thumb|Belisario Betancur Cuartas ble av FNs generalsekretær oppnevnt til å lede sannhetskommisjonen for El Salvador. Sannhetskommisjonen i El Salvador (spansk: Comisión de la Verdad para El Salvador) var en kommisjon oppnevnt av FN for å undersøke de alvorlige overtredelsene som skjedde under landets tolv år lange borgerkrig på en rettferdig og upartisk måte. Det er anslått at 1,4 prosent av befolkningen i El Salvador ble drept under krigen. Hayner, Priscilla B. (2011). Unspeakable Truths: Transitional Justice and the Challenges of Truth Commissions (PDF). New York: Routledge. pp. 49–51. ISBN 978-0-415-80635-0.
Kommisjonen virket fra juli 1992 til mars 1993, da resultatene ble publisert i den endelige rapporten "From Madness to Hope". Hayner, Priscilla B. (2011). Unspeakable Truths: Transitional Justice and the Challenges of Truth Commissions (PDF). New York: Routledge. pp. 49–51. ISBN 978-0-415-80635-0. Betancur, Belisario, Thomas Buergenthal and Reinaldo Figueredo Planchart. From Madness to Hope: Report of the Commission on the Truth for El Salvador. 11–13. 1993. PDF file. I den åtte måneders perioden arbeidet pågikk hørte kommisjonen over 2.000 vitnesbyrd og samlet dessuten informasjon fra ytterligere 20.000 vitner.
I desember 1991 begynte samtaler om en fredsavtale mellom regjeringen og geriljaen, Farabundo Marti National Liberation Front (FMLN), med FNs generalsekretær Javier Pérez de Cuéllar til å overvåke forhandlingene. En avtale ble inngått og undertegnet av begge parter 16. januar 1992 under det som kalles Chapultepec-fredsavtalen.
Javier Pérez de Cuéllar utnevnte tre kommissærer til å lede etterforskningen; dette skjedde med samtykke fra både den salvadoranske regjeringen og FMLN. I motsetning til tidligere liknende tiltak for å gjenopprette rettferdighet, besto den salvadoranske kommisjonen av internasjonale kommisjonærer.
Militærdiktatur fra 1931 Etter at landet ble uavhengig i 1838 opplevde El Salvador flere politiske konflikter, hovedsakelig av sosiale årsaker; dette var en langsiktig effekt av spansk kolonialisering på 1500-tallet. Blutstein, Howard I.; et al. (1985). El Salvador: A Country Study. Washington: The American University. Men det var relativt lite voldsbruk fram til 1931 da landet ble et militærdiktatur. I 1931 fikk landet sitt første frie valg, takket være president Pío Romero Bosque, men dette resulterte i et militærkupp ledet av general Maximiliano Hernández Martínez. Blutstein, Howard I.; et al. (1985). El Salvador: A Country Study. Washington: The American University.
Hernández Martínez ble valgt til president for fire år i 1935 og gjenvalgt i 1939. Blutstein, Howard I.; et al. (1985). El Salvador: A Country Study. Washington: The American University. I 1944 ble det vedtatt en lov som ga Hernández Martínez ytterligere fem år som president, men dette viste seg å være for mye for det salvadoriske folk. I mai 1944 ble det nytt militærkupp som tvang ham til å gå av. Blutstein, Howard I.; et al. (1985). El Salvador: A Country Study. Washington: The American University. Nå var det general Andrés Menéndez som overtok, men etter bare fem måneder fant et nytt opprør sted og oberst Osmín Aguirre y Salinas tok kontroll over landet som leder av en militærjunta.
Oberstløytnant Julio Adalberto Rivera, gjennomførte et motkupp. Den nye administrasjonen demonstrerte sine progressive ideologier, og innførte over 300 nye lover i løpet av ni måneder. Blutstein, Howard I.; et al. (1985). El Salvador: A Country Study. Washington: The American University. I 1962 ble Rivera valgt til president og tjente en full periode som avsluttet i 1967. Hans etterfølger, oberst Fidel Sánchez Hernández, ble valgt i mars 1967 og dette regnes som det mest ærlige presidentvalget til dette tidspunktet. Blutstein, Howard I.; et al. (1985). El Salvador: A Country Study. Washington: The American University.
