A segunda fase da Copa Sul-Americana de 2020 foi disputada entre 27 de outubro e 5 de novembro. Participaram as 22 equipes classificadas da fase anterior mais as dez equipes transferidas da Copa Libertadores, com os vencedores de cada chave classificando-se para as oitavas de final.
As equipes se enfrentaram em jogos eliminatórios de ida e volta, classificando-se a que somasse o maior número de pontos. Em caso de igualdade em pontos, a regra do gol marcado como visitante seria utilizada para o desempate. Persistindo o empate, a vaga seria definida em disputa por pênaltis.
Sorteio Os cruzamentos entre as equipes para essa fase foi definido através de sorteio no Centro de Convenções da CONMEBOL em Luque, no Paraguai, em 23 de outubro.
No Pote 1 estavam as dez equipes eliminadas da Copa Libertadores (as oito que finalizaram em terceiro lugar na fase de grupos e as duas melhores eliminadas da terceira fase) mais os seis melhores da fase anterior da Copa Sul-Americana. No Pote 2 estavam as restantes 16 equipes classificadas da primeira fase.
Pote 1Pote 2
Resultados
Chave O1
Independiente venceu por 2–1 no placar agregado.
Chave O2
2–2 no placar agregado, Unión de Santa Fe avançou pela regra do gol fora de casa.
Chave O3
1–1 no placar agregado, Unión La Calera avançou pela regra do gol fora de casa.
Chave O4
Universidad Católica venceu por 2–1 no placar agregado.
Chave O5
3–3 no placar agregado, Deportivo Cali venceu por 5–4 na disputa de pênaltis.
Chave O6
Sport Huancayo venceu por 3–2 no placar agregado.
Chave O7
Vasco da Gama venceu por 1–0 no placar agregado.
Chave O8
6–6 no placar agregado, Lanús avançou pela regra do gol fora de casa.
Chave O9
Bolívar venceu por 4–2 no placar agregado.
Chave O10
Defensa y Justicia venceu por 3–2 no placar agregado.
Chave O11
Coquimbo Unido venceu por 5–0 no placar agregado.
Chave O12
1–1 no placar agregado, Vélez Sarsfield avançou pela regra do gol fora de casa.
Chave O13
River Plate venceu por 4–2 no placar agregado.
Chave O14
Junior Barranquilla venceu por 1–0 no placar agregado.
Chave O15
Bahia venceu por 4–1 no placar agregado.
Chave O16
Fénix venceu por 4–2 no placar agregado.
Ver também Primeira fase da Copa Sul-Americana de 2020
Ligações externas
Segunda fase