Киргистан е земја која не излегува на море во Средна Азија, со површина од 199.951 км²."The World Factbook: Kyrgyzstan" United States Central Intelligence Agency. Retrieved 12 January 2010 Националната територија се протега на околу 900 километри од исток кон запад и 410 километар од север кон југ.
Киргистан се граничи на исток и југоисток со Кина, на север со Казахстан, на запад со Узбекистан и на југ со Таџикистан. Границите со Узбекистан и Таџикистан во долината Фергана се доста комплицирани. Една последица од сталинистичката поделба на Централна Азија на пет републики е тоа што многу етнички Киргизи не живеат во Киргистан. Биле основани три енклави, правно дел од територијата на Киргистан, но географски оддалечени за неколку километри, две во Узбекистан и една во Таџикистан.
Територијата на Киргистан е составена главно од планинските системи Тианшан и Памир, кои вкупно зафаќаат околу 65% од националната територија. Делот од планинскиот венец, Алај од системот Тјаншан, доминира во југозападниот полукруг на земјата, а на исток, главниот планински венец Тианшан се протега по границата помеѓу јужен Киргистан и Кина пред да се прошири подалеку на исток во автономниот регион Шјианџјианг во Кина. Просечната надморска височина во Киргистан е 2.750 метри, почнувајќи од 7.439 метри на врвот Џенгиш Чокусу до 394 метри во долината Фергана во близина на Ош. Речиси 90% од земјата се наоѓа на повеќе од 1.500 метри над нивото на морето.
Топографија и дренажа десно|мини|250x250пкс| Детална карта на Киргистан десно|мини|250x250пкс| Оваа слика од МОДИС во вистинска боја прикажува делови од Казахстан (горе) и Киргистан на дното. Езерото на врвот од сликата е Балхашко Езеро Балкаш. мини|250x250пкс| Топографија десно|мини|250x250пкс| Празна мапа Планините на Киргистан се геолошки млади, па според тоа физичкиот терен е обележан со остро издигнати врвови одделени со длабоки долини. Исто така, постои значителна ледена покривка, а најголемиот ледник е ледникот Енгилчек. Се претпоставува дека 6.500 различни ледници во Киргистан содржат околу 650 кубни километри вода и покриваат 8.048 квадратни километри или 4,2% од Киргистан. Само околу долините Чуј, Талас и Фергана има релативно рамно земјиште погодно за големо земјоделство.
Бидејќи високите врвови функционираат како собирачи на влага, Киргистан е релативно добро наводнуван од потоците што се спуштаат од нив. Сепак, ниедна од реките во Киргистан не е пловна. Поголемиот дел се мали, брзи, истечни потоци. Повеќето реки во Киргистан се притоки на Сир Дарја, која извира во западниот Тианшан долж кинеската граница. Друг голем систем на истекување ја формира реката Чу (Чуј), која извира во северен Киргистан, потоа тече северозападно и исчезнува во пустините на јужен Казахстан. Исик-Кел е втора по големина водна површина во Централна Азија, по Аралското Море, но соленото езеро постојано се намалува, а неговата минерална содржина постепено се зголемува. Киргистан има вкупно околу 2.000 езера со вкупна површина од 7.000 квадратни километри, најчесто лоцирани на надморска височина од 3.000 до 4.000 метри. Меѓутоа, само трите најголеми зафаќаат повеќе од 500 квадратни километри секое. Второто и третото најголемо езеро, Сонг-Кел и Чатир-Кел (последното од кое е исто така солено), се наоѓаат во сливот на реката Нарин.
Природните катастрофи се чести и разновидни. Прекумерното пасење и уништувањето на шумите на стрмните планински падини ја зголемиле појавата на лизгање на земјиштето и лавините, кои некогаш проголтувале и цели села. Во август 1992 година, силен земјотрес оставил неколку илјади луѓе без покрив над главата во југозападниот град Џалал Абад.
