miniaturadaimagem|Filogenia das angiospérmicas, baseada no sistema APG IV / AP web. Um moderno sistema de taxonomia vegetal, o sistema APG de classificação botânica, foi publicado em 1998 pelo Grupo de Filogenia de Angiospérmicas.
O sistema não é usual, por estar baseado, não em total evidência, mas na análise cladística das sequências do ADN de três genes, dois dos cloroplastos e um que codifica os ribossomas. Ainda que baseado somente na evidência molecular, os grupos constituintes dão suporte a outra evidência. Por exemplo, a morfologia do pólen suporta a separação entre as eudicotiledôneas (eudicots) e o resto das dicotiledóneas.
O sistema é algo controverso nas suas decisões ao nível das famílias, separando um certo número de famílias há muito estabelecidas e submergindo outras famílias. Também não é usual porque não usa nomes botânicos acima do nível da ordem, isto é, a ordem é a classificação mais elevada que leva um nome botânico formal. Grupos superiores são definidos unicamente como clados, através da utilização de nomes como monocotiledônea, eudicotiledônea, rosídea e asterídea.
Este sistema foi sucedido, em 2003, pelo sistema APG II.
A organização em clados (e não em taxa) é a seguinte : angiospermas : monocotiledôneas comelinóides eudicotiledôneas Núcleo eudicotiledôneas rosídeas eurosídeas I eurosídeas II asterídeas euasterídeas I euasterídeas II
Clado angiospermas
Clado monocotiledôneas (inglês: monocots)
Clado comelinóides (inglês: commelinoids) NB: Comelinóides (commelinoids) no sistema APG (1998), mas denominadas comelinídeas (commelinids) no sistema APG II (2003)
Famílias sem ordem definida: família Abolbodaceae família Bromeliaceae família Dasypogonaceae família Hanguanaceae família Mayacaceae família Rapateaceae
ordem Arecales família Arecaceae (= Palmae)
ordem Commelinales família Commelinaceae família Haemodoraceae família Philydraceae família Pontederiaceae
ordem Poales família Anarthriaceae família Centrolepidaceae família Cyperaceae família Ecdeiocoleaceae família Eriocaulaceae família Flagellariaceae família Hydatellaceae família Joinvilleaceae família Juncaceae família Poaceae (= Gramineae) família Prioniaceae família Restionaceae família Sparganiaceae família Thurniaceae família Typhaceae família Xyridaceae
ordem Zingiberales família Cannaceae família Costaceae família Heliconiaceae família Lowiaceae família Marantaceae família Musaceae família Strelitziaceae família Zingiberaceae
monocotiledôneas não-comelinóides Famílias sem ordem definida: família Corsiaceae família Japonoliriaceae família Nartheciaceae família Petrosaviaceae família Triuridaceae
ordem Acorales família Acoraceae
ordem Alismatales família Alismataceae família Aponogetonaceae família Araceae (incl. Lemnaceae) família Butomaceae família Cymodoceaceae família Hydrocharitaceae família Juncaginaceae família Limnocharitaceae família Posidoniaceae família Potamogetonaceae família Ruppiaceae família Scheuchzeriaceae família Tofieldiaceae família Zosteraceae
ordem Asparagales família Agapanthaceae família Agavaceae família Alliaceae família Amaryllidaceae família Anemarrhenaceae família Anthericaceae família Aphyllanthaceae família Asparagaceae família Asphodelaceae (incl Aloaceae) família Asteliaceae família Behniaceae família Blandfordiaceae família Boryaceae família Convallariaceae família Doryanthaceae família Hemerocallidaceae família Herreriaceae família Hesperocallidaceae família Hyacinthaceae família Hypoxidaceae família Iridaceae família Ixioliriaceae família Lanariaceae família Laxmanniaceae (incl. Lomandraceae) família Orchidaceae família Tecophilaeaceae (incl. Cyanastraceae) família Themidaceae família Xanthorrhoeaceae família Xeronemataceae
ordem Dioscoreales família Burmanniaceae família Dioscoreaceae família Taccaceae família Thismiaceae família Trichopodaceae
