João Anaia (? - 1161) foi um nobre e prelado português.
Biografia D. João Anaia era filho de D. Anaia Vestrariz da Estrada, 1.° Senhor de Góis, e de sua mulher Ermesenda.
Foi 2.° Senhor de Góis e 6.° Bispo de Coimbra desde 1148, tendo sido deposto em 1154 ou 1155.
Referências Manuel Abranches de Soveral, Góis Medievais - Reconstituição Genealógica.
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