thumb|right|240px|Pajé em aquarela de E. Goodall, 1842 Medicina indígena corresponde ao comportamento orientado para obtenção e preservação da saúde através das práticas culturais dos povos indígenas.
De acordo com Eduardo Estrella (1985)ESTRELLA, EDUARDO. As Contribuições da Antropologia à Pesquisa em Saúde IN: Nunes, E.D.; As Ciências Sociais em Saúde na América Latina,Tendencias e Perspectivas. Brasília, OPAS, 1985, a medicina indígena apresenta os seguintes elementos estruturais:
Aplicação de um conjunto de regras, modelos rituais, expressões ou ações que emergem historicamente da vida prática e da ideologia de um grupo social, e que conforma uma série de enunciados acerca da saúde e da doença. Prática esta que propicia o desenvolvimento de um “saber médico” onde se pode identificar: grupos de objetos ou enunciados, jogos de conceitos, séries de escolhas teóricas. Elemento que não constituem uma ciência, como uma estrutura idealmente definida e nem são tampouco conhecimentos amontoados procedentes de experiências, tradições ou descobrimentos unidos apenas pela identidade do sujeito que os gerou. São elementos a partir dos quais é possível construir proposições, desenvolver descrições mais ou menos exatas, elaborar teorias. Os enunciados desse saber médico se constituem sobre elementos empíricos, mágicos, míticos religiosos e racionais sendo especial a influência da ideológica exercida pela religião católica. Os enunciados, conceitos e práticas deste saber médico estão em boa parte, em oposição à ideologia dominante da formação social.
A natureza do conhecimento indígena
Generalizações sobre as práticas médicas indígenas ou de qualquer outra região do planeta, apesar de necessárias na perspectiva de estudos teóricos, são perigosas porque, existe certa especificidade em cada sistema de crenças mítico-religioso e/ou prática cultural destinada à recuperação da saúde que podem ficar ocultas no exercício da comparação (etnocêntrica). SALGADO, Ricardo Seiça. A Performance da Etnografia como Método da Antropologia ANTROPOlógicas 2015, nº 13, http://revistas.rcaap.pt/antropologicas/article/view/1640/5109 acesso 13/05/2016 LAPLANTINE, François. Aprender Antropologia (1988). SP: Editora Brasiliense, 2007 p.25 LÉVI-STRAUSS, CLAUDE. Raça e história. p.333 in: LÉVI-STRAUSS, C. Antropologia estrutural dois. RJ: Tempo Brasileiro, 1993
Por outro lado a comparação, como se fossem atalhos indicadores das linhas de pesquisa, nos permite ampliar o conhecimento, organizando este sob a forma de modelos etiológicos e terapêuticos fundamentados em teorias de base empírica e científica. LAPLANTINE, François. Antropologia da doença. SP: Martins Fontes, 1991 O que antes se apresenta como um conhecimento aparentemente desordenado e não lógico, embora cada vez mais reconhecido, especialmente quanto ao uso de plantas, uso de técnicas de êxtase ou mesmo sobre esse conjunto de práticas, ditas primitivas, que nos permitem curar doenças, conhecer e controlar estados de consciência, controlar emoções ou modificar sentimentos como prática de saúde mental.
Segundo o antropólogo Lévi-Straus, 1976, o "pensamento selvagem" diferencia-se do conhecimento científico por ser analógico, basear-se na intuição sensível em lugar da percepção e da imaginação. Um aproximando-se da bricolagem e poesia (inspiração artística) e o outro apropriando-se lógica de contradições.LÉVI-STRAUSS, CLAUDE. O pensamento selvagem. SP, Nacional, 1976
Considerando-se a equivalência dos sistemas etnomédicos, o trabalho é compreender as especificidades que adquirem em função da adaptação à áreas ecológicas, grupos linguísticos e níveis de tecnologia resultantes do processo histórico de acúmulo de conhecimento. Assim procedendo as diversas conquistas de cada povo ou etnia podem ser integrados a grupos de práticas semelhantes, tornado-se mais compreensíveis as razões de sua permanência ou extinção. Lyons e Petrucelli (1997) LYONS, ALBERT S,; PETRUCELLI, JOSEPH. História da medicina.. SP, Manole, 1997 associam o valor das técnicas ou medicamentos à sua permanência na(s) cultura(s).
