Kristiansand ble grunnlagt i 1641, men har langt eldre bosetning og var viktig krongods og kirkested allerede i middelalderen. I dag er Kristiansand administrasjonssentrum for Agder fylke og hovedstad i landsdelen Sørlandet.
Førhistorisk tid Funnet i 1996 av Søgne-kvinnen fra ca. 6500 f.Kr i nabokommunen Søgne, vitner om svært tidlig tilhold i skjærgården.<ref>««Fruen fra havet» - et banebrytende funn for norsk arkeologi», arkivert hos Wayback Machine</ref> Stedet Grauthelleren (Grathelleren) på Fidje er en antatt steinalderboplass - en heller som folk bodde under.
På Augland ble det i 1974 og 1975 avdekket åtte langhus, et rundt hus og et stort grophus, dvs. spor etter en hel landsby skjult under dyrket mark. Runde hus fra eldre jernalder er ellers ikke funnet i Norge. Heller ikke finnes det noen parallell til grophuset med mange oppbygde ildsteder, rolig et tørkehus for leirkar. Fire basseng med råleire og 14 keramikk-ovner tyder på en nærmest industriell fremstilling av leirkar, ikke minst etter funn av rundt 55.000 potteskår. Frans-Arne Stylegar: «Romertids pottemakeri ved Kristiansand», Arkeologi i nord 18. november 2004 På Eg ble det på 1970-tallet funnet slagg-groper fra sjaktovner til utvinning av jern i yngre jernalder. Jernfremstillingen på Eg foregikk etter kontinental metode, slik det ble gjort i Tyskland og Jylland. I århundrene f.Kr. var det bosetning på flaten ved Prestebekken på Kongsgård. Denne bosetningen kan ha flyttet seg til Oddernes etter hvert, for der er det påvist et tunanlegg ved Oddernes kirke hvor folk har bodd tett. Det kompakte gravfeltet kjent som Kjempegravene på Oddernes, ett av Sørlandets største gravfelter fra førkristen tid, må ha tilhørt en tettbygd landsby.Terje Gitmark Eriksen: «Kristiansands ukjente bosettingshistorie», Fædrelandsvennen 20. desember 2006
thumb|Kokegrop til matlaging, Hawaii. Spor etter denne ble første gang funnet i 1907, da kirkegårdsgraveren Petter Foss støtte på seks kokegroper nesten to meter under torven, like sør for stedet der runesteinen stod frem til 1990. Gropene var en meter i tverrmål, steinsatte og fulle av trekull som Foss fylte i en sekk og tok med hjem. Ved kirkegårdsutvidelsen først på 1960-tallet ble 25 groper undersøkt. Da det kom opp nytt menighetshus i 1971/72, ble det funnet rundt 250 groper til. Kokegropene som ble funnet da Gimle videregående skole ble bygd i samme perioden, ble ikke undersøkt. Først ble gropene tolket som graver, men ingen av dem inneholdt rester av mennesker. Her foregikk det matlaging, tørking og røyking av kjøtt, samt garving av skinn. En slik ansamling av kokegroper knyttes til bloting i hedensk tid, der folk samlet seg til et sakralt måltid på en kultplass der det i mange tilfelle senere ble reist en kirke,«Blot på Oddernes?», Frans-Arne Stylegar: Arkeologi i nord]</ref> slik det skjedde på Oddernes. thumb|200px|Oddernes kirke, reist omkring 1040. Middelalderen Et viktig vitnesbyrd om et større og organisert samfunn gjennom mer enn tusen år er Oddernes kirke som ble reist ca. 1040. Kirken ligger i bydelen Lund, hvor det kan ha blitt blotet oppe på morenevollen mot Otra.
I kirkens våpenhus står en stor runestein, Oddernessteinen, som omtaler Olav den hellige («Øyvind gjorde denne kirke, Olav den helliges gudsønn på sin odelsgård»). Teksten på Oddernessteinen Harald Hårfagre var derimot en vestlandskonge som ikke kan knyttes til Sørlandet. Hans Jacob Orning: «Harald Hårfagre, en vestlandskonge»
Man regner med at den første, organiserte utviklingen mot et bysamfunn i Kristiansandsområdet skjedde på Lund. Før steinkirken ble bygd, er det antatt at én eller kanskje to stolpekirker av tre har stått på samme sted. Utgravningene under og rundt Oddernessteinen omkring 1990 da den ble flyttet inn i våpenhuset, har utfra gravfunn dokumentert at kirkegården må ha vært uvanlig stor allerede i høymiddelalderen, dvs. at området har hatt et høyt folketall før svartedauden.
