thumb|Bosnias første hersker av format var Kulin Ban. Hans plate funnet i Biskupići, nær Visoko Bosnia-Hercegovinas historie er ganske komplisert. Bosnia har både vært et kongerike eller inngått i andre riker eller nasjoner, eksempelvis Det osmanske rike og Jugoslavia. I tillegg har folket i det området som i dag kalles for Bosnia-Hercegovina, bosniere, gjennom historien hatt ulike navn. Dagens bosniere er en sørslavisk folkegruppe som hovedsakelig bor i Bosnia-Hercegovina, men også i regionen Sandžak som inngår i både Serbia og Montenegro. Bosniere kjennetegnes for sin tilknytning til den historiske regionen Bosnia, i dag hovedsakelig muslimer og har felles kultur og språk (bosnisk).

Området Bosnia-Hercegovina har derimot lang historie og i antikken var området en del av Illyria og ble underlagt Romerriket som Illyricum. I folkevandringstiden på 600-tallet e.Kr. flyttet sørslaviske folkestammer inn i landet og blandet seg med den innfødte befolkningen, og landet ble preget av slavifisering. Bosnia nevnes første gangen på 800-tallet, og en teori er navnet stammer fra det illyriske ordet «Bosona» som betyr «rennende vann», dette etter elven Bosna som renner gjennom sentrale Bosnia.

thumb|Bosnia-Hercegovina i dag. Fra år 745 ble Bosnia styrt av ulike lokale stammehøvdinger mens en del områder av dagens Bosnia falt inn under kroatisk og serbisk kontroll. På 1100-tallet krevde ungarske konger overherredømme, men fra 1377 ble Bosnia et selvstendig kongerike under kong Tvrtko Kotromanić. På midten av 1400-tallet oppsto det heftige indre maktkamper, noe som Det osmanske rike dro fordel av. I 1463 invaderte de tyrkiske osmanene Bosnia og i 1482 falt også regionen Hercegovina. Over tid ble også bosnikerne muslimer. Osmanenes krigføring med blant annet Huset Habsburg førte til at Bosnia ble en krigsskueplass.

Under ledelse av den bosniske adelsmannen Husein Gradaščević (1802–1834) gjorde adelen opprør mot osmanene i 1831, og til tross for at opprøret ble slått ned året etter blir Gradaščević sett på som en av de fremste bosniske nasjonalheltene. I 1878 ble Bosnia-Hercegovina okkupert av Østerrike-Ungarn, noe som også innebar en modernisering av landet. I 1918 ble Bosnia-Hercegovina underlagt Kongeriket Jugoslavia. Under den andre verdenskrig ble landet rammet av en omfattende etnisk rensning; jøder ble utryddet og serbere myrdet i omfattende grad. Etter 1945 ble Bosnia en republikk i det kommunistiske Jugoslavia. Den 5. april 1992 ble Bosnia-Hercegovina erklært som en selvstendig stat anerkjent av FN og stormaktene, men ikke av serbere i Bosnia eller Serbia og Montenegro. Bosnia-krigen kom som en følge av oppløsningen av Jugoslavia og de nasjonale og etniske motsetningene, og varte i litt over tre år, fra 1992 til 1995. Den ble avsluttet grunnet at NATO grep inn og som lenge hadde tropper i landet.

Den før-slaviske tiden (inntil 958) thumb|right|Murvegger fra oldtidens illyriske hovedstad Daorson, lokalisert ved Ošanići i nærheten av Stolac i Bosnia-Hercegovina Bosnia har vært befolket siden neolittisk tid. I den sene bronsealderen ble den neolittiske befolkningen erstattet eller gikk opp i mer krigerske indoeuropeiske stammer kjent som illyrere. Keltiske innvandringer skjedde på 300- og 200-tallet f.Kr. og dominerte og blandet seg med eller presset vekk mange illyriske stammer fra deres tidligere landområder.Malcolm, Noel (1994): Bosnia A Short History. New York University Press. ISBN 0-8147-5520-8.

