A Flotilha é um orgão de base da Marinha Portuguesa, ao qual compete o aprontar e dar apoio logístico às forças e unidades navais operacionais. A Flotilha é comandanda por um contra-almirante que, por inerência, desempenha também a função de 2º comandante Naval e se encontra na dependência direta do comandante Naval. Na Flotilha estão congregados virtualmente todos os navios de combate, submarinos e aeronaves da Marinha Portuguesa.
Missão Compete à Flotilha: Aprontar e apoiar logística e administrativamente as forças e unidades operacionais que lhe estejam atribuídas; Conduzir o treino e a avaliação das forças e unidades operacionais que lhe estejam atribuídas, bem como dos centros da componente operacional do sistema de forças; Assegurar a análise, a experimentação, o desenvolvimento e a atualização das instruções, padrões e procedimentos táticos e operativos; Assegurar a gestão das qualificações operacionais das forças e unidades operacionais que lhe estejam atribuídas.
Organização A Flotilha compreende: Comando da Flotilha; Esquadrilhas e agrupamentos de unidades operacionais: Esquadrilha de Escoltas Oceânicas, Esquadrilha de Navios Patrulhas, Esquadrilha de Submarinos, Esquadrilha de Helicópteros, Agrupamento de Navios Hidrográficos, Agrupamento de Navios da Escola Naval; Centro Integrado de Treino e Avaliação Naval.
História A Flotilha foi criada através da Lei Orgânica da Marinha de 1993 (Decreto-Lei n.º 49/93 de 26 de fevereiro), como órgão de implantação territorial e comando administrativo da Marinha Portuguesa.
Até então, a Marinha Portuguesa incluia diversas flotilhas independentes de escoltas oceânicos, navios patrulhas e draga-minas, consideradas forças navais permanentes. A nova orgânica da Marinha estabelecida em 1993, levou à transformação das anteriores flotilhas em esquadrilhas na dependência de uma única flotilha (designada genericamente "Flotilha"). Tanto as esquadrilhas como a Flotilha deixaram de ser forças navais com funções operacionais, passando a ser comandos administrativos com funções essencialmente logísticas. Na Flotilha, foram centralizados os serviços de interesse comum para as diversas esquadrilhas de navios e de helicópteros, no sentido de racionalizar os meios, evitando a duplicação desnecessária de capacidades.
Através da Lei Orgânica da Marinha de 2009 (Decreto-Lei n.º 233/2009 de 15 de setembro), a Flotilha passou a ter o estatuto de orgão de base da Marinha.
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