Dødsskvadroner mot venstresiden I januar 1932 ledet Agustín Farabundo Martí et bonderopprør i den vestlige landsbyen i El Salvador. Oppstanden skjedde i opposisjon til det militærdiktaturet og oligarkene, jordeierne, kjent som de fjorten familiene, som kontrollerte en uforholdsmessig stor andel av landets rikdom. Blutstein, Howard I.; et al. (1985). El Salvador: A Country Study. Washington: The American University. Opprøret, som varte i to dager, ble slått ned av Hernández Martínez, som ga hæren i oppgave å drepe tusner av salvadoranere, i det som vanligvis kalles la matanza."CJA : Background on El Salvador". www.cja.org. Retrieved 1 March 2016. "Encyclopedia – Britannica Online Encyclopedia". academic.eb.com. Retrieved 1 March 2016. Det anslås at mellom 10.000 og 30.000 sivile ble drept som følge av bøndenes opprør, med de fleste av ofrene var urfolk."CJA : Background on El Salvador". www.cja.org. Retrieved 1 March 2016. "Encyclopedia – Britannica Online Encyclopedia". academic.eb.com. Retrieved 1 March 2016.
thumb|Et regjeringskupp i 1979 og mordet på biskop Oscar Romero markerer begynnelsen på borgerkrigen i El Salvador Kampene mellom den høyreorienterte militærregjeringen og venstreorientert gerilja fortsatte nesten uopphørlig frem til 1970-tallet. Gjennom hele 1970-tallet møtte geriljaen konstant motstand fra paramilitære dødsskvadroner, og dette førte til økt vold. I oktober 1979 ble regjeringen avløst av en revolusjonær regjeringsjunta (JRG) som lovet reformer.The New Encyclopædia Britannica. Vol. 4. Chicago: Encyclopædia Britannica Inc. 2007. pp. 414–415. Men reformene uteble; i januar 1980 truet høyre-ekstremister med vold mot JRG, og tvang alle dets sivile medlemmer til å gå av."CJA : Background on El Salvador". www.cja.org. Retrieved 1 March 2016.
Den 24. mars 1980 ble den katolske erkebiskopen i El Salvador, Óscar Romero, som var en uttalt menneskerettighetsforkjemper, myrdet under en messe i San Salvador. Gibb, Tom (22 March 2000). "The killing of Archbishop Oscar Romero was one of the most notorious crimes of the cold war. Was the CIA to blame?". The Guardian. ISSN 0261-3077. Retrieved 1 March 2016. Det hevdes at dødsskvadronenes kommandant major Roberto D'Aubuisson var ansvarlig for å gi ordre mordet på Romero."CJA : Background on El Salvador". www.cja.org. Retrieved 1 March 2016. Gibb, Tom (22 March 2000). "The killing of Archbishop Oscar Romero was one of the most notorious crimes of the cold war. Was the CIA to blame?". The Guardian. ISSN 0261-3077. Retrieved 1 March 2016. I oktober 1980 ble FMLN opprettet som en fusjon av fem venstreorienterte geriljagrupper. "Encyclopedia – Britannica Online Encyclopedia". academic.eb.com. Retrieved 1 March 2016. Deres viktigste motstander var D'Aubuisson, og han antas å ha vært den viktigste organisatoren bak et kuppforsøk mot JRG."CJA : Background on El Salvador". www.cja.org. Retrieved 1 March 2016.
Borgerkrigen Mot slutten av 1979 steg spenningen igjen i El Salvador. Regjeringen under general Carlos Romero begikk flere menneskerettighetsbrudd, noe som førte til at landets romersk-katolsk prester nå åpent tok til orde mot urettferdighetene. I oktober 1979 ble Romero kastet i et nytt militærkupp. Dette kuppet og mordet på erkebiskop Óscar Romero markerer begynnelsen på borgerkrigen.
Mot slutten av 1980 fikk USA økende interesse for El Salvador. USA var redd for at kommunistisk kontroll over landet kunne føre til en ny "Nicaragua-situasjon". Schwarz, Benjamin (December 1998). "Dirty Hands". The Atlantic. Retrieved 2 March 2016. Den amerikanske regjeringen finansiere krigen i El Salvador gjennom hele 1980-tallet, og ga omtrent $ 4,5 milliarder i militær og annen hjelp. USA ga den salvadoranske hæren eliteutdanning og hjelp med organisasjon, avanserte våpen og helikoptere. Ifølge Benjamin Schwarz var USAs engasjement i El Salvador landets "mest langvarige og dyre militær arbeid i perioden mellom Vietnamkrigen og konflikten i Den Persiske Golf". Schwarz, Benjamin (December 1998). "Dirty Hands". The Atlantic. Retrieved 2 March 2016.