Konkrete historiske bevis for denne perioden er skrøpelig, men generelt synes det som om regionen ble befolket av et antall forskjellige folk som snakket atskilte språk. Konflikter mellom illyrere og romere begynte i år 229 f.Kr., men Roma greide ikke å fullføre å underlegge seg regionen før i år 9 e.Kr. I den romerske tiden bosatte latintalende bosettere seg fra hele Romerriket blant illyrere, og romerske soldater ble oppmuntret til å bosette seg her etter endt tjeneste.

Kristendommen hadde allerede kommet til regionen ved slutten av 200-tallet, og tallrike gjenstander og objekter fra tiden bevitner om dette. Som en følge av hendelser fra årene 337 og 395 da Romerriket ble delt, ble Dalmatia og Pannonia inkludert i det vestlige Romerriket. Regionen ble erobret av østgotere i 445, og ytterligere invadert av alanere og hunere i årene som fulgte. Ved 500-tallet hadde keiser Justinian I den store gjenerobret området for Det bysantinske riket (Østromerriket). Slavere fra nordøstlige Europa hadde blitt undertrykt av de tyrkiske avarer, og de kom i store mengder inn i landet på 500- og 600-tallet, og herfra invaderte de det østlige Romerriket. Slaverne bosatte seg i det som nå er Bosnia-Hercegovina og omliggende områder. Flere sørslavere (kroater og serbere) kom i en andre invasjonsbølge, og i henhold til en del forskere ble disse invitert av keiser Herakleios for å fordrive avarene fra Dalmatia.

Bosnia i middelalderen thumb|right|Bosnia i tiden rundt 1390. Kunnskap om vestlige Balkan i middelalderen er også skrøpelig. Da slaverne bosatte seg brakte de med seg sin sosiale struktur av stammetilhørighet, men denne synes å ha falt fra hverandre og åpnet for føydalisme da frankerne trengte inn i regionen på slutten av 800-tallet (Bosnia har antagelig sin opprinnelse i en form for før-føydal slavisk enhet). Det var også på denne tiden at sørslaverne ble kristnet. Bosnia, på grunn av sin geografiske posisjon og terreng, var sannsynligvis blant de siste områdene som gikk gjennom denne prosessen, som antagelig startet fra urbane sentre langs kysten i Dalmatia. Regionen Bosnia hadde vært en del av kongedømmene Serbia og Kroatia og grensene mellom disse hadde hele tiden vært flytende. I høymiddelalderen ble Kroatia tatt av det ungarske kongedømmet, og Serbia i sørøst gikk inn i en stagnasjonsperiode. Kontrollen over Bosnia ble deretter et stridsemne mellom Ungarn og Østromerriket. Etter den bysantinske keiseren døde utpekte Ungarn en ban, en Kulin, til å herske over provinsen som len under Ungarn. Imidlertid var dette lenet i stor grad kun i navnet.

Den første betydningsfull bosniske hersker, Ban Kulin, var leder over bortimot tre tiår med fred og stabilitet. I denne perioden styrket han landets økonomi gjennom avtaler med Dubrovnik og Venezia. Hans styre markerte også begynnelsen med en strid med den bosniske kirke, en stedegen kristen sekt som ble betraktet som kjettersk av både den romersk-katolske kirke som den østlige ortodokse kirke. Som svar på ungarske forsøk på å bruke kirkepolitikken som sak for å kreve overherredømme over Bosnia holdt Kulin et møte med lokale kirkeledere for å fornekte kjetteri i 1203. Til tross for dette forble de ungarske ambisjonene uendret lenge etter Kulins død i 1204, og dalte bare etter en mislykket invasjon i 1254.

thumb|Tvrtko I av Bosnia lot seg krone som konge Mileševa-klosteret. Bosnisk historie fra denne tiden og fram til tidlig på 1300-tallet var markert av maktkamper mellom familiene Šubić og Kotromanić. Denne konflikten kom til sin slutt i 1322 da Stjepan II Kotromanić ble ban. Ved hans død i 1353 hadde han lyktes å annektere områder i nord og vest, foruten også Zahumlje som deler av Dalmatia. Han ble etterfulgt av sin nevø Tvrtko I av Bosnia som etter en lengre kamp med adelen og indre familiestrider, fikk full kontroll over landet i 1367. Under Tvrtko vokste Bosnia i både størrelse og makt, og ble endelig et selvstendig kongedømme i 1377. Tvrtko kronet seg selv som «konge av Serbia og av hele Bosnia» i Mileševa-klosteret (hvor det serbiske dynastiet Nemanjics ble kronet). Etter hans død i 1391 falt Bosnia i tilbakegang. Det osmanske rike hadde allerede begynt sin erobring av Europa og innebar en betydelig trussel mot hele Balkan gjennom hele første halvdel av 1400-tallet. Etter tiår med politisk og sosial ustabilitet falt Bosnia for den osmanske invasjonen offisielt i 1463. Hercegovina fulgte i 1482 med en ungarskstøttet nyopprettet «bosnisk kongedømme» det siste som bukket under i 1527.

