1999年世界短水路選手権（1999ねんせかいたんすいろせんしゅけん）は、1999年4月1日から4月4日まで中華人民共和国・香港の香港コロシアムで開催された第4回世界短水路選手権である。
競技結果 男子 自由形50mマーク・フォスター 21秒81José Meolans 21秒84マルク・フェーンス 21秒88100mラーシュ・フレランダー 47秒05マイケル・クリム 47秒49バルトシュ・キジェロフスキ 47秒75200mイアン・ソープ 1分43秒28世界新マイケル・クリム 1分43秒78ピーター・ファン・デン・ホーヘンバンド 1分44秒39400mグラント・ハケット 3分35秒01世界新イアン・ソープ 3分35秒64マッシミリアーノ・ロソリーノ 3分42秒811500mグラント・ハケット 14分32秒87グレーム・スミス 14分45秒41ダニエル・コワルスキ 14分51秒44 背泳ぎ50mロドルフォ・ファルコン 24秒34Mariusz Siembida 24秒41マット・ウェルシュ 24秒70100mロドルフォ・ファルコン 52秒44マット・ウェルシュ 52秒45Mariusz Siembida 53秒27200mジョシュ・ワトソン 1分54秒67マーク・バースフェルド 1分55秒42Sergey Ostapchuk 1分55秒61 平泳ぎ50mDmytri Kraevskyy 27秒40Patrik Isaksson 27秒57Remo Lütolf 27秒59100mPatrik Isaksson 59秒69ドメニコ・フィオラバンティ 59秒88Morgan Knabe 59秒93200mフィル・ロジャース 2分08秒72ライアン・ミッチェル 2分08秒73Dmitry Komornikov 2分09秒18 バタフライ50mマーク・フォスター 23秒61Qian Zhang 23秒87Joris Keizer 23秒96100mラーシュ・フレランダー 51秒45マイケル・クリム 51秒56ジェームズ・ヒックマン 51秒60200mジェームズ・ヒックマン 1分52秒71山本貴司1分54秒68デニス・シランティエフ 1分55秒41 個人メドレー100mヤニ・シービネン 54秒18マシュー・ダン 54秒77Jacob Andersen 55秒05200mマシュー・ダン 1分55秒81ジェームズ・ヒックマン 1分56秒51マルセル・ワウダ 1分58秒63400mマシュー・ダン 4分06秒05マルセル・ワウダ 4分09秒29Frederik Hviid 4分10秒92 フリーリレー4×100mクリス・フィドラートッド・ピアソンイアン・ソープマイケル・クリム 3分11秒21マルク・フェーンスヨハン・ケンクハイスマルセル・ワウダピーター・ファン・デン・ホーヘンバンド 3分11秒57ダン・リンドストロームラーシュ・フレランダーマティアス・オリーンダニエル・カールソン 3分12秒694×200mピーター・ファン・デン・ホーヘンバンドヨハン・ケンクハイスMartijn Zuijdwegマルセル・ワウダ 7分04秒48ガビン・メドウスSion Brinnポール・パーマーエドワード・シンクレア 7分07秒20マーク・ジョンストンブライアン・ジョンズリック・セイヤニック・ラッピーン 7分08秒02 メドレーリレー4×100mマット・ウェルシュフィル・ロジャースマイケル・クリムクリス・フィドラー 3分29秒88世界新マティアス・オリーンPatrik Isakssonダニエル・カールソンラーシュ・フレランダー 3分30秒32Neil Willeyダレン・ミュージェームズ・ヒックマンSion Brinn 3分32秒25
女子 自由形50mインヘ・デブルーイン 24秒35ジェニー・トンプソン 24秒57アリソン・シェパード 24秒97100mジェニー・トンプソン 53秒24サンドラ・フォルカー 53秒76スー・ロルフ 53秒78200mマルチナ・モラフコワ 1分56秒11Qin Caini 1分57秒26ヨセフィン・リルハーゲ 1分57秒46400mNadezhda Chemezova 4分05秒23Qin Caini 4分06秒34ジョアン・マラー 4分06秒83800m陳樺 8分20秒13レイチェル・ハリス 8分23秒36フラビア・リガモンティ 8分26秒38 背泳ぎ50mサンドラ・フォルカー 27秒63中村真衣 27秒73ケリー・マクミラン 28秒29100m中村真衣 58秒67ケリー・ステファニション 1分00秒43エリン・ガメル 1分00秒49200m中村真衣 2分06秒49ヘレン・ドン＝ダンカン 2分08秒18ケリー・ステファニション 2分09秒51 平泳ぎ50m田中雅美 30秒80ペネローペ・ヘインズ 30秒88韓雪 31秒24100m 田中雅美 1分06秒38ペネローペ・ヘインズ 1分06秒47サマンサ・ライリー 1分07秒50200m田中雅美 2分20秒22世界新ペネローペ・ヘインズ 2分24秒27斉暉 2分25秒05 バタフライ50mジェニー・トンプソン 26秒18アンナ＝カリン・キャンメルリング 26秒21インヘ・デブルーイン 26秒41100mジェニー・トンプソン 57秒65ヨハンナ・ショーベリ 57秒74青山綾里 58秒29200mメッテ・ヤコブセン 2分06秒52ペトリア・トーマス 2分06秒53ソフィア・スコウ 2分08秒29 個人メドレー100mマルチナ・モラフコワ 1分00秒20ロリ・ムンツ 1分01秒40Oxana Verevka 1分01秒55200mマルチナ・モラフコワ 2分08秒55ヤナ・クロチコワ 2分10秒67ロリ・ムンツ 2分11秒48400mヤナ・クロチコワ 4分32秒32ジョアン・マラー 4分34秒90Lourdes Becerra 4分38秒44 フリーリレー4x100mアリソン・シェパードClaire Huddartカレン・ピカリングスー・ロルフ 3分36秒88タマー・ヘンネケンWilma van Hofwegenシャンタル・フロートインヘ・デブルーイン 3分39秒40ロリ・ムンツレベッカ・クリーディーメラニー・ドッドサラ・ライアン 3分39秒824x200mヨセフィン・リルハーゲルイーゼ・ヨンケヨハンナ・ショーベリマリン・スファンストレム 7分51秒70世界新Claire Huddartカレン・レッグニコラ・ジャクソンカレン・ピカリング 7分53秒98ロリ・ムンツJacinta van Lintレベッカ・クリーディージャーン・ルーニー 7分55秒81 メドレーリレー4x100m中村真衣田中雅美青山綾里源純夏 3分57秒62世界新ジャーン・ルーニーサマンサ・ライリーペトリア・トーマスロリ・ムンツ 4分00秒37テレーズ・アルシャマーMaria Östlingヨハンナ・ショーベリルイーゼ・ヨンケ 4分00秒84
国別メダル受賞数 + 1 9 11 7 27 2 6 2 1 9 3 4 5 4 13 4 4 4 3 11 5 3 1 0 4 6 3 0 0 3 7 2 3 5 10 8 2 1 1 4 9 2 0 0 2 10 1 3 2 6 11 1 1 0 2 12 1 0 3 4 13 1 0 2 3 14 1 0 0 1 15 0 3 5 8 16 0 3 0 3 17 0 1 2 3 18 0 1 1 2 19 0 1 0 1 20 0 0 2 2 合計 40 40 40 120