Botnfjorden er navnet på flere fjorder i Norge:
Botnfjorden (Alstahaug) – en arm av Leirfjorden i Alstahaug kommune i Nordland. Botnfjorden (Steigen) – en arm av Leinesfjorden i Steigen kommune i Nordland. Botnfjorden (Sørfold) – den innerste delen av Sagfjorden i Sørfold kommune i Nordland Botnfjorden – navnet på den innerste delen av Øverstraumen, en arm av Ranfjorden i Rana kommune i Nordland.
Se også Botnafjorden – en fjord i Flora kommune i Sogn og Fjordane.