Det som i dag er Kvadraturen, var en furubevokst sandbanke benyttet til beitemark,Terje Gitmark Eriksen: «Kristiansands ukjente bosettingshistorie», Fædrelandsvennen 20. desember 2006 da det på 13–1400-tallet lå det en travel omlastningshavn og et lite tettsted ved Otra nederst på Lund, ved det som før het Lahelle og i dag heter Kuholmen. Bydelen Lund ligger mellom to store elver, har gode havnemuligheter og god matjord. I tillegg til gårder og bryggeanlegg i området vokste det frem bebyggelse langs kysten og på øyer og holmer en rekke steder i omegnen. Eiketømmer ble allerede nå eksportert (ulovlig) til Holland.Vest-Agder fylkesmuseum: Sjøfartsbyen Kristiansand, hefte, 2000, s. 7
1500-tallet Hanseatene seilte forbi Agdesiden, de hadde sine interesser i Tønsberg og Oslo. Men på 1300-tallet tok nederlenderne opp konkurransen med hanseatene om østersjøhandelen, og underveis søkte de havn på Agdesiden. Fra rundt 1450 drev de også handel der. På den tid kom også danske skip, og fra 1520 skip fra Skottland. For nederlenderne var trelasthandelen av størst interesse. I 1516/17 mottok Bergenhus festning fra Agdesiden pelsverk og vrakgods fra skipsforlis; men i de følgende tiår var det først og fremst tømmer som ble eksportert. Særlig var eik etterspurt, og som regel var slik eksport forbudt. All eik skulle gå til danskekongens flåte; men i 1550 ble det gitt dispensasjon for eksport til Nederland. Eiketømmer ble uansett smuglet ut av landet. Det kom til strid i havnene, der det ikke fantes noen sentralisert, utøvende myndighet eller festningsverk, stort sett bare fogder rundt om.Sverre Steen: Kristiansands historie 1641–1814, Kristiansand 1941 (1982), s. 5-7
Skipstrafikken på Nord- og Østersjøen fra 1520-tallet trakk sjørøvere til norskekysten. Forslaget om opprettelsen en kjøpstad på Agdesiden ble for første gang luftet i 1549, fremsatt til Christian III av høvedsmannen i Lister len, Otte Stigsøn,<ref>[http://arkeologi.blogspot.com/2011/04/den-kendte-shane-otte-stigsen.html Frans-Arne Stylegar: «Den kendte søhane Otte Stigsen», Arkeologi i nord for «da kunne man på snar tid til hope samle 100 eller 120 karle fra samme kjøpstad» - men ingenting kom ut av dette. Viktigste havn på Agdesiden var Flekkerøy, og i 1556 beordret kongen den befestet til bekjempelse av sjørøverne i området. På Flekkerøy samlet den dansk-norske flåten seg for å bekjempe sjørøverne, og i 1559 fikk anlegget der navnet Flekkerhus. Agdesiden ble kalt Flekkerhus len.Sverre Steen: Kristiansands historie 1641–1814, Kristiansand 1941 (1982), s. 5-7
Mandal var fortsatt handelssentrum, men havnene i den senere Kristiansandsfjorden tok seg opp og ble ledende tidlig på 1600-tallet.Sverre Steen: Kristiansands historie 1641–1814, Kristiansand 1941 (1982), s. 14-16
En annen forløper til Kristiansands grunnleggelse var utviklingen i sundet mellom Møvig, Kroodden og Flekkerøy som var den viktigste havnen langs Skagerrakkysten allerede fra 1500-tallet og fikk sine første befestninger med fort i 1556 under Christian III.Sverre Steen: Kristiansands historie 1641–1814, Kristiansand 1941 (1982), side 8–9. Lensherre Palle Rosenkrantz fikk i 1635 ordre fra kongen om å flytte fra Nedenes kongsgård og i stedet få reist en kongsgård ved Flekkerøy.Sverre Steen: Kristiansands historie 1641-1814, Kristiansand 1941 (1982), side 28. I skipningssesongen skulle lensherren bo på den befestede øya Slottsholmen midt mellom Flekkerøy og Møvik, en holme som fra 1635 bar navnet Christiansø. Sommerresidensen stod først ferdig i 1642. En viktig oppgave var skatteoppkreving og kamp mot sjørøveri og ulovlig handel.Sverre Steen: Kristiansands historie 1641–1814, Kristiansand 1941 (1982), side 23–24.
