A edição de 1998-1999 da Liga de Honra foi a nona edição deste escalão do futebol português.
Foi disputada por 18 clubes: 3 despromovidos da Primeira Liga, 3 promovidos da II Divisão, e os restantes que tinham permanecido.
O vencedor foi o Gil Vicente Futebol Clube. Acompanharam na subida à Primeira Divisão o Belenenses e o Santa Clara, que ficaram em segundo e terceiro lugares respectivamente.
Feirense, União e Estoril foram despromovidos para a II Divisão.
Equipas Equipas a disputar a edição em relação à edição anterior
Despromovidas da Primeira Liga
Leça
Mantidos CF União
Felgueiras
Maia Moreirense
Sporting de Espinho União de Lamas
Promovidos à 2ª Divisão de Honra Esposende
Tabela classificativa EquipaPtsJVEDGMGS+/-Comments 1.683420865824+34 Promovidos à Primeira Divisão 2. 6134171075528+27 3. 5534141375337+16 4.5134149114643+3 5.Felgueiras5034121486040+20 6.Leça5034148125149 7.Sp. Espinho50341311104537+8 8. 4834139125146+5 9.4734111495649+7 10.Maia46341210125350+3 11.44341014103835+3 12.Moreirense4134118154056-16 13. 3834911143454-20 14.Esposende 3834814122434-10 15.U. Lamas3734910152848-20 16.3734910153453-19 <center>Despromoção para a II Divisão 17.CF União 333489173450-16 18.2834610182350-27
Nota 1: cada vitória valia 3 pontos <small>Referências: Nota 2: quando dois ou mais clubes têm os mesmos pontos, a classificação é determinada pelos resultados dos jogos entre eles.
Melhor marcador Marcos Nangi, mais conhecido como Marcão, futebolista brasileiro, foi o melhor marcador, tendo marcado 23 golos ao longo da época, que jogou pelo Varzim.
Treinadores Alguns dos treinadores das equipas no decorrer da época:
Equipa Treinador Manuel CajudaCF União Manuel BalelaEsposende Luís CamposFelgueiras Diamantino Miranda Álvaro MagalhãesLeça Luís CamposMoreirense Carlos Garcia Eurico Gomes Jorge Regadas Manuel FernandesSp. Espinho Carlos Carvalhal
1998–99 Categoria:Futebol de 1998 em Portugal Categoria:Futebol de 1999 em Portugal