I september 1981 dannet Roberto D'Aubuisson et nytt høyre politisk parti, kjent som Nationalist Republican Alliance (Arena), for å bekjempe FMLN. En av de mest voldelige hendelsene under borgerkrigen var massakeren i El Mozote, hvor nesten 1000 sivile ble drept under en militær operasjon mot geriljaen. "El Salvador told to investigate 1981 El Mozote massacre – BBC News". BBC News. 11 December 2012. Retrieved 2 March 2016. På hele 1980-tallet fortsatte det med voldelige sammenstøt mellom partene.
Presidentvalget i 1989 ga seier for Arena-kandidaten Alfredo Cristiani, som fortsatte å beordre alvorlige lovbrudd mot FMLN. I november 1989 igangsatte FMLN et stort angrep mot flere store byer, inkludert hovedstaden."Encyclopedia – Britannica Online Encyclopedia". academic.eb.com. Retrieved 1 March 2016. Regjeringshæren måtte kjempe heftig i flere uker før geriljaen ble tvunget til å trekke seg tilbake. Slaget førte til voldsom voldsbruk i San Salvador; 16. november 1989 ble seks jesuittprester myrdet og to kvinner ble henrettet av soldater som gikk inn i private hjem under påskudd av at de hjalp venstreorientert gerilja. "Encyclopedia – Britannica Online Encyclopedia". academic.eb.com. Retrieved 1 March 2016. Massakren ga omfattende internasjonal dekning av grusomhetene i El Salvador, og førte til internasjonalt press for å starte forhandlinger mellom de stridende partene. Ved krigens slutt i 1992 ble det anslått at 75 000 salvadoranere var drept."CJA : Background on El Salvador". www.cja.org. Retrieved 1 March 2016. Chavez, Joaquin M. (December 2015). "How Did the Civil War in El Salvador End?". The American Historical Review. 120 (5): 1784–1797. doi:10.1093/ahr/120.5.1784. "'Removing the Veil': El Salvador Apologizes for State Violence on 20th Anniversary of Peace Accords". NACLA. Retrieved 2 March 2016. "El Salvador's Funes apologizes for civil war abuses". Reuters. 16 January 2010. Retrieved 2 March 2016.
Borgerkrigens slutt og FNs intervensjon Med økende internasjonalt press og president Cristianis økende tvil om hærens evne til å knekke FMLN, begynte fredsforhandlingene i juli 1990 etter initiativ fra FN. Begge parter undertegnet avtalen om menneskerettigheter. "Database – Uppsala Conflict Data Program (UCDP)". www.ucdp.uu.se. Retrieved 2 March 2016. Denne avtalen hadde som oppgave å etablere en FN-misjon som skulle overvåke menneskerettighetsspørsmål i landet, og dermed ble ONUSAL grunnlagt.
I desember 1991 møttes regjeringen og representanter for FMLN på FNs hovedkvarter i New York for å undertegne New York-akten, som effektivt summerte flere avtaler som tidligere var undertegnet, inkludert Mexico-avtalen i 1991 om opprettelse av en sannhets- og forsoningskommisjon. "UNITED NATIONS OBSERVER MISSION IN EL SALVADOR (ONUSAL) – Background (Full text)". www.un.org. Retrieved 2 March 2016. Partene ble også enige om å undertegne en endelig fredsavtale 16. januar 1992 i Mexico City.
Kommisjonen Kommisjonen ble opprettet i samsvar med Mexico-avtalen av 1991, og hadde som oppgave å undersøke "alvorlige voldshandlinger som hadde skjedd mellom januar 1980 og juli 1991" som krevde "offentlig kunnskap om sannheten". "UNITED NATIONS OBSERVER MISSION IN EL SALVADOR (ONUSAL) – Background (Full text)". www.un.org. Retrieved 2 March 2016. Tre internasjonale offentlige personer ble utnevnt til kommissærer av Generalsekretær.
Belisario Betancur, tidligere president i Colombia; Thomas Buergenthal, tidligere president for Den Interamerikanske Menneskerettsdomstolen, og Reinaldo Figueredo Planchart, tidligere utenriksminister i Venezuela. "UNITED NATIONS OBSERVER MISSION IN EL SALVADOR (ONUSAL) – Background (Full text)". www.un.org. Retrieved 2 March 2016.
Kommisjonen åpnet kontorer flere steder i landet; i Chalatenango, Santa Ana og San Miguel.Betancur, Belisario, Thomas Buergenthal and Reinaldo Figueredo Planchart. From Madness to Hope: Report of the Commission on the Truth for El Salvador. 11–13. 1993. PDF file.