As eleições municipais em Macapá em 1988 ocorreram em 15 de novembro, como parte das eleições municipais em 24 estados brasileiros e nos territórios federais do Amapá e Roraima. Neste caso foram eleitos o prefeito João Capiberibe e o vice-prefeito Antônio Cabral de Castro.Como o processo eleitoral foi deflagrado antes da Constituição de 1988, não foram observados os dois turnos, além disso a Carta Magna criou o estado do Tocantins e elevou os territórios federais do Amapá e Roraima à condição de estados, além de conceder ao Distrito Federal o direito de eleger o seu governador e extinguiu o Território Federal de Fernando de Noronha.
Nascido em Afuá, o zootecnista João Capiberibe estudou Economia em Minas Gerais em 1968, mas voltou ao Pará em 1970 visando arregimentar novos membros à Aliança Libertadora Nacional, organização de esquerda fundada por Carlos Marighella para combater o Regime Militar de 1964 na clandestinidade por meio da luta armada. Preso, fugiu no ano seguinte rumo à Bolívia e ao Chile, onde formou-se em Engenharia Agrícola na Universidade do Chile antes de fixar-se no Canadá e depois ir trabalhar em Moçambique. Retornou ao Brasil graças à Lei da Anistia sancionada pelo presidente João Figueiredo em 1979, migando do Amapá para Pernambuco graças ao apoio de Miguel Arraes. Candidato a deputado federal pelo PMDB do Amapá em 1982, viu o PDS conquistar todas as vagas.Em 1982 o Amapá elegeu os deputados federais Paulo Guerra, Antônio Pontes, Clark Platon e Geovani Borges. Subsecretário de Agricultura do Acre no governo Nabor Júnior, tornou-se secretário de Agricultura do Amapá em 1985, quando Jorge Nova da Costa assumiu o Palácio do Setentrião por escolha do presidente José Sarney. Em 1988 foi eleito prefeito de Macapá pelo PSB e sua esposa, Janete Capiberibe, sagrou-se vereadora.
Resultado da eleição para prefeito Foram apurados 49.847 votos nominais (88,38%), 5.326 votos em branco (9,44%) e 1.231 votos nulos (2,18%), resultando no comparecimento de 56.404 eleitores.
Candidatos a prefeito de Macapá Candidatos a vice-prefeito Número Coligação Votação PercentualJoão CapiberibePSB Antônio Cabral de CastroPDT 40 Movimento Organizado Democrático do Amapá - MODA(PSB, PDT, PCB, PSDB) 19.711 39,54%Murilo PinheiroPFL Luiz Alberto Freitas PereiraPFL 25 PFL (sem coligação) 16.699 33,50%Jonas BorgesPTB Paulo Leite de MendonçaPL 14 PTB, PDS, PL 4.487 9,00%Gilvam BorgesPJ Mário Rodrigues da SilvaPJ 36 PJ (sem coligação) 3.451 6,93%Antônio Gonçalves Ferreira NetoPT Manoel das Graças BatistaPT 13 PT (sem coligação) 2.532 5,08%Jurandil JuarezPMDB Naíde da Silva MoraesPMDB 15 PMDB (sem coligação) 2.274 4,56%Antônio PontesPDC Ângelo Augusto Pires CostaPDC 17 PDC (sem coligação) 693 1,39%Fontes:
Resultado da eleição para vereador
Vereadores de Macapá Partido VotaçãoFernando Carvalho PFL 984Nilde Santiago PMDB 883Abelardo Vaz <center>PFL 832Adonias Trajano PMDB 724Nelson de Santana <center>PFL 721Jarbas Gato PFL 631Edinho Duarte PFL 529Pery Arquilau da Silva PT 528Janete Capiberibe PSB 528Luís Banha PTB 509Eury Sales Farias PSB 463Gilson Rocha PT 450Acácio Favacho PTB 420Fontes:
1988 Macapá