Observe-se também que o conhecimento antropológico não constitui somente um luxo cognitivo mas uma condição da adequação das políticas sanitárias a seus objetivos de erradicação das grandes endemias, como da melhoria do estado nutricional e sanitário das populações, diga-se de passagem, uma proposição não atingida através da biomedicina. O conhecimento antropológico por sua capacidade de reconhecer a existência, a validade e a eficácia de outros sistemas de interpretação e de resolução de doenças pode contribuir para se buscar os meios de adaptar ou ajustar esse modelo médico aos recursos terapêuticos já existentes. BUCHIILET. Dominique. A antropologia da doença e os sistemas oficiais de saúde. in: BUCHIILET Dominique (org.) Medicinas Tradicionais e Medicina Ocidental na Amazônia. Belém, MPEG/CNPq/SCT/PR/CEJUP/UEP, 1991. PDF Acesso 17/10/2016
Arte Médica dos indígenas brasileiros No livro de 1844, de von Martius, Karl Fridrich Philipp: "Natureza, Doenças, Medicina e Remédios dos Índios Brasileiros" VON MARTIUS, KARL FRIDRICH PHILIPP Natureza, Doenças, Medicina e Remédios dos Índios Brasileiros (1844) Tradução e notas: Pirajá da Silva SP, Companhia Editora Nacional, INL/MEC, Brasiliana, 1979 esse autor, com toda a carga de preconceitos do século XIX, observa que o médico, chamado pajé na língua tupi, apesar de não ser doutor, nem mesmo um mestre ou seja possuir os títulos de um professor ou médico europeu, apesar de não fazer parte de grêmio ou corporação que lhes dê direito de curar, possui mais poder e influência no povo que os seus congêneres europeus, segundo ele, graças à ignorância desta.
No seu entender, a medicina indígena é comparável à magia e feitiçaria e ao xamanismo dos nômades asiáticos. Compara ainda, o pajé, ao sacerdote, profeta e adivinho, o zelador das cousas sagradas, conselheiro e legislador, sempre um indivíduo de ascendência e influência no povo, que se distinguem pelo espírito de observação, astúcia e laboriosidade, observando que esse mister, às vezes, também está nas mãos de mulheres velhas.
Em vários momentos de sua obra, faz referência a um culto ou saber desaparecido de modo semelhante aos xamãs siberianos. Declara-se pessimista quanto a possibilidade destes (a raça indígena) encontrarem uma resolução de suas demandas de saúde por recursos próprios, ou face a sua condição social, pelo alcance da ciência médica europeia. Reconhecendo, porém, seu vigor, constituição robusta e longevidade, sobretudo antes de seu contato com a civilização.
Não reconhece nenhuma doença da época como exclusiva dos indígenas e atribui origem nas Índias Ocidentais à cholera morbo, febre amarela e na Costa Oriental Africana à vena medinensis (dracontíase). Na Europa atribui a origem da varíola e sífilis, doenças por serem exógenas não possuíam tratamentos específicos na medicina indígena.
