B3 ДНК-врзувачкиот домен (DBD) е високо сочуван домен, кој се наоѓа исклучиво во транскрипционите фактори кај васкуларните растенија (≥40 видови) (Pfam PF02362), во комбинација со други домени (InterPro: IPR003340). Овој домен се состои од 100-120 аминокиселински остатоци, вклучувајќи седум бета нишки и два алфа-завојницаа, кои формираат ДНК-врзувачки псевдоцилиндричен (анг. pseudobarrel) белковински склоп (SCOP 117343 ). Тој стапува во интеракција со големиот жлеб на ДНК молекулата.
Б3 фамилии Во Arabidopsis thaliana, постојат три главни фамилии на транскрипциони фактори кои го содржат B3 доменот:
ARF (од анг. Auxin Response Factors - фактори на одговор на ауксин) ABI3 (од анг. ABscisic acid Insensitive3 - фактор кој не е осетлив на апсцисинска киселина) RAV (од анг. Related to ABI3/VP1 - фактор кој е сроден со ABI3/VP1)
белковинаARF1-B3ABI3-B3RAV1-B3B3 структура изведена одмолекуларен моделмолекуларен моделNMRB3 низа на препознавањеTGTCTCCATGCACACCTG и се единствените познати NMR структури (со фаза раствор) на B3 ДНК-врзувачкиот домен.
Сродни белковини N-терминалниот домен на рестрикционата ендонуклеаза EcoRII и C-терминалниот домен на рестрикционата ендонуклеаза BfiI поседуваат сличен ДНК-врзувачки псевдоцилиндричен (анг. pseudobarrel) белковински склоп.
Поврзано
Ауксин Апсцисинска киселина
Наводи
Надворешни врски
DBD database of predicted transcription factors Uses a curated set of DNA-binding domains to predict transcription factors in all completely sequenced genomes (англиски) Classification in the "Transcription factors" table according to the Transfac database. (англиски) Database of Arabidopsis Transcription Factors (англиски) B3 , RAV , and ARF family at PlantTFDB:Plant Transcription Factor Database (англиски)
Категорија:Белковински домени Категорија:Експресија на гените Категорија:Молекуларна генетика Категорија:Белковини