ordem Liliales família Alstroemeriaceae família Campynemataceae família Colchicaceae família Liliaceae família Luzuriagaceae família Melanthiaceae (incl. Trilliaceae) família Philesiaceae família Ripogonaceae família Smilacaceae
ordem Pandanales família Cyclanthaceae família Pandanaceae família Stemonaceae família Velloziaceae
Clado eudicotiledôneas ou dicotiledôneas verdadeiras (inglês: eudicots) Famílias sem ordem definida família Buxaceae família Didymelaceae família Sabiaceae família Trochodendraceae [+ família Tetracentraceae ]
ordem Proteales família Nelumbonaceae família Platanaceae família Proteaceae
ordem Ranunculales família Berberidaceae família Circaeasteraceae família Kingdoniaceae [+ família Eupteleaceae ] família Lardizabalaceae família Menispermaceae família Papaveraceae [+ família Fumariaceae ] [+ família Pteridophyllaceae ] família Ranunculaceae
Clado Núcleo eudicotiledôneas (inglês: core eudicots) Famílias sem ordem definida família Aextoxicaceae família Berberidopsidaceae família Dilleniaceae família Gunneraceae família Myrothamnaceae família Vitaceae
ordem Caryophyllales família Achatocarpaceae família Aizoaceae família Amaranthaceae (incl. Chenopodiaceae) família Ancistrocladaceae família Asteropeiaceae família Basellaceae família Cactaceae família Caryophyllaceae família Didiereaceae família Dioncophyllaceae família Droseraceae família Drosophyllaceae família Frankeniaceae família Molluginaceae família Nepenthaceae família Nyctaginaceae família Physenaceae família Phytolaccaceae família Plumbaginaceae família Polygonaceae família Portulacaceae família Rhabdodendraceae família Sarcobataceae família Simmondsiaceae família Stegnospermataceae família Tamaricaceae
ordem Santalales família Loranthaceae família Misodendraceae família Olacaceae família Opiliaceae família Santalaceae (incl. Viscaceae)
ordem Saxifragales família Altingiaceae família Cercidiphyllaceae família Crassulaceae família Daphniphyllaceae família Grossulariaceae família Haloragaceae família Hamamelidaceae família Iteaceae família Paeoniaceae família Penthoraceae família Pterostemonaceae família Saxifragaceae família Tetracarpaeaceae
Clado rosídeas (inglês rosids) Famílias sem ordem definida família Aphloiaceae família Crossosomataceae família Ixerbaceae família Krameriaceae família Picramniaceae família Podostemaceae família Stachyuraceae família Staphyleaceae família Tristichaceae família Zygophyllaceae
ordem Geraniales família Francoaceae família Geraniaceae [+ família Hypseocharitaceae ] família Ledocarpaceae família Greyiaceae) família Melianthaceae família Vivianiaceae
Clado eurosídeas I (inglês: eurosids I) Famílias sem ordem definida família Celastraceae família Huaceae família Parnassiaceae [+ família Lepuropetalaceae ] família Stackhousiaceae
ordem Cucurbitales família Anisophylleaceae família Begoniaceae família Coriariaceae família Corynocarpaceae família Cucurbitaceae família Datiscaceae família Tetramelaceae
ordem Fabales família Fabaceae (= Leguminosae; incl. Caesalpiniaceae, Mimosaceae) família Polygalaceae família Quillajaceae família Surianaceae
ordem Fagales família Betulaceae família Casuarinaceae família Fagaceae família Juglandaceae família Myricaceae família Nothofagaceae família Rhoipteleaceae família Ticodendraceae
ordem Malpighiales família Achariaceae família Balanopaceae família Caryocaraceae família Chrysobalanaceae família Clusiaceae (= Guttiferae, incl. Hypericaceae) família Dichapetalaceae família Erythroxylaceae família Euphorbiaceae família Euphroniaceae família Flacourtiaceae família Goupiaceae família Hugoniaceae família Humiriaceae família Irvingiaceae família Ixonanthaceae família Lacistemataceae família Linaceae família Malesherbiaceae família Malpighiaceae família Medusagynaceae família Ochnaceae família Pandaceae família Passifloraceae família Putranjivaceae família Quiinaceae família Rhizophoraceae família Salicaceae família Scyphostegiaceae família Trigoniaceae família Turneraceae família Violaceae
