀し、山王七社のご神体である神像（当時、神社の祭神のご神体は本地垂迹説によりほとんどが仏像だった）を持ち出し焼却、「唯一之神」という吉田神道的な思想を拠り所に、「日吉の神道は唯一の神道で、境内へは一切僧侶を入れず、神像のようなものは始めからなかった」と主張し、日吉社の神仏習合を廃止しようとした。江戸での取り調べの結果、社司らの謀があったことが明るみに出て、輪王寺門跡（江戸の天台宗のトップ）の指示で連座した社司ら7名は流罪または国外追放、徒党も処罰され、7軒あった社家の生源寺家・樹下家は2流ずつに整理、社家側はまつりを奉仕する以外のすべての権限を失った。仏像などは復旧されている。嵯峨井健は、明治維新に際し全国に先駆けて実行された日吉社の激しい廃仏毀釈は、こうした延暦寺の支配に対する日吉社の根深い不満・反感の積み重ねがあり、その源がこの事件に求められるとみなしており、東洋文化研究者のアレックス・カーは「神主たちの仏教への怒りは、二〇〇年後に起こる明治政府の仏教弾圧『廃仏毀釈』の伏線となりました。」と述べている。
この貞享の事件で日吉社から吉田神道は表面的に一掃されたが、社家の内部では吉田神道の修法が行われ、近在の社家への伝授もなされていた。また真言宗系の両部神道の系譜の三輪流神道も流入しており、日吉社は山王一実神道一色というわけではなかった。日吉社社家が三輪流神道を標榜したのは、「大宮 = 三輪神」説という由縁に基づくと考えられるが、経緯はよくわかっていない。このように近世の日吉社では、山王一実神道・吉田神道・両部神道系の三輪流神道の3つが伝承されており、3流が混合した独特の内容もみられる。
国学の影響もみられ、幕末には生源寺業雅、樹下茂仲、樹下茂国が国学者として知られた。
明治以後 明治政府の宗教政策は、樹下茂国、平田銕胤、矢野玄道、大国隆正・六人部是香ら復古神道系の神道家たちの影響下にあったが、この復古神道とは本居宣長の没後に門人の平田篤胤が大成した神道説で、儒教と仏教への激しい批判、習合神道（神仏習合）の否定を特徴とし、儒教・仏教が伝来する以前の神道への回帰を実現しようとするものであった。彼ら平田派神道家は、政府の宗教政策を通じ、神仏分離と神道国教化を目指しており、明治政府は祭政一致を目的として、1868年（明治元年）に神仏判然令（神仏分離令）を発令した。