Før anleggelsen av Kiel-kanalen mellom Nordsjøen og Østersjøen hadde Kristiansand avgjørende strategisk betydning, fordi flåtebasen her kontrollerte innseilingen til de danske streder og Østersjøen. Av denne grunn har Kristiansand vært en viktig militærby i mer enn 400 år. Det økonomiske tyngdepunktet i Mandal og Nedenes len synes også å ha forflyttet seg på den tiden – fra Nedenes og vestover til Kristiansandsfjorden.Sverre Steen: Kristiansands historie 1641–1814, Kristiansand 1941 (1982), side 29.
Christian IVs planer Kongsgården ble flyttet fra Nedenes til Lund etter at kong Christian IV hadde vært på befaring i området for andre gang i 1635 – første besøket var trolig i 1630. Ved besøket i 1635 forærte kongen 100 riksdaler til forlengelse av kirken på Oddernes. Det Lund derimot ikke kunne by på var ubebygd grunn med nok plass til et helt nytt bysentrum. Det fant kongen på vestsiden av Otra eller Torridalselva. Grunnen her tilhørte dels Grim gård som var krongods, og dels Eg gård.
På den flate skogsletten på 576 dekar kunne kongens visjon om en by med en tidsriktig kvadratur etter datidens renessanseidealer bli virkelighet. Kongen ga oppdraget med å utarbeide en byplan til den danske ingeniøren Hans Jacobsen Schiørt, og hans plan er i hovedsak fulgt frem til i dag.«Kvadraturen», Agderkultur.no]</ref>
Grim gård som Grimsmoen tilhørte, var delvis krongods. Området var tett skogbevokst og i hovedsak ubebygd, og det egnet seg derfor utmerket til anlegg av en helt ny bymessig bebyggelse med rette gater som var kongens idé om en ideell by. Området hadde dessuten god havn på to sider og en seilbar elv på den tredje. Kansler Jens Bjelke støttet planen om en kjøpstad, og allerede under et besøk i 1630 kan Christian IV ha valgt ut «Sanden» som sted for byanleggelsen.Sverre Steen: Kristiansands historie 1641–1814, Kristiansand 1941 (1982), side 46–48.
Før byen ble grunnlagt fantes det ingen kjøpstad mellom Skien og Stavanger, og borgerne i Tønsberg hadde handelsprivilegier på denne delen av kysten. Det ble drevet trelasthandel fra en rekke ladesteder rundt byens nåværende sentrum. Trolig tok bønder og handelsmenn i kristiansandsfjorden selv initiativ til å få kjøpstaden opprettet.Sverre Steen: Kristiansands historie 1641–1814, Kristiansand 1941 (1982), s. 48 Men kongen hadde også store interesser av å styrke festningen med en by. Etter at danskenes økning av øresundstollen dreide den hollandske og engelske handelen bort fra Østersjøen og over på Norge, økte de potensielle tollinntektene på Agder, og den internasjonale striden om landsdelen og handelen tiltok.Sverre Steen: Kristiansands historie 1641–1814, Kristiansand 1941 (1982), s. 49
Christiansand Christiansand ble formelt grunnlagt av Christian IV ved fundasjonsbrev utstedt den 5. juli 1641. Det er dokumentert at kongen allerede i august 1630 besøkte Sanden som senere ble byens sentrum og spiste middag hos Peder Thommesen «boende på en odde av Grimsmoen, like ved utløpet av Torridalselven».Sverre Steen, Kristiansands historie 1641–1814, Kristiansand 1941 (1982), side 46 Denne delen av byen kalles i dag for Tangen.
Byen ble anlagt i renessansestil, med regelmessig byplan (kvadratur). Handelsborgere i hele Agder ble beordret til å flytte til den nyetablerte byen. Til gjengjeld skulle de få handelsprivilegier og 10 års skattefrihet. Forskjellige kongelige privilegier og påbud av denne typen var nødvendig fødselshjelp og en del av forutsetningene for å kunne utvikle levedyktige bysamfunn. Det samme gjelder andre norske byer som er anlagt fra 1500- til 1800-tallet. 300px|right|thumb|Fra Kristiansand midt på 1800-tallet. Bildet er et litografi fra boken Chr.Tønsberg Norge fremstillet i Tegninger som kom ut i 1846-48.