ordem Oxalidales família Cephalotaceae família Connaraceae família Cunoniaceae família Elaeocarpaceae família Oxalidaceae família Tremandraceae
ordem Rosales (incl. Urticales) família Barbeyaceae família Cannabaceae (incl. Celtidaceae) família Cecropiaceae família Celtidaceae família Dirachmaceae família Elaeagnaceae família Moraceae família Rhamnaceae família Rosaceae família Ulmaceae família Urticaceae
Clado eurosídeas II (inglês: eurosids II) Família sem ordem definida família Tapisciaceae
ordem Brassicales família Akaniaceae [+ família Bretschneideraceae ] família Bataceae família Brassicaceae (= Cruciferae; incl. Capparaceae) família Caricaceae família Emblingiaceae família Gyrostemonaceae família Koeberliniaceae família Limnanthaceae família Moringaceae família Pentadiplandraceae família Resedaceae família Salvadoraceae família Setchellanthaceae família Tovariaceae família Tropaeolaceae
ordem Malvales família Bixaceae [+ família Diegodendraceae ] família Cistaceae família Cochlospermaceae família Dipterocarpaceae família Malvaceae (incl. Bombacaceae, Sterculiaceae, Tiliaceae) família Muntingiaceae família Neuradaceae família Sarcolaenaceae família Sphaerosepalaceae família Thymelaeaceae
ordem Myrtales família Alzateaceae família Combretaceae família Crypteroniaceae família Heteropyxidaceae família Lythraceae (incl. Sonneratiaceae, Trapaceae) família Melastomataceae família Memecylaceae família Myrtaceae família Oliniaceae família Onagraceae família Penaeaceae família Psiloxylaceae família Rhynchocalycaceae família Vochysiaceae
ordem Sapindales família Anacardiaceae família Biebersteiniaceae família Burseraceae família Kirkiaceae família Meliaceae família Nitrariaceae [+ família Peganaceae ] família Rutaceae família Sapindaceae (incl. Aceraceae, Hippocastanaceae) família Simaroubaceae
Clado asterídeas (inglês: asterids) ordem Cornales família Cornaceae [+ família Nyssaceae ] família Grubbiaceae família Hydrangeaceae família Hydrostachyaceae família Loasaceae
ordem Ericales família Actinidiaceae família Balsaminaceae família Clethraceae família Cyrillaceae família Diapensiaceae família Ebenaceae família Ericaceae (incl. família Empetraceae, Epacridaceae, Monotropaceae, Pyrolaceae) família Fouquieriaceae família Halesiaceae família Lecythidaceae família Marcgraviaceae família Myrsinaceae família Pellicieraceae família Polemoniaceae família Primulaceae família Roridulaceae família Sapotaceae família Sarraceniaceae família Styracaceae (incl. Halesiaceae) família Symplocaceae família Ternstroemiaceae família Tetrameristaceae família Theaceae família Theophrastaceae Clado euasterídeas I (inglês: euasterids I) Famílias sem ordem definida família Boraginaceae (inc Lennoaceae, Hydrophyllaceae) família Plocospermataceae família Vahliaceae ordem Garryales família Aucubaceae família Eucommiaceae família Garryaceae família Oncothecaceae ordem Gentianales família Apocynaceae (incl. família Asclepiadaceae) família Gelsemiaceae família Gentianaceae família Loganiaceae família Rubiaceae ordem Lamiales família Acanthaceae família Avicenniaceae família Bignoniaceae família Buddlejaceae família Byblidaceae família Cyclocheilaceae família Gesneriaceae família Lamiaceae (= Labiatae) família Lentibulariaceae família Myoporaceae família Oleaceae família Orobanchaceae família Paulowniaceae família Pedaliaceae [+ família Martyniaceae ] família Phrymaceae família Plantaginaceae (incl. Globulariaceae) família Schlegeliaceae família Scrophulariaceae família Stilbaceae família Tetrachondraceae família Verbenaceae ordem Solanales família Convolvulaceae família Hydroleaceae