Em sua "História geral da medicina brasileira" Santos Filho relata que no Brasil do século XVI os indígenas acreditavam que as doenças eram causadas por vontade de algum ser sobrenatural, ação dos astros, agentes climáticos, força de uma praga ou castigo. Elas eram denominadas de acordo com o órgão ou a parte do corpo afetada. O tratamento era baseado nas propriedades medicinais da imensa flora local. Para ulcerações, a bouba, ferimentos e dermatoses as plantas indicadas eram a copaíba (Copaifera officinalis), a capeba ou pariparoba (Piper rohrii), a maçaranduba (Mimusops elata, Lucuma procera), a cabreúva (Myrocarpus fastigiatus) e a caroba (Jacaranda caroba, Jacaranda brasiliana); contra febres a jurubeba (Solanum panicyulatum, Solanum fastigiatum), quineiras brasileiras (Strychnos pseudo-quina, Cantarea speciosa), o maracujá (Passiflora de várias espécies); como diuréticos e sialagogos o cajú (Anacardium occidentale), o ananás (Ananas sativus), o jaborandi (Pilocarpus pinnatus); como purgativo e para disenterias o andá-açu (Johannesia princeps) a ipecacuanha ou poaia (Psychotica emetica, Cephaelis ipecacuanha), a batata-de-purga (Ipomoea altissima), a umbaúba (Ceropia peltata) e o guaraná (Paullinia cupana); para mordeduras de cobras e outros animais venenosos a caapiá ou contra-erva (Dorstenia multiformis), o pau-cobra (Potalia amara) e a erva-de-cobra (Mikania opifera); para afecções respiratórias e outras doenças o jataí (Hymenaea courbaril) e o petume ou tabaco (Nicotiana tabacum). O conhecimento dos indígenas sobre as propriedades medicinais da flora foi mantido graças aos registros de missionários, barbeiros-cirurgiões e barbeiros e a tradição oral. Os indígenas também lançavam mão de outros recursos como medicamentos: sangue humano ou de animais (reconstituinte), saliva (cicatrizante), urina (excitante e vomitiva), cabeça ou cauda de ofídios e gordura de onça e outros animais. Bicos, garras, chifres, ossos e cabelos eram calcinados e pulverizados, assim como sapos. Os remédios eram geralmente reduzidos a pó entre duas pedras e depois dissolvidos em água ou sucos. Emplastros feitos com o mesmo vegetal utilizado para uso interno eram aplicadas sobre a parte afetada. SANTOS FILHO, LICURGO DE CASTRO. História geral da medicina brasileira. São Paulo: HUCITEC; São Paulo: Ed. da Universidade de São Paulo, 1977. 437p. GURGEL Cristina Brandt Friedrich Martin. A Fitoterapia Indígena no Brasil Colonial (Os Primeiros Dois Séculos) Artigos RETiSFITO - Rede de Experiências, Tecnologias e Inovação em Saúde. Acesso 29/6/2016
Uma proposição Por recomendação da Organização Mundial de Saúde (OMS) os Estados nacionais devem integrar seus sistemas de saúde oficiais às medicinas tradicionais indígenas. Proposição esta que se depara diante do desafio de identificar elementos comuns ou padrões nas diversas medicinas tradicionais, falas indígenas saberes e a práticas de autoatenção que se constituirão como base da "indigenização" das políticas públicas mais apropriadas a reorganização sociocultural do cuidado com a saúde em contextos específicos.FERREIRA, Luciane Ouriques. A emergência da medicina tradicional indígena no campo das políticas públicas. Hist. cienc. saude-Manguinhos, Rio de Janeiro , v. 20, n. 1, p. 203-219, mar. 2013 . Disponível em <http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0104-59702013000100011&lng=pt&nrm=iso>. acessos em 15 abr. 2016. http://dx.doi.org/10.1590/S0104-59702013000100011. BRASIL. Ministério da Saúde. Fundação Nacional de Saúde. Projeto Vigisus II. Coordenação Técnica. Área de Medicina Tradicional Indígena. Medicina Tradicional Indígena em Contextos – Anais da I Reunião de Monitoramento. Luciane Ouriques Ferreira e Patricia Silva Osório (org.). Projeto Vigisus II/Funasa. Brasília: Fundação Nacional de Saúde, 2007. PDF Acesso 15/05/2016
Sabe-se porém que os sistemas etnomédicos (xamanismo) ou medicinas tradicionais derivadas dos sistemas míticos religiosos possuem muitas características não comparáveis à prática médica ocidental, menos ainda à moderna medicina baseada em evidências. Contudo, o exercício de identificação da coerência e unidade desse saber, pode favorecer a tarefa de oferecer serviços de saúde as populações indígenas remanescentes, identificando a forma como o percebem e utilizam DIEHL, Eliana Elisabeth and GRASSI, Francielly. Uso de medicamentos em uma aldeia Guarani do litoral de Santa Catarina, Brasil. Cad. Saúde Pública [online]. 2010, vol.26, n.8, pp. 1549-1560 PDF Jul. 2014.
No Brasil a saúde das populações indígenas está sob responsabilidade Secretaria Especial de Saúde Indígena (SESAI) e nos EUA Estados Unidos da América do Norte ao Indian Health Service.