Under osmanene

Den osmanske erobringen av Bosnia markerte en ny tid i landets historie og introduserte store endringer i det politiske og kulturelle landskapet i regionen. Selv om kongedømmet hadde blitt knust og den øverste adelen henrettet tillot osmanene uansett den bosniske identitet til en viss grad å bli inkorporert som en provins i Det osmanske rike med dets historiske navn og territoriale integritet, et unikt tilfelle blant de undertrykte rikene på Balkan.Riedlmayer, Andras (1993). A Brief History of Bosnia-Herzegovina . The Bosnian Manuscript Ingathering Project – Det bosniske prosjektet for manuskriptinnhøstning. Innenfor denne sandžak (og til slutt vilayet) av Bosnia, introduserte osmanene en rekke nøkkelendringer i områdets sosiale og politiske administrasjon, inkludert en ny landeiersystem, en reorganisering av administrative enheter, og et komplekst system som skilte samfunnsklasser og religiøs tilhørighet fra hverandre.

De fire århundrene med osmansk styre hadde også en dramatisk innvirkning på sammensetningen av Bosnias befolkning som endret seg flere ganger som et resultat av Det osmanske rikets erobringer, hyppige kriger med europeiske makter, utvandringer og epidemier. En innfødt slavisktalende muslimsk samfunnet skilte seg ut og vokste til å bli den største etnisk-religiøse gruppen, hovedsakelig som et resultat av gravis økning av konverteringer til islam.Imamović, Mustafa (1996): Historija Bošnjaka. Sarajevo: BZK Preporod. ISBN 9958-815-00-1 Samtidig kom et betydelig antall av sefardiske jøder til landet som en følge av den spanske inkvisisjonen og utvisningen fra Spania på slutten av 1400-tallet. De bosniske kristne samfunnene gjennomgikk også betydelige endringer. De bosniske fransikanere (og den katolske befolkningen som helhet) ble offisielt beskyttet ved lov, skjønt disse garantiene ble ofte oversett og deres antall minsket grunnet forfølgelse. Den østlige ortodokse kirke og deres samfunnet i Bosnia, opprinnelig begrenset til Hercegovina og Podrinje, spredde seg over hele landet i denne perioden og fikk en relativ framgang fram til 1800-tallet. I mellomtiden hadde den skismatisk bosniske kirke (bosnisk Crkva bosanska; latin Ecclesia bosnensis), preget av læren til bogomilene, forsvunnet helt og holdent.

thumb|Stari Most-broen i Mostar.

Etterhvert som Det osmanske rike vokste og ekspanderte i Sentral-Europa ble Bosnia lettet for presset av å være en grenseprovins mellom muslimsk erobring og europeisk forsvar, og opplevde en lengre periode av generell velstand og vekst. Et antall byer, slike som Sarajevo og Mostar, ble etablert og vokste til store regionale sentre for handel og bykultur. Innenfor disse byene finansierte ulike sultaner og guvernører konstruksjonen av flere bosniske arkitektoniske verk (som broen Stari Most og moskeen Gazi Husrev-beg). Flere bosniere fikk en innflytelsesrik rolle i Det osmanske rikets kulturelle og politiske historie i løpet av denne tiden. Bosniske soldater dannet en stor andel av den osmanske hæren i slagene ved Mohács og Krbavasletten, to avgjørende militære seirer, mens tallrike andre bosniere steg i det militære byråkratiet til å få høye posisjoner i riket, inkludert admiraler, generaler og som grand vizier. Mange bosniere satte også sitt preg på osmansk kultur som mystikere, lærde og poeter i de dominerende muslimske språk som tyrkisk, arabisk og persisk.