A Copa Heineken 1998-99 foi a IV edição do evento e foi vencida pela equipa irlandesa do Ulster. Os clubes Inglêses, em protesto contra a organização, não participarem nesta edição, reivindicando, na verdade, uma distribuição mais equitativa dos benefícios do torneio por isso que o campeão do Bath não podeu defender o título conquistado na edição passada.
Times FrançaPaís de GalesEscóciaIrlandaItália Stade Français Bègles-Bordeaux US Arlequins Perpignan Stade Toulousain US Colomiers Llanelli RFC Neath RFC Ebbw Vale RFC Pontypridd RFC Edinburgh Rugby Glasgow Warriors Leinster Rugby Munster Rugby Ulster Rugby Petrarca Padova Benetton Treviso
Os 16 times foram divididos em 4 grupos de 4 equipes. Os vencedores e as segundas colocadas de cada grupo avançaram para as quartas de final. Fase de grupos Grupo 1
EquipeJVEDPFPA+/-Pts Stade Français650121911710210 Llanelli6303113180-676 Bègles-Bordeaux6204141124174 Leinster6204127179-524 Pontuação: Vitória = 2, Empate = 1, Derrota = 0 Grupo 2
EquipeJVEDPFPA+/-Pts Perpignan650123810813010 Munster6411144108369 Neath6114118194-763 Petrarca Padova610579169-902 Pontuação: Vitória = 2, Empate = 1, Derrota = 0 Grupo 3
EquipeJVEDPFPA+/-Pts Ulster6411197168299 Stade Toulousain64022341031318 Edinburgh Rugby6213179146335 Ebbw Vale6105114307-1932 Pontuação: Vitória = 2, Empate = 1, Derrota = 0 Grupo 4
EquipeJVEDPFPA+/-Pts US Colomiers6402176121558 Pontypridd6303160141196 Benetton Treviso6303142150-86 Glasgow Warriors6204121187-664 Pontuação: Vitória = 2, Empate = 1, Derrota = 0
Fase final
Quartas de final
Semi-final
Final
Campeão Copa Heineken 1998-99100px|borderUlster RugbyProvíncia de Ulster (1º título)
Ver também Copa Heineken