Клима мини|Карта на Киргистан според класификацијата на климата на Кепен Климата на земјата е главно под влијание на планините, положбата на Киргистан во близина на средината на евроазиската копнена маса и отсуството на водна површина доволно голема за да влијае на временските услови. Овие фактори создаваат изразито континентална клима која има значајни локални варијации. Иако планините имаат тенденција да собираат облаци и да ја блокираат сончевата светлина (со што некои тесни долини во одредени периоди од годината се намалуваат на не повеќе од три или четири часа сончева светлина дневно), земјата е генерално сончева, примајќи дури 2.900 часа сончева светлина годишно во некои области. Истите услови влијаат и на температурите, кои можат значително да варираат од место до место. Во јануари најтоплата просечна температура (-4 °C) се јавува околу јужниот град Ош и околу Исик-Кел. Вториот, кој има волумен од 1.738 кубни километри, не замрзнува во зима. Всушност, неговото име значи „жешко езеро“ на киргистански. Најниските температури се во планинските долини. Таму, отчитувањата можат да паднат на -30 °C или пониско; рекордот е -53 °C. Просечната температура за јули слично варира од 27 °C во долината Фергана, каде што рекордно високата температура е 44 °C, до минимум од -10 °C на највисоките планински врвови. Врнежите варираат од 2.000 милиметри годишно во планините над долината Фергана до помалку од 100 милиметри годишно на западниот брег на Исик-Кел.
Еколошки проблеми Киргистан е поштеден од многу од огромните еколошки проблеми со кои се соочуваат неговите централноазиски соседи, најмногу бидејќи неговите назначени улоги во советскиот систем не вклучувале ниту тешка индустрија ниту производство на памук во голем обем. Исто така, економскиот пад од почетокот на 1990-тите ги намалил некои од посериозните ефекти од индустриската и земјоделската политика. Сепак, Киргистан има сериозни проблеми поради неефикасно користење и загадување на водните ресурси, деградација на почвата и неправилни земјоделски практики. Земјата е склона кон земјотреси, а големи поплави се случуваат за време на топењето на снегот.
Водни ресурси Киргистанската Република е единствената централноазиска држава каде водните ресурси се целосно генерирани на нејзината територија. Водата потекнува од планинските венци често покриени со ледници, а нејзиното изобилство е витална компонента за земјоделството и производството на хидроелектрична енергија. Планинската Киргистанска Република е суштинска „водна кула“ за наводнувано обработливо земјиште на сушни рамнински територии. Дополнително, импресивниот леднички планински пејзаж вклучува значителен потенцијал за туризам. мини|Реката Аламедин не носи многу вода во септември Иако Киргистан има изобилство вода што тече низ него, неговото снабдување со вода е определено со постсоветски договор за поделба меѓу петте централноазиски републики. Како и во советската ера, Киргистан има право на 25% од водата што потекнува од негова територија, но новиот договор им овозможува на Туркменистан и Узбекистан неограничено користење на водата што тече во нив од Киргистан, без надомест за нацијата на изворот. Киргистан ја користи целата количина на која му е дадено право според договорот, но искористувањето е во голема мера искривено во корист на земјоделското наводнување. Во советската ера, Киргистан и Таџикистан ги делеле своите изобилни водни ресурси со Узбекистан, Казахстан и Туркменистан во текот на летото, а овие три нации делеле нафта и гас со Киргистан и Таџикистан во зима. Според Меѓународната кризна група, искривениот систем што е моментално во сила би можел да предизвика неповратна регионална дестабилизација и треба да се справи со него меѓународните актери за да се избегне криза во Средна Азија. Во 1994 година, земјоделството учествувало со околу 88% во вкупната потрошувачка на вода, во споредба со 8% во индустријата и 4% во општинските системи за дистрибуција на вода. Според експертите на Светската банка, Киргистан има соодветно снабдување со висококвалитетна вода за идна употреба, под услов ресурсот да се управува разумно. Меѓутоа, во Средна Азија проблемите со водата се во пораст. Киргистанската Република извезува вода за наводнување на соседните држави Узбекистан, Казахстан и Таџикистан. Со цел да се спречат конфликти, распределбата и користењето на водата, а особено улогата на земјоделството како главен потрошувач на вода, станале многу важни прашања во дискурсот за развој во последниве години, а ќе продолжат да бидат и во иднина.
Наводнувањето е екстремно расипничко за водата бидејќи дистрибутивната инфраструктура е стара и лошо одржувана. Во 1993 година, само околу 5% од потребните трошоци за одржување биле издвоени. Од 1997 година, се проценува дека 70% од водоводната мрежа во земјата има потреба од поправка или замена. Квалитетот на водата за пиење од овој застарен систем е слабо набљудуван - персоналот за управување со водите е драстично намален поради несоодветни средства. Дополнително, нема пари за купување нова опрема за дезинфекција на вода кога е потребна. Некои водоносни слоеви во близина на индустриските и рударските центри се контаминирани со тешки метали, масла и санитарни отпадоци. Покрај тоа, многу локалитети се потпираат на површински извори, што ги прави корисниците ранливи на земјоделски отпадоци и отпад од добиток, кои постепено се спуштаат надолу од површината. Областите со најнизок квалитет на водата се густо населените региони на долината Чуи и регионите Ош и Џалал Абад, како и областите покрај реките што се влеваат во Исик-Кел.
Во градовите, собирањето на отпадни води снабдува околу 70% од водоснабдувањето. Иако градовите имаат опрема за биолошки третман, дури 50% од таквата опрема е оценета како неефикасна. Главните извори на токсичен отпад во водоснабдувањето се рударскиот комбинат за жива во Хајдаркан; рудникот за антимон во Кадамзаи; рудникот за ураниум „Кадзи Саи“, кој престанал со екстракција во 1967 година, но кој продолжува да испушта токсични материјали во блискиот Исик Кел; фабриката за рециклирање на ураниум „Кара-Балта“; наоѓалиштето на рудничка јаловина „Мин Куш“; и киргистанскиот рударско-металуршки комбинат во Орловка.
Управување со земјиште мини|Евтино управување со вода во Тамчи, регионот Исик Кул Најважните проблеми во користењето на земјиштето се ерозијата на почвата и засолувањето кај неправилно наводнуваните обработливи површини. Се проценува дека 60% од земјиштето во Киргистан е засегнато од губење на горниот слој на почвата, а 6% од засолување, двата проблеми со посериозни долгорочни отколку краткорочни ефекти. Во 1994 година, големината на стадата добиток во просек била двојно поголема од капацитетот на пасиштата, продолжувајќи го сериозниот проблем со прекумерно пасење и последователната ерозија на почвата што започна кога стадата биле во својот врв кон крајот на 1980-тите. Несигурното право на сопственост на земјиштето и целокупната финансиска несигурност предизвикаа многу приватни земјоделци да го концентрираат својот капитал во традиционалната форма - добиток - со што новото земјиште е подложено на проблемот со прекумерно пасење.
Недостатокот на земјиште во Киргистан бил влошен од поплавувањето на земјоделските површини за хидроелектрични проекти. На пример, создавањето на резервоарот Токтогул на реката Нарин опфаќало поплавување на 130 км2 плодна земја. Овие проекти имаат дополнителен ефект на ограничување на снабдувањето со вода низводно; Токтогул ги лишува долниот тек на Сир Дарја во Узбекистан и сливот на Аралското Море од значителни количини вода. Поради тоа што Наринскиот басен, каде се наоѓаат многу хидроелектрични проекти, е сеизмички многу активен, постои опасност од поплави доколку браната се сруши од земјотрес.
Животна средина - актуелни проблеми: Јадрен отпад оставен од Советскиот Сојуз во многу отворени јами на опасни локации. Загадување на водата; многу луѓе ја добиваат водата директно од контаминирани потоци и бунари; како резултат на тоа, болестите што се пренесуваат преку вода се распространети; зголемување на соленоста на почвата поради погрешни практики за наводнување. Нелегален лов на многу ретки видови како што се снежниот леопард и